메타사이크
MetaCyc | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 대사 경로 및 효소 데이터베이스 |
| 연락 | |
| 연구소 | SRI 인터내셔널 |
| 작가들 | 카스피, H. 푸어스터, C.A.풀처, L.A. 뮐러, 피터 카프 |
| 주요 인용문 | Caspi 등 ([1]2014) |
| 발매일 | 1997 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | metacyc |
MetaCyc 데이터베이스는 현재 사용 가능한 가장 큰 대사 경로 및 효소 데이터베이스 중 하나이다.데이터베이스의 데이터는 과학 문헌에서 수동으로 큐레이션되며 모든 생명 영역을 포괄합니다.MetaCyc는 화합물, 반응, 대사 경로 및 효소에 대한 광범위한 정보를 가지고 있습니다.그 데이터는 58,000개 이상의 [1][2][3]출판물에서 수집되었다.
MetaCyc는 다양한 용도로 설계되었습니다.그것은 종종 광범위한 온라인 대사 백과사전으로 사용된다.또한 MetaCyc는 배열된 게놈에서 유기체의 대사 네트워크를 계산적으로 예측하기 위한 참조 데이터 세트로 사용되며, BioCyc Database Collection을 포함한 수천 개의 유기체에 대한 경로 예측을 수행하는 데 사용되어 왔다.MetaCyc는 대사 공학 및 대사학 연구에도 사용된다.
MetaCyc는 관련 문헌 참조뿐만 아니라 배경 정보를 제공하는 경로 및 효소에 대한 미니 리뷰를 포함한다.또한 개별 효소에 대한 광범위한 데이터를 제공하며, 하위 단위 구조, 보조 인자, 활성제 및 억제제, 기질 특이성 및 사용 가능한 경우 운동 상수를 설명한다.대사물에 대한 MetaCyc 데이터는 화학 구조, 예측 표준 생성 에너지 및 외부 데이터베이스와의 연결을 포함한다.MetaCyc의 반응은 모든 구성요소의 구조를 포함하는 시각적 디스플레이로 나타납니다.반응은 균형을 이루며 EC 번호, 반응 방향, 반응물 화합물과 생성물 화합물 간의 대응 관계를 설명하는 예측 원자 매핑, 계산된 깁스 자유 에너지를 포함한다.
MetaCyc의 모든 오브젝트는 클릭이 가능하며 관련 오브젝트에 쉽게 접근할 수 있습니다.예를 들어, L-리신에 대한 페이지는 L-리신이 참여하는 모든 반응과 그것들을 촉매하는 효소 및 이러한 반응이 일어나는 경로를 나열합니다.
레퍼런스
- ^ a b Caspi R, Altman T, Billington R, Dreher K, Foerster H, Fulcher CA, Holland TA, Keseler IM, Kothari A, Kubo A, Krummenacker M, Latendresse M, Mueller LA, Ong Q, Paley S, Subhraveti P, Weaver DS, Weerasinghe D, Zhang P, Karp PD (January 2014). "The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D473–9. doi:10.1093/nar/gkp875. PMC 2808959. PMID 19850718.
- ^ "MetaCyc Publications".
- ^ Karp PD, Caspi R (September 2011). "A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family". Arch. Toxicol. 85 (9): 1015–33. doi:10.1007/s00204-011-0705-2. PMC 3352032. PMID 21523460.
