DNA와 RNA 코돈 표

DNA and RNA codon tables
A circular diagram is separated into three rings, broken down into sections labeled with the letters: G, U, A, and C. Each represents a nucleotide found in RNA. The center ring is divided into four areas marked with a unique letter. The second ring is divided into 16 sections also labeled with a nucleotide. They are organized so that the outer edge of the central letters touches four unique nucleotides. The third outer ring, divided into 64 sections labeled with a nucleotide, repeats this. Amino acids are placed outside of the circular diagram and are in contact with specific nucleotides. Using this diagram, one can connect a sequence of three nucleotides with a specific amino acid. For example, given "GUC", one can follow contigous sections of the rings from the center to the outside: from G to U and U to C. This leads the user to the amino acid Alanine.
바퀴에 정리된 표준 RNA 코돈 테이블
A double helix is situated horizontally. The helix contains vertical letter pairs (e.g. G & C, C & G, and A & T) that represent the base pairs within DNA. The bottom letter of each pair is written below the helix. These letters are in groups of three (triplets). Beneath each triplet is an arrow pointing to the corresponding amino acid. For example, an arrow points from "GCA" to Alanine.
뉴클레오티드 트리플릿 또는 코돈이라고 불리는 세 개의 연속적인 DNA 베이스는 아미노산(GCA to Alanine, AGA to Arginine, AGA to aspartic acid, AAT to asparagine, TGT to Cysteine)으로 번역된다.

코돈 테이블은 유전자 코드를 일련의 아미노산으로 변환하는데 사용될 수 있다.[1][2]표준 유전자 코드는 전통적으로 RNA 코돈 테이블로 표현되는데, 리보솜에 의해 세포에서 단백질이 만들어질 때 단백질 합성을 지시하는 것은 메신저 RNA(mRNA)이기 때문이다.[2][3]mRNA 순서는 유전체 DNA의 순서에 의해 결정된다.[4]이런 맥락에서 표준 유전코드를 번역표 1이라고 한다.[3]그것은 또한 DNA 코돈 표에 표현될 수 있다.그러한 표의 DNA 코돈은 감각 DNA 가닥에서 발생하며 5㎛에서 3㎛ 방향으로 배열되어 있다.세포핵, 미토콘드리온, 플라스티드, 수소소좀 등 유전 코드의 출처에 따라 대체 코돈이 있는 다른 테이블이 사용된다.[5]

유전자 코드와 아래 표에는 64개의 다른 코돈들이 있다; 대부분은 아미노산을 명시한다.[6]스톱 코돈으로 알려진 UAG, UGA, UAA의 세 시퀀스는 아미노산을 코딩하지 않고 대신 리보솜에서 초기 폴리펩타이드의 방출을 신호한다.[note 1][7]표준 코드에서, 메티오닌으로 판독된 AUG 순서는 출발 코돈 역할을 할 수 있으며, 시작 요소와 같은 순서와 함께 번역을 개시한다.[3][8][9]드물지만, 표준 코드의 시작 코돈은 GUG 또는 UUG도 포함할 수 있다. 이 코돈은 일반적으로 발린과 류신을 나타내지만, 시작 코돈으로서 메티오닌 또는 포밀메티오닌으로 번역된다.[3][9]

첫 번째 표(표준 표)는 핵산 세 쌍둥이를 시작 또는 정지 코돈인 경우 해당 아미노산 또는 적절한 신호로 변환하는 데 사용할 수 있다.적절하게 역이라고 불리는 두 번째 표는 반대로 작용한다: 그것은 아미노산이 알려지면 가능한 삼중 코드를 추론하는데 사용될 수 있다.여러 코돈들이 동일한 아미노산을 코딩할 수 있기 때문에 국제순수화학연합(IUPAC) 핵산 표기법이 일부 사례에서 제시된다.

