RNA 스플라이싱

RNA splicing

RNA 스플라이싱은 분자생물학에서 새로 만들어진 전구 메신저 RNA(mRNA) 전사체가 성숙한 메신저 RNA(mRNA)로 바뀌는 과정이다.모든 인트론(RNA의 비코딩 영역)을 제거하고 엑손(코딩 영역)으로 다시 스플라이싱하여 작동합니다.핵으로 인코딩된 유전자의 경우, 스플라이싱은 전사 중 또는 직후에 핵에서 발생합니다.인트론을 포함하는 진핵생물 유전자의 경우, 단백질로 변환될 수 있는 mRNA 분자를 만들기 위해 스플라이싱이 보통 필요하다.많은 진핵생물들의 경우, 스플라이싱은 작은 핵 리보핵단백질(snRNPs)의 복합체인 스플라이싱에 의해 촉매되는 일련의 반응에서 일어난다.자기 분열성 인트론, 즉 부모 RNA 분자로부터 그들 자신의 절제를 촉매할 수 있는 리보자임이 존재합니다.전사, 접합, 번역의 과정은 유전자 발현이라고 불리며 분자생물학의 중심 교의이다.

RNA 스플라이싱 과정

스플라이싱 경로

RNA 스플라이싱에는 여러 가지 방법이 있습니다. 스플라이싱의 유형은 스플라이싱된 인트론의 구조와 스플라이싱에 필요한 촉매에 따라 달라집니다.

스플리세오솜 복합체

인트론

인트론이라는 단어는 유전자 내 [1]영역, 즉 유전자의 두 엑손 사이에 위치한 DNA 부분에서 [2]유래했습니다.인트론(intron)이라는 용어는 유전자 내 DNA 배열과 미처리 RNA 전사체의 해당 배열을 모두 가리킨다.RNA 처리 경로의 일부로서 인트론은 전사 [3]직후 또는 전사와 동시에 RNA 스플라이싱에 의해 제거된다.인트론은 대부분의 유기체와 많은 바이러스의 유전자에서 발견됩니다.그들은 단백질을 생성하는 유전자, 리보솜 RNA, 그리고 전달 [4]RNA를 포함한 광범위한 유전자 안에 위치할 수 있다.

인트론 내에서는 스플라이싱을 위해 기증자 부위(인트론의 5' 말단), 분기 부위(인트론의 3' 말단 부근) 및 수용체 부위(인트론의 3' 말단)가 필요하다.스플라이스 공여 부위는 더 크고 보존성이 낮은 영역 내에서 인트론의 5' 말단에 거의 불변한 배열 GU를 포함한다.인트론의 3' 말단에 있는 스플라이스 수용체 부위는 거의 불변한 AG 시퀀스로 인트론을 종료한다.AG에서 상류(5'-방향)에는 피리미딘(C 및 U) 또는 폴리피리미딘로가 높은 영역이 있습니다.폴리피리미딘로보다 상류에는 라리아 [5][6]형성에 관여하는 아데닌 뉴클레오티드를 포함하는 분기점이 있다.(IUPAC 핵산 표기법에서) 인트론의 컨센서스 배열은 G-G-[컷]-G-U-R-A-G-U(공여 부위)... 인트론 배열...Y-U-R-A-C(수용체 부위 업스트림의 분기 배열 20-50 뉴클레오티드)...Y-rich-N-C-A-G-[cut]-G(수용기 사이트).[7]단, 분기점과 가장 가까운 3' 수용체 부위 사이의 인트로닉 스플라이싱 요소의 특정 배열과 뉴클레오티드 수가 스플라이스 부위 [8][9]선택에 영향을 미친다는 점에 주목한다.또한 기초 DNA의 점 돌연변이 또는 전사 중의 오류는 보통 스플라이스되지 않는 전사 일부에서 암호 스플라이스 부위를 활성화시킬 수 있다.따라서 엑손의 결손 부분이 있는 성숙한 메신저 RNA가 생성됩니다.이와 같이 단일 아미노산에만 영향을 미칠 수 있는 점 돌연변이는 최종 단백질의 결실 또는 절단로서 나타날 수 있다.

