세균분류학

Bacterial taxonomy
LifeDomainKingdomPhylumClassOrderFamilyGenusSpecies
생물학적 분류의 8가지 주요 분류학적 등급의 계층.중간 마이너 순위는 표시되지 않습니다.

박테리아 분류법은 박테리아 분류법이다. 즉, 등급에 따른 분류법이다.

Carl [1]Linnaeus가 확립한 과학적 분류에서, 각 종은 속(이원 명명법)에 할당되어야 하며, 이는 다시 계급의 하위 계층(과, 아목, 아목, 계급, 분류/필라, 왕국 및 도메인)이다.현재 인정되고 있는 생물 분류에는 세 가지 영역(Eukaryotes, 박테리아 및 고세균)[2]이 있으며, 분류학의 관점에서 동일한 원칙을 따르더라도 서로 다른 분야(식물학, 동물학, 균학 및 미생물학)에 의해 연구되기 때문에 이들 영역과 하위 영역 사이에 몇 가지 다른 관습이 있다.예를 들어 동물학에는 모식표본이 있는 반면 미생물학에는 모식표본이 있다.

다양성

주요 기사: 박테리아

원핵생물들은 핵막의 부족, 단세포성, 이진분열, 그리고 일반적으로 작은 크기와 같은 많은 공통적인 특징들을 공유한다.다양한 종들은 여러 가지 특징에 따라 서로 다르며, 그들의 식별과 분류를 가능하게 한다.예를 들어 다음과 같습니다.

  • 계통:모든 박테리아는 공통의 조상에서 유래하고 그 이후 다양해지며, 결과적으로 다른 수준의 진화적 관련성을 가지고 있다(세균의 필라와 진화 연표 참조).
  • 대사:세균에 따라 대사능력이 다를 수 있음(미생물대사 참조)
  • 환경: 고온/저온, 염분 등 다양한 환경에서 다양한 박테리아가 번식합니다(극단성 동물 참조).
  • 형태:세포 형태, 그램 염색(지질 이중층 수) 또는 이중층 조성 등 박테리아 간 구조 차이가 많다(세균 세포 형태학, 세균 세포 구조 참조).

역사

첫 번째 설명

박테리아는 1676년 안토니 반 리우웬훅에 의해 그가 [3]디자인한 단일 렌즈 현미경을 사용하여 처음 관찰되었다.그는 그들을 "동물들"이라고 불렀고 왕립학회에 [4][5][6]그의 관찰 결과를 편지로 발표했다.

초기에 기술된 박테리아 속에는 O. F. 뮐러(1773, 1786)에 의해 인푸소리아로 분류된 비브리오와 모나스가 포함된다.폴리앙기움, H. F. Link (1809년), Serratia, Bizio (1823년), Spirillum, Spirochaeta 그리고 박테리아 (1838년)[7][8]는 에렌버그 (1838년)에 의해 여전히 인정되었다.

1838년 [9]에렌버그에 의해 속으로서 도입된 박테리아라는 용어는 막대 모양의 [7]세포에 대한 모든 것이 되었다.

초기 공식 분류

주요 기사:모네라
Generelle Morphologie der Obiasen의 생명의 나무([10]1866)

박테리아는 처음에 정신분열균류를 구성하는 식물로 분류되었으며, 정신분열균류(청록조류/시아노박테리아)[11]와 함께 정신분열균류를 형성하였다.

1866년 해켈은 프로티스타 왕국에 있는 모네레스 문(μομαδδδδα: 단순)에 이 집단을 배치했고, 이들을 완전히 구조화되지 않은 균질 유기체로 정의했으며,[10] 혈장 조각으로만 구성되었다.그는 문(文)을 두 [10]그룹으로 세분했다.

  • 다이 나모모네렌(봉투 없음)
    • Protogenes – Protogenes primordialis와 같이 현재는 박테리아가 아닌 진핵생물로 분류됩니다.
    • Protamaeba – 현재는 박테리아가 아닌 진핵생물로 분류됩니다.
    • Vibrio – 1854년에 처음[12] 기술된 콤마 모양의 박테리아 속)
    • 박테리아 – 1828년에 처음 기술된 막대 모양의 박테리아로, 그 이름은 나중에 Monera(영어로는 "복수 "모네론"), 독일어로는 "eine Moneren"으로 불렸다.
    • 바실루스 – 1835년에 처음[13] 기술된 막대 모양의 포자를 형성하는 박테리아 속
    • 스피로체타 – 1835년에 처음[13] 기술된 얇은 나선형 박테리아
    • Spirillum – 나선형 박테리아는 1832년에[14] 처음 기술되었습니다.
    • 기타.
  • 다이 레포모네렌(봉투 포함)
    • 프로토모나스 – 현재는 박테리아가 아닌 진핵생물로 분류됩니다.이 이름은 1984년에 박테리아와[15] 관련이 없는 속칭으로 재사용되었다.
    • 뱀파이어 – 현재는 박테리아가 아닌 진핵생물로 분류됩니다.

페르디난드 콘(1872)의 분류는 19세기에 영향을 미쳐 6개 속인 마이크로코커스, 박테리아, 바실루스, 비브리오, 스피릴룸, 스피로체타 [7]등을 인정했다.

그 그룹은 나중에 채튼에 [16]의해 원핵생물로 재분류되었다.

시아노박테리아(콜로콜로컬 "푸른 녹조")의 분류는 조류와 박테리아 사이에서 싸워왔다(예를 들어, 해켈은 노스토크를 조류 원생문(Archypta of[10] Algephyta)으로 분류했다).

1905년, 어윈 F.스미스는 1913년 study,[18]에서 박테리아 종들은 속에 빠지다 해야 마땅하다고 결론 냈었었다 세균 속의 33유효한 다른 이름과 150명 이상이 잘못된 names,[17]과 음병을 받아들였다 Planococcus, 연쇄상 구균, 클렙시 엘라 속, Merista, Planomerista, 나이세리아, 팔련 구균:팔련 구균 속 Sarcina, Planosarcina, Metabacterium, 클로스트리듐균 세라, Bacterium, 그리고 S.pirillum.

Cohn은[19] 4개의 부족을 인정했습니다.스피로박테리아, 마이크로박테리아, 데스모바테리아, 스피로박테리아.Stanier와 van[20] Neil은 Myxophyta와 Chrisocycetae, 후자는 Eubactiae, Myxobactiae, 그리고 Spirochetae로 이루어진 두 개의 Phyla로 Monera 왕국을 인식했습니다.비셋은[21] 유균류, 방선균류, 스트렙토균류, 유연균류 등 1개 등급과 4개 목으로 구분했다.당시 가장 널리 받아들여진 계통으로 당시 알려진 모든 종을 포함했지만 형태학에만 기반을 둔 월터 미굴라 [22]체계에는 콕과, 바실과, 스피릴과 세 개의 기본 그룹이 포함되었지만 필라멘트 박테리아를 위한 트리코박터아과도 포함되었습니다.오르-옌센은[23] 두 개의 목: Cephalotrichinae (7개 과)와 Peritrichinae (1개 과로 추정)를 확립했다.버지(알.[24]는 일반적으로 미국 Bacteriologists 위원회(윈슬로(알.)의 4개:5그룹은 4명의 속 중간 베트가 검토되는 중에 Myxobacteriales, Thiobacteriales, Chlamydobacteriales, Eubacteriales, 수업 Schizomycetes을 1920년대 최종 보고서를 분류 제시했다.유충 박테리아와 원생동물: 스피로체타, 크리스토스피라, 사프로스피라, 트레포네마.

