서모토고타
Thermotogota서모토고타 | |
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과학적 분류 | |
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슈퍼문: | |
문: | 서모토고타 레이센바흐[1] 2021 |
클래스: | 테르모토게과 레이센바흐 2002 |
주문 | |
동의어 | |
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Thermotogota는 박테리아의 문이다.Thermotogota문은 그램 음성 염색, 혐기성,[2][3] 그리고 대부분 호열성 및 호열성 박테리아로 구성되어 있다.
특성.
이 문(文)의 이름은 이러한 생물들의 많은 수가 고온에서 이러한 [4]종들의 세포를 둘러싼 특징적인 칼집 구조, 즉 "토가"와 함께 존재하기 때문에 유래되었습니다.최근에는 적당한 온도에 존재하는 일부 보온고타도 확인되었다.[5]Thermotogota 종은 Gram-negative 염색을 보이지만 단일 단위 지질막으로 둘러싸여 있기 때문에 단엽세균이다.[3][6][7]고온에서 번식하는 일부 Thermotogota 종들의 능력 때문에, 그들은 [8]산업 공정에서 사용하기에 매력적인 대상으로 여겨진다.수소가스를 생산하기 위해 서로 다른 복합 탄수화물을 이용하는 Thermotogota의 대사 능력은 화석 연료의 [9]대체 에너지 생산의 가능한 생명공학적인 원천으로 이 종들이 언급되었다.
분류법
이 과는 현재 1개 과(Thermotogae), 4개 과(Thermotogales, Kosmotogales, Petrotogales, Mesoaciditogales), 5개 과(Thermatogaceae, Fherpidobacteriaceae, Petrotogogaceae, Mesoaciditogales)[2][3][4][10][11][12][13]로 구성되어 있다.총 15속 52종을 [14]포함하고 있다.16S rRNA 나무에서 Thermotogota는 Aquificota(고온성 유기체로 이루어진 또 다른 문)와 고세균 분기점에 [2][4]근접하여 분기하는 것이 관찰되었다.단, 다른 유전자/[3][15][16][17][18]단백질 배열에 기초한 계통발생학적 연구에서는 Thermotogota와 Aquificota의 밀접한 관계 및 후자 종의 깊은 분기는 뒷받침되지 않는다.그리고 보존된 여러 개의 [19][20]범용 단백질에 보존된 시그니처 인델에 의해.Thermotogota는 또한 고대 [21][22]유기체와의 광범위한 측면 유전자 전달에 대해 면밀히 조사되었다.그러나 보다 강력한 방법론에 기초한 최근의 연구는 Thermotogota와 Archea를 포함한 다른 그룹 사이의 LGT 발생률이 초기 [23][24][10][25]연구에서 제시된 것만큼 높지 않다는 것을 시사한다.
분자 시그니처
최근까지, 그 종을 다른 [2]모든 박테리아와 구별할 수 있는 생화학적 또는 분자적 표지는 알려져 있지 않았다.그러나 최근의 비교 게놈 연구는 모든 Thermotogota 종이나 다수의 [3][10]하위 그룹에 특정한 중요한 단백질에서 많은 수의 보존 시그니처 인델(CSI)을 확인했다.Pol1, RecA 및 TrpRS와 같은 중요한 하우스키핑 단백질과 리보솜 단백질 L4, L7/L12, S8, S9 등의 많은 CSI는 이 문종의 새로운 분자 마커를 제공하는 서로 다른 배열된 Thermotogota 종에 고유하게 존재한다.이들 연구에서는 각 주문과 각 [13]패밀리에 고유한 CSI도 식별되었습니다.이러한 인델은 Thermotogota의 현재 분류 체계에 대한 전제이며, 계통학 분석에 [3][10]의해 강하게 뒷받침된다.Thermotoga, Pseudothermotoga, Fhermidobacterium, Thermosipho에 특화된 추가적인 CSI도 발견되었다.이러한 CSI는 각 속 내의 모든 종에 대해 특이하며, 다른 모든 박테리아에는 존재하지 않으므로 특정 [3][10]표지자입니다.깊게 분기하는 종인 Petrotoga mobilis, Kosmotoga olearia 및 Thermotogales 박테리아 mesG1로 구성된 군락도 7개의 [10]CSI에 의해 지지되었다.또한, 서모토고타와 다른 원핵생물 집단에서 LGT의 증거를 제공한 일부 CSI도 [10]보고되었다.새롭게 발견된 분자 표지는 분자적 측면에서 문에서 나온 종의 식별과 외접을 위한 새로운 수단과 분류법에 대한 향후 개정을 제공합니다.
또한 51 aa 삽입 CSI는 모든 Thermotogales와 Aquificales(고열성 [26]종으로 구성된 또 다른 목)에 특이적인 것으로 확인되었다.계통학 연구는 이 두 개의 관련 없는 박테리아 그룹 내에서 동일한 CSI의 존재는 측방향 유전자 전달에 의한 것이 아니라 선택적인 [26]압력에 의해 이 두 개의 열친화성 그룹에서 독립적으로 발달했을 가능성이 있다는 것을 보여주었다.삽입물은 ADP/ATP 결합 부위 근처에 있는 ATPase 도메인의 단백질 표면에 위치합니다.분자 동적 자극에 의해 물 분자, CSI 내의 잔류물 및 ADP/ATP 분자 사이에 형성된 수소 결합 네트워크가 밝혀졌다.이 네트워크는 고온에서 SecA 단백질에 대한 ADP/ATP 결합을 유지하는 데 도움이 된다고 생각되며, 일부 Thermotogales [26]종에 대한 전반적인 내열성 표현형에 기여한다.