프리mRNA의 exon과 intron의 간단한 그림

형성 및 활동

스플라이싱은 5개의 작은 핵 리보핵단백질(snRNP)로 이루어진 큰 RNA-단백질 복합체인 스플라이싱에 의해 촉매된다.스플라이세오솜의 조립과 활성은 프리mRNA의 전사 중에 일어난다.snRNP의 RNA 성분은 인트론과 상호작용하며 촉매 작용에 관여합니다.서로 다른 snRNP를 포함하는 두 가지 유형의 스플라이소좀(주요 및 부)이 확인되었다.

  • 주요 스플라이스 스플라이스는 5' 스플라이스 부위에 GU, 3' 스플라이스 부위에 AG를 포함하는 인트론이다.이는 U1, U2, U4, U5, U6 snRNPs로 구성되며 핵에서 활성이다.또한 스플라이소좀 [6][11]조립에는 U2 소핵 RNA 보조인자 1(U2AF35), U2AF2(U2AF65)[10] 및 SF1을 포함한 다수의 단백질이 필요하다.스플라이싱 프로세스 [12]동안 스플라이싱은 서로 다른 복합체를 형성합니다.
  • 콤플렉스
    • U1 snRNP는 인트론의 5' 스플라이스 부위에서 GU 시퀀스에 결합한다.
    • 스플라이싱 계수 1은 인트론 분기점 시퀀스에 결합한다.
    • U2AF1은 인트론의 3' 스플라이스 부위에 결합한다.
    • U2AF2는 폴리피리미딘로에 [13]결합한다.
  • 콤플렉스 A(프리 스플리세오솜)
    • U2 snRNP는 SF1을 치환하고 분기점 시퀀스에 결합하며 ATP는 가수분해된다.
  • 복합체 B(전촉매 스플라이세오솜)
    • U5/U4/U6 snRNP 삼량체는 결합하고 U5 snRNP는 5' 부위에서 엑손과 결합하며 U6는 U2에 결합합니다.
  • 복합 B*
    • U1 snRNP가 방출되고, U5가 엑손에서 인트론으로 전환되며, U6는 5' 스플라이스 부위에서 결합한다.
  • 복합체 C(촉매 스플라이세오솜)
    • U4가 방출되고 U6/U2가 에스테르 전이를 촉매하여 인트론의 5' 말단이 A에 결합되어 라리아를 형성하고, U5는 3' 스플라이스 부위에서 엑손과 결합하며, 5' 부위가 절단되어 라리아를 형성한다.
  • 복합체 C*(스플리세오솜 후 복합체)
    • U2/U5/U6는 라리아에 결합된 상태로 유지되며, ATP 가수분해를 이용하여 3' 부위를 절단하고 엑손과 결합한다.스플라이스 RNA가 방출되고, 라리아가 방출되고 분해되며,[14] snRNP가 재활용됩니다.
이러한 유형의 스플라이싱을 표준 스플라이싱 또는 라리아트 경로라고 하며 스플라이싱의 99% 이상을 차지한다.반면 인트로닉 측면 시퀀스가 GU-AG 규칙을 따르지 않으면 비표준 스플라이싱이 발생한다고 합니다(아래의 "[15]마이너 스플라이싱" 참조).
  • 작은 스플라이스솜은 큰 스플라이스솜과 매우 유사하지만, 대신에 다른 스플라이스 부위 배열로 희귀한 인트론을 분리한다.마이너 및 메이저 스플라이소좀은 동일한 U5 snRNP를 포함하지만 마이너 스플라이소좀은 각각 U11, U12, U4atac [16]및 U6atac으로 불리는 U1, U2, U4 및 U6에 대해 다르지만 기능적으로 유사한 snRNP를 가진다.

재귀 스플라이싱

대부분의 경우 스플라이싱은 전구체 mRNA 전사물로부터 단일 단위로 인트론을 제거합니다.단, 특히 인트론이 매우 긴 mRNA에서는 인트론의 일부를 제거한 후 다음 단계에서 나머지 인트론을 스플라이스한다.초파리의 울트라비토락스(Ubx) 유전자와 드로소필라 멜라노가스터, 그리고 몇몇 다른 드로소필라 유전자에서 처음 발견되었지만,[17][18] 사람에게도 사례가 보고되었다.