하지만, 다른 저자들은 종종 가시적인 특성이 없기 때문에 속들을 재분류했고, 그 결과 1915년 로버트 얼 뷰캐넌에 [25]의해 요약되었다.그때까지 그룹 전체가 다양한 저자에 의해 다른 등급과 이름을 받았다. 즉, 다음과 같다.

  • 정신분열균류(Negeli 1857)[11]
  • 박테리아과 (콘 1872 a)[26]
  • 박테리아 (콘 1872 b)[27]
  • 진균과 (DeToni and Trevisan 1889)[28]

게다가, 클래스가 세분화된 가정은 저자에서 저자로 바뀌었고 Zipf와 같은 일부 가정에서는 이름이 라틴어가 [29]아닌 독일어로 되어 있었다.

1947년 세균법전 초판은 [30][example needed]몇 가지 문제를 정리했다.

A. R. Prévot's[31][32] system)에는 다음과 같이 4개의 아종과 8개의 클래스가 있었다.

  • 유박테리아류(Asporulales 및 Sporulales 분류)
  • 미코박테리아류(악티노박테리아류, 미옥소박테리아류, 아조박테리아류)
  • 알고박테리아류(시데로박테리아류, 티오박테리아류)
  • 원생균류(Spirochetales)
린네우스속
1735년[33] 		해켈
1866년[34] 		채튼
1925년[35] 		코프랜드
1938년[36] 		휘태커
1969년[37] 		Woese et al.
1990년[38] 		캐벌리어 스미스
1998년[39] 		캐벌리어 스미스
2015년[40]
두 왕국 삼국 두 제국 사왕국 오왕국 3개의 도메인 2개의 제국, 6개의 왕국 2개의 제국, 7개의 왕국
(미처리) 프로티스타 원핵생물 모네라 모네라 박테리아 박테리아 박테리아
고세균 고세균
진핵생물 프로텍티스타 프로티스타 유카리아속 원생동물 원생동물
크로미스타 크로미스타
식물성 플랜태 플랜태 플랜태 플랜태 플랜태
곰팡이 곰팡이 곰팡이
애니멀리아 애니멀리아 애니멀리아 애니멀리아 애니멀리아 애니멀리아
주요 기사 : 킹덤 (생물학)» 개요

그램 염색에 기반한 비공식 그룹

박테리아의 주요 하위 그룹에 대한 합의가 거의 없음에도 불구하고, 그램 염색 결과는 분류 도구로 가장 일반적으로 사용되었습니다.결과적으로, 분자 계통 발생의 도래까지, 킹덤 원핵 생물은 4개의 [41]분할로 나뉘었고, 분류 체계는 여전히 공식적으로 Bergey의 Tome[42] 오더에 대한 체계적인 세균학 매뉴얼에 따라 이어졌다.

  • Gracilicutes(그램 음수)
    • 포토박테리아(광합성): 옥시포토박테리아류(전자공여체로서의 물, 시아노박테리아목=청록조류, 현재 시아노박테리아문 포함) 및 안옥시포토박테리아류(소수성 광영동식물, 목: Rhodospirillales, Clorobiales)
    • 스코토박테리아(비광합성, 현재는 프로테오박테리아 및 기타 그램 음성 비광합성 식물)
  • Firmacutes [sic](그램 양성, 이후 Firmicutes로[43] 수정)
    • 바실라목이나 방선균목(현재는 방선균문)과 같은 여러 목
  • 연체동물(그램 변수, 예를 들어 마이코플라스마)
  • 멘도쿠테스(미네븐 그램 염색, '메타노제닉 박테리아', 현재 고고학으로 알려져 있음)

분자 시대

"고대 세균"과 Woese의 재분류

주요 기사:고세균
EuryarchaeotaNanoarchaeotaThermoproteotaProtozoaAlgaePlantSlime moldsAnimalFungusGram-positive bacteriaChlamydiotaChloroflexotaActinomycetotaPlanctomycetotaSpirochaetotaFusobacteriotaCyanobacteriaThermophilesAcidobacteriotaPseudomonadota
고기와 다른 형태의 생물과의 관계를 보여주는 계통수.진핵생물은 붉은색, 고세균 녹색, 박테리아 파란색입니다.Cicarelli et al.[44]에서 개작.

Woese는 박테리아, 고세균, 그리고 진핵생물이 조상의 유기체 [45][46]군락에서 일찍부터 갈라진 별개의 혈통을 나타낸다고 주장했다.하지만, 몇몇 생물학자들은 고고학과 진핵생물이 박테리아 [47]집단에서 생겨났다고 주장한다.어쨌든, 바이러스와 고세균은 약 20억 년 전에 관계를 시작했고, 이러한 [48]그룹의 구성원들 사이에 공진화가 일어났을 수도 있다고 생각된다.박테리아와 고세균의 마지막 공통 조상이 온열동물이었을 가능성이 있으며, 이것은 낮은 온도가 고고학적 관점에서 "극단 환경"일 가능성을 제기하고, 더 서늘한 환경에서 사는 유기체들이 [49]후에야 나타났다.고세균과 박테리아는 진핵생물들과 마찬가지로 서로 관련이 없기 때문에, 원핵생물의 유일한 생존 의미는 "진핵생물이 아니다"이며,[50] 그 가치를 제한한다.

개선된 방법론고는 메탄 생성 세균에 깊은(외한 은행)고대 bacteria[51]의 유물들 따라서 칼 워즈, 분자 계통 발생학 혁명의 전구, 혈통의 3가지 주요한 선:Archaebacteria, Eubacteria고, Urkaryotes 확인되는 것으로 간주되는 것으로 알려졌다 달랐다 분명해 졌다., 흙e 후자는 현재 진핵생물의 [52]핵세포질 성분으로 표현된다.이러한 계통은 생명을 세 개의 영역, 즉 진핵생물, 고세균으로 [2]나눈 등급 도메인(라틴어로 영역)으로 공식화되었습니다.

소분할

주요 기사: 세균성 식물

1987년 Carl Woese는 16S 리보솜 RNA(SSU) 염기서열을 기반으로 Eubacteria를 11개 분할했으며,[53][54] 이 염기서열은 오늘날에도 몇 가지 추가와 함께 사용되고 있다.

반대

3도메인 시스템은 널리 [55]받아들여지고 있지만, 몇몇 작가들은 다양한 이유로 반대해왔다.

3도메인 시스템에 반대하고 있는 한 저명한 과학자는 토머스 캐빌 리어 스미스,에서 그램 음성 세균에서(Negibacteria)이 높고 일반적으로 논란이 되고 있는 몇가지 논리적 arguments,[56][57]에 근거한 파생된 그람 양성 세균(Posibacteria),에서 고세균과 Eukaryotes(그 네오 무라)줄기를 제안했다.disrega분자생물학계에 의해 설명되며(예: 에릭 바프테스테는 결론에 대해 [57]"무관적"이며,[59] 종종 가정의 주관적 특성 때문에 검토(예:)[58]에 언급되지 않는다(예:

하지만,에도 불구하고가 되어서 부의 통계적으로 지원되는 연구에 대한 뿌리의 나무의 삶 사이의 박테리아와 네오 무라에 의해 수단의 다양한 methods,[60]을 포함한 일부 있는 불투수성에 가속 evolution—which 것이라고 주장함으로써 캐빌 리어 스미스의 원천으로부터 추정 오류에 분자 methods[56]—t.여기에 있다.다른 결론을 도출한 몇 가지 연구들, 그 중 일부는 고세균이 [61][62][63]내포된 Firmicutes문에 뿌리를 두고 있다.