번역표1

표준 RNA 코돈 표

아미노산 생화학적 특성 논폴라Up-arrow 극지dagger 기본double-dagger 산성 ↓ 종료: 중지 코돈 * 시작: 가능한 시작 코돈→
표준유전자코드[1][10]
첫 번째
밑의		 2루 3번째
밑의
U C A G
U UUU (페/F) 페닐알라닌 Up-arrow UCU (Ser/S) 세린 dagger UAU (Tyr/Y) 타이로신 dagger UGU (Cys/C) 사이스틴 dagger U
UUC UCC UAC UGC C
UUA (Leu/L) 루신 Up-arrow UCA UAA 정지 (오크레) [note 2]* UGA 중지(오팔) [note 2]* A
UUG→ UCG UAG 정지(암버) [note 2]* 어그 (TRP/W) 트립토판 Up-arrow G
C CUU CCU (Pro/P) Proline Up-arrow CAU 히스티딘 double-dagger CGU (아그/R) 아르기닌 double-dagger U
CUC CCC CAC CGC C
CUA CCA CAA (Gln/Q) 글루타민 dagger CGA A
CUG CCG CAG CGG G
A AUU (Ile/I) 이솔레우신 Up-arrow ACU (Thr/T) 트레오닌 dagger AAU (Asn/N) 아스파라긴 dagger AGU (Ser/S) 세린 dagger U
AUC ACC AAC AGC C
AUA ACA 아 (Lys/K) 리신 double-dagger AGA (아그/R) 아르기닌 double-dagger A
8월→ (Met/M) 메티오닌 Up-arrow ACG AAG AG G
G GUU (Val/V) 발라인 Up-arrow GCU (알라/A) 알라닌 Up-arrow GAU (Asp/D) 아스파르트산 ↓ GGU (글리/G) 글리신 Up-arrow U
GUC GCC GAC GGC C
과 GCA GAA (글루/E) 글루탐산 ↓ GGA A
GUG→ GCG 개그 GGG G

역RNA 코돈표

표준 유전자 코드에 대한 역표(IUPAC 표기법을 사용하여 압축)[13]
아미노산 RNA 코돈 압축된 아미노산 RNA 코돈 압축된
알라, A GCU, GCC, GCA, GCG GCN 일레, 나 AUC, AUC, AUA AUH
아그, R CGU, CGC, CGA, CGG; AGA, AGG CGN, ARG 또는
CGY, MGR		 Leu, L CUU, CUC, CUA, CUG, UUG CON, UUR 또는
CUY, YUR
Asn, N AAU, AAC AAY 리스, K AAA, AAG AAR
아스프, D GAU, GAC 게이 Met, M 8월
Asn 또는 Asp, B AAU, AAC; GAU, GAC 레이 PHE, F UUU, UUC UUY
Cys, C UGU, UGC UGY 프로, P CCU, CCC, CCA, CCG CCN
글렌, Q CAA, CAG 자동차 세르, S UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGU, AGC UCN, AGY
글루, E GAA, GAG GAR 스르, T ACU, ACC, ACA, ACG ACN
Gln 또는 Glu, Z CAA, CAG; GAA, GAG SAR TRP, W 어그
글리, G GGU, GGC, GGA, GGG GGN Tyr, Y UAU, UAC UAY
his, h CAU, CAC 케이 발, 브이 GU, GUC, GUA, GUG 총
시작 8월 스톱 UAA, UGA, UAG URA, UAR

표준 DNA 코돈 표

아미노산 생화학적 특성 논폴라Up-arrow 극지dagger 기본double-dagger 산성 ↓ 종료: 중지 코돈 * 시작: 가능한 시작 코돈→
표준유전자코드[14][note 3]
첫 번째
밑의		 2루 3번째
밑의
T C A G
T TTT (페/F) 페닐알라닌 Up-arrow TCT (Ser/S) 세린 dagger TAT (Tyr/Y) 타이로신 dagger TGT (Cys/C) 사이스틴 dagger T
TTC TCC TAC TGC C
TTA (Leu/L) 루신 Up-arrow TCA TAA 정지 (오크레) [note 2]* TGA 중지(오팔) [note 2]* A
TTG→ TCG 태그 정지(암버) [note 2]* TGG (TRP/W) 트립토판 Up-arrow G
C CTT CCT (Pro/P) Proline Up-arrow 캣 히스티딘 double-dagger CGT (아그/R) 아르기닌 double-dagger T
CTC CCC CAC CGC C
CTA CCA CAA (Gln/Q) 글루타민 dagger CGA A
CTG CCG CAG CGG G
A ATT (Ile/I) 이솔레우신 Up-arrow ACT (Thr/T) 트레오닌 dagger AAT (Asn/N) 아스파라긴 dagger AGT (Ser/S) 세린 dagger T
ATC ACC AAC AGC C
ATA ACA 아 (Lys/K) 리신 double-dagger AGA (아그/R) 아르기닌 double-dagger A
ATG→ (Met/M) 메티오닌 Up-arrow ACG AAG AG G
G GTT (Val/V) 발라인 Up-arrow GCT (알라/A) 알라닌 Up-arrow GAT (Asp/D) 아스파르트산 ↓ GGT (글리/G) 글리신 Up-arrow T
GTC GCC GAC GGC C
GTA GCA GAA (글루/E) 글루탐산 ↓ GGA A
GTG→ GCG 개그 GGG G