트랜스스플라이싱

트랜스 스플라이싱은 인트론 또는 아웃론을 제거하고 동일한 RNA [19]전사 내에 없는 두 개의 엑손을 결합하는 스플라이싱의 한 형태입니다.

셀프 스플라이싱

자가 스플라이싱은 RNA만으로 스플라이세오솜의 기능을 수행하면서 리보자임을 형성하는 희귀 인트론에서 발생합니다.자기 스플라이싱 인트론에는 그룹 I, 그룹 II 및 그룹 III의 세 가지 종류가 있습니다.그룹 I 및 II 인트론은 단백질을 필요로 하지 않고 스플라이싱과 유사한 스플라이싱을 수행합니다.이러한 유사성은 그룹 I과 II의 침입자가 진화적으로 스플라이세오솜과 관련이 있을 수 있음을 시사한다.자가 분열은 또한 매우 오래되었을 수도 있고 단백질 이전에 존재하는 RNA 세계에 존재했을 수도 있습니다.

그룹 I의 인트론이 스플라이스되는 메커니즘은 두 가지 에스테르 변환에 의해 특징지어집니다.

  1. 유리구아닌뉴클레오시드(또는 인트론에 위치한 1개) 또는 뉴클레오티드보인자(GMP, GDP, GTP)의 3'OH는 5' 스플라이스 부위에서 인산염을 공격한다.
  2. 5' 엑손의 3'OH는 친핵체가 되고, 두 번째 에스테르 변환은 두 엑손의 결합을 일으킨다.

그룹 II 인트론이 스플라이스되는 메커니즘(그룹 I 인트론과 같은 2개의 에스테르 전이 반응)은 다음과 같다.

  1. 인트론에서 특정 아데노신의 2'OH는 5' 스플라이스 부위를 공격하여 라리아트를 형성한다.
  2. 5' 엑손의 3'OH는 3' 스플라이스 부위에서 두 번째 에스테르 전이를 트리거하여 엑손끼리 결합합니다.

tRNA 스플라이싱

tRNA(tRNA 유사) 스플라이싱은 보통 tRNA에서 발생하는 또 다른 희귀한 스플라이싱 형태입니다.스플라이싱 반응은 스플라이싱 및 자가 스플라이싱 경로와는 다른 생화학 작용을 포함한다.

이스트를 사카로미세스 cerevisiae에서 효모 운반 RNA스플라 이싱 endonuclease heterotetramer, TSEN54, TSEN2, TSEN34, TSEN15로 구성된 pre-tRNA은 수용체의 순환 속에서 두개의 사이트에서5'-half. T,2',3'-cyclic phosphodiester 그룹에서 종단,3'-half. T,5'-hydroxyl 그룹에서 종단, 고물 개재와 함께 형성하기 위해 갈라지다.[20]효모 tRNA 키나제는 아데노신 삼인산을 사용하여 5'-히드록실기를 인산화한다.효모 tRNA 고리형 포스포디에스테라아제는 고리형 포스포디에스테르기를 분해하여 2'-인산화 3' 말단을 형성한다.효모 tRNA 연결효소는 3'-half의 5' 말단에 아데노신 일인산기를 첨가하여 2개의 반쪽을 [21]결합한다.그런 다음 NAD 의존성 2'-인산전달효소는 2'-[22][23]인산기를 제거한다.

진화

스플라이싱은 삶의 모든 왕국이나 영역에서 발생하지만, 스플라이싱의 범위와 유형은 주요 구분마다 매우 다를 수 있습니다.진핵생물은 많은 단백질을 코드하는 메신저 RNA와 일부 비코드 RNA를 연결한다.반면에 원핵생물들은 거의 결합하지 않고 대부분 코드화되지 않은 RNA를 가지고 있다.이 두 유기체 그룹 사이의 또 다른 중요한 차이점은 원핵생물들이 완전히 스플라이세오솜 경로가 부족하다는 것이다.

스플라이소좀 내부는 모든 종에서 보존되지 않기 때문에 스플라이소좀 스플라이싱이 언제 진화했는지에 대한 논란이 있다.인트론 후기 모델과 인트론 초기 모델의 두 가지 모델이 제안되었다(인트론 진화 참조).