보존된 단백질의 시그니처 배열에 기초한 Radhey Gupta의 분자 분류법은 단통성 그램 음성분열, 단통성 그램 양성분열, 그리고 그램 [64][65][66]양성분열에서 파생된 다계통성 고세균을 포함한다.Hori와 Osawa의 분자 분석 결과 메타박테리아(=Metabacteria)와 진핵생물 [67]사이의 연관성이 밝혀졌다.고전적인 증거에 기초한 박테리아에 대한 유일한 클래디스트 분석은 굽타의 결과를 대체로 입증한다(포괄적인 메가 택소노믹스 참조).

James Lake는 2차 왕국 배열(Parkaryotae + 진핵생물 및 세포 + Karyotae)을 제시했으며 리보솜 구조와 4차 왕국(Eukaryotia, Eocytia, Halobacteria, Eubacteria)에 기초한 5차 왕국 체계(Eukaryotia, Eocyta, Eocyta, Eubacteria)를 제안했다.광합성(포토카타), 메타노박테리아(메타노박테리아), 유황호흡(에오시타)[68][69][70] 등 3가지 주요 생화학적 혁신에 따른 것이다.그는 또한 그램 음성 박테리아가 2그램 양성 박테리아 [71]사이의 공생에서 발생했다는 증거를 발견했다.

권한

다음 항목도 참조하십시오.세균 및 LPSN 국제 명명법

분류는 계통발생과 표현형에 따라 유기체를 점진적으로 더 포괄적인 그룹으로 분류하는 것이고, 명명법은 유기체의 이름을 [72]붙이는 공식 규칙을 적용하는 것이다.

명명권한

주요 기사: 세균학적 코드

에는 원핵 생물들이 없고 완전한 공식적인 분류에도 불구하고, 이름은(명명 법)원핵 생물들에 국제 코드 품목 분류 표의 박테리아는(Bacteriological 코드)의 nomencla 것과 유사한 패션에 일반적인 고려 사항, 원칙, 규칙, 그리고 다양한 노트, advises[73]가 포함된 책에 의해 규제 받고 있다.ture 다른 그룹의 코드.

분류 당국

분류군의 확산에 따라 컴퓨터 보조 분류 시스템이 개발되었습니다.널리 사용되는 초기 비네트워크 식별 소프트웨어는 Edwards 1978, Kellogg 1979, Shindler, Duben 및 Lysenco 1979, Beers and Lockhard 1962, Gyllenberg 1965, Holmes and Hill 1985, Lapage 등 1970 및 Lapage [74]: 63 등 1973에 의해 제작되었다.

주요 기사:Bergey의 계통 세균학 매뉴얼

오늘날 정확하게 기술된 분류군은 종의 식별을 돕고 최고의 [42]권위로 여겨지는 Bergey의 체계적 세균학 매뉴얼에서 재검토된다.박테리아와 고고학의 개요(TOBA)의 온라인 버전을 이용할 수 있다[1].

주요 기사: LPSN

LPSN(Standing in Nomenclature)은 현재 2,000개 이상의 승인된 이름과 참조, 어원 및 [75]다양한 노트를 포함하는 온라인 데이터베이스입니다.

신종의 설명

주요 기사:국제 계통·진화 미생물학 저널

International Journal of Systematic 세균학/International Journal of Systemative and Evolutionary Microbology(IJSB/IJSEM)는 새로운 원핵생물 분류를 발행하기 위한 공식 국제 포럼 역할을 하는 동료 검토 저널이다.종이 다른 안전 점검 저널에 게재된 경우, 작성자는 적절한 설명과 함께 IJSEM에 요청을 제출할 수 있다. 이 설명이 맞으면 새로운 종이 IJSEM의 검증 목록에 포함될 것이다.

분배

주요 기사:문화 컬렉션

미생물 배양 컬렉션은 균주를 보호하고 배포하는 것을 목적으로 하는 균주의 저장고입니다.주요 내용은 다음과 같습니다.[72]

컬렉션의 약자 이름. 위치
ATCC American Type Culture 컬렉션 버지니아 주
NCTC 국립 유형 문화 컬렉션 영국 공중 보건
BCCM 벨기에 미생물 공동 수집 벨기에 겐트
CIP 파스퇴르 소장품 프랑스 파리
DSMZ 도이치 삼룽 폰 미크로오르가니스멘과 젤커튼 브라운슈바이크(독일)
JCM 일본 미생물 수집 사이타마, 일본
NCCB 네덜란드 세균 배양품 수집 위트레흐트, 네덜란드
NCIMB 산업, 식품 및 해양 박테리아 국가 수집 애버딘 (스코틀랜드)
ICMP 국제 식물 미생물 수집 뉴질랜드 오클랜드
펙트 스페인어 유형 문화 컬렉션 발렌시아, 스페인

분석

박테리아는 처음에는 모양(비브리오, 세균, 콕커스 등), 내포자 존재 여부, 그램 얼룩, 유산소 조건 및 운동성만을 기준으로 분류되었다.이 시스템은 대사 특성이 [76]사용된 대사 표현형의 연구와 함께 변화했다.최근 분자 계통 발생의 출현과 함께 종을 식별하기 위해 여러 유전자가 사용되는데, 그 중 가장 중요한 것은 16S rRNA 유전자이며, 더 나은 분해능을 확인하기 위해 23S, ITS 영역, gyrB 등이 그 뒤를 잇는다.오늘날 고립된 균주를 종이나 속과 일치시키는 가장 빠른 방법은 16S 유전자를 범용 프라이머로 증폭하고 1.4kb 앰플리콘을 배열하여 특수한 웹 기반 식별 데이터베이스, 즉 Ribosomal Database Project[2]에 제출하는 것이다.2차 구조는 시드의 [77][78]로컬 정렬을 수행하고 확장하는 SINA(SILVA 증분 얼라이너)를 통해 시퀀스를 정렬하는 ARB SILVA(ARB SILVA)를 기반으로 합니다.[79]

몇 가지 식별 방법이 있습니다.[72]

새로운 종

새로운 종을 기술하는 최소한의 기준은 그 종이 속한 그룹에 따라 달라진다.[80]

칸디다투스

주요 기사 : 칸디다투스

칸디다투스는 세균 배양 컬렉션에서 유지할 수 없는 박테리아의 분류학적 명칭의 구성요소이다.이것은 배양할 수 없는 유기체에 대한 중간 분류학적 지위이다. 예: "Candidatus Pelagibacter ubique

종 개념

주요 기사:종문제

박테리아는 무성분열하고 대부분 지역주의('모든 것이 어디에나 있다')를 보이지 않기 때문에 동물에게 가장 잘 작용하는 종의 개념은 전적으로 판단의 문제가 된다.

박테리아와 고세균(약 13,[81]000마리)의 명명된 종의 수는 그들의 초기 진화, 유전적 다양성, 그리고 모든 생태계의 거주지를 고려할 때 놀라울 정도로 적다.그 이유는 박테리아와 매크로 유기체의 종 개념의 차이, 순수한 배양(신종 명명,[82] 비디오 수프라의 전제 조건), 종의 구분을 모호하게 하는 광범위한 수평 유전자 이동 때문이다.

가장 일반적으로 받아들여지는 정의는 표현형과 유전적 [83]차이를 모두 고려하는 다상종 정의이다.그러나, 분리 종에 대한 더 빠른 진단 특별 임계값은 DNA-DNA [84]교배율 70% 미만이며, 이는 97% 16S DNA 배열 [85]동일성 이하에 해당한다.만약 이것이 동물 분류에 적용된다면 영장목은 단일 [86]종으로 분류될 것이라고 지적되어 왔다.이러한 이유로, 전체 게놈 배열에 기초한 보다 엄격한 종의 정의가 [87]제안되었다.

