메롭스
MEROPS내용 | |
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묘사 | MEROPS: 단백질 분해 효소, 그 기질 및 억제제의 데이터베이스. |
연락 | |
연구소 | 웰컴 트러스트 생어 연구소 |
작가들 | 닐 D 롤링스 |
주요 인용문 | 롤링스 & al. (2012)[1] |
발매일 | 2010 |
접근 | |
웹 사이트 | http://merops.sanger.ac.uk |
MEROPS는 펩티드가수분해효소(단백질가수분해효소, 단백질분해효소 및 단백질분해효소라고도 함) 및 이들의 억제제에 [2]대한 온라인 데이터베이스입니다.펩티드가수분해효소에 대한 분류 체계는 [3]롤링스 & 배럿이 1993년에, 단백질 억제제에 대한 분류 체계는 [4]롤링스 등이 2004년에 발표했다.최신 버전인 MEROPS 12.3은 2020년 [5]9월에 출시되었습니다.
개요
분류는 제3차 및 제1차 구조 수준에서의 유사성에 기초한다.비교는 반응에 직접 관여하는 배열의 부분으로 제한되며, 펩티드가수분해효소의 경우 활성 부위를 포함해야 하며, 단백질 억제제의 경우 반응 부위를 포함해야 한다.분류는 계층적입니다. 시퀀스는 패밀리로, 패밀리는 패밀리로 구성됩니다.각 펩티드가수분해효소, 패밀리 및 클랜은 고유한 식별자를 가지고 있다.
분류
가족
펩티드가수분해효소군은 아미노산 배열의 비교를 통해 구성된다.유형 예, 즉 잘 특징지어지는 펩티드가수분해효소 또는 억제제의 배열 주위에 패밀리가 조립된다.패밀리의 다른 모든 시퀀스는 패밀리의 멤버로 이미 표시되어 있는1개 이상의 시퀀스를 포함하는 전이 관계를 통해 패밀리의 유형 예시와 관련되어야 합니다.일반적으로 FastA 또는 BlastP는 시퀀스 관계를 확립하는 데 사용되며, 0.001 이하의 기대값은 통계적으로 유의한 것으로 간주됩니다.HMMER 또는 psi-blast 검색은 패밀리와 멀리 관련된 시퀀스를 추가하는 데 사용됩니다.각 패밀리는 포함된 펩티드가수분해효소의 촉매유형을 나타내는 문자 뒤에 임의의 고유번호로 식별됩니다.
일부 가문은 가족 내에서 매우 오래된 분리의 증거로 인해 하위 과로 나뉜다.이 분산은 아미노산 잔기 100개당 150개 이상의 허용 지점 돌연변이에 해당한다.
클랜
3차원 구조의 유사성은 많은 가족들이 다른 가족들과 같은 조상을 공유하고 있다는 증거를 뒷받침한다."Clan"은 그러한 가족의 그룹을 묘사할 때 사용됩니다.또한 클랜은 잘 특징지을 수 있는 펩티드가수분해효소 또는 억제제의 구조인 유형예 주위에 조립된다.가족 구성원의 3차 구조가 클랜형 예시와 관련이 있음을 나타낼 수 있는 경우 클랜에 가족이 포함된다.일반적으로 DALI는 클랜 멤버십을 확립하는 데 사용되며 z 점수가 6.00 표준 편차 단위 이상이면 통계적으로 유의한 것으로 간주됩니다.펩티드가수분해효소의 경우, 3차 구조가 없을 때 패밀리가 관련이 있음을 나타내는 다른 증거는 배열에 동일한 순서의 촉매 잔류물을 포함한다.
식별자
각 패밀리, 클랜, 펩티드가수분해효소 및 억제제는 고유한 식별자를 가진다.식별자에 대한 설명과 예는 아래 표에 나와 있습니다.
유형 | 식별자 설명 | 식별자 예시 |
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가족 | 촉매 유형을 나타내는 문자 뒤에 최대 두 자리 일련 번호가 표시됩니다. | A1 |
클랜 | 촉매 유형을 나타내는 첫 번째 문자 뒤에 일련 문자가 표시됩니다. | AA |
펩티다아제 | 패밀리 이름(필요한 경우 0으로 채워져 3자리가 되도록 함), 점 및 3자리 일련 번호 | A01.001 |
억제제 | 첫 번째 'I' 뒤에 패밀리 이름(0으로 채워짐), 점 및 세 자리 일련 번호가 표시됩니다. | I10.001 |
복합 억제제 | 첫 번째 'L'은 모든 복합억제제에 대한 것이다.'L' 뒤에 억제제 단위의 성씨(3자로 패딩)가 붙는다.대시 뒤에 세 자리 일련 번호가 있습니다. | LI01-001 |
소분자억제제 | 각 SMI에는 첫 번째 J와 다섯 자리 숫자로 이루어진 식별자가 할당됩니다. | J00095 |
「 」를 참조해 주세요.
- 단백질 분해 지도
- TopFIND는 단백질 분해효소, 분해 부위 특이성, 기질, 억제제 및 활성에서 유래한 단백질 말단을 다루는 과학적 데이터베이스입니다.
- 단백질 슈퍼패밀리
- PA 클랜
- 촉매 삼합체
레퍼런스
- ^ Rawlings, Neil D; Barrett Alan J; Bateman Alex (January 2012). "MEROPS: the database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors". Nucleic Acids Res. England. 40 (Database issue): D343-50. doi:10.1093/nar/gkr987. PMC 3245014. PMID 22086950.
- ^ Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (January 2010). "MEROPS: the peptidase database". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D227–33. doi:10.1093/nar/gkp971. PMC 2808883. PMID 19892822.
- ^ 롤링스, N.D. & Barrett, A.J. (1993) "펩티드가수분해효소의 진화적 패밀리"생화학 J 290, 205-218
- ^ 롤링스, N.D., Tolle, D.P. & Barrett, A.J.(2004) "펩티드가수분해효소 억제제의 진화적 패밀리"생화학 J 378, 705-716
- ^ "What's New in MEROPS?".