스플라이싱 다양성
진핵생물 원핵생물
스플라이소좀 + −
셀프 스플라이싱 + +
tRNA + +

생화학적 메커니즘

스플라이싱의 2단계 생화학 도표

스플라이싱 및 자가 스플라이싱은 2단계 생화학적 과정을 수반한다.두 단계 모두 RNA 뉴클레오티드 사이에서 발생하는 에스테르 전이 반응을 수반하지만, tRNA 스플라이싱은 예외이며 에스테르 [24]전이에 의해 발생하지 않는다.

스플라이싱 및 자가 스플라이싱 에스테르 전이 반응은 두 가지 순차적 에스테르 전이 반응을 통해 일어난다.먼저, 2'는스플라이스솜 조립 중에 정의된 인트론 내의 특정 분기점 뉴클레오티드의 OH는 5' 스플라이스 부위에서 인트론의 첫 번째 뉴클레오티드에 친핵 공격을 하여 라리아 중간체를 형성한다.둘째, 3'방출된 5' 엑손의 OH는 이어서 3' 스플라이스 부위에서 인트론의 마지막 뉴클레오티드에 이어 제1 뉴클레오티드에 친핵성 공격을 가함으로써 엑손과 결합하고 인트론 라비트를 [25]방출한다.

대체 스플라이싱

주요 기사:대체 스플라이싱

많은 경우에, 스플라이싱 과정은 동일한 mRNA의 엑손 조성을 변화시킴으로써 다양한 독특한 단백질의 범위를 만들 수 있다.이 현상을 대체 스플라이싱이라고 합니다.대체 스플라이싱은 여러 가지 방법으로 발생할 수 있습니다.Exon은 확장 또는 건너뛸 수 있으며 인트론을 유지할 수 있습니다.멀티넥슨 유전자의 전사체의 95%는 대체 스플라이싱을 거치는 것으로 추정되며, 그 중 일부는 조직 특이적인 방법으로 또는/또는 특정 세포 [26]조건에서 발생한다.높은 throughput mRNA 시퀀싱 기술의 개발은 대체적으로 스플라이스된 Isoform의 발현 수준을 정량화하는 데 도움이 될 수 있습니다.조직과 세포 계통의 차이 발현 수준은 이러한 [27][28]동질체의 기능을 예측하기 위해 계산 접근법을 개발할 수 있게 했다.이러한 복잡성을 감안할 때, mRNA 전사의 대체 스플라이싱은 mRNA 전사의 시스 작용 부위 또는 "원소"(증강제 및 소음제)에 결합하는 전달 단백질(활성제 및 억제제) 시스템에 의해 조절된다.이러한 단백질과 각각의 결합 요소는 특정 스플라이스 부위의 사용을 촉진하거나 감소시킨다.결합 특이성은 시스 요소의 순서와 구조에서 비롯된다. 예를 들어 HIV-1에는 많은 기증자와 수용체 접합 부위가 있다.다양한 스플라이스 부위 중 3' 수용체 부위인 ssA7은 3개의 스템루프 구조로 접힌다.인트로닉 스플라이싱 소음기(ISS), 엑소닉 스플라이싱 강화기(ESE) 및 엑소닉 스플라이싱 소음기(ESSE3)입니다.Intronic 스플라이싱 소음기의 용액 구조와 hnRNPA1 숙주 단백질과의 상호작용을 통해 특정 [29]인식에 대한 통찰력을 얻을 수 있습니다.그러나 대안 스플라이싱의 복잡성에 더해 규제 요인의 효과는 여러 번 위치에 따라 좌우된다는 점에 주목한다.예를 들어, 인트로닉 인핸서 요소에 결합되었을 때 스플라이싱 활성제 역할을 하는 스플라이싱 계수는 엑손의 맥락에서 그 스플라이싱 요소에 결합되었을 때 억제제 역할을 할 수 있으며,[30] 그 반대도 마찬가지이다.인핸서 및 소음기 요소의 위치 의존적 영향 외에도 분기점의 위치(즉, 가장 가까운 3' 수용체 부위의 상류 거리)도 [8]스플라이싱에 영향을 미친다.사전 mRNA 전사체의 2차 구조는 스플라이싱 요소를 하나로 모으거나 스플라이싱 [31][32]인자의 결합 요소로 기능하는 시퀀스를 마스킹하는 등 스플라이싱을 조절하는 역할도 한다.

