퍼브메드

PubMed
PubMed Central과 혼동하지 마십시오.
퍼브메드
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연락처
리서치센터미국 국립 의학 도서관(NLM)
출시일자1996년 1월; 26년 전(1996-01)
접근하다.
웹사이트pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

PubMed는 생명과학과 생물의학 주제에 관한 참고자료와 추상자료의 MEDLINE 데이터베이스에 주로 접속하는 무료 검색 엔진이다.국립보건원의 미국 국립 의학도서관(NLM)은 정보 검색 엔트레스 시스템의 일부로 데이터베이스를 유지한다.[1]

1971년부터 1997년까지 MEDLINE 데이터베이스에 대한 온라인 접속은 주로 대학 도서관과 같은 기관 시설을 통해 이루어졌다.[2]1996년 1월에 처음 출시된 PubMed는 개인, 무료, 가정 및 사무용 MEDLINE 검색의 시대를 열었다.[3]PubMed 시스템은 1997년 6월부터 대중에게 무료로 제공되었다.[2]

내용

MEDLINE 외에도 PubMed는 다음 항목에 대한 액세스를 제공한다.

  • Index Medicus의 인쇄 버전에서 1951년 이전까지 참조
  • Index Medicus 및 MEDLINE에서 색인화되기 전의 일부 저널에 대한 참조(예: Science, BMJ, Losso of Oxperature)
  • MeSH(Medical Cubject Headings)로 색인화하고 MEDLINE에 추가하기 전에 해당 기사에 대한 레코드에 대한 최신 항목
  • 전체 텍스트 및 기타 NLM 레코드[4] 하위 세트 사용 가능한 도서 모음
  • PMC 인용구
  • 엔씨비 북셀프

많은 PubMed 레코드에는 전체 텍스트 기사에 대한 링크가 포함되어 있으며, 그 중 일부는 자유롭게 이용할 수 있으며, PubMed Central과[5] 같은 지역 미러에서 자주 볼 수 있다.[6]

MEDLINE에서 인덱싱되고 PubMed를 통해 제공되는 저널에 대한 정보는 NLM 카탈로그에서 확인할 수 있다.[7]

2020년 1월 27일 현재, PubMed는 3,000만 건 이상의 인용문과 1966년, 선택적으로 1865년, 그리고 1809년까지 매우 선택적으로 인용된 추상화를 가지고 있다.같은 날 현재 펍메드의 음반 중 2000만 건이 추상체로 등재되어 있으며, 2150만 건은 풀텍스트 버전(이 중 750만 건은 무료로 이용할 수 있다)과 연계되어 있다.[8]최근 10년(2019년 12월 31일 종료) 동안 매년 평균 100만 건에 가까운 신기록이 추가됐다.PubMed에 수록된 기록의 약 12%는 암 관련 항목으로, 1950년대 6%에서 2016년 16%로 증가했다.[9]그 외 기록의 상당 부분은 '화학'(8.69%), '치료'(8.39%), '감염'(5%)[citation needed]에 해당한다.

2016년 NLM은 출판사가 PubMed 인덱싱 기사의 오자와 오류를 직접 수정할 수 있도록 인덱싱 시스템을 변경했다.[10]

PubMed는 약탈적 저널에 게재된 몇몇 기사를 포함하고 있는 것으로 보도되었다.데이터베이스 포함 저널 선정을 위한 MEDLINE과 PubMed 정책은 약간 다르다.PubMed Central의 저널 인덱싱 기준과 절차의 약점으로 인해 약탈적 저널의 출판물이 PubMed로 유출될 수 있다.[11]

특성.

웹사이트 디자인

2009년 10월에 새로운 PubMed 인터페이스가 출시되었고 구글과 같은 빠른 검색 공식의 사용을 장려했다; 그것들은 또한 '텔레그램' 검색으로 묘사되었다.[12]기본적으로 결과는 Most Recent(최신)별로 정렬되지만, 이 결과는 Best Match(최우수 일치), Publish Date(게시 날짜), First Author(최초 작성자), Last Author(최종 작성자), Journal(일기장) 또는 Title(제목)로 변경할 수 있다.[13]

PubMed 웹사이트 디자인과 도메인은 2020년 1월에 업데이트되었고 업데이트되고 새로운 기능으로 2020년 5월 15일에 디폴트가 되었다.[14]이 사이트를 자주 이용하는 많은 연구자들로부터 비판적인 반응이 있었다.[15]

휴대용/모바일용 퍼브메이드

PubMed/MEDLINE은 NLM이 만든 "PICO" 옵션(중점 임상 질문용)을 사용하여 휴대용 장치를 통해 액세스할 수 있으며,[16] 모바일 친화적이고 단순화된 PubMed 버전에 대한 액세스를 제공하는 "Pubmed Mobile" 옵션도 이용할 수 있다.[17]

검색

표준검색

PubMed에 대한 간단한 검색은 PubMed의 검색창에 대상의 주요 측면을 입력하여 수행할 수 있다.