계통발생학
모든 종류의 살아있는 나무 [27]프로젝트에 기초한 계통 발생.
서모토고타 |
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현재 승인된 분류법은 원핵생물명목록(LSPN)[28]과 국립생명공학정보센터(NCBI)[29]에 기초하고 있다.
- 서모토고타레이센바흐 20201
- 클래스 ThermotogaeReysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002]
- Caldotoga속 ♥ Xue 등
- Thermotogales Reysenbach 2002 emend를 주문합니다. Bhandari & Gupta 2014
- 패밀리 호피도박테리아과 반다리&굽타 2014
- FeopidobacteriumPatel 등 1985년
- ThermosiphoHuber 등 1989년 개정. 라보트 외 1996년
- 종(種) - T. 철분증 ♠ Kendall et al. 2002
- 종 T. activus Podosokorskaya et al.
- 종 T. Affectus Podosokorskaya 외 2011
- T. africanus Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996 (타입 sp)
- T. Atlanticus Urios et al. 2004년
- T. Geolei L'Haridon 등 2001년
- T. 지구형 동물 쿠와바라 외 2011년
- T. Japonicus Takai와 Horikoshi 2000종
- Melaniensis Antoine 등 1997년
- Thermotogaceae Reysenbach 2002년 에멘드. Bhandari & Gupta 2014
- Pseudothermotoga Bhandari & Gupta 2014
- 종 P. 엘피(Ravot 등 1995년) Bhandari & Gupta 2014년 [Thermotoga elfi Ravot 등 1995년]
- 종 P. 하이포게아(Fardeau et al. 1997) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga 하이포게아 Fardeau et al. 1997]
- 종 P. letae (Balk, Weijma & Stams 2002) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga letae Balk, Weijma & Stams 2002]
- 종 P. 테르마룸(윈드버거 외 1992년) Bhandari & Gupta 2014년 [Thermotoga thermarum Windberger 외 1992년]
- 종 P. 서브테라네아 (Jeanthon et al. 2000) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga subteranea Jeanthon 등] 2000년]
- Thermopallium속 ♠ Duckworth 등 1996년
- Thermopallium natronophilum ♠ Duckworth 등 1996년
- ThermotogaStetter 및 Huber 1986속
- 종(種) - T. katamachi ♥ Takahata et al. 2000년
- 종(種) - T. kuroi ♥ 다카하타 등. 2000년
- T. maritima Stetter 및 Huber 1986(타입 sp.)
- 종 T. 나프토필라 다카하타 외 2001
- T. neapolitana Jannasch et al.
- 종 T. 페트로필라 다카하타 외 2001
- Pseudothermotoga Bhandari & Gupta 2014
- 패밀리 호피도박테리아과 반다리&굽타 2014
- 코스모토갈레스 Bhandari & Gupta 2014 주문
- 코모토가과 반다리&굽타 2014
- Kosmotoga DiPippo et al. 2009년 개정. 누우라 외 연구진[테르모코이데스]Peng et al. 2010]
- 종 K. arenicorallina Nunoura et al. 2011
- 종 K. 올레아리아 디피포 외. 2009년 (타입 sp.)
- 종 K. pacifa L'Haridon 외 2016
- 종 K. sengliensis (펑 등 2010) 누우라 등 2013 [Thermocococococides sengliensis Feng 등 2010]
- 메조토가네스보속 등 2013년
- Kosmotoga DiPippo et al. 2009년 개정. 누우라 외 연구진[테르모코이데스]Peng et al. 2010]
- 코모토가과 반다리&굽타 2014
- 메조아시디토갈레스목이토 외 2015년
- 메조아시디토과이토 외 2015년
- Athalassotoga Itoh 등 2015년
- Athalassotoga saccharophila Itoh et al. 2015
- 메소아시디토가 레이센바흐 등 2013
- Mesoaciditoga lauensis Reysenbach et al. 2013
- Athalassotoga Itoh 등 2015년
- 메조아시디토과이토 외 2015년
- Petrotogales Bhandari & Gupta 2014 주문
- 패밀리 페트로토과 Bhandari & Gupta 2014
- DefluviitogaBen Hania 등 2012년
- Defluviitoga tunisiensis Ben Hania et al. 2012
- Geotoga Davey et al. 1993
- 종 G. emicuarianus ♠ Holton et al. 2002
- 종 G. petraea Davey et al. 1993 (타입 sp.)
- Davey 등 1993년 종 G. Davey et al. 1993
- 마리니토가속Wery et al. 2001
- Hydrogenitollarans Postec 등 2005년
- 종 M. camini Wery et al. 2001 (type sp.)
- 리토랄리스 포스텍 등 2010년
- Okinawensis 누우라 등 2007년
- 종 M. 피에조필라 알랭 외 2002
- Oceanotoga Jayasingheachchi and Lal 2011
- Oceanotoga teriensis Jayasinghearachchi and Lal 2011
- Petrotoga Davey et al. 1993
- DefluviitogaBen Hania 등 2012년
- 패밀리 페트로토과 Bhandari & Gupta 2014
- 클래스 ThermotogaeReysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002]
주의:
♠ 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 발견되었으나 원핵생물명칭목록(LPSN)에는 기재되지 않은 균주
♥ 국립생명공학정보센터 NCBI에 상주하거나 원핵생물명칭목록(LPSN)에 등재된 균주 없음
레퍼런스
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