TopFIND

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내용
설명TopFIND는 단백질 터미네이션에 대한 지식과 통합된 단백질 데이터의 중심 자원인 Termini 지향 단백질 기능 유추 데이터베이스로, 프로테아제에 의한 단백질 분해 처리, 단자 아미노산 수정 및 지역사회 공헌을 UniProt 및 MEROPS 데이터베이스와 결합하여 생성된 유추된 기능 함수의 함수의 핵심 자원이다.
데이터 유형
발동.		단백질 주석
유기체H. 사피엔스, M. 근육통, A. 탈리아나, S. 세레비시아, 대장균
연락처
리서치센터캐나다 브리티시 컬럼비아 대학교(UBC)
실험실크리스토퍼 오버올
작가들필립 F.랑게
1차 인용TopFIND 2.0 - 단백질 종단부를 단백질 분해 처리 및 수정과 연동하여 단백질 기능[1] 변경
출시일자2011
접근
데이터 형식사용자 지정 쉼표로 구분된 파일, SQL, XML.
웹사이트clipserve.clip.ubc.ca/topfind
잡다한
면허증Creative Commons Attribution-NoDerivs
큐레이션 정책예 - 수동 및 자동.데이터베이스 큐레이터 및 계산 알고리즘에 의해 생성된 자동 주석 규칙.

TopFIND는 Termini 지향 단백질 함수 추론 데이터베이스(TopFIND)는 단백질 종말기에 초점을 맞춘 통합 지식 기반이며, 단백질 종말의 단백질 형성과 기능적 함의에 의한 형성이다.연구 문헌에서 도출된 단백질 처리 및 처리 상태와 그 기능적 함의에 관한 정보, 과학계의 공헌 및 생물학적 데이터베이스 등을 수록하고 있다.[2]

배경

단백질의 가장 기본적인 특징으로는 폴리펩타이드 체인의 시작과 끝을 정의하는 N-와 C-termini가 있다.유전적으로 인코딩되는 동안 단백질 종단 이소폼도 번역하는 동안 생성되는 경우가 많은데, 그 후 종단부는 다량의 엑소프티다아제들에 의해 종단부가 자주 다듬어지는 등 매우 역동적이다.네오-터미니 또한 정확하고 제한적인 단백질 분해, 처리라고 불리는 후 엔도펩티다아제에 의해 생성될 수 있다.많은 단백질의 성숙에 필요한 가공도 그 후에 발생할 수 있으며, 종종 극적인 기능적 결과를 초래한다.이상 단백질 분해는 관절염이나[3] 암과 같은 광범위한 질병을 일으킬 수 있다.[4]따라서 단백질의 단백질 분해 생성, 단백질 분해에 대한 단백질의 보편적 감수성, 그리고 그 불가역성은 많은 고도로 연구된 변환 후 수정으로부터 단백질 분해를 구별한다.프로테아제는 프로테아제 거미줄에[5][6] 밀접하게 연결되어 있으며 질병에서 그 이상 활동은 특징적인 단백질 종말을 가진 진단 파편 프로파일로 이어질 수 있다.[7]단백질 분해 후에 새로 형성된 단백질 종단부는 단백질 기능과 안정성에 영향을 미치는 과정인 [8]더 변형될 수 있다.[9]

기술 자료 컨텐츠

TopFIND는 체내 방법론뿐만 아니라 실리코, 체외, 체외에서 이용 가능한 모든 사람이 발견한 단백질 N-와 C-termini의 포괄적 커버리지를 위한 자원이다.UniProt와 MEROPS의 데이터를 원활히 통합하여 기존 지식을 활용하고 커뮤니티 제출 및 수동 문헌 큐레이션의 새로운 데이터에 대한 액세스를 제공한다.아세틸화 및 시추와 같은 단백질 종말의 변형을 렌더링하여 쉽게 접근하고 검색할 수 있으며, 단백질 전체에서 단자 변경의 연장 및 분포를 식별하고 분석하는 수단을 제공한다.창간 이래 상위FIND는 더 많은 종으로 확대되었다.[1]

