진핵생물 소형 리보솜 서브유닛(40S)
Eukaryotic small ribosomal subunit (40S)진핵생물 소형 리보솜 서브유닛(40S)은 진핵생물 80S 리보솜의 작은 서브유닛이며, 다른 주요 구성 요소는 대형 리보솜 서브유닛(60S)이다."40S"와 "60S"라는 이름은 리보솜 입자가 스베드베르크 단위로 침전 계수에 따라 표기된다는 규칙에서 유래했다.그것은 구조적으로나 기능적으로 [1][2][3][4][5]70S 원핵 리보솜의 30S 서브유닛과 관련이 있다.그러나 40S 서브유닛은 원핵생물 30S 서브유닛보다 훨씬 크고, 많은 추가 단백질 세그먼트와 rRNA 확장 세그먼트를 포함한다.
기능.
40S 서브유닛은 단백질 번역에서 tRNA와 mRNA의 상보성을 모니터링하는 디코딩 센터를 포함한다.43S 및 48S 사전 개시 복합체(PICs)를 포함한 여러 번역 개시 복합체의 가장 큰 구성 요소이며, eIF1, eIF1A [6]및 eIF3를 포함한 여러 진핵생물 개시 인자에 의해 결합된다.또한 40S 리보솜 서브유닛은 단백질-mRNA 및 rRNA-mRNA 상호작용에 [7]의한 이원복합체를 형성하기 위해 HCV IRES에 의해 단단하게 결합된다.더 많은 정보는 리보솜, 진핵 리보솜(80S), 단백질 번역에 관한 기사에서 찾을 수 있다.
전체적인 구조
작은 서브유닛의 모양은 머리와 몸통이라는 두 개의 큰 세그먼트로 세분될 수 있습니다.몸의 특징은 왼발과 오른발, 어깨와 플랫폼이다.머리에는 새의 부리를 연상시키는 뾰족한 돌출부가 있다.mRNA는 머리와 몸 사이의 틈에서 결합하며, tRNA에는 A-사이트, P-사이트, E-사이트의 3가지 결합 부위가 있다(자세한 내용은 단백질 번역 관련 기사 참조).40S 서브유닛의 코어는 원핵생물 16S rRNA와 상동하는 18S 리보솜 RNA(약칭 18S rRNA)에 의해 형성된다.이 rRNA 코어는 수십 개의 단백질로 장식되어 있다.그림 "T. thermophila에서 진핵생물 40S 리보솜 서브유닛의 결정구조"에서 리보솜 RNA 코어는 회색 튜브로 표시되고 확장 세그먼트는 빨간색으로 표시된다.진핵생물, 고세균 및 박테리아에 상동성을 가진 단백질은 파란색 리본으로 나타난다.진핵생물과 고세균 사이에서만 공유되는 단백질은 오렌지색 리본으로, 진핵생물에 고유한 단백질은 빨간색 리본으로 표시된다.
40S 리보솜단백질
표 "40S 리보솜 단백질"은 보존에 의해 착색된 40S 서브유닛의 개별 단백질 접힘을 보여준다.진핵생물, 고세균 및 박테리아(EAB)에 상동체를 가진 단백질은 파란색 리본으로 나타난다.진핵생물과 고세균(EA) 사이에서만 공유되는 단백질은 오렌지색 리본으로 표시되며, 진핵생물에 고유한 단백질은 빨간색 리본으로 표시된다.소수의 잔류물 또는 루프에서 매우 긴 알파 나선 및 추가 도메인에 이르는 보존 단백질의 진핵생물 특이적 확장은 [2]빨간색으로 강조 표시되어 있다.상세한 것에 대하여는, 진핵생물 리보솜에 관한 기사를 참조해 주세요.역사적으로 리보솜 단백질에는 다른 명명법이 사용되어 왔다.예를 들어, 단백질은 겔 전기영동 실험에서 이동 특성에 따라 번호가 매겨졌다.따라서, 다른 이름은 다른 유기체의 상동성 단백질을 나타낼 수 있는 반면, 동일한 이름은 반드시 상동성 단백질을 의미하지는 않는다."40S 리보솜 단백질" 표는 인간의 리보솜 단백질 이름을 효모, 박테리아 및 고고학적 호몰로그와 교차 [8]참조한다.더 많은 정보는 리보솜 단백질 유전자 데이터베이스(RPG)[8]에서 찾을 수 있다.
