브렌다
BRENDA | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | IUBMB에 의해 분류된 효소에 대한 분자 및 생화학 정보 |
| 연락 | |
| 연구소 | Technische Universityt Braunschweig, 생화학 및 생물정보학부 |
| 주요 인용문 | PMID 21062828 |
| 발매일 | 1987 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://www.brenda-enzymes.org |
| 다운로드 URL | 형태 |
| 웹 서비스 URL | 비누. |
브렌다(The Comprehensive Enze Information System)는 가장 포괄적인 효소 저장소 중 하나를 대표하는 정보 시스템입니다.IUBMB에 의해 분류된 효소에 대한 분자 및 생화학 정보를 포함하는 전자 자원입니다.모든 분류된 효소는 촉매 생화학 반응에 대해 특징지어집니다.대응하는 반응물질(기질 및 생성물)의 운동학적 특성이 상세하게 설명된다.BRENDA는 일차 과학 문헌에서 수동으로 추출한 효소 특이 데이터와 텍스트 마이닝과 같은 자동 정보 검색 방법에서 파생된 추가 데이터를 포함합니다.데이터에 대한 편리하고 정교한 액세스를 가능하게 하는 웹 기반 사용자 인터페이스를 제공합니다.
역사
브렌다는 1987년 브라운슈바이크에 있는 구 독일생명공학연구센터(현 헬름홀츠 감염연구센터)에서 설립되었으며, 원래는 일련의 책으로 출판되었습니다.이것의 이름은 원래 Braunschweig 효소 데이터베이스의 약자였다.1996년부터 2007년까지 브렌다는 쾰른 대학에 있었습니다.그곳에서 브렌다는 공개적으로 접근할 수 있는 효소 정보 [1]시스템으로 발전했습니다.2007년 브렌다는 브라운슈바이크로 돌아왔다.현재 BRENDA는 TU Braunschweig의 생물정보학 및 생화학부에서 유지 및 개발되고 있습니다.
갱신
브렌다에 있는 데이터의 주요 업데이트는 1년에 두 번 수행됩니다.컨텐츠의 업그레이드 외에, 유저 인터페이스의 개선도 BRENDA 데이타베이스에 짜넣어지고 있습니다.
콘텐츠 및 기능
데이터베이스:
데이터베이스에는 IUBMB에 따라 분류된 7000개 이상의 EC 번호에 대한 효소 특이 정보가 포함된 40개 이상의 데이터 필드가 포함되어 있습니다.서로 다른 데이터 필드에는 효소의 명명법, 반응 및 특이성, 효소 구조, 분리 및 준비, 효소 안정성, Km 값 및 전환 수, 발생 및 국소화, 돌연변이와 공학적 효소, 효소 및 리간드 관련 데이터에 대한 정보가 포함됩니다.현재, BRENDA에는 140,000개가 넘는 다양한 과학 기사의 수동 주석 데이터가 포함되어 있습니다.각 효소 엔트리는 적어도 하나의 문헌 참조, 그 원천 유기체 및 가능한 경우 [1]효소의 단백질 배열과 명확하게 관련되어 있다.브렌다의 중요한 부분은 이름, 동의어 또는 화학 구조를 통해 이용 가능한 110,000개 이상의 효소 배위자를 나타낸다."리간드"라는 용어는 효소와 상호작용하는 모든 저분자량 화합물에 이 맥락에서 사용됩니다.여기에는 1차 대사물, 공동 기질 또는 보조 인자의 대사물뿐만 아니라 효소 억제제 또는 금속 이온도 포함된다.이러한 분자의 기원은 자연적으로 발생하는 항생제에서부터 약품이나 살충제의 개발을 위해 합성된 합성 화합물까지 다양하다.또한 생물의학적 온톨로지뿐만 아니라 시퀀스 및 3D 구조 데이터베이스와 같은 외부 정보 자원에 대한 상호 참조가 제공된다.
내선번호:
2006년 이후, BRENDA의 데이터는 공존 기반 텍스트 마이닝 접근법에 의해 과학 문헌에서 추출된 정보로 보완된다.이를 위해 4개의 텍스트 마이닝 저장소 FRENDA(Full Reference ENzyme DATA), AUMENTA(ENzyme DATA), DRENDA(질병 관련 ENzyme 정보 DATAase) 및 KEDA(Kinetic ENzyme DATA)가 도입되었다.이러한 텍스트 마이닝 결과는 문헌 데이터베이스 PubMed에 [1][2][3]있는 모든 기사의 제목과 요약에서 파생되었다.
데이터 액세스:
브렌다에는 데이터에 접근할 수 있는 몇 가지 도구가 있습니다.그 중 일부는 여기에 기재되어 있습니다.