PubMed는 이 초기 검색 공식을 번역하고 필드 이름, 관련 MeSH(Medical Subject Headings) 용어, 동의어, 부울 연산자 및 'nests'를 적절하게 자동으로 추가하여 특히 (OR 연산자) 텍스트 단어와 MesH 용어를 일상적으로 결합하여 검색 공식을 상당히 향상시켰다.

PubMed 자습서에[18] 제시된 예는 이 자동 프로세스가 어떻게 작동하는지 보여준다.

수면 걷기("물리학")로 번역되는 원인[부제목] 또는 "이태학"[모든 필드] 또는 "원인"[All Fields] 또는 "causality"[MeSH 약관] 또는 "사유성"[모든 필드])AND("남불주의")[MesH 용어] 또는 "섬나불리즘"[모든 필드] OR("절전")[모든 필즈] 그리고 "걸어"[모든 필드]) 또는 "수면 걷기"[모든 필드])

마찬가지로,

소프트 어택 아스피린 예방은 ("심초경색")으로 번역된다.[MeSH 약관] OR("심초음파")[모든 필드] AND "침입"[모든 밭]) 또는 "심근경색"[모든 필드] OR("하트")[모든 필드] AND "공격"[모든 필드]) 또는 "심장마비"[모든 필드]) AND("아스피린")[MeSH 약관] 또는 "아스피린"[모든 필드]) AND("예방 및 통제")[부제목] OR("예방")[모든 필드] AND "제어"[모든 필드]) OR "예방 및 통제"[모든 필드] OR "예방"[모든 필드])

종합검색

PubMed에서 최적의 검색을 위해서는 핵심 구성요소인 MEDLINE, 특히 MEDLINE 기사를 색인화하는 데 사용되는 MESH(Medical Subject Headings) 제어 어휘를 이해할 필요가 있다.그들은 또한 복잡한 검색 전략, 필드 이름(태그), 제한 및 기타 기능의 적절한 사용을 요구할 수 있다. 참조 사서들과 검색 전문가는 검색 서비스를 제공한다.[19][20]

PubMed의 검색창에 대한 검색은 아직 MeSH 헤더가 생성되지 않은 불분명한 주제나 새로운 개입의 검색과 더불어 상업적인 상표의 의약품과 고유명사를 검색하기 위해서만 추천된다.적절한 헤딩이 없거나 서술자가 부분적인 측면을 나타내는 경우에도 유용하다.saurus MeSH를 사용한 검색은 더 정확하고 관련 없는 결과를 더 적게 제공할 것이다.또한 철자, 단수/경수 또는 축약된 차이를 고려해야 하는 자유 텍스트 검색의 단점도 절약한다.한편, 설명자가 아직 할당되지 않은 데이터베이스에 더 최근에 통합된 기사는 찾을 수 없을 것이다.따라서 철저한 검색을 보장하려면 통제된 언어 제목과 자유 텍스트 용어를 조합하여 사용해야 한다.[21]

저널 아티클 매개 변수

저널 기사가 색인화되면 수많은 기사 매개변수가 추출되어 구조화된 정보로 저장된다.이러한 매개변수는 문서 유형(예: "임상 시험"), 보조 식별자, (MeSH 용어), 언어, 저널의 국가 또는 출판 이력(e-public date, 인쇄 저널 발행 날짜)이다.

간행물 유형: 임상 질의/체계적 리뷰

출판 유형 매개변수는 다양한 종류의 임상 연구에 대한 보고서를 포함하여 출판 유형별로 검색을 허용한다.[22]

보조 ID

2005년 7월부터 MEDLINE 기사 인덱싱 프로세스는 기사 추상화에서 식별자를 추출하여 SI(Secondary Identifier, Secondary Identifier)라는 필드에 넣는다.2차 식별자 필드는 분자 시퀀스 데이터, 유전자 발현 또는 화학 화합물 및 임상 시험 ID의 다양한 데이터베이스에 접근 번호를 저장하는 것이다.임상 시험의 경우 PubMed는 두 개의 가장 큰 임상 등록에 대한 임상 ID를 추출한다.ClinicalTrials.gov(NCT 식별자)[23] 및 국제 표준 무작위 제어 시험 번호 등록(IRCTN 식별자)