HIV 통합에서 스플라이싱/대체 스플라이싱의 역할

HIV-1은 고도로 접합된 유전자를 대상으로 하기 때문에 접합 과정은 HIV 통합과 관련이 있다.[33]

DNA 손상에 대한 스플라이싱 반응

DNA 손상은 번역 후 수정, 국소화, 발현 및 [34]활성을 변경함으로써 스플라이싱 인자에 영향을 미칩니다.또한 DNA 손상은 종종 전사와의 결합을 방해함으로써 스플라이싱을 방해한다.DNA 손상은 또한 DNA [34]수복과 밀접하게 연관된 유전자의 스플라이싱과 대체 스플라이싱에 영향을 미친다.예를 들어 DNA는 DNA 복구 유전자 Brca1, Ercc1의 대체 스플라이싱을 변조한다.

스플라이싱 실험 조작

스플라이싱 이벤트는 Morpholinos 또는 Peptide 핵산과 같은 스테릭 차단 안티센스 올리고스를 snRNP 결합 부위, 라비아를 [37]닫는 분기점 뉴클레오티드 또는 스플라이스 조절 요소 결합 [38]부위에 결합함으로써 실험적으로[35][36] 변경될 수 있다.

스플라이싱 오류 및 변동

질병을 유발하는 돌연변이의 3분의 1이 [30]스플라이싱에 영향을 미친다고 알려져 있다.일반적인 오류는 다음과 같습니다.

  • 해당 부위의 기능 상실을 초래하는 스플라이스 부위의 돌연변이.조기 정지 코돈 노출, 엑손 손실 또는 인트론 포함을 초래합니다.
  • 특이성을 감소시키는 스플라이스 부위의 돌연변이.스플라이스 위치에 변화가 생겨 아미노산이 삽입 또는 삭제되거나 판독 프레임이 중단될 수 있습니다.
  • 스플라이스 부위의 변위, 예상보다 많은 RNA가 포함되거나 제외되어 엑손이 길어지거나 짧아집니다.

많은 스플라이싱 오류는 NMD([39]nonse-mediated mRNA decovery)라고 불리는 세포 품질 제어 메커니즘에 의해 보호되지만,[40] 위와 같이 스플라이싱 관련 질병도 다수 존재한다.

mRNA 스플라이싱의 대립 유전자 차이는 유전자 질환 감수성에 대한 기여 외에도 분자 수준에서 표현형 다양성의 공통적이고 중요한 원천이 될 수 있다.실제로, 인간의 게놈 전체에 걸친 연구는 대립 유전자 특이적 결합의 대상이 되는 유전자 범위를 밝혀냈다.

식물에서, 홍수에 대한 내응력 변화는 글루코네제네시스 및 기타 [41]과정과 관련된 전사의 스트레스 유도 대체 스플라이싱과 상관된다.

단백질 스플라이싱

주요 기사: 단백질 스플라이싱

RNA 외에도 단백질은 스플라이싱을 겪을 수 있다.생체 분자 메커니즘은 다르지만, 원리는 같다: 인트론 대신 인테인이라고 불리는 단백질의 일부가 제거된다.엑손 대신 엑테인이라고 불리는 나머지 부분들은 함께 융합된다.단백질 스플라이싱은 박테리아, 고세균, 식물, 효모 및 [42]인간을 포함한 광범위한 유기체에서 관찰되었습니다.