역DNA 코돈표

표준 유전자 코드에 대한 역표(IUPAC 표기법을 사용하여 압축)[13]
아미노산 DNA 코돈 압축된 아미노산 DNA 코돈 압축된
알라, A GCT, GCC, GCA, GCG GCN 일레, 나 ATT, ATC, ATA ATH
아그, R CGT, CGC, CGA, CGG; AGA, AGG CGN, ARG 또는
CGY, MGR		 Leu, L CTT, CTC, CTA, CTG; TTA, TTG CTN, TTR 또는
CTY, YTR
Asn, N AAT, AAC AAY 리스, K AAA, AAG AAR
아스프, D GAT, GAC 게이 Met, M ATG
Asn 또는 Asp, B AAT, AAC; GAT, GAC 레이 PHE, F TTT, TTC TTY
Cys, C TGT, TGC TGY 프로, P CCT, CCC, CCA, CCG CCN
글렌, Q CAA, CAG 자동차 세르, S TCT, TCC, TCA, TCG; AGT, AGC TCN, AGY
글루, E GAA, GAG GAR 스르, T ACT, ACC, ACA, ACG ACN
Gln 또는 Glu, Z CAA, CAG; GAA, GAG SAR TRP, W TGG
글리, G GGT, GGC, GGA, GGG GGN Tyr, Y TAT, TAC Tay
his, h CAT, CAC 케이 발, 브이 GTT, GTC, GTA, GTG GTN
시작 ATG 스톱 TAA, TGA, 태그 트라, 타르

다른 변환 표의 대체 코돈

유전 코드는 한때 보편적인 것으로 믿어졌다:[16] 코돈은 유기체나 근원에 상관없이 동일한 아미노산을 코딩할 것이다.그러나 이제는 유전자 코드가 진화하여 [17]유전자에 따라 코돈의 번역 방법이 일치하지 않는 것으로 합의되었다.[16][17]예를 들어 1981년 포유류 미토콘드리아에서 코딩 시스템에 의한 코돈 AUA, UGA, AGA, AGG의 사용이 보편적 코드와 다르다는 것이 밝혀졌다.[16]스톱 코돈은 또한 영향을 받을 수 있다: ciliated 원생동물에서, 범용 스톱 코돈 UAA와 글루타민에 대한 UAG 코드.[17][note 4]다음 표에는 이러한 대체 코돈이 표시된다.

