데이노코타속

Deinococcota
데이노코타속
Deinococcus radiodurans.jpg
과학적 분류 e
도메인: 박테리아
서브킹덤: 네기박테리아
문: 데이노코타속
바이스부르크 외 2021년[2]
클래스: 데이노코끼속
개리티와 홀트[1] 2002
주문 및 패밀리
동의어
  • '다이노코커스'Thermus" Weisburg et al. 1989
  • 'Deinocaeota' Oren
  • '데이노코타' 휘트먼 외 2018년
  • '하도박테리아' 카발리에 스미스[3] 2006
  • '테르미' 린케 외 2013년

데이노코타(Deinoccota, 동의어: Deinoccus-Thermus)는 단일 등급인 데이노코키를 가진 박테리아의 문으로,[4] 극친동물로도 알려져 있는 환경적 위험에 매우 내성이 강하다.이 박테리아들은 그램 양성 얼룩을 주는 두꺼운 세포벽을 가지고 있지만, 그들은 두 번째 막을 포함하고 있기 때문에 구조가 그램 음성 박테리아와 [5][6][7]더 가깝다.

분류법

데이노코타 문(Deinocota)은 단일 분류(Deinocci)와 두 개의 목으로 구성되어 있다.

비록 이 두 집단이 공통의 조상으로부터 진화했지만, 저항의 두 메커니즘은 대체로 독립적인 [11][15]것으로 보입니다.

분자 시그니처

보존 시그니처 인델(CSI)과 단백질(CSP)의 형태로 데이노코타 문(Deinocota phylo)[4][11]에 속하는 모든 구성원에 의해 고유하게 공유되는 분자 시그니처가 발견되었다.이러한 CSI와 CSP는 다른 모든 세균 유기체와 독특한 문(文)을 구별하는 특징을 구별하며, 이들의 배타적 분포는 생리학적 차이와 평행하다.CSI와 CSP는 또한 문 내에서 순서와 가족 수준의 분류학적 순위를 지원하는 것으로 밝혀졌다.순서 수준의 구별을 지원하는 것으로 밝혀진 CSI 중 일부는 각각의 극호성 [11]특성에 역할을 하는 것으로 생각된다.Thermales 종의 DNA 유도 RNA 중합효소 서브유닛 베타 및 DNA 토포이소머라아제 I에서 발견된 CSI는 열친화성에 [16]관여할 수 있으며, Deinococales 종의 Excinucase ABC, DNA 자이라아제 및 DNA 복구 단백질 RadA에서 발견된 CSI는 방사 [17]저항성과 관련될 수 있다.Deinoccus속에 속하는 모든 구성원에 대해 유일하게 발견된 2개의 CSP는 잘 특징지어지며 그들의 특징적인 방사선 저항성 표현형에 [11]역할을 할 것으로 생각된다.이러한 CSP에는 DNA 손상 복구 단백질 PprA, 단일 가닥 DNA 결합 단백질 DdrB가 포함됩니다.

또한 Deinoccus, Thermus 및 Meiothermus를 포함한 이 그룹 내의 일부 속들은 또한 각각의 종을 포함한 개별 속들로 구분되는 분자적 특징을 가지고 있으며, 다른 그룹의 [11]다른 박테리아들과 구별되는 수단을 제공한다.CSI는 Truepera radiovictrix 전용으로 판명되었습니다.

계통발생학

참고 항목: 세균 분류법

계통 발생은 '모든 종류의 살아있는 나무'[18] 프로젝트의 16S rRNA 기반 LTP 릴리스 123을 기반으로 합니다.

테르마과

북극성 라브도테르무스 Steinsbu 외 2011년

메디아틀란틱루스 미로시니첸코 외 2003년

대양서류

O. 탈황류 모리 등2004

O. profundus Miroshnichenko 외 2003 (타입 sp)

히드로열말리스마린테라무스 사코 외 2003년

마이오터머스

테르무스

데이노코커스과

트루페라 무선 빅트릭스 앨버커키 외 2005년판

데이노코커스과

차르테균 에크만 외 2011년

데이노코커스속

주의:
♠ 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 발견되었으나 원핵생물명칭목록(LSPN)에 등재되지 않은 균주

분류법

현재 승인된 분류법은 LPSN([19]Standing in Nomenclature)과 NCBI([20]National Center for Biotechnology Information)를 가진 원핵생물명목록에 기초하고 있다.

  • 다이노코타문(동음이의, 데이노코커스-테르무스)오렌과 가리티 2021
    • Class DeinocciGarrity & Holt 2002 ["Hadobacteria" Cavallier-Smith 1992 emend. Cavalier-Smith 1998; Hadobacteria Cavalier-Smith 2002; Xenobacteria]
      • DeinoccalesRainey 외 1997년
        • 가족 Deinoccaceae Brooks and Murray 1981 emend. 레이니 외 연구진,
          • Deinoccus Brooks and Murray 1981 emend속. 레이니 외 연구진,
          • 데노박테륨 에크만 등 2011년
        • 패밀리 TrueperaceaeRainey 외 2005
          • 2005년 참페라 다 코스타, 레이니, 앨버커키속
      • Thermales Rainey 및 Da Costa 2002 주문
        • 패밀리 테르마과 다 코스타 레이니 2002
          • 테르무스 브록과 프리즈 1969 에멘드속. Nobre et al. 1996
          • Meiothermus Nobre et al. 1996 emend. 앨버커키 등 2009년
          • 마린테라무스 사코 외 2003년
          • Oceanithermus Miroshnichenko 등 2003년 개정. 모리 등 2004년
          • 스틴스부속 (Rhabdothermus Steinsbu et al. 2011)
          • 미로슈니첸코속 등 2003년

배열된 게놈

현재 이 [21]문에는 10개의 변종 게놈이 배열되어 있다.