병리 vs. 계통 발생

이상적으로 분류학적 분류는 분류군의 진화 역사, 즉 계통 발생을 반영해야 한다.표현형이 그룹 간에 다를 때, 특히 의학적 관점에서 일부 예외가 존재한다.문제가 있는 분류의 몇 가지 예를 다음에 제시하겠습니다.

대장균: 지나치게 크고 다계통

주요 기사:대장균

감마프로테오박테리아류의 엔테로박테리아과에서 진화적 관점에서 시겔라속(S. 이질테리아, S. 플렉스네리, S. boyi, S. sonnei)의 종은 에셰리치아콜리(다원성)종의 변종이지만, 의학적 상황의 유전적 차이로 인해 발생한다.s.[88] 헷갈리게도, STEC로 알려진 시가 독소를 생성하는 대장균 변종도 있다.

대장균은 어떤 변종들은 게놈의 20%만 공유하기 때문에 심하게 분류된 종이다.그것은 매우 다양하기 때문에 분류학적으로 더 높은 순위를 [89]매겨야 한다.그러나 종과 관련된 의학적 조건 때문에 의학적 맥락에서의 혼란을 피하기 위해 변경되지 않을 것이다.

세레우스균군 : 근접성 다계통

주요 기사 : 세레우스균

마찬가지로 B. cereus군(B. anthracis, B. cereus, B. thuringiensis, B. mycoides, B. pseudomycoides, B. weihenstepanensis 및 B. medusa)에 속하는 바실러스종(=문 Firmicutes)도 99~100%의 배열이 유사하다.rax 등)는 분리된 [90]상태로 유지됩니다.

예르시니아 페스티스: 극히 최근의 종

주요 기사:예르시니아페스티스

예르시니아 페스티스는 사실상 예르시니아 가성결핵의 한 변종이지만, 15,000년에서 [91]20,000년 전에 발병한 완전히 다른 병리(각각 흑색 페스트와 결핵 유사 증상)를 가진 병원성 섬이다.

슈도모나스속 네스트속

주요 기사 : Azotobacter

감마프로테오박터목의 경우, 아조토박터속과 아조모나스 매크로시토게네스는 실제로는 페도모나스속에 속하지만 질소 고정성이나 [76][92][93]페도모나스속의 큰 크기 때문에 오분류되었다.이것은 가까운 장래에 수정될 것이다.

바실러스속 내포속

주요 기사 : 세균

중첩된 속들을 가진 큰 속들의 또 다른 예는 배니바실루스속과 브레비바실루스속들이 중첩된 [94]분지인 배실러스속이다.현재 바실러스균의 분류학적 오류를 완전히 그리고 효과적으로 교정할 수 있는 게놈 데이터가 부족하다.

아그로박테륨: 이름 변경에 대한 저항

주요 기사:아그로박테륨속

분자 데이터를 바탕으로 아그로박테리움속은 Rhizobium에 내포되어 있으며, 아그로박테리움종은 Rhizobium속으로 이전된 것으로 나타났다(결과는 다음과 같다).Rhizobium radiobacter(옛 A. tumefaciens), R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola 및 R. vitis)[95] Agrobacterium 종의 식물 병원성 성질을 감안할 때, Agrobacterium을[96] 유지하는 것이 제안되었고, 후자는 반론이[97] 제기되었다.

명명법

주요 기사:이항 명명법
참고 항목: 라틴어 문법 및 고대 그리스어 문법

분류명은 이탤릭체(또는 손으로 쓴 경우에는 밑줄)로 표기되며, 종과 아종에 대한 경칭은 예외로 한다.동물학에서 흔히 볼 수 있지만, 호칭(예를 들어 들소)은 허용되지 않으며, 동물학, 식물학 또는 균학에서 사용되는 분류군의 이름은 박테리아에 재사용될 수 없다(식물학과 동물학은 이름을 공유한다).

명명법은 분류의 명칭을 규정하는 규칙과 규약이다.여러 왕국/도메인 간의 명명법의 차이를 검토한다.[98]

박테리아에 대해 유효한 이름은 라틴어 또는 네오라틴 이름을 가져야 하며 기본 라틴 문자(w 및 j 포함, 라틴 알파벳의 역사 참조)만 사용할 수 있습니다. 따라서 하이픈, 억양 및 기타 문자는 허용되지 않으며 올바르게 번역되어야 합니다(예: ß =ss).[99]고대 그리스어는 그리스 알파벳으로 쓰여져 있어 라틴 알파벳으로 번역될 필요가 있다.

복합어가 만들어질 때, 연결모음이 추가되지 않는 모음으로 시작하지 않는 한, 뒤에 오는 단어에 관계없이 앞 단어의 어원에 따라 연결모음이 필요하다.첫 번째 복합어가 라틴어일 경우 연결모음은 -i-, 첫 번째 복합어가 그리스어일 경우 연결모음은 -o-이다.[100]

이름의 어원에 대해서는 LPSN에 문의해 주십시오.

고분류 규칙

다른 명명법 코드와 비교하려면 분류법 순위 term 이름 끝 부분을 참조하십시오.

원핵생물(박테리아와 고고학)은 계급 왕국을 사용하지[101] 않는다(일부 저자는 필라를 왕국이라고[72] 부른다).

새로운 종 또는 수정된 종(種)이 새로운 등급으로 분류될 경우, 세균법 규칙 9에 따라 해당 이름은 [73]표준속 이름의 줄기에 적절한 접미사를 추가하여 형성된다.서브 클래스, 반에서 추천 from[102]일반적으로 중립적 복수로 결과 그러나 몇 이름과 대신 계정 graeco-latin 문법에(예를 들어, 여성인 복수를 열포 균류, 산수 균류와 그람, 수컷인 복수를 Chloroflexi, 바 킬 루스강과 Deinococci과 그리스인 복수를 Spirochaetes, G는 이 따르지 않는다엠마.Timonadetes 및 Chrysiogenetes).[103]

순위 서픽스 예
속 엘루시미크로비움
서브스크립트(폐기) -inae (Elusimicrobiinae)
부족(미사용) -이 (박쥐류)
서브패밀리 -oideae (박쥐류)
가족 -aceae 엘루시미크로비과
서브오더 -이네이 (박쥐류)
주문 - 에일 엘루시미크로비알류
서브클래스 -idae (Elusimicrobidae)
학급 -ia 엘루심크로비아
문 -오타 엘루심미크바이오타

필라 엔딩

참고 항목: 세균성 식물

2021년까지, Phyla는 세균학적 코드에 포함되지 않았기 때문에 [103]비공식적으로 이름이 붙여졌다.그 결과 Phyla라는 이름을 붙이는 다양한 방법이 생겼습니다.Firmicutes와 같은 몇몇 식물들은 문 전체에서 공유되는 특징에 따라 이름이 붙여졌다.Chlamydiae와 같은 다른 식물들은 줄기(Chlamydia 등)로 분류명 또는 속명을 사용하여 명명되었다.2021년, 그 결정은 세균학 법규에 따라 이름을 포함시키기로 결정되었다.그 결과, 많은 문명이 새로운 명명 규칙에 [104]따라 갱신되었다.Cavalier-Smith가[56] 제안한 더 높은 분류군은 일반적으로 분자 계통학 공동체(예:[58] vide supra)에 의해 무시된다.