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레퍼런스

  1. ^ Gilbert W (February 1978). "Why genes in pieces?". Nature. 271 (5645): 501. Bibcode:1978Natur.271..501G. doi:10.1038/271501a0. PMID 622185. S2CID 4216649.
  2. ^ Tonegawa S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (March 1978). "Sequence of a mouse germ-line gene for a variable region of an immunoglobulin light chain". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 75 (3): 1485–89. Bibcode:1978PNAS...75.1485T. doi:10.1073/pnas.75.3.1485. PMC 411497. PMID 418414.
  3. ^ Tilgner H, Knowles DG, Johnson R, Davis CA, Chakrabortty S, Djebali S, Curado J, Snyder M, Gingeras TR, Guigó R (September 2012). "Deep sequencing of subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the human genome but inefficient for lncRNAs". Genome Research. 22 (9): 1616–25. doi:10.1101/gr.134445.111. PMC 3431479. PMID 22955974.
  4. ^ Roy SW, Gilbert W (March 2006). "The evolution of spliceosomal introns: patterns, puzzles and progress". Nature Reviews. Genetics. 7 (3): 211–21. doi:10.1038/nrg1807. PMID 16485020. S2CID 33672491.
  5. ^ Clancy S (2008). "RNA Splicing: Introns, Exons and Spliceosome". Nature Education. 1 (1): 31. Archived from the original on 15 March 2011. Retrieved 31 March 2011.
  6. ^ a b Black DL (June 2003). "Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing". Annual Review of Biochemistry. 72 (1): 291–336. doi:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720. PMID 12626338.
  7. ^ "Molecular Biology of the Cell". 2012 Journal Citation Reports. Web of Science (Science ed.). Thomson Reuters. 2013.
  8. ^ a b Taggart AJ, DeSimone AM, Shih JS, Filloux ME, Fairbrother WG (June 2012). "Large-scale mapping of branchpoints in human pre-mRNA transcripts in vivo". Nature Structural & Molecular Biology. 19 (7): 719–21. doi:10.1038/nsmb.2327. PMC 3465671. PMID 22705790.
  9. ^ Corvelo A, Hallegger M, Smith CW, Eyras E (November 2010). Meyer (ed.). "Genome-wide association between branch point properties and alternative splicing". PLOS Computational Biology. 6 (11): e1001016. Bibcode:2010PLSCB...6E1016C. doi:10.1371/journal.pcbi.1001016. PMC 2991248. PMID 21124863.
  10. ^ Graveley BR, Hertel KJ, Maniatis T (June 2001). "The role of U2AF35 and U2AF65 in enhancer-dependent splicing". RNA. 7 (6): 806–18. doi:10.1017/s1355838201010317. PMC 1370132. PMID 11421359. Archived from the original on 2018-11-20. Retrieved 2014-12-17.
  11. ^ Matlin AJ, Clark F, Smith CW (May 2005). "Understanding alternative splicing: towards a cellular code". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 6 (5): 386–98. doi:10.1038/nrm1645. PMID 15956978. S2CID 14883495.
  12. ^ Matera AG, Wang Z (February 2014). "A day in the life of the spliceosome". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 15 (2): 108–21. doi:10.1038/nrm3742. PMC 4060434. PMID 24452469.
  13. ^ Guth S, Valcárcel J (December 2000). "Kinetic role for mammalian SF1/BBP in spliceosome assembly and function after polypyrimidine tract recognition by U2AF". The Journal of Biological Chemistry. 275 (48): 38059–66. doi:10.1074/jbc.M001483200. PMID 10954700.
  14. ^ Cheng Z, Menees TM (December 2011). "RNA splicing and debranching viewed through analysis of RNA lariats". Molecular Genetics and Genomics. 286 (5–6): 395–410. doi:10.1007/s00438-011-0635-y. PMID 22065066. S2CID 846297.
  15. ^ Ng B, Yang F, Huston DP, Yan Y, Yang Y, Xiong Z, Peterson LE, Wang H, Yang XF (December 2004). "Increased noncanonical splicing of autoantigen transcripts provides the structural basis for expression of untolerized epitopes". The Journal of Allergy and Clinical Immunology. 114 (6): 1463–70. doi:10.1016/j.jaci.2004.09.006. PMC 3902068. PMID 15577853.
