U2AF2

U2AF2
U2AF2
Protein U2AF2 PDB 1jmt.png
사용 가능한 구조물
PDB직교 검색: PDBe RCSB
식별자
별칭U2AF2, U2AF65, U2 소형 핵 RNA 보조 인자 2
외부 IDOMIM: 191318 MGI: 9886 HomoloGene: 110853 GeneCard: U2AF2
직교체
종인간마우스
엔트레스

11338

22185

앙상블

ENSG00000063244

ENSMUSG00000030435

유니프로트

P26368

P26369

RefSeq(mRNA)

NM_001012478
NM_007279

NM_001205231
NM_133671

RefSeq(단백질)

NP_001012496
NP_009210

NP_001192160
NP_598432

위치(UCSC)Cr 19: 55.65 – 55.67MbCr 7: 5.06 – 5.08Mb
PubMed 검색[3][4]
위키다타
인간 보기/편집마우스 보기/편집

스플리싱 계수 U2AF 65 kDa 서브유닛은 인간에서 U2AF2 유전자에 의해 인코딩되는 단백질이다.[5]

함수

eukaryotes에서는 성숙한 mRNA를 형성하기 위해서는 먼저 spliceosome에 의해 mRNA를 제거해야 한다. spliceosome은 작은 핵 리보뉴클레오프로틴(snRNP)과 작은 핵 RNA(snRNA)로부터 조립된다.그리고 스플리싱 계수는 snRNP와 비 snRNP 단백질로 나눌 수 있다.U2 보조 인자(U2AF)는 크고 작은 서브 유닛으로 구성되며, U2 snRNP를 mRNA 이전 지점 부지에 결합하는 데 필요한 비 snRNP 단백질이다.이 유전자는 U2AF 대형 서브유닛을 인코딩하는데, 여기에는 3개의 RNA 인식 모티브가 있는 시퀀스 고유의 RNA 결합 부위와 스플라이싱에 필요한 Arg/Ser-rich 도메인이 포함되어 있다.큰 서브유닛은 이음매 조립 중 초기에 인트론의 폴리피리미딘 관에 결합된다.이 유전자에 대해 여러 가지 대안으로 분할된 대본 변형이 검출되었지만, 현재까지 단 두 가지의 전체 성격만이 확인되었다.[6]

인간과 다른 테트라포드에서는 U2AF2가 없으면 스플라이싱 과정이 억제되는 것으로 나타났다.그러나 제브라피쉬와 다른 텔레오스트에서 RNA 스플라이싱 프로세스는 U2AF2가 없는 특정 유전자에 여전히 발생할 수 있다.이는 유전자의 10%가 각 인트론의 3' 스플라이스 부위(3'ss)와 5' 스플라이스 사이트(5'ss)에서 각각 TG와 AC 베이스 쌍을 교대로 가지며 RNA의 2차 구조를 변경하고 스플라이싱에 영향을 주기 때문일 수 있다.[7]

스플라이싱 계수 U2AF65는 폴리피리미딘 트랙(Pytrack)을 구체적으로 인식할 수 있는데, 이는 U2AF65가 3개의 RRM(RNA Binding Domain)으로 구성되어 있기 때문이며, 이들 모두 인접한 3의 스플라이스 부위의 Pytrack에 높은 결합 친화력을 가지고 있기 때문이다.[6]RRM1과 RRM2는 특정 RNA/단백질 결합에 충분하며, RRM3는 단백질/단백질 상호작용을 담당한다.예를 들어, C-Terminal RRM3는 UAP56, SAP155 및 mBBP/SF1과 같은 스플리싱 인자를 가진 단백질-단백질 접점을 확립하는 데 기여한다.[8]

상호작용

U2AF2는 다음과 상호 작용하는 것으로 나타났다.

참조

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리스 89: ENSG000063244 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리스 89: ENSMUSG000030435 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Zamore PD, Patton JG, Green MR (February 1992). "Cloning and domain structure of the mammalian splicing factor U2AF". Nature. 355 (6361): 609–614. Bibcode:1992Natur.355..609Z. doi:10.1038/355609a0. PMID 1538748. S2CID 4332390.
  6. ^ a b "Entrez Gene: U2AF2 U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2".
  7. ^ Lin CL, Taggart AJ, Lim KH, Cygan KJ, Ferraris L, Creton R, et al. (January 2016). "RNA structure replaces the need for U2AF2 in splicing". Genome Research. 26 (1): 12–23. doi:10.1101/gr.181008.114. PMC 4691745. PMID 26566657.
  8. ^ Selenko P, Gregorovic G, Sprangers R, Stier G, Rhani Z, Krämer A, Sattler M (April 2003). "Structural basis for the molecular recognition between human splicing factors U2AF65 and SF1/mBBP". Molecular Cell. 11 (4): 965–976. doi:10.1016/s1097-2765(03)00115-1. PMID 12718882.
  9. ^ a b c d Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, et al. (October 2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–1178. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
  10. ^ Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein-protein interactions by mass spectrometry". Molecular Systems Biology. 3: 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.
  11. ^ Berglund JA, Abovich N, Rosbash M (March 1998). "A cooperative interaction between U2AF65 and mBBP/SF1 facilitates branchpoint region recognition". Genes & Development. 12 (6): 858–867. doi:10.1101/gad.12.6.858. PMC 316625. PMID 9512519.
  12. ^ Abovich N, Rosbash M (May 1997). "Cross-intron bridging interactions in the yeast commitment complex are conserved in mammals". Cell. 89 (3): 403–412. doi:10.1016/s0092-8674(00)80221-4. PMID 9150140. S2CID 18466775.
  13. ^ Zhang WJ, Wu JY (October 1996). "Functional properties of p54, a novel SR protein active in constitutive and alternative splicing". Molecular and Cellular Biology. 16 (10): 5400–5408. doi:10.1128/MCB.16.10.5400. PMC 231539. PMID 8816452.
  14. ^ Zhang WJ, Wu JY (February 1998). "Sip1, a novel RS domain-containing protein essential for pre-mRNA splicing". Molecular and Cellular Biology. 18 (2): 676–684. doi:10.1128/MCB.18.2.676. PMC 108778. PMID 9447963.
  15. ^ Wang HY, Lin W, Dyck JA, Yeakley JM, Songyang Z, Cantley LC, Fu XD (February 1998). "SRPK2: a differentially expressed SR protein-specific kinase involved in mediating the interaction and localization of pre-mRNA splicing factors in mammalian cells". The Journal of Cell Biology. 140 (4): 737–750. doi:10.1083/jcb.140.4.737. PMC 2141757. PMID 9472028.
  16. ^ Zhang M, Zamore PD, Carmo-Fonseca M, Lamond AI, Green MR (September 1992). "Cloning and intracellular localization of the U2 small nuclear ribonucleoprotein auxiliary factor small subunit". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (18): 8769–8773. Bibcode:1992PNAS...89.8769Z. doi:10.1073/pnas.89.18.8769. PMC 50002. PMID 1388271.
  17. ^ Davies RC, Calvio C, Bratt E, Larsson SH, Lamond AI, Hastie ND (October 1998). "WT1 interacts with the splicing factor U2AF65 in an isoform-dependent manner and can be incorporated into spliceosomes". Genes & Development. 12 (20): 3217–3225. doi:10.1101/gad.12.20.3217. PMC 317218. PMID 9784496.

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