  • 다이노코커스라디오두란스R1
  • 서모필러스 HB27
  • 서모필러스 HB8
  • 데이노코커스 지열 DSM 11300
  • 데이노코커스 데저티 VCD115
  • 마이오테르무스 루버 DSM 1279
  • 마이오테르무스 실바누스 DSM 9946
  • Truepera radiovictrix DSM 17093
  • 대양서류 DSM 14977

두 개의 마이오더머스 종은 병원성이나 [22]악명이 아닌 계통발생학적 참신성에 기초한 유기체의 염기서열을 정하는 것을 목표로 하는 박테리아와 고고학 게놈 백과사전 프로젝트(GEBA)의 후원으로 배열되었다.

레퍼런스

  1. ^ Garrity GM, Holt JG. (2001). "The Road Map to the Manual". In Boone DR, Castenholz RW, Garrity GM. (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 1 (The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria) (2nd ed.). New York, NY: Springer–Verlag. pp. 119–166.
  2. ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. S2CID 239887308.
  3. ^ Cavalier-Smith T (2006). "Rooting the tree of life by transition analyses". Biol. Direct. 1: 19. doi:10.1186/1745-6150-1-19. PMC 1586193. PMID 16834776.
  4. ^ a b Griffiths E, Gupta RS (September 2007). "Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus–Thermus phylum" (PDF). Int. Microbiol. 10 (3): 201–8. PMID 18076002. Archived from the original (PDF) on 2011-06-14.
  5. ^ Gupta RS (2011). "Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes". Antonie van Leeuwenhoek. 100 (2): 171–182. doi:10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647. PMID 21717204.
  6. ^ Campbell C, Sutcliffe IC, Gupta RS (2014). "Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria" (PDF). Arch Microbiol. 196 (4): 307–310. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491. S2CID 10721294.
  7. ^ Sutcliffe IC (2010). "A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture". Trends Microbiol. 18 (10): 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
  8. ^ a b Albuquerque L, Simões C, Nobre MF, et al. (2005). "Truepera radiovictrix gen. nov., sp. nov., a new radiation resistant species and the proposal of Trueperaceae fam. nov". FEMS Microbiol Lett. 247 (2): 161–169. doi:10.1016/j.femsle.2005.05.002. PMID 15927420.
  9. ^ a b Garrity GM, Holt JG. (2001) 문 BIV. "Deinoccus-"테르머스.인: 베르제이의 체계적 세균학 매뉴얼, 395-420페이지.에드 D. R. 분, R. W. 카스텐홀츠스프링거: 뉴욕.
  10. ^ a b Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005) Phylum BIV.매뉴얼에 대한 개정 로드맵.인: 베르제이의 체계적 세균학 매뉴얼, 페이지 159-220.Eds Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM스프링거: 뉴욕.
  11. ^ a b c d e f g Ho J, Adeolu M, Khadka B, Gupta RS (2016). "Identification of distinctive molecular traits that are characteristic of the phylum "Deinococcus–Thermus" and distinguish its main constituent groups". Syst Appl Microbiol. 39 (7): 453–463. doi:10.1016/j.syapm.2016.07.003. PMID 27506333.
  12. ^ Battista JR, Earl AM, Park MJ (1999). "Why is Deinococcus radiodurans so resistant to ionizing radiation?". Trends Microbiol. 7 (9): 362–5. doi:10.1016/S0966-842X(99)01566-8. PMID 10470044.
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  14. ^ Nelson RM, Long GL (1989). "A general method of site-specific mutagenesis using a modification of the Thermus aquaticus". Anal Biochem. 180 (1): 147–151. doi:10.1016/0003-2697(89)90103-6. PMID 2530914.
  15. ^ Omelchenko MV, Wolf YI, Gaidamakova EK, et al. (2005). "Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: Divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance". BMC Evol. Biol. 5: 57. doi:10.1186/1471-2148-5-57. PMC 1274311. PMID 16242020.
  16. ^ Zhang G, Campbell EA, Minakhin L, Richter C, Severinov K, Darst SA (1999). "Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution". Cell. 98 (6): 811–824. doi:10.1016/S0092-8674(00)81515-9. PMID 10499798. S2CID 15695915.
  17. '^ 이온화 방사선과 건조에 대한 디노코커스 방사두란스의 전사 반응은 극단적인 방사선 저항에 기여하는 새로운 단백질을 보여준다.유전학.168 (1): 21~23.doi:10.1534/104.029249.PMC 1448114PMID 15454524
  18. ^ '모든 종류의 살아있는 나무' 프로젝트."16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Retrieved 2016-03-20.
  19. ^ J.P. Euzéby. "Deinococcota". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2022-01-22.
  20. ^ Sayers; et al. "Deinococcus-Thermus". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2016-03-20.
  21. ^ "Microbial Genomes".
  22. ^ Wu, D.; Hugenholtz, P.; Mavromatis, K.; Pukall, R. D.; Dalin, E.; Ivanova, N. N.; Kunin, V.; Goodwin, L.; Wu, M.; Tindall, B. J.; Hooper, S. D.; Pati, A.; Lykidis, A.; Spring, S.; Anderson, I. J.; d'Haeseleer, P.; Zemla, A.; Singer, M.; Lapidus, A.; Nolan, M.; Copeland, A.; Han, C.; Chen, F.; Cheng, J. F.; Lucas, S.; Kerfeld, C.; Lang, E.; Gronow, S.; Chain, P.; Bruce, D. (2009). "A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea". Nature. 462 (7276): 1056–1060. Bibcode:2009Natur.462.1056W. doi:10.1038/nature08656. PMC 3073058. PMID 20033048.