아미노산 생화학적 특성 논폴라Up-arrow 극지dagger 기본double-dagger 산성 ↓ 종료: 중지 코돈 *
대체 유전자 코드와 표준 유전자 코드의[3] 비교
코드 번역
테이블		 관련 DNA 코돈 RNA 코돈 관련 번역
이 암호로		 표준번역 메모들
표준 1 번역표 8(식물 엽록체) 포함.
척추동물 미토콘드리아 2 AGA AGA 중지 * Arg(R)double-dagger
AG AG 중지 * Arg(R)double-dagger
ATA AUA Met (M)Up-arrow 일레 (I)Up-arrow
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
효모 미토콘드리아 3 ATA AUA Met (M)Up-arrow 일레 (I)Up-arrow
CTT CUU 스르(T)dagger Leu(L)Up-arrow
CTC CUC 스르(T)dagger Leu(L)Up-arrow
CTA CUA 스르(T)dagger Leu(L)Up-arrow
CTG CUG 스르(T)dagger Leu(L)Up-arrow
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
CGA CGA 결석한 Arg(R)double-dagger
CGC CGC 결석한 Arg(R)double-dagger
곰팡이, 원생동물, 코엘리테이트 미토콘드리아 + 마이코플라스마 / 스피로플라스마 4 TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 * 번역표 7(키네토플라스) 포함.
무척추동물 미토콘드리아 5 AGA AGA 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
AG AG 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
ATA AUA Met (M)Up-arrow 일레 (I)Up-arrow
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
질리테, 다시디케다스, 헥사미타 핵 6 TAA UAA Gln (Q)dagger 중지 *
태그 UAG Gln (Q)dagger 중지 *
에치노데름과 평충 미토콘드리아 9 아 아 Asn (N)dagger 리스(K)double-dagger
AGA AGA 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
AG AG 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
유플롯 핵 10 TGA UGA Cys(C)dagger 중지 *
세균, 고고학 및 식물 플라스티드 11 번역 표 1을 참조하십시오.
대체 효모 핵 12 CTG CUG 세르(S)dagger Leu(L)Up-arrow
아스키디안 미토콘드리아 13 AGA AGA 글리(G)Up-arrow Arg(R)double-dagger
AG AG 글리(G)Up-arrow Arg(R)double-dagger
ATA AUA Met (M)Up-arrow 일레 (I)Up-arrow
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
대체평충미토콘드리아 14 아 아 Asn (N)dagger 리스(K)double-dagger
AGA AGA 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
AG AG 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
TAA UAA Tyr (Y)dagger 중지 *
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
블레파리스마 핵 15 태그 UAG Gln (Q)dagger 중지 * 2016년 11월 18일 현재: NCBI 업데이트에 불참.번역표 6과 유사하다.
엽록소 미토콘드리아 16 태그 UAG Leu(L)Up-arrow 중지 *
트레마토드 미토콘드리아 21 TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
ATA AUA Met (M)Up-arrow 일레 (I)Up-arrow
AGA AGA 세르(S) Arg(R)double-dagger
AG AG 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
아 아 Asn (N)dagger 리스(K)double-dagger
스펜데스무스 오블리쿠스 미토콘드리아 22 TCA UCA 중지 * 세르(S)dagger
태그 UAG Leu(L)Up-arrow 중지 *
트라우스토치트리움 미토콘드리아 23 TTA UUA 중지 * Leu(L)Up-arrow 번역 표 11과 유사하다.
프테로브란치아 미토콘드리아 24 AGA AGA 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger
AG AG 리스(K)double-dagger Arg(R)double-dagger
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
후보 부문 SR1 및 Gracilibacteria 25 TGA UGA 글리(G)Up-arrow 중지 *
파치솔렌탄노필루스 핵 26 CTG CUG 알라 (A)Up-arrow Leu(L)Up-arrow
카리오를리크 핵 27 TAA UAA Gln (Q)dagger 중지 *
태그 UAG Gln (Q)dagger 중지 *
TG UGA 중지 * 또는 TRP(W)Up-arrow 중지 *
콘딜로스토마 핵 28 TAA UAA 중지 * 또는 Gln (Q)dagger 중지 *
태그 UAG 중지 * 또는 Gln (Q)dagger 중지 *
TGA UGA 중지 * 또는 TRP(W)Up-arrow 중지 *
메소디늄 핵 29 TAA UAA Tyr (Y)dagger 중지 *
태그 UAG Tyr (Y)dagger 중지 *
페리트리히 핵 30 TA UAA 글루 (E) ↓ 중지 *
태그 UAG 글루 (E) ↓ 중지 *
블라스토크리스디아 핵 31 TAA UAA 중지 * 또는 글루 (E) ↓ 중지 *
태그 UAG 중지 * 또는 글루 (E) ↓ 중지 *
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *
세팔로디스크과 미토콘드리아 코드 33 AGA AGA 세르(S)dagger Arg(R)double-dagger 번역표 24와 유사하다.
AG AG 리스(K)double-dagger Arg(R)double-dagger
TAA UAA Tyr (Y)dagger 중지 *
TGA UGA TRP(W)Up-arrow 중지 *

