누클레스 S1

Nuclease S1
누클레스 S1
식별자
EC 번호3.1.30.1
CAS 번호.37288-25-8
데이터베이스
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PDB 구조RCSB PDB PDBe PDBsum
S1-P1 누클레스
PDB 1ak0 EBI.jpg
P1 Nuclease(기질 아날로그가 있는 복합체)
식별자
기호S1-P1_nuclease
PfamPF02265
Pfam 씨CL0368
인터프로IPR003154
SCOP21ak0 / SCOPe / SUPFAM
CDDcd11010

누클레스 S1(EC 3.1.30.1)은 단일 가닥 DNA(ssDNA)와 RNA를 올리고- 또는 단핵화물로 분할하는 엔도누클레스 효소다.이 효소는 다음과 같은 화학 반응을 촉진한다.

5'-인산모노뉴클레오티드 및 5'-인산소뉴클레오티드 최종제품에 대한 내핵분열성 분열

1차 기질은 단일 가닥이지만 이중 가닥 DNA나 RNA, 즉 DNA-RNA 하이브리드에 단일 가닥 균열을 도입하기도 한다.이 효소는 루프나 틈새와 같은 이중 DNA에서 단일 좌초 부위를 가수 분해한다.그것은 또한 보완 가닥의 구멍 맞은편에 있는 가닥을 갈라놓는다.그것은 순서의 특수성이 없다.

잘 알려진 버전으로는 아스페르길루스 오리재(노란 코지 몰드)에서 발견된 S1과 페니실륨 시트리눔에서 발견된 누클레스 P1이 있다.S1/P1 계열의 구성원은 원핵생물 및 진핵생물 모두에서 발견되며, 프로그램된 세포 사망과 조직 분화에도 관련이 있는 것으로 생각된다.게다가 세포외, 즉 세포외에서 분비된다.그들의 기능과 특징들은 그들이 생명공학 분야에서 이용될 가능성이 있다는 것을 의미한다.

명명법

Alternative names include endonuclease S1 (Aspergillus), single-stranded-nucleate endonuclease, deoxyribonuclease S1, deoxyribonuclease S1, Aspergillus nuclease S1, Neurospora crassa single-strand specific endonuclease, S1 nuclease, single-strand endodeoxyribonuclease, single-stranded DNA specific endonuclease, single-strand-specific endodeoxyribonuclease, 단일 가닥 고유 DNase 및 Aspergillus oryzae S1 nuclease.

구조

EC 3.1.30.1 활동을 가진 대부분의 핵은 누클레스 S1/P1이라는 단백질 도메인 계열에서 서로 동질적이다.[1]

P1과 S1을 포함한 이 계열의 구성원들은 매우 뚜렷한 특징을 가진 당단백질이다. 그들은 다음과 같다.

이러한 요건과 구별되는 특징은 기능적 효능을 담당한다.그것은 효소인데 이 네 가지 특징이 효소 기능을 위해 필요하다.세 개의 아연 이온은 촉매에 필수적이다.처음 두 개의 진은 수력분해에서 공격수를 활성화하는 반면, 세 번째 아연 이온은 왼쪽 옥시아니온을 안정시킨다.[2][3]

특성.

누클레스 S1
식별자
유기체아스페르길루스 오라예
기호누크스
유니프로트P24021
누클레스 P1
식별자
유기체페니실륨시트리눔
기호NuP1
유니프로트P24289

아스페르길루스 누클레스 S1은 분자량 38킬로달톤의 단층 단백질이다.공동 인자로서 Zn이2+ 필요하며, 요소, SDS, 포름알데히드 등의 변성 물질에 대하여 비교적 안정적이다.그것의 활동에 대한 최적의 pH는 4-4.5이다.아스페르길루스 누클레스 S1은 50μM ATP, 거의 1mM ATP에 의해 다소 억제되는 것으로 알려져 있다.[4][5] 50% 억제력은 85μM dAMP와 1μM dATP에서 나타났으나 cAMP에 의해 억제되지 않았다.[6]

메커니즘

이 아연 의존성 누클레스 단백질 영역은 5' 뉴클레오티드를 생성하며 3' 뉴클레오티드에서 인산염 그룹을 분리한다.또한 활성 부위의 캐비티에 위치한 트립토판의 측면 사슬과 그것의 등뼈는 아연 이온 중 하나의 작용을 지지한다.그러한 메커니즘은 효소의 촉매 기능에 필수적이다.[1]

사용하다

아스페르길루스 누클레스 S1은 누클레스 보호 검사에서 시약으로 실험실에서 사용된다.분자생물학에서는 DNA 분자에서 좌초된 꼬리 한 개를 제거해 뭉툭한 종말 분자를 만들고 이중 좌초된 cDNA 합성 과정에서 발생하는 헤어핀 루프를 여는 데 사용된다.

참고 항목

  • 녹두 누클레스, 비슷한 활동이지만 아마도 동음이의어는 아닐 것이다.
  • DNA/RNA 비특정 Endonuclease, DNA/RNA 활성도는 유사하지만 이중 가닥 기질을 더 잘 수용하는 비호몰성 가족

참조

  1. ^ a b Balabanova LA, Gafurov YM, Pivkin MV, Terentyeva NA, Likhatskaya GN, Rasskazov VA (February 2012). "An extracellular S1-type nuclease of marine fungus Penicillium melinii". Marine Biotechnology. 14 (1): 87–95. doi:10.1007/s10126-011-9392-5. PMID 21647618. S2CID 17856850.
  2. ^ Podzimek T, Matoušek J, Lipovová P, Poučková P, Spiwok V, Santrůček J (February 2011). "Biochemical properties of three plant nucleases with anticancer potential". Plant Science. 180 (2): 343–51. doi:10.1016/j.plantsci.2010.10.006. PMID 21421379.
  3. ^ Romier C, Dominguez R, Lahm A, Dahl O, Suck D (September 1998). "Recognition of single-stranded DNA by nuclease P1: high resolution crystal structures of complexes with substrate analogs". Proteins. 32 (4): 414–24. doi:10.1002/(sici)1097-0134(19980901)32:4<414::aid-prot2>3.0.co;2-g. PMID 9726413.
  4. ^ Yang X, Pu F, Ren J, Qu X (July 2011). "DNA-templated ensemble for label-free and real-time fluorescence turn-on detection of enzymatic/oxidative cleavage of single-stranded DNA". Chemical Communications. 47 (28): 8133–5. doi:10.1039/c1cc12216a. PMID 21629944.
  5. ^ Wrede P, Rich A (November 1979). "Stability of the unique anticodon loop conformation of E.coli tRNAfMet". Nucleic Acids Research. 7 (6): 1457–67. doi:10.1093/nar/7.6.1457. PMC 342320. PMID 41223.
  6. ^ Wiegand RC, Godson GN, Radding CM (November 1975). "Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae". The Journal of Biological Chemistry. 250 (22): 8848–55. PMID 171268.

추가 읽기

이 글에는 공용 도메인 Pfam과 InterPro: IPR003154의 텍스트가 통합되어 있다.