데이터 액세스

데이터는 종단부 관측, 종단부 수정 또는 단백질 분해에 이르게 한 억제된 배경 정보 및 기초 증거와의 관계를 강조하여 사용자에게 제시된다.간략히 단백질 정보, 그 영역 구조, 단백질 종단, 종단 수정 및 기타 단백질에 의한 단백질 처리 등이 열거되어 있다.모든 정보는 원본, 식별 방법, 신뢰도 측정 또는 관련 출판물과 같은 메타데이터를 수반한다.위치 교차 상관 평가는 종단 부위와 갈라진 부위를 단백질 특징(아미노산 변형 등) 및 영역과 일치시켜 잠재적인 영향과 의존성을 고유한 방식으로 강조한다.또한, 단백질 상호작용과 연계된 프로테아제, 기질 또는 프로테아제 억제제로 기능 의존성을 보이는 모든 단백질의 네트워크 뷰를 제공하여 네트워크 넓은 효과를 쉽게 평가한다.강력하지만 사용자에게 친숙한 필터링 메커니즘은 사용된 방법론, 생체내 관련성, 신뢰도 또는 데이터 소스(예: 단일 실험실 또는 출판물로 제한)와 같은 매개변수에 따라 제시된 데이터를 필터링할 수 있도록 한다.이는 생리학적 관련 데이터를 평가하고 벤치 과학자와 관련된 기능 정보와 가설을 추론하는 수단을 제공한다.이후 릴리스에서는 실험 데이터의 단백질 분해 경로 평가를 위한 분석 도구가 추가되었다.[10]

참고 항목

참조

  1. ^ a b Lange, P. F.; Huesgen, P. F.; Overall, C. M. (2011). "TopFIND 2.0--linking protein termini with proteolytic processing and modifications altering protein function". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D351–D361. doi:10.1093/nar/gkr1025. PMC 3244998. PMID 22102574.
  2. ^ Lange, P. F.; Overall, C. M. (2011). "TopFIND, a knowledgebase linking protein termini with function". Nature Methods. 8 (9): 703–704. doi:10.1038/nmeth.1669. PMID 21822272. S2CID 7195106.
  3. ^ Cox JH, Starr AE, Kappelhoff R, Yan R, Roberts CR, Overall CM (December 2010). "Matrix metalloproteinase 8 deficiency in mice exacerbates inflammatory arthritis through delayed neutrophil apoptosis and reduced caspase 11 expression". Arthritis & Rheumatism. 62 (12): 3645–3655. doi:10.1002/art.27757. PMID 21120997.{{cite journal}}: CS1 maint : 복수이름 : 작성자 목록(링크)
  4. ^ Overall CM, Kleifeld O (March 2006). "Tumour microenvironment - opinion: validating matrix metalloproteinases as drug targets and anti-targets for cancer therapy". Nature Reviews Cancer. 6 (3): 227–239. doi:10.1038/nrc1821. PMID 16498445. S2CID 21114447.
  5. ^ Nikolaus Fortelny, Jennifer H. Cox, Reinhild Kappelhoff, Amanda E. Starr, Philipp F. Lange, Paul Pavlidis & Christopher M. Overall (2014). "Network analyses reveal pervasive functional regulation between proteases in the human protease web". PLOS Biology. 12 (5): e1001869. doi:10.1371/journal.pbio.1001869. PMC 4035269. PMID 24865846.{{cite journal}}: CS1 maint : 복수이름 : 작성자 목록(링크)
  6. ^ Nikolaus Fortelny, Georgina S. Butler, Christopher M. Overall & Paul Pavlidis (2017). "Protease-Inhibitor Interaction Predictions: Lessons on the Complexity of Protein-Protein Interactions". Molecular & Cellular Proteomics. 16 (6): 1038–1051. doi:10.1074/mcp.M116.065706. PMC 5461536. PMID 28385878.{{cite journal}}: CS1 maint : 복수이름 : 작성자 목록(링크)
  7. ^ Pitter F. Huesgen, Philipp F. Lange & Christopher M. Overall (2014). "Ensembles of protein termini and specific proteolytic signatures as candidate biomarkers of disease". Proteomics: Clinical Applications. 8 (5–6): 338–350. doi:10.1002/prca.201300104. PMID 24497460. S2CID 24591183.
  8. ^ Philipp F. Lange & Christopher M. Overall (2013). "Protein TAILS: when termini tell tales of proteolysis and function". Current Opinion in Chemical Biology. 17 (1): 73–82. doi:10.1016/j.cbpa.2012.11.025. PMID 23298954.
  9. ^ Philipp F. Lange, Pitter F. Huesgen, Karen Nguyen & Christopher M. Overall (2014). "Annotating N termini for the human proteome project: N termini and Nalpha-acetylation status differentiate stable cleaved protein species from degradation remnants in the human erythrocyte proteome". Journal of Proteome Research. 13 (4): 2028–2044. doi:10.1021/pr401191w. PMC 3979129. PMID 24555563.{{cite journal}}: CS1 maint : 복수이름 : 작성자 목록(링크)
  10. ^ Nikolaus Fortelny, Sharon Yang, Paul Pavlidis, Philipp F. Lange & Christopher M. Overall (2015). "Proteome TopFIND 3.0 with TopFINDer and PathFINDer: database and analysis tools for the association of protein termini to pre- and post-translational events". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D290–D297. doi:10.1093/nar/gku1012. PMC 4383881. PMID 25332401.{{cite journal}}: CS1 maint : 복수이름 : 작성자 목록(링크)

외부 링크