  16. ^ Patel AA, Steitz JA (December 2003). "Splicing double: insights from the second spliceosome". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 4 (12): 960–70. doi:10.1038/nrm1259. PMID 14685174. S2CID 21816910.
  17. ^ Sibley CR, Emmett W, Blazquez L, Faro A, Haberman N, Briese M, Trabzuni D, Ryten M, Weale ME, Hardy J, Modic M, Curk T, Wilson SW, Plagnol V, Ule J (May 2015). "Recursive splicing in long vertebrate genes". Nature. 521 (7552): 371–75. Bibcode:2015Natur.521..371S. doi:10.1038/nature14466. PMC 4471124. PMID 25970246.
  18. ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M, Plocik A, Celniker SE, Graveley BR (May 2015). "Genome-wide identification of zero nucleotide recursive splicing in Drosophila". Nature. 521 (7552): 376–79. Bibcode:2015Natur.521..376D. doi:10.1038/nature14475. PMC 4529404. PMID 25970244.
  19. ^ Di Segni G, Gastaldi S, Tocchini-Valentini GP (May 2008). "Cis- and trans-splicing of mRNAs mediated by tRNA sequences in eukaryotic cells". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (19): 6864–69. Bibcode:2008PNAS..105.6864D. doi:10.1073/pnas.0800420105. JSTOR 25461891. PMC 2383978. PMID 18458335.
  20. ^ Trotta CR, Miao F, Arn EA, Stevens SW, Ho CK, Rauhut R, Abelson JN (June 1997). "The yeast tRNA splicing endonuclease: a tetrameric enzyme with two active site subunits homologous to the archaeal tRNA endonucleases". Cell. 89 (6): 849–58. doi:10.1016/S0092-8674(00)80270-6. PMID 9200603. S2CID 16055381.
  21. ^ Westaway SK, Phizicky EM, Abelson J (March 1988). "Structure and function of the yeast tRNA ligase gene". The Journal of Biological Chemistry. 263 (7): 3171–76. doi:10.1016/S0021-9258(18)69050-7. PMID 3277966. Archived from the original on 2018-11-18. Retrieved 2014-12-17.
  22. ^ Paushkin SV, Patel M, Furia BS, Peltz SW, Trotta CR (April 2004). "Identification of a human endonuclease complex reveals a link between tRNA splicing and pre-mRNA 3' end formation". Cell. 117 (3): 311–21. doi:10.1016/S0092-8674(04)00342-3. PMID 15109492. S2CID 16049289.
  23. ^ Soma A (1 April 2014). "Circularly permuted tRNA genes: their expression and implications for their physiological relevance and development". Frontiers in Genetics. 5: 63. doi:10.3389/fgene.2014.00063. PMC 3978253. PMID 24744771.
  24. ^ Abelson J, Trotta CR, Li H (May 1998). "tRNA splicing". The Journal of Biological Chemistry. 273 (21): 12685–88. doi:10.1074/jbc.273.21.12685. PMID 9582290.
  25. ^ Fica SM, Tuttle N, Novak T, Li NS, Lu J, Koodathingal P, Dai Q, Staley JP, Piccirilli JA (November 2013). "RNA catalyses nuclear pre-mRNA splicing". Nature. 503 (7475): 229–34. Bibcode:2013Natur.503..229F. doi:10.1038/nature12734. PMC 4666680. PMID 24196718.
  26. ^ Pan Q, Shai O, Lee LJ, Frey BJ, Blencowe BJ (December 2008). "Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing". Nature Genetics. 40 (12): 1413–15. doi:10.1038/ng.259. PMID 18978789. S2CID 9228930.
  27. ^ Eksi R, Li HD, Menon R, Wen Y, Omenn GS, Kretzler M, Guan Y (Nov 2013). "Systematically differentiating functions for alternatively spliced isoforms through integrating RNA-seq data". PLOS Computational Biology. 9 (11): e1003314. Bibcode:2013PLSCB...9E3314E. doi:10.1371/journal.pcbi.1003314. PMC 3820534. PMID 24244129.
  28. ^ Li HD, Menon R, Omenn GS, Guan Y (August 2014). "The emerging era of genomic data integration for analyzing splice isoform function". Trends in Genetics. 30 (8): 340–47. doi:10.1016/j.tig.2014.05.005. PMC 4112133. PMID 24951248.
  29. ^ Jain N, Morgan CE, Rife BD, Salemi M, Tolbert BS (January 2016). "Solution Structure of the HIV-1 Intron Splicing Silencer and Its Interactions with the UP1 Domain of Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein (hnRNP) A1". The Journal of Biological Chemistry. 291 (5): 2331–44. doi:10.1074/jbc.M115.674564. PMC 4732216. PMID 26607354.
