시너지 효과
Synergistota
| 시너지 효과 | |
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과학적 분류  | |
| 도메인: | 박테리아 |
| 문: | 시너지 효과 Jumas-Bilak et al. 2021[1] |
| 클래스: | 시너지 효과 Jumas-Bilak 등2009 |
| 주문: | 시너지 판매 Jumas-Bilak 등2009 |
| 패밀리: | 시너지과 Jumas-Bilak 등2009 |
| 속 | |
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| 동의어 | |
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시너지스토타는 그램 음성 염색과 막대/비브리오이드 세포 [2][3]형태를 보이는 혐기성 세균의 문이다.시너지스토타는 디뎀 세포 [4][5]외피를 가지고 있지만, 리포다당류 생합성에 관여하는 다양한 단백질의 유전자는 시너지스토타에서 아직 검출되지 않았으며, 이는 그들이 비정형 [4][5]외피 외피를 가지고 있을 수 있음을 나타낸다.시너지스토타는 동물의 위장관, 토양, 유정, 폐수처리장 등 혐기성 환경의 대부분에 서식하며 낭종, 농양, 치주질환 [6][7]등의 인체질환 부위에도 존재한다.질병과 관련된 부위에 존재하기 때문에 시너지스토타는 기회성 병원균으로 제안되지만 배꼽의 미생물군과 정상적인 질 [7][8]식물군에서도 발견될 수 있다.이 문 안의 종들은 치주 질환,[9] 위장 감염, 연조직 [7]감염에도 관련되어 있다.이 문에서 나온 다른 종들은 혐기성 굴착기에서 바이오가스 생산을 위한 슬러지의 열화에 중요한 기여를 하는 것으로 확인되었으며, 수소 [10]가스 생산을 통한 재생 에너지 생산에 사용될 수 있는 잠재적 후보이다.알려진 모든 시너지스토타 종과 속은 현재 단일 분류(Synergistia), 목(Synergistiales), 과(Synergistaceae)[3]의 일부이다.
유전체학 및 분자 시그니처 비교
최근 배열된 시너지스토타 게놈의 비교 분석을 통해 배열된 모든 시너지스토타 종 또는 계통수에서 [11]관찰되는 하위 군락 중 하나에 특정한 단백질 배열에서 다수의 보존 시그니처 인델(CSI)이 확인되었습니다.그 CSIs는, RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA 등 널리 분포된 단백질에서, 큰 을 등은 RpoC 단백질에 300아아 삽입 32가 확인되고 중에서 다양한 Synergistota 종에서도지만 고립된 박테리아를 제외하고, 이 CSIs은 단백질 homologues로에서 발견되지 않어 있다.m다른 모든 유기체들이러한 CSI는 다른 모든 [11]박테리아와 시너지스토타 종을 구별하기 위한 새로운 분자 마커를 제공합니다.RpoB의 13 aa를 포함한 중요한 단백질의 다른 7가지 CSI는 존케텔라, 피라미도박터 및 Dethiosulfovibrio 종에서 특이하게 존재하는 것으로 확인되었으며, 이는 또한 계통수에 의해 강하게 지지된다.Jonquetella와 Pyramidobacter에만 존재했던 15개의 추가 CSI는 이 두 [11]종 사이의 밀접한 연관성을 나타낸다.마지막으로, 아미노모나스와 테르마나로비브리오 종 사이의 밀접한 관계는 9개의 확인된 CSI에 의해서도 뒷받침된다.확인된 분자 표지는 시너지스토타 문에서 과나 [11]목과 같은 중간 분류학적 등급으로 종을 분류하기 위한 신뢰할 수 있는 수단을 제공합니다.
계통발생학
모든 종류의 살아있는 나무 [12]프로젝트에 기초한 계통 발생.
| 시너지 효과 |
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분류법
현재 승인된 분류법은 원핵생물명목록(LSPN)[13]과 국립생명공학정보센터(NCBI)[14]에 기초하고 있다.