새로운 규칙에 따르면 문명은 표준속(type typassion)에서 유래했다.

사람 이름 뒤에 붙이는 이름

주요 기사:인명을 딴 세균속 목록과 신화 속 이름을 딴 세균속 목록

여러 종의 이름이 사람들의 이름을 따서 지어지는데, 예를 들어 살모넬라균은 그것을 발견한 D.E. 연어의 이름을 따왔다.[105][106]

일반 별칭의 경우, 사람으로부터 파생된 모든 이름은 이름에 따라 [100]어미를 -a 또는 작은 -ella로 변경하여 여성 주격자에 포함되어야 합니다.

특정 별칭의 경우, 이름은 형용사 형식(속명의 성별에 따라 -nus(m), -na(f.), -num(n.)을 추가) 또는 라틴어 이름의 [100]속칭으로 변환할 수 있다.

장소 뒤의 이름

주요 기사:지명을 딴 세균속 목록과 기관 이름을 딴 세균속 목록

많은 종들(특정 별명)은 그들이 존재하거나 발견된 장소의 이름을 따서 명명된다(예:티오스피릴룸제넨스).그들의 이름은 그 장소에 고전적인 라틴 형용사가 존재하지 않는 한, 그 지역의 이름을 종명 -ensis(m. 또는 f.) 또는 ense(n.)와 결합하여 형용사를 형성함으로써 만들어졌다.단, 속격에서는 [100]지명을 명사로 사용해서는 안 됩니다.

지역명

다음 항목도 참조하십시오.통칭

일부 헤테로/호모제너스 군락이나 세균의 바이오필름이 영어로 된 이름(예: 치석 또는 스타젤리)을 가지고 있음에도 불구하고, 영어로 된 현지어/사소한/일반적인 이름을 가진 세균 종은 없다.

단수형식의 명칭의 경우, 복수의 그룹이 같은 라벨의 복수의 멤버가 아닌 것을 의미하기 때문에(싱글레어 탄툼), 복수의 이름은 만들 수 없다(유추에 의해 의자와 테이블은 가구의 종류이며, 복수의 멤버를 설명하기 위해 복수형식의 「가구」를 사용할 수 없다).반대로 복수형식은 복수형식의 명칭이다.나는 탄텀이다.그러나, 이에 대한 부분적인 예외는 지역 지명의 사용에 있다.다만, 산문의 흐름을 방해하는 분류명의 반복을 피하기 위해, 속 이상의 분류군 구성원의 고유명사가 자주 사용되고 권장된다.이러한 분류명은 문장의 케이스 로만(MS Office의 표준명사) 타입으로 분류군의 이름을 표기함으로써 형성되며, 따라서 고유명사는 영어의 공통명사(예: 살모넬)로 취급한다.그러나 my case의 복수형은 -(e)s(살모넬라)를 추가하거나 고대 그리스어 또는 라틴어의 복수형식(비규칙복수형)을 사용하여 복수형이 될 수 있다.my case의 복수형은 -bacteres이기 때문에 문제가 있다.mask. n. mukes)는 균류이다.[107]

-monas로 끝나는 것은 -monad(-monad, aeromonad 2개, -monad가 아닌 -monad)로 변환되는 등 특정 명칭에 대한 관습이 존재한다.

질병의 원인인 박테리아는 종종 병명 뒤에 기술명사(박테리아, 세균, 콕커스, 에이전트 또는 그 문명)가 붙는다. 예를 들어 콜레라균(Vibrio colerae) 또는 라임병 스피로헤테(Borrelia burgdorferi)도 리케치알(Ricketsia)를[108] 참조한다.

트레포네마는 트레포네마로 변환되며, 복수형은 트레포네마타가 아닌 트레포네마이다.

몇몇 특이한 박테리아들은 퀸의 타원형(Quinella ovalis)과 월스비 광장(Haloquadratum walsbyi)과 같은 특별한 이름을 가지고 있다.

분자 계통 발생학의 출현 이전에, 많은 상위 분류학 그룹들은 사소한 이름만을 가지고 있었고, 오늘날에도 여전히 사용되고 있으며, 그 중 일부는 Rhizobacteria와 같은 다계통이다.상위 분류학적 자질구레한 이름은 다음과 같습니다.

용어.

  • 종의 약어는 sp.(복수)이며, 해당 속 종을 나타내는 일반적인 별칭 뒤에 사용됩니다.생물이 아직 종으로 기술되지 않았거나 식별하기 위한 충분한 테스트가 수행되지 않았기 때문에 그 종이 알려지지 않은 종의 변종을 나타내는 데 종종 사용된다.예를 들어 할로모나스 sp. GFAJ-1
  • 만약 박테리아가 알려져 있고 잘 연구되었지만 배양할 수 없다면, 그 이름에는 칸디다투스라는 용어가 붙는다.
  • 이중어는 새로운 조합의 원래 이름, 즉 분류군에 재분류되기 전에 붙여진 첫 번째 이름입니다.
  • 동의어는 분류군의 대체 이름입니다. 즉, 분류군이 두 번 잘못 기술되었습니다.
  • 분류군이 이전되면 새로운 조합(comb. 11월) 또는 새로운 이름(nom. 11월)이 된다.
  • 의역적으로, 단생적으로, 다생적으로