  30. ^ a b Lim KH, Ferraris L, Filloux ME, Raphael BJ, Fairbrother WG (July 2011). "Using positional distribution to identify splicing elements and predict pre-mRNA processing defects in human genes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (27): 11093–98. Bibcode:2011PNAS..10811093H. doi:10.1073/pnas.1101135108. PMC 3131313. PMID 21685335.
  31. ^ Warf MB, Berglund JA (March 2010). "Role of RNA structure in regulating pre-mRNA splicing". Trends in Biochemical Sciences. 35 (3): 169–78. doi:10.1016/j.tibs.2009.10.004. PMC 2834840. PMID 19959365.
  32. ^ Reid DC, Chang BL, Gunderson SI, Alpert L, Thompson WA, Fairbrother WG (December 2009). "Next-generation SELEX identifies sequence and structural determinants of splicing factor binding in human pre-mRNA sequence". RNA. 15 (12): 2385–97. doi:10.1261/rna.1821809. PMC 2779669. PMID 19861426.
  33. ^ Singh, Parmit Kumar; Plumb R., Matthew; Ferris, Andrea L.; Iben, James R.; Wu, Xiaolin; Fadel, Hind J.; Luke, Brian T.; Esnault, Caroline; Poeschla, Eric M. (November 2015). "LEDGF/p75 interacts with mRNA splicing factors and targets HIV-1 integration into highly spliced genes". Genes Dev. 29 (21): 2287–97. doi:10.1101/gad.267609.115. PMC 4647561. PMID 26545813.
  34. ^ a b Shkreta L, Chabot B (October 2015). "The RNA Splicing Response to DNA Damage". Biomolecules. 5 (4): 2935–77. doi:10.3390/biom5042935. PMC 4693264. PMID 26529031.
  35. ^ Draper BW, Morcos PA, Kimmel CB (July 2001). "Inhibition of zebrafish fgf8 pre-mRNA splicing with morpholino oligos: a quantifiable method for gene knockdown". Genesis. 30 (3): 154–56. doi:10.1002/gene.1053. PMID 11477696. S2CID 32270393.
  36. ^ Sazani P, Kang SH, Maier MA, Wei C, Dillman J, Summerton J, Manoharan M, Kole R (October 2001). "Nuclear antisense effects of neutral, anionic and cationic oligonucleotide analogs". Nucleic Acids Research. 29 (19): 3965–74. doi:10.1093/nar/29.19.3965. PMC 60237. PMID 11574678.
  37. ^ Morcos PA (June 2007). "Achieving targeted and quantifiable alteration of mRNA splicing with Morpholino oligos". Biochemical and Biophysical Research Communications. 358 (2): 521–27. doi:10.1016/j.bbrc.2007.04.172. PMID 17493584.
  38. ^ Bruno IG, Jin W, Cote GJ (October 2004). "Correction of aberrant FGFR1 alternative RNA splicing through targeting of intronic regulatory elements". Human Molecular Genetics. 13 (20): 2409–20. doi:10.1093/hmg/ddh272. PMID 15333583.
  39. ^ Danckwardt S, Neu-Yilik G, Thermann R, Frede U, Hentze MW, Kulozik AE (March 2002). "Abnormally spliced beta-globin mRNAs: a single point mutation generates transcripts sensitive and insensitive to nonsense-mediated mRNA decay". Blood. 99 (5): 1811–16. doi:10.1182/blood.V99.5.1811. PMID 11861299. S2CID 17128174.
  40. ^ Ward AJ, Cooper TA (January 2010). "The pathobiology of splicing". The Journal of Pathology. 220 (2): 152–63. doi:10.1002/path.2649. PMC 2855871. PMID 19918805.
  41. ^ van Veen, H; Vashisht, D; Akman, M; Girke, T; Mustroph, A; Reinen, E; Hartman, S; Kooiker, M; van Tienderen, P; Schranz, ME; Bailey-Serres, J; Voesenek, LA; Sasidharan, R (October 2016). "Transcriptomes of Eight Arabidopsis thaliana Accessions Reveal Core Conserved, Genotype- and Organ-Specific Responses to Flooding Stress". Plant Physiology. 172 (2): 668–89. doi:10.1104/pp.16.00472. PMC 5047075. PMID 27208254.
  42. ^ Hanada K, Yang JC (June 2005). "Novel biochemistry: post-translational protein splicing and other lessons from the school of antigen processing". Journal of Molecular Medicine. 83 (6): 420–28. doi:10.1007/s00109-005-0652-6. PMID 15759099. S2CID 37698110.

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