- 시너스토타주마스-빌락 외 2021년
- Class Synergistia Jumas-Bilak 등 2009년
- Synergistales Jumas-Bilak 등을 주문합니다. 2009년
- 패밀리 시너지과 Jumas-Bilak et al. 2009년 [Clostridiales 패밀리 XV]
- 아세트미크로비움속Southchek 외 1985년
- 아세트미크로비움 플라비디움 Southschek 등 1985년
- 아미니필루스디아즈 등 2007년
- Aminiphilus concriptus Diaz 등 2007년
- 아미니브리오혼다속 등 2013년
- 아미니브리오 피루바티필루스 혼다 외 2013년
- 아미노박테륨바에나 등 1999년
- 아미노모나스바에나 등 1999년
- Aminomonas paucivorans Baena 등 1999년
- AnaerobaculumRees 등 1997년 개정. 마우네 & 태너 2012
- 칸디다투스탐멜라홍오 등 2007년
- 종 칸디다투스 탐멜라 카두셰이 홍오 외 2007년
- Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 emend. Looft et al. 2013
- Cloacibacillus evryensis 가네산 등 2008년
- Cloacibacillus porcorum Looft 등 2013년
- DethiosulfovibrioMagot 등 1997년
- 프레티박테리움 바르투키안 등 2013년
- 프레티박테리움 파스티디오숨 바르투키안 등 2013년
- JonquetellaJumas-Bilak et al. 2007
- 종 Jonquetella orphi Jumas-Bilak et al. 2007
- LactivibrioQui et al. 2014
- Lactivrio alcolus Qiu et al. 2014
- PyramidobacterDownes 등 2009년
- 피라미드박터종 피스콜렌스 다우네스 외. 2009년
- 시너지스속앨리슨 외 연구진 1993년
- 종 시너지스트 Jonesi Alison 외 1993
- ThermanaerovibrioBaena 등 1999년 개정. 팔라니아판 외 2013년
- T. 산성아미노보란스(광성 등 1997년) 1999년 배나 등 [Selenomonas acidaminovorans Gwangsheng 등 1997년](타입 sp)
- T. velox Zavarzina 등 2000년
- ThermovirgaDahle and Birkeland 2006
- Thermovirga lieni Dahle 및 Birkeland 2006 종
- 아세트미크로비움속Southchek 외 1985년
- 패밀리 시너지과 Jumas-Bilak et al. 2009년 [Clostridiales 패밀리 XV]
- Synergistales Jumas-Bilak 등을 주문합니다. 2009년
- Class Synergistia Jumas-Bilak 등 2009년
주의:
♠ 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 발견되었으나 원핵생물명칭목록(LPSN)에는 기재되지 않은 균주
레퍼런스
- ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987.
- ^ P. 후퍼, S.D. 및 N.C. Kyrpides.(2009).포커스: 시너지 효과.환경.미생물. 11, 1327–1329.
- ^ a b Jumas-Bilak, E.; Roudiere, L.; Marchandin, H. (2009). "Description of 'Synergistetes' phyl. nov. and emended description of the phylum 'Deferribacteres' and of the family Syntrophomonadaceae, phylum 'Firmicutes'". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59: 1028–1035. doi:10.1099/ijs.0.006718-0.
- ^ a b Gupta, R. S. (2011) Diderm(그램 음성) 박테리아 기원:내심증보다는 항생제 선택압력이 두 개의 막을 가진 세균세포의 진화를 이끌었을 가능성이 있다.안토니 반 리우웬훅입니다100: 171–182
- ^ a b Sutcliffe, I.C. (2010). "A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture". Trends Microbiol. 18: 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
- ^ Jumas-Bilak, E.; Carlier, J.P.; Jean-Pierre, H.; Citron, D.; Bernard, K.; Damay, A.; Gay, B.; Teyssier, C.; Campos, J.; Marchandin, H. (2007). "Jonquetella anthropi gen. nov., sp. nov., the first member of the candidate phylum 'Synergistetes' isolated from man". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57: 2743–2748. doi:10.1099/ijs.0.65213-0. PMID 18048718.
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- ^ Riviere, D., Desvignes, V., Pelletier, E., 쇼손네리, S., Guermazi, S., Weissenbach, J., Li, T., Camacho, P. 및 Sghir, A.(2009).슬러지 혐기성 소화에 관여하는 미생물의 핵심의 정의를 위해.ISME. J. 3, 700~714
- ^ a b c d Bhandari, V.; Gupta, R. S. (2012). "Molecular signatures for the phylum Synergistetes and some of its subclades". Antonie van Leeuwenhoek. 102: 517–40. doi:10.1007/s10482-012-9759-2. PMID 22711299.
- ^ "16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Retrieved 2016-03-20.
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- ^ Sayers; et al. "Synergistetes". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2016-03-20.