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Linnaeus, Carl (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita per classes, ordines, genera & species.
  2. ^ a b Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
  3. ^ Porter JR (1976). "Antony van Leeuwenhoek: tercentenary of his discovery of bacteria". Bacteriological Reviews. 40 (2): 260–9. doi:10.1128/mmbr.40.2.260-269.1976. PMC 413956. PMID 786250.
  4. ^ van Leeuwenhoek A (1684). "An abstract of a letter from Mr. Anthony Leevvenhoek at Delft, dated Sep. 17, 1683, Containing Some Microscopical Observations, about Animals in the Scurf of the Teeth, the Substance Call'd Worms in the Nose, the Cuticula Consisting of Scales". Philosophical Transactions. 14 (155–166): 568–574. Bibcode:1684RSPT...14..568L. doi:10.1098/rstl.1684.0030.
  5. ^ van Leeuwenhoek A (1700). "Part of a Letter from Mr Antony van Leeuwenhoek, concerning the Worms in Sheeps Livers, Gnats, and Animalcula in the Excrements of Frogs". Philosophical Transactions. 22 (260–276): 509–518. Bibcode:1700RSPT...22..509V. doi:10.1098/rstl.1700.0013.
  6. ^ van Leeuwenhoek A (1702). "Part of a Letter from Mr Antony van Leeuwenhoek, F. R. S. concerning Green Weeds Growing in Water, and Some Animalcula Found about Them". Philosophical Transactions. 23 (277–288): 1304–11. Bibcode:1702RSPT...23.1304V. doi:10.1098/rstl.1702.0042. S2CID 186209549.
  7. ^ a b c Murray, R.G.E., Holt, J.G. (2005)Bergey's Manual의 역사.입력: Garrity, G.M., Boone, D.R. & Castenholz, R.W.(에드, 2001)Bergey's Manual of Systematic 세균학, 제2판, 제1권, 뉴욕 스프링거-벨락, 페이지 1-14. 링크[페이지 2 참조]
  8. ^ Pot, B., Gillis, M. 및 De Ley, J. Aquaspirillum속.입력: Balows, A., Trüper, H.G., D.W., Harder, W., Schleifer, K.-H. (Eds)원핵생물, 제2판, 제3권. 스프링거-벨락.뉴욕 1991년
  9. ^ "Etymology of the word "bacteria"". Online Etymology dictionary. Archived from the original on 18 November 2006. Retrieved 23 November 2006.
  10. ^ a b c d Haeckel, Ernst (1867). Generelle Morphologie der Organismen (in German). Berlin: Reimer. ISBN 978-1-144-00186-3 – via Internet Archive.
  11. ^ a b Von Nägeli, C. (1857). Caspary, R. (ed.). "Bericht über die Verhandlungen der 33. Versammlung deutscher Naturforscher und Aerzte, gehalten in Bonn von 18 bis 24 September 1857" [Report on the negotiations on the 33rd Meeting of German Natural Scientists and Physicians, held in Bonn, 18 to 24 September 1857]. Botanische Zeitung (in German). 15: 749–776 – via Internet Archive.
  12. ^ 파치니, F:Oservazione 현미경 e deduzioni patologiche sul collea 아시아티코.가제트 메디컬 데 이탈리아나 토스카노 피렌체, 1854, 6, 405-412.
  13. ^ a b 에렌베르크, C. G. (1835년)"Dritter Beitrag zur Erkanntniss grosser Organization in der Richtung des kleinsten Raumes" (드리트르 베이트라그 주르 에르켄트니스의 클라이스턴 라우Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin aus den Jahren 1833-1835, 페이지 143-336.
  14. ^ 에렌베르크, C. G. (1830년)"Beitrége zur Kenntis der Organization der Infusorien and Ihrerischen Verbreitung besonders in Sibirien."Abhandlungen der Koniglicen Akademie der Wissenschaften zu Berlin 1832, 페이지 1~88.
  15. ^ LPSN에서의 Protomonas 엔트리
  16. ^ Chatton, É. (1925). "Pansporella perplexa: Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires". Annales des Sciences Naturelles. 10 (VII): 1–84.
  17. ^ 스미스, 어윈 F.(1905)식물병과 관련된 세균의 명명 및 분류, 제1권
  18. ^ Vuillemin(1913)."Genera Shuchomycetum"Annales Mycologicali, 제11권, 페이지 512-527.
  19. ^ 콘, 퍼디난드(1875)."언터수춘겐 우버 바크테리엔, II"Beitrage zur Biologicalie der Pfanzen, 1권: 페이지 141–207
  20. ^ Stanier와 van Neil(1941)."세균 분류의 주요 윤곽"세균학 저널, 제42권, 437–466페이지
  21. ^ 비셋(1962년).세균, 제2판;런던: 리빙스턴.
  22. ^ 미굴라, 월터(1897).바크테리앙 시스템.예나(독일):구스타프 피셔.
  23. ^ Orla-Jensen(1909)."Die Hauptlinien des Naturalischen Bakteriens systems nebst einer Ubersicht der Garungspenomene."젠트르, 바크트 파라시텐크, Vol.II, No. 22, 페이지 305–346
  24. ^ Bergey의 결정적 세균학 매뉴얼(1925).볼티모어: Williams & Wilkins Co. (많은 후속 에디션 포함)
  25. ^ Buchanan, R. E. (1916). "Studies in the Nomenclature and Classification of Bacteria: The Problem of Bacterial Nomenclature". Journal of Bacteriology. 1 (6): 591–596. doi:10.1128/jb.1.6.591-596.1916. PMC 378679. PMID 16558720 – via National Center for Biotechnology Information.
  26. ^ 콘, 퍼디난드(1872 a).'포켄올림픽의 오르간'비르초, Archiv, 제55권, 237페이지
  27. ^ 콘, 페르디난드(1872 b) "언터수춘겐 일베르 바크테리엔"Beitrage zur Biologicalie der Pfranzen 제1권, 제1호, 페이지 136.
  28. ^ 데토니, J.B.;트레비산, V. (1889년)시즈오마이세테과.사카르도 (에드), 오슬로게 펑고럼, 제8권, 923쪽
  29. ^ Buchanan, R. E. (March 1917). "Studies in the Nomenclature and Classification of the Bacteria: II. The Primary Subdivisions of the Schizomycetes". Journal of Bacteriology. 2 (2): 155–64. doi:10.1128/JB.2.2.155-164.1917. PMC 378699. PMID 16558735.
  30. ^ "International Bacteriological Code of Nomenclature". Journal of Bacteriology. 55 (3): 287–306. March 1948. doi:10.1128/JB.55.3.287-306.1948. PMC 518444. PMID 16561459.
  31. ^ 프레보, A. R. (1958)Manuel de classification et dectermination des bactéries 혐기성.파리: 마송.
  32. ^ 프레보, A. R. (1963년)프레시스 드 보타니크의 박테리에스.파리: 마송.
  33. ^ Linnaeus, C. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita per classes, ordines, genera & species.
  34. ^ Haeckel, E. (1866). Generelle Morphologie der Organismen. Reimer, Berlin.
  35. ^ Chatton, É. (1925). "Pansporella perplexa. Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires". Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale. 10-VII: 1–84.
  36. ^ Copeland, H. (1938). "The kingdoms of organisms". Quarterly Review of Biology. 13 (4): 383–420. doi:10.1086/394568. S2CID 84634277.
  37. ^ Whittaker, R. H. (January 1969). "New concepts of kingdoms of organisms". Science. 163 (3863): 150–60. Bibcode:1969Sci...163..150W. doi:10.1126/science.163.3863.150. PMID 5762760.
  38. ^ Woese, C.; Kandler, O.; Wheelis, M. (1990). "Towards a natural system of organisms:proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
  39. ^ Cavalier-Smith, T. (1998). "A revised six-kingdom system of life". Biological Reviews. 73 (3): 203–66. doi:10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012. S2CID 6557779.
  40. ^ Ruggiero, Michael A.; Gordon, Dennis P.; Orrell, Thomas M.; Bailly, Nicolas; Bourgoin, Thierry; Brusca, Richard C.; Cavalier-Smith, Thomas; Guiry, Michael D.; Kirk, Paul M.; Thuesen, Erik V. (2015). "A higher level classification of all living organisms". PLOS ONE. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. doi:10.1371/journal.pone.0119248. PMC 4418965. PMID 25923521.
  41. ^ GIBBONS N.E.; MURRAY R.G.E. (1978). "Proposals concerning the higher taxa of bacteria". International Journal of Systematic Bacteriology. 28: 1–6. doi:10.1099/00207713-28-1-1.
  42. ^ a b 조지 M. 개리티:버지의 체계적인 세균학 매뉴얼 2.오플라주스프링거, 뉴욕, 2005, 2권: 프로테오박테리아, B부: 감마프로테오박테리아