참고 항목

특히 관련성이 있다고 판단되는 참고문헌을 표시하고 "관련 기사"를 확인할 수 있다.관련성이 있는 경우 '관련 데이터 찾기' 옵션을 사용하여 여러 스터디를 선택할 수 있으며, 모든 스터디와 관련된 기사(PubMed 또는 다른 NCBI Entrez 데이터베이스에서)를 생성할 수 있다.그 다음 관련 조항이 "관련성"의 순서로 나열된다.이러한 관련 기사 목록을 작성하기 위해 PubMed는 강력한 단어 가중 알고리즘을 사용하여 각 인용문 제목과 추상, 할당된 MeSH 표제 등의 단어를 비교한다.[24]'관련 기사' 기능은 논문의 저자들이 완전한 검색 대신 사용할 수 있다고 제안할 정도로 정밀하다는 평가를 받아왔다.[25]

MeSH에 매핑

PubMed는 MeSH 용어 및 하위 제목에 자동으로 연결된다.예를 들면 (그리고 검색에 포함) "호흡곤란", "심근경색", "심근경색", "최저암"에서 "최저암"에서 "최저신종양"으로 연결되는 링크가 있을 것이다.해당되는 경우, 이러한 MeSH 용어는 자동으로 "확장"된다. 즉, 보다 구체적인 용어가 포함된다."nursing"과 같은 용어는 "Nursing [MeSH] 또는 "Nursing [Subheading]"과 자동으로 연결된다.이 기능은 자동 용어 매핑이라고 하며, 기본적으로 자유 텍스트 검색에서는 제정되지만 정확한 구문 검색에서는 제정되지 않는다(즉, 검색 쿼리를 큰 따옴표로 묶는 것).[26]이 기능은 PubMed 검색을 더욱 민감하게 만들고 의료 용어의 다양성을 보완하여 거짓 음성(누락) 히트를 방지한다.[26]

PubMed는 인용된 문구(예: "키드니 앨로그라프트"), 별표에서 잘렸을 때(예: 신장 앨로그라프트*), 필드 라벨로 볼 때(예: 암 [ti])[21] 등의 상황에서는 용어의 자동 매핑을 적용하지 않는다.

나의 NCBI

PubMed의 선택적 시설인 "My NCBI"(무료 등록 포함)를 통해

  • 검색 저장
  • 검색 결과 필터링
  • 전자 메일로 보낸 자동 업데이트 설정
  • PubMed 검색의 일부로 검색된 참조 집합 저장
  • 표시 형식 구성 또는 검색 용어 강조 표시

다양한 옵션도 제공.[27]"My NCBI" 영역은 웹 액세스가 가능한 모든 컴퓨터에서 액세스할 수 있다."My NCBI"의 이전 버전은 "PubMed Cubby"[28]라고 불렸다.

링크아웃

LinkOut은 NLM 시설로 전체 텍스트 저널 보유를 링크하고 이용할 수 있게 한다.[29]본 NLM 시설(2010년 3월 기준)에는 덴마크의 알보르 대학교에서 시애틀의 자이모제네틱스에 이르기까지 약 3,200개 사이트(주로 학술기관)가 참여하고 있다.[30]이들 기관의 사용자는 PubMed 검색 결과(해당 기관에서 저널을 보유하는 경우) 내에서 소속 기관의 로고를 보고 전체 텍스트에 접근할 수 있다.링크아웃은 2019년 여름 주요 플랫폼 업데이트를 기점으로 아웃사이드 툴과 통합되고 있다.[31]

퍼브메드 커먼즈

2016년 PubMed는 기사의 저자들이 PubMed에 의해 색인된 기사에 대해 논평할 수 있도록 허용한다.이 기능은 처음에 파일럿 모드로 테스트되었으며(2013년 이후) 2016년에 영구적으로 제작되었다.[32]2018년 2월 펍메드 커먼즈는 '사용량이 미미하다'[33][34]는 이유로 단종됐다.

아스크메드라인

NLM이 개발한 MEDLINE/PubMed의 자유 텍스트 자연어 질의 도구인 askMEDLINE도 핸드헬드에 적합하다.[35]

Pubmed 식별자

위키백과에서 PubMed 식별자 사용에 대한 자세한 내용은 위키백과:PMID.