참고 항목

메모들

  1. ^ 각 정류장 코돈에는 다음과 같은 특정 이름이 있다.UAG는 황색, UGA는 오팔 또는 움버, UAA는 오크레이다.[7]DNA에서 이러한 정지 코돈은 각각 TAG, TGA, TAA이다.
  2. ^ a b c d e f 정지 코돈을 호박, 오크레, 오팔로 지정하는 역사적 근거는 시드니 브레너의[11] 자서전과 밥 에드가의 역사 기사에 설명되어 있다.[12]
  3. ^ DNA와 RNA의 주요한 차이점은 티민(T)은 전자에서만 발견된다는 것이다.RNA에서는 우라실(U)으로 대체한다.[15]이것이 표준 RNA 코돈 테이블과 표준 DNA 코돈 테이블의 유일한 차이점이다.
  4. ^ 유채꽃 옥타카리나투스는 예외다.[17]

참조

  1. ^ a b "Amino Acid Translation Table". Oregon State University. Archived from the original on 29 May 2020. Retrieved 2 December 2020.
  2. ^ a b Bartee, Lisa; Brook, Jack. MHCC Biology 112: Biology for Health Professions. Open Oregon. p. 42. Archived from the original on 6 December 2020. Retrieved 6 December 2020.
  3. ^ a b c d e Elzanowski A, Ostell J (7 January 2019). "The Genetic Codes". National Center for Biotechnology Information. Archived from the original on 9 October 2020. Retrieved 21 February 2019.
  4. ^ "RNA Functions". Scitable. Nature Education. Archived from the original on 18 October 2008. Retrieved 5 January 2021.
  5. ^ "The Genetic Codes". National Center for Biotechnology Information. Archived from the original on 13 May 2011. Retrieved 2 December 2020.
  6. ^ "Codon". National Human Genome Research Institute. Archived from the original on 22 October 2020. Retrieved 10 October 2020.
  7. ^ a b Maloy S. (29 November 2003). "How nonsense mutations got their names". Microbial Genetics Course. San Diego State University. Archived from the original on 23 September 2020. Retrieved 10 October 2020.
  8. ^ Hinnebusch AG (2011). "Molecular Mechanism of Scanning and Start Codon Selection in Eukaryotes". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 75 (3): 434–467. doi:10.1128/MMBR.00008-11. PMC 3165540. PMID 21885680.
  9. ^ a b Touriol C, Bornes S, Bonnal S, Audigier S, Prats H, Prats AC, Vagner S (2003). "Generation of protein isoform diversity by alternative initiation of translation at non-AUG codons". Biology of the Cell. 95 (3–4): 169–78. doi:10.1016/S0248-4900(03)00033-9. PMID 12867081.
  10. ^ "The Information in DNA Determines Cellular Function via Translation". Scitable. Nature Education. Archived from the original on 23 September 2017. Retrieved 5 December 2020.
  11. ^ Brenner, Sydney; Wolpert, Lewis (2001). A Life in Science. Biomed Central Limited. pp. 101–104. ISBN 9780954027803.
  12. ^ Edgar B (2004). "The genome of bacteriophage T4: an archeological dig". Genetics. 168 (2): 575–82. doi:10.1093/genetics/168.2.575. PMC 1448817. PMID 15514035. 580-581페이지 참조
  13. ^ a b IUPAC—IUB Commission on Biochemical Nomenclature. "Abbreviations and Symbols for Nucleic Acids, Polynucleotides and Their Constituents" (PDF). International Union of Pure and Applied Chemistry. Retrieved 5 December 2020.
  14. ^ "What does DNA do?". Your Genome. Welcome Genome Campus. Archived from the original on 29 November 2020. Retrieved 12 January 2021.
  15. ^ "Genes". DNA, Genetics, and Evolution. Boston University. Archived from the original on 28 April 2020. Retrieved 10 December 2020.
  16. ^ a b c Osawa, A (November 1993). "Evolutionary changes in the genetic code". Comparative Biochemistry and Physiology. 106 (2): 489–94. doi:10.1016/0305-0491(93)90122-l. PMID 8281749.
  17. ^ a b c d Osawa S, Jukes TH, Watanabe K, Muto A (March 1992). "Recent evidence for evolution of the genetic code". Microbiological Reviews. 56 (1): 229–64. doi:10.1128/MR.56.1.229-264.1992. PMC 372862. PMID 1579111.

추가 읽기

외부 링크