  43. ^ 더 높은 분류군, 아니면 모든 것을 위한 장소...?인: N.R. KRIEG와 J.G. HOLT (ed.) Bergey's Manual of Systemative 세균학, vol.1, The Williams & Wilkins Co., 1984, 31-34 페이지
  44. ^ Ciccarelli FD, Doerks T, von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P (2006). "Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life". Science. 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982. S2CID 1615592.
  45. ^ Woese CR, Gupta R (1981). "Are archaebacteria merely derived 'prokaryotes'?". Nature. 289 (5793): 95–6. Bibcode:1981Natur.289...95W. doi:10.1038/289095a0. PMID 6161309. S2CID 4343245.
  46. ^ Woese C (1998). "The universal ancestor". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (12): 6854–9. Bibcode:1998PNAS...95.6854W. doi:10.1073/pnas.95.12.6854. PMC 22660. PMID 9618502.
  47. ^ Gupta RS (2000). "The natural evolutionary relationships among prokaryotes". Crit. Rev. Microbiol. 26 (2): 111–31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356. doi:10.1080/10408410091154219. PMID 10890353. S2CID 30541897.
  48. ^ C. 마이클 호건, 2010년바이러스. 지구 백과사전.편집자: Cutler Cleveland와 Sidney Draggan
  49. ^ Gribaldo S, Brochier-Armanet C (2006). "The origin and evolution of Archaea: a state of the art". Philosophical Transactions of the Royal Society B. 361 (1470): 1007–22. doi:10.1098/rstb.2006.1841. PMC 1578729. PMID 16754611.
  50. ^ Woese CR (1 March 1994). "There must be a prokaryote somewhere: microbiology's search for itself". Microbiol. Rev. 58 (1): 1–9. doi:10.1128/MMBR.58.1.1-9.1994. PMC 372949. PMID 8177167.
  51. ^ Balch, W.; Magrum, L.; Fox, G.; Wolfe, R.; Woese, C. (1977). "An ancient divergence among the bacteria". Journal of Molecular Evolution. 9 (4): 305–311. Bibcode:1977JMolE...9..305B. doi:10.1007/BF01796092. PMID 408502. S2CID 27788891.
  52. ^ Francolini, C.; Egeth, H. (1979). "Perceptual selectivity is task dependent: The pop-out effect poops out". Perception & Psychophysics. 25 (2): 99–110. doi:10.3758/bf03198793. PMID 432104.
  53. ^ Holland L. (22 May 1990). "Woese, Carl in the forefront of bacterial evolution revolution". Scientist. 4 (10).
  54. ^ Woese, C. R. (1987). "Bacterial evolution". Microbiological Reviews. 51 (2): 221–271. doi:10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID 2439888.
  55. ^ Ward, B. B. (2002). "How many species of prokaryotes are there?". Proceedings of the National Academy of Sciences. 99 (16): 10234–10236. Bibcode:2002PNAS...9910234W. doi:10.1073/pnas.162359199. PMC 124894. PMID 12149517.
  56. ^ a b c Cavalier-Smith, T (2002). "The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
  57. ^ a b Cavalier-Smith, T. (2006). "Rooting the tree of life by transition analyses". Biology Direct. 1: 19. doi:10.1186/1745-6150-1-19. PMC 1586193. PMID 16834776.
  58. ^ a b Pace, N. R. (2009). "Mapping the Tree of Life: Progress and Prospects". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 73 (4): 565–576. doi:10.1128/MMBR.00033-09. PMC 2786576. PMID 19946133.
  59. ^ Fournier, G. P.; Gogarten, J. P. (2010). "Rooting the Ribosomal Tree of Life". Molecular Biology and Evolution. 27 (8): 1792–1801. doi:10.1093/molbev/msq057. PMID 20194428.
  60. ^ Fournier, G. P.; Gogarten, J. P. (2010). "Rooting the Ribosomal Tree of Life". Molecular Biology and Evolution. 27 (8): 1792–1801. doi:10.1093/molbev/msq057. PMID 20194428.
  61. ^ Lake, J.; Servin, J.; Herbold, C.; Skophammer, R. (2008). "Evidence for a New Root of the Tree of Life". Systematic Biology. 57 (6): 835–843. doi:10.1080/10635150802555933. PMID 19085327.
  62. ^ Skophammer, R. G.; Servin, J. A.; Herbold, C. W.; Lake, J. A. (2007). "Evidence for a Gram-positive, Eubacterial Root of the Tree of Life". Molecular Biology and Evolution. 24 (8): 1761–1768. doi:10.1093/molbev/msm096. PMID 17513883.
  63. ^ Valas, R. E.; Bourne, P. E. (2011). "The origin of a derived superkingdom: How a gram-positive bacterium crossed the desert to become an archaeon". Biology Direct. 6: 16. doi:10.1186/1745-6150-6-16. PMC 3056875. PMID 21356104.
  64. ^ Gupta, R. S. (1998). "Protein phylogenies and signature sequences: A reappraisal of evolutionary relationships among archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 62 (4): 1435–1491. doi:10.1128/MMBR.62.4.1435-1491.1998. PMC 98952. PMID 9841678.
  65. ^ Gupta, R. S. (1998). "Life's third domain (Archaea): An established fact or an endangered paradigm?". Theoretical Population Biology. 54 (2): 91–104. doi:10.1006/tpbi.1998.1376. PMID 9733652.
  66. ^ Gupta, R. S. (2000). "The Natural Evolutionary Relationships among Prokaryotes". Critical Reviews in Microbiology. 26 (2): 111–131. CiteSeerX 10.1.1.496.1356. doi:10.1080/10408410091154219. PMID 10890353. S2CID 30541897.
  67. ^ Hori, H.; Osawa, S. (1987). "Origin and evolution of organisms as deduced from 5S ribosomal RNA sequences". Molecular Biology and Evolution. 4 (5): 445–472. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040455. PMID 2452957.
  68. ^ Lake, J. A. (1986). "An alternative to archaebacterial dogma". Nature. 319 (6055): 626. Bibcode:1986Natur.319..626L. doi:10.1038/319626b0. S2CID 4273843.
  69. ^ Lake, JA; Henderson, E; Oakes, M; Clark, MW (1984). "Eocytes: A new ribosome structure indicates a kingdom with a close relationship to eukaryotes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 81 (12): 3786–3790. Bibcode:1984PNAS...81.3786L. doi:10.1073/pnas.81.12.3786. PMC 345305. PMID 6587394.
  70. ^ Lake, J. A.; Henderson, E.; Clark, M. W.; Scheinman, A.; Oakes, M. I. (1986). "Mapping evolution with three dimensional ribosome structure". Systematic and Applied Microbiology. 7: 131–136. doi:10.1016/S0723-2020(86)80135-7.
  71. ^ Lake, J. (2009). "Evidence for an early prokaryotic endosymbiosis". Nature. 460 (7258): 967–971. Bibcode:2009Natur.460..967L. doi:10.1038/nature08183. PMID 19693078. S2CID 4413304.
  72. ^ a b c d Madigan, Michael (2009). Brock Biology of Microorganisms. San Francisco: Pearson/Benjamin Cummings. ISBN 978-0-13-232460-1.
  73. ^ a b Lapage, S.; Sneath, P.; Lessel, E.; Skerman, V.; Seeliger, H.; Clark, W. (1992). International Code of Nomenclature of Bacteria: Bacteriological Code, 1990 Revision. Washington, D.C.: ASM Press. PMID 21089234.
  74. ^ Dworkin, Martin; Falkow, Stanley; Rosenberg, Eugene; Schleifer, Karl-Heinz; Stackebrandt, Erko, eds. (2006). The Prokaryotes: A Handbook on the Biology of Bacteria: Symbiotic Associations, Biotechnology, Applied Microbiology. Vol. 1 (3 ed.). New York City: Springer. pp. li+959. ISBN 978-0-387-25476-0. OCLC 262687428.
  75. ^ LPSN에서의 도입 엔트리