PMID(PubMed 식별자 또는 PubMed 고유 식별자)[36]는 다음에서 시작하는 고유한 정수 값이다.1각 PubMed 레코드에 할당됨.PMID는 PubMed Central에 게시된 모든 작품의 식별자인 PMCID(PubMed Central 식별자)와 같지 않다.[37]

출판물에 대한 PMID 또는 PMCID의 배정은 독자들에게 콘텐츠의 종류나 품질에 대해 아무것도 알려주지 않는다.PMID는 편집자에게 보내는 편지, 편집 의견, op-ed 칼럼 및 편집자가 저널에 포함하기로 선택한 다른 모든 작품과 동료 검토 논문들에 할당된다.신분증 번호의 존재도 사기나 무능, 위법행위로 논문이 철회되지 않았다는 증거가 아니다.원본 서류에 대한 수정 공고는 PMID를 부여할 수 있다.

PubMed 검색 창에 입력된 각 번호는 기본적으로 PMID인 것처럼 처리된다.따라서 PubMed의 모든 참조는 PMID를 사용하여 찾을 수 있다.

대체 인터페이스

MEDLINE은 PubMed를 통해 액세스할 수 있는 데이터베이스 중 하나이다.몇몇 회사가 그들의 플랫폼을 통해 MEDLINE에 대한 접근을 제공한다.

국립 의학 도서관은 Ebase, Ovid, Dialog, EBSCO, Knowled Finder 및 기타 많은 상업적, 비상업적 및 학술적 제공업체와 같은 다수의 민간 공급업체에 MEDLINE 정보를 임대한다.[38]2008년 10월 현재, 500개 이상의 면허가 발급되었고, 이 중 200개 이상이 미국 이외의 통신사에 발급되었다.MEDLINE 데이터를 사용하기 위한 라이선스가 무료로 제공되기 때문에, NLM은 실제로 이 옵션을 제공하는 매우 크고 전문적으로 큐레이션된 데이터베이스 중 하나인 PubMed에 다양한 대체[39] 인터페이스와 제3자 추가에 대한 무료 시험장을 제공한다.

Lu는[39] 현재 및 무료 웹 기반 PubMed 28개 버전의 샘플을 식별하여 설치나 등록이 필요 없으며, 이 샘플은 다음 4가지 범주로 분류된다.

  1. 검색 결과 순위 지정([41]예: eTBLAST, MedlineLranker,[40] MiSearch)
  2. 주제, 작성자, 저널 등에 의한 결과 클러스터링:Anne O'Tate;[42] ClusterMed;[43]
  3. 의미 및 시각화 향상(예: EB)IMED;[44] MedEvi.[45]
  4. 향상된 검색 인터페이스 및 검색 환경(예: squestMEDLINE[46][47] BabelMe)SH,[48] 그리고 PubCrawler.[49]

이러한 대안의 대부분은 본질적으로 NLM/PubMed의 라이선스에 따라 임대된 PubMed/MEDLINE 데이터에 의존하기 때문에, "PubMed 파생상품"이라는 용어가 제시되었다.[39]약 90GB의 원래의 Pubmed 데이터셋을 저장할 필요 없이, 누구나 Eric Sayers의 "The E-Utility In-Depth: Parameters, Syntax 등"에서 설명한 대로 eutils-application 프로그램 인터페이스를 사용하여 PubMed 애플리케이션을 작성할 수 있다.[50]PMID 번호를 입력으로 사용하는 다양한 인용 형식 생성기는 eutils-application 프로그램 인터페이스를 사용하는 웹 애플리케이션의 예들이다.샘플 웹 페이지에는 인용 생성기 - 믹 슈뢰더, 퍼브드 인용 생성기 - 주간 초음파, PMID2cite, Cite 등이 있다.

PubMed의 데이터 마이닝

PubMed에서 데이터를 채굴하기 위한 대안적인 방법은 Matlab, Python 또는 R과 같은 프로그래밍 환경을 사용한다.이 경우 PubMed의 쿼리는 코드 라인으로 작성되어 PubMed에 전달되며, 그 후 프로그래밍 환경에서 직접 응답이 처리된다.질병, 연도, 장기 등 키워드가 다른 체계적으로 질의할 수 있도록 코드를 자동화할 수 있다.최근 발간(2017년)에 따르면 PubMed에서 암 관련 출품 비중이 1950년대 6%에서 2016년 16%로 높아졌다.[9]

PubMed가 액세스할 수 있는 데이터는 MEDOC와 같은 비공식 도구를 사용하여 로컬로 미러링할 수 있다.[51]

수백만 개의 PubMed 레코드가 Unpaywall과 같은 개방형 액세스에 대한 다양한 오픈 데이터 데이터셋을 증가시킨다.Unpaywall Journals와 같은 데이터 분석 도구는 도서관에서 빅딜 취소를 돕기 위해 사용된다: 도서관은 PubMed Central과 같은 열린 보관소를 통해 즉시 오픈 액세스로 이미 제공되는 자료의 구독을 피할 수 있다.[52]

참고 항목

참조

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외부 링크