| 구조(EUKAR)[9] | 사피엔스[8][10] | 유니버설 네임 | 보존[12] | 세레비시아에[13] | 균상동체(대장균) | 고고학적 호몰로그 |
|---|---|---|---|---|---|---|
 | RPSA | US2 | EAB | S0 | S2p | S2 |
 | RPS2 | US5 | EAB | S2 | S5p | S5p |
 | RPS3 | US3 | EAB | S3 | S3p | S3p |
 | RPS3A | eS1 | EA | S1 | 없음 | S3Ae |
 | RPS4(RPS4X, RPS4Y1, RPS4Y2) | eS4 | EA | S4 | 없음 | S4e |
 | RPS5 | US7 | EAB | S5 | S7p | S5p |
 | RPS6 | eS6 | EA | S6 | 없음 | S6e |
 | RPS7 | eS7 | E | S7 | 없음 | 없음 |
 | RPS8 | eS8 | EA | S8 | 없음 | S8e |
 | RPS9 | US4 | EAB | S9 | S4p | S4p |
 | RPS10 | eS10 | E | S10 | 없음 | 없음 |
 | RPS11 | US17 | EAB | S11 | S17p | S17p |
 | RPS12 | eS12 | E | S12 | 없음 | 없음 |
 | RPS13 | US15 | EAB | S13 | S15p | S15p |
 | RPS14 | US11 | EAB | S14 | S11p | S11p |
 | RPS15 | US19 | EAB | S15 | S19p | S19p |
 | RPS15A | US8 | EAB | S22 | S8p | S8p |
 | RPS16 | US9 | EAB | S16 | S9p | S9p |
 | RPS17 | eS17 | EA | S17 | 없음 | S17e |
 | RPS18 | US13 | EAB | S18 | S13p | S13p |
 | RPS19 | eS19 | EA | S19 | 없음 | S19e |
 | RPS20 | US10 | EAB | S20 | S10p | S10p |
 | RPS21 | eS21 | E | S21 | 없음 | 없음 |
 | RPS23 | US12 | EAB | S23 | S12p | S12p |
 | RPS24 | eS24 | EA | S24 | 없음 | S24e |
 | RPS25 | eS25 | EA | S25 | 없음 | S25e |
 | RPS26 | eS26 | EA | S26 | 없음 | S26e |
 | RPS27 | eS27 | EA | S27 | 없음 | S27e |
 | RPS27A | eS31 | EA | S31 | 없음 | S27ae |
 | RPS28 | eS28 | EA | S28 | 없음 | S28e |
 | RPS29 | US14 | EAB | S29 | S14p | S14p |
 | RPS30 | eS30 | EA | S30 | 없음 | S30e |
 | 랙 1 | 랙 1 | E | Asc1 | 없음 | 없음 |
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ 40S+리보솜+미국 국립의학도서관의 의학 주제 제목(MeSH)
- ^ a b Rabl, J; Leibundgut, M; Ataide, SF; Haag, A; Ban, N (Feb 2011). "Crystal structure of the eukaryotic 40S ribosomal subunit in complex with initiation factor 1". Science. 331 (6018): 730–736. Bibcode:2011Sci...331..730R. doi:10.1126/science.1198308. hdl:20.500.11850/153130. PMID 21205638. S2CID 24771575.
- ^ Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (Dec 2011). "The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution". Science. 334 (6062): 1524–1529. Bibcode:2011Sci...334.1524B. doi:10.1126/science.1212642. PMID 22096102. S2CID 9099683.
- ^ Wimberly, BT; Brodersen, DE; Clemons, WM Jr; Morgan-Warren, RJ; Carter, AP; Vonrhein, C; Hartsch, T; Ramakrishnan, V (Sep 2000). "Structure of the 30S ribosomal subunit". Nature. 407 (6802): 327–339. Bibcode:2000Natur.407..327W. doi:10.1038/35030006. PMID 11014182. S2CID 4419944.
- ^ Schmeing, TM; Ramakrishnan, V (Oct 2009). "What recent ribosome structures have revealed about the mechanism of translation". Nature. 461 (7268): 1234–1242. Bibcode:2009Natur.461.1234S. doi:10.1038/nature08403. PMID 19838167. S2CID 4398636.
- ^ Aitken, Colin E.; Lorsch, Jon R. (2012). "A mechanistic overview of translation initiation in eukaryotes". Nat. Struct. Mol. Biol. 19 (6): 568–576. doi:10.1038/nsmb.2303. PMID 22664984. S2CID 9201095.
- ^ Lytle JR, Wu L, Robertson HD (August 2002). "Domains on the hepatitis C virus internal ribosome entry site for 40s subunit binding". RNA. 8 (8): 1045–1055. doi:10.1017/S1355838202029965. PMC 1370315. PMID 12212848.
- ^ a b c Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: the Ribosomal Protein Gene database". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D168–70. doi:10.1093/nar/gkh004. PMC 308739. PMID 14681386.
- ^ 대형 서브유닛 PDBS 417, 4A19 및 소형 서브유닛 PDB 2XZM의 구조인 'T. thermophila'의 구조
- ^ 리보솜 단백질 유전자 데이터베이스에 따른 명명법은 H. sapiens와 T. thermophila에 적용된다.
- ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquin; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "A new system for naming ribosomal proteins". Current Opinion in Structural Biology. Elsevier BV. 24: 165–169. doi:10.1016/j.sbi.2014.01.002. hdl:11603/14279. ISSN 0959-440X. PMC 4358319. PMID 24524803.
- ^ EAB는 진핵생물, 고세균에 보존된 것을 의미하며, EA는 진핵생물 및 고세균에 보존된 것을 의미하며, E는 진핵생물 특이 단백질을 의미한다.
- ^ 전통적으로 리보솜 단백질은 겔 전기영동에서의 겉보기 분자량에 따라 이름이 붙여졌고, 이로 인해 서로 다른 유기체의 상동성 단백질에 대한 다른 이름이 붙여졌다.RPG는 호몰로지에 기초한 리보솜 단백질 유전자의 통일된 명명법을 제공한다.