  76. ^ a b Palleroni, N. J. (2010). "The Pseudomonas Story". Environmental Microbiology. 12 (6): 1377–1383. doi:10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x. PMID 20553550.
  77. ^ Olsen, G.; Larsen, N.; Woese, C. (1991). "The ribosomal RNA database project". Nucleic Acids Research. 19 Suppl: 2017–2021. doi:10.1093/nar/19.suppl.2017. PMC 331344. PMID 2041798.
  78. ^ Cole, J. R.; Wang, Q.; Cardenas, E.; Fish, J.; Chai, B.; Farris, R. J.; Kulam-Syed-Mohideen, A. S.; McGarrell, D. M.; Marsh, T.; Garrity, G. M.; Tiedje, J. M. (2009). "The Ribosomal Database Project: Improved alignments and new tools for rRNA analysis". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D141–D145. doi:10.1093/nar/gkn879. PMC 2686447. PMID 19004872.
  79. ^ Pruesse, E.; Quast, C.; Knittel, K.; Fuchs, B. M.; Ludwig, W.; Peplies, J.; Glockner, F. O. (2007). "SILVA: A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB". Nucleic Acids Research. 35 (21): 7188–7196. doi:10.1093/nar/gkm864. PMC 2175337. PMID 17947321.
  80. ^ LPSN에서의 최소 표준 엔트리
  81. ^ "Number of published names".
  82. ^ Staley, J. T. (2006). "The bacterial species dilemma and the genomic-phylogenetic species concept". Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 361 (1475): 1899–1909. doi:10.1098/rstb.2006.1914. PMC 1857736. PMID 17062409.
  83. ^ Gevers, D.; Cohan, F. M.; Lawrence, J. G.; Spratt, B. G.; Coenye, T.; Feil, E. J.; Stackebrandt, E.; Van De Peer, Y. V.; Vandamme, P.; Thompson, F. L.; Swings, J. (2005). "Opinion: Re-evaluating prokaryotic species". Nature Reviews Microbiology. 3 (9): 733–739. doi:10.1038/nrmicro1236. PMID 16138101. S2CID 41706247.
  84. ^ Wayne, L. (1988). "International Committee on Systematic Bacteriology: Announcement of the report of the ad hoc Committee on Reconciliation of Approaches to Bacterial Systematics". Zentralblatt für Bakteriologie, Mikrobiologie und Hygiene. Series A: Medical Microbiology, Infectious Diseases, Virology, Parasitology. 268 (4): 433–434. doi:10.1016/s0176-6724(88)80120-2. PMID 3213314.
  85. ^ Stackebrandt, E; Goebel, B.M. (1994). "Taxonomic note: a place for DNA–DNA reassociation and 16S rDNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology". Int. J. Syst. Bacteriol. 44 (4): 846–849. doi:10.1099/00207713-44-4-846.
  86. ^ Staley, J. (1997). "Biodiversity: Are microbial species threatened?". Current Opinion in Biotechnology. 8 (3): 340–345. doi:10.1016/s0958-1669(97)80014-6. PMID 9206017.
  87. ^ Wright, E.; Baum, D. (2018). "Exclusivity offers a sound yet practical species criterion for bacteria despite abundant gene flow". BMC Genomics. 19 (724): 724. doi:10.1186/s12864-018-5099-6. PMC 6171291. PMID 30285620.
  88. ^ Lan, R; Reeves, PR (2002). "Escherichia coli in disguise: molecular origins of Shigella". Microbes and Infection / Institut Pasteur. 4 (11): 1125–32. doi:10.1016/S1286-4579(02)01637-4. PMID 12361912.
  89. ^ Meier-Kolthoff JP, Hahnke RL, Petersen J, Scheuner C, Michael V, Fiebig A, et al. (2013). "Complete genome sequence of DSM 30083(T), the type strain (U5/41(T)) of Escherichia coli, and a proposal for delineating subspecies in microbial taxonomy". Standards in Genomic Sciences. 9: 2. doi:10.1186/1944-3277-9-2. PMC 4334874. PMID 25780495.
  90. ^ Bavykin, S. G.; Lysov, Y. P.; Zakhariev, V.; Kelly, J. J.; Jackman, J.; Stahl, D. A.; Cherni, A. (2004). "Use of 16S rRNA, 23S rRNA, and gyrB Gene Sequence Analysis to Determine Phylogenetic Relationships of Bacillus cereus Group Microorganisms". Journal of Clinical Microbiology. 42 (8): 3711–30. doi:10.1128/JCM.42.8.3711-3730.2004. PMC 497648. PMID 15297521.
  91. ^ Achtman, M.; Zurth, K.; Morelli, G.; Torrea, G.; Guiyoule, A.; Carniel, E. (1999). "Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (24): 14043–14048. Bibcode:1999PNAS...9614043A. doi:10.1073/pnas.96.24.14043. PMC 24187. PMID 10570195.
  92. ^ Young, J. M.; Park, D. -C. (2007). "Probable synonymy of the nitrogen-fixing genus Azotobacter and the genus Pseudomonas". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (12): 2894–2901. doi:10.1099/ijs.0.64969-0. PMID 18048745.
  93. ^ Rediers, H; Vanderleyden, J; De Mot, R (2004). "Azotobacter vinelandii: a Pseudomonas in disguise?". Microbiology. 150 (Pt 5): 1117–9. doi:10.1099/mic.0.27096-0. PMID 15133068.
  94. ^ Xu, D; Côté, JC (2003). "Phylogenetic relationships between Bacillus species and related genera inferred from comparison of 3' end 16S rDNA and 5' end 16S-23S ITS nucleotide sequences". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (Pt 3): 695–704. doi:10.1099/ijs.0.02346-0. PMID 12807189.
  95. ^ Young, J.; Kuykendall, L.; Martínez-Romero, E.; Kerr, A.; Sawada, H. (2001). "A revision of Rhizobium Frank 1889, with an emended description of the genus, and the inclusion of all species of Agrobacterium Conn 1942 and Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 as new combinations: Rhizobium radiobacter, R. Rhizogenes, R. Rubi, R. Undicola and R. Vitis". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 51 (Pt 1): 89–103. doi:10.1099/00207713-51-1-89. PMID 11211278.
  96. ^ Farrand, S.; Van Berkum, P.; Oger, P. (2003). "Agrobacterium is a definable genus of the family Rhizobiaceae". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (Pt 5): 1681–1687. doi:10.1099/ijs.0.02445-0. PMID 13130068.
  97. ^ Young, J.; Kuykendall, L.; Martínez-Romero, E.; Kerr, A.; Sawada, H. (2003). "Classification and nomenclature of Agrobacterium and Rhizobium". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (Pt 5): 1689–1695. doi:10.1099/ijs.0.02762-0. PMID 13130069.
  98. ^ C. 제프리 1989년생물학명, 제3판에드워드 아놀드, 런던 86쪽
  99. ^ app. 9 of BC https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8808/
  100. ^ a b c d "Help! Latin! How to avoid the most common mistakes while giving Latin names to newly discovered prokaryotes". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Archived from the original on 7 October 2011. Retrieved 14 April 2011.
  101. ^ LPSN에서의 Phyla 엔트리 분류
  102. ^ STACKEBRANDT, E.; RAINEY; WARD-RAINEY, N.L. (1997). "Proposal for a new hierarchic classification system, Actinobacteria classis nov". Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (2): 479–491. doi:10.1099/00207713-47-2-479.
  103. ^ a b LPSN에서의 분류 엔트리
  104. ^ Oren A, Garrity GM. (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987.
  105. ^ 슈로터(J.)입력: F. COHN(편집), Kryptogamenflora von Schulesien.밴드 3, 헤프트 3, 필즈, J.U. 컨스 벨라그, 브레슬라우, 1885-1889 페이지 1-814.
  106. ^ LPSN 내 살모넬라균 엔트리
  107. ^ R. E. BUCHANAN, 택사노미, Annu마이크로바이올 목사님1955.9:1-20.http://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev.mi.09.100155.000245
  108. ^ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/