PDBum
PDBsum | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 단백질 데이터 뱅크에 포함된 구조 개요. |
| 데이터형 발동. | 단백질 구조 |
| 유기체 | 모든. |
| 연락 | |
| 연구소 | 유럽생물정보학연구소(EBI) |
| 작가들 | 로만 라스코스키 & al. (1997년) |
| 주요 인용문 | PMID 9433130 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | www |
| 여러가지 종류의 | |
| 북마크 가능 엔티티 | 네. |
PDBSum은 Protein Data [1][2][3][4]Bank에 축적된 각 3D 고분자 구조의 내용을 개략적으로 보여주는 데이터베이스입니다.데이터베이스의 원래 버전은 1995년경에 Roman Laskowski와 University College [5]London의 협력자들에 의해 개발되었다.2014년 현재 PDBsum은 Laskowski와 유럽생물정보연구소(EBI)의 Janet Thornton의 연구실에서 협력자들에 의해 유지되고 있습니다.
PDBSum 데이터베이스의 각 구조는 구조 이미지(메인 뷰, 하단 뷰 및 우측 뷰), 복합체(구조), 효소 반응도(해당하는 경우), 유전자 온톨로지 기능 할당, Pfam 및 InterPro 도메인 할당에 의해 주석화된 1D 배열, 분자와 그래프의 설명을 포함한다.단백질과 2차 구조 사이의 상호작용을 보여주는 hic, 단백질-단백질 상호작용의 개략도, 구조 내에 포함된 균열 분석 및 외부 데이터베이스와의 [6]연결을 보여준다.RasMol 및 Jmol 분자 그래픽 소프트웨어는 PDBSum [5]내에서 분자와 분자의 상호작용을 3D로 보여주는 데 사용됩니다.
2012년 10월 1000 Genomes Project가 발표된 이후, 이 프로젝트에서 확인된 모든 단일 아미노산 변이는 단백질 데이터 뱅크에서 대응하는 단백질 배열에 매핑되었습니다.이러한 변형은 PDBSum 내에도 표시되며,[6] 관련 UniProt 식별자를 상호 참조됩니다.PDBSum에는 구조 기반 의약품 설계에 관심이 있을 수 있는 많은 단백질 구조가 포함되어 있습니다.PDBSum의 한 지점인 DrugPort는 이러한 모델에 초점을 맞추고 있으며 DrugBank 약물 표적 데이터베이스와 [6][7]연계되어 있다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (Dec 1997). "PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures". Trends in Biochemical Sciences. 22 (12): 488–90. doi:10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID 9433130.
- ^ Laskowski RA (Jan 2001). "PDBsum: summaries and analyses of PDB structures". Nucleic Acids Research. 29 (1): 221–2. doi:10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784. PMID 11125097.
- ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (Jan 2005). "PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D266-8. doi:10.1093/nar/gki001. PMC 539955. PMID 15608193.
- ^ Laskowski RA (Jan 2009). "PDBsum new things". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D355-9. doi:10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501. PMID 18996896.
- ^ a b "PDBsum documentation: About PDBsum". European Molecular Biology Laboratory – The European Bioinformatics Institute. Retrieved 9 September 2014.
- ^ a b c de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA (Jan 2014). "PDBsum additions". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D292-6. doi:10.1093/nar/gkt940. PMC 3965036. PMID 24153109.
- ^ Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035-41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682.
외부 링크
- Laskowski RA, Thornton JM. "PDBsum home page". European Bioinformatics Institute.