- 몇 가지 다른 쿼리 양식(예: 빠른 검색 및 고급 검색)
- EC 트리 브라우저
- 분류법 트리 브라우저
- 다양한 생물학적 영역에 대한 온톨로지(예: BRENDA 조직 온톨로지, Gene Ontology)
- 리간드 이름에 대한 시소러스
- 배위자 구조용 화학 서브구조 검색 엔진
- SOAP 인터페이스
유용성
브렌다 이용은 무료입니다.또한 FRENDA와 AUMENTA는 비영리 사용자에게는 무료입니다.상용 사용자는 바이오베이스를 통해 이러한 데이터베이스에 대한 라이센스가 필요합니다.
기타 데이터베이스
BRENDA는 효소에 다른 초점을 둔 여러 데이터베이스(예: 대사 기능 또는 효소 구조)에 대한 링크를 제공합니다.다른 연결은 해당 효소의 해당 유전자에 대한 존재론적 정보로 이어진다.문헌에 대한 링크는 PubMed와 함께 확립됩니다.BRENDA는 다음과 같은 추가 데이터베이스 및 저장소에 링크합니다.
- 브렌다 조직 온톨로지
- ExPASy
- NCBI 데이터베이스(단백질, 뉴클레오티드, 구조, 게놈, OMIM, 도메인)
- IUBMB효소명칭법
- 케그
- PDB 데이터베이스(3D 정보)
- 프로 사이트
- 스코프
- 캐스
- 인터프로
- 체비
- 유니프로트
레퍼런스
- ^ a b c Chang A, Scheer M, Grote A, Schomburg I, Schomburg D (2008). "BRENDA, AMENDA and FRENDA the enzyme information system: new content and tools in 2009". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D588-92. doi:10.1093/nar/gkn820. PMC 2686525. PMID 18984617.
- ^ 촘부르크 I, 창 A, 플라체크 S, 쇠엔겐 C, 로테르 M, 랑 M, 무나레토 C, 울라스 S, 스틸저 M, 그로테 A, 쉬어 M, 촘부르크 D: "2013년 통합 반응, 효소 분류 데이터, 개선됨D764-D772
- ^ Barthelmes J, Ebeling C, Chang A, Schomburg I, Schomburg D (2006). "BRENDA, AMENDA and FRENDA: the enzyme information system in 2007". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D511-4. doi:10.1093/nar/gkl972. PMC 1899097. PMID 17202167.
추가 정보
- Scheer M, Grote A, Chang A, Schomburg I, Munaretto C, Rother M, Söhngen C, Stelzer M, Thiele J, Schomburg D (2011). "BRENDA, the enzyme information system in 2011". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D670–76. doi:10.1093/nar/gkq1089. PMC 3013686. PMID 21062828.
- Chang A, Scheer M, Grote A, Schomburg I, Schomburg D (2009). "BRENDA, AMENDA and FRENDA the enzyme information system: new content and tools in 2009". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D588–92. doi:10.1093/nar/gkn820. PMC 2686525. PMID 18984617.
- Schomburg D, Schomburg I, Chang A (2006). Springer Handbook of Enzymes (2nd ed.). Heidelberg: Springer.
- Schomburg I, Chang A, Ebeling C, Gremse M, Heldt C, Huhn G, Schomburg D (2004). "BRENDA, the enzyme database: updates and major new developments". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D431–433. doi:10.1093/nar/gkh081. PMC 308815. PMID 14681450.
- Pharkya P, Nikolaev EV, Maranas CD (2003). "Review of the BRENDA Database". Metab Eng. 5 (2): 71–73. doi:10.1016/S1096-7176(03)00008-9. PMID 12850129.
- Schomburg I, Chang A, Hofmann O, Ebeling C, Ehrentreich F, Schomburg D (2002). "BRENDA: a resource for enzyme data and metabolic information]". Trends Biochem Sci. 27 (1): 54–56. doi:10.1016/S0968-0004(01)02027-8. PMID 11796225.
- Schomburg I, Chang A, Schomburg D (2002). "BRENDA, enzyme data and metabolic information". Nucleic Acids Res. 30 (1): 47–49. doi:10.1093/nar/30.1.47. PMC 99121. PMID 11752250.
- Schomburg I, Hofmann O, Bänsch C, Chang A, Schomburg D (2000). "Enzyme data and metabolic information: BRENDA, a resource for research in biology, biochemistry, and medicine". Gene Funct Dis. 3 (4): 109–118. doi:10.1002/1438-826X(200010)1:3/4<109::AID-GNFD109>3.0.CO;2-O.
