르독
LeDock |
| 개발자 | 레파르 |
|---|---|
| 운영 체제 | 크로스 플랫폼 |
| 유형 | 분자 도킹 |
| 웹사이트 | www |
LeDock은 단백질 표적과 리간드를 도킹하는 데 사용할 수 있는 간단한 독점 분자 도킹 소프트웨어다.[1]LeDock은 64비트 Linux, MacOS, 32비트 및 64비트 Windows에서 실행을 지원한다.[2]
소개
LeDock은 수년간의 가상 선별 캠페인에서 도출된 물리학/지식 기반 점수 체계를 사용하여 리간드 포즈와 그 회전 가능한 결합의 시뮬레이션된 어닐링과 진화적 최적화에 기초한다.[3][4][5][6][7]
퍼포먼스
LeDock은 다양한 2002년 단백질-리간드 복합체에 대한 도킹 프로그램의 최근 종합 평가에서 좋은 성적을 거두었다.[8]가상 스크리닝과 히트 디테일에 모두 포즈 예측, 계산 시간 절약, 사용자 친화성이 높다.
참고 항목
- 약물 설계
- 고분자 도킹
- 분자역학
- 분자 모델링
- 단백질 구조
- 단백질설계
- 분자역학 모델링 소프트웨어
- 단백질-리거 및 도킹 소프트웨어 목록
- 분자설계 소프트웨어
- 리드 파인더
- 가상 선별
- 도킹을 위한 스코어링 기능
참조
- ^ Wang, Zhe; et al. "Decoherence-induced surface hopping". Physical Chemistry Chemical Physics. 18: 12964–12975. doi:10.1039/C6CP01555G.
- ^ "User Guide for LeDock" (PDF).
- ^ Zhao, Hongtao; Huang, Danzhi (2011-06-17). "Hydrogen Bonding Penalty upon Ligand Binding". PLOS ONE. 6 (6): e19923. Bibcode:2011PLoSO...619923Z. doi:10.1371/journal.pone.0019923. ISSN 1932-6203. PMC 3117785. PMID 21698148.
- ^ Zhao, Hongtao; Huang, Danzhi; Caflisch, Amedeo (2012-11-01). "Discovery of Tyrosine Kinase Inhibitors by Docking into an Inactive Kinase Conformation Generated by Molecular Dynamics". ChemMedChem. 7 (11): 1983–1990. doi:10.1002/cmdc.201200331. ISSN 1860-7187. PMID 22976951. S2CID 16545198.
- ^ Zhao, Hongtao; Caflisch, Amedeo (2013-10-15). "Discovery of ZAP70 inhibitors by high-throughput docking into a conformation of its kinase domain generated by molecular dynamics". Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 23 (20): 5721–5726. doi:10.1016/j.bmcl.2013.08.009. PMID 23993776.
- ^ Zhao, Hongtao; Caflisch, Amedeo (2014-03-15). "Discovery of dual ZAP70 and Syk kinases inhibitors by docking into a rare C-helix-out conformation of Syk". Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 24 (6): 1523–1527. doi:10.1016/j.bmcl.2014.01.083. PMID 24569110.
- ^ Zhao, Hongtao; Gartenmann, Lisa; Dong, Jing; Spiliotopoulos, Dimitrios; Caflisch, Amedeo (2014-06-01). "Discovery of BRD4 bromodomain inhibitors by fragment-based high-throughput docking". Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 24 (11): 2493–2496. doi:10.1016/j.bmcl.2014.04.017. PMID 24767840.
- ^ Wang, Zhe (2016). "Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: the prediction accuracy of sampling power and scoring power". Physical Chemistry Chemical Physics. 18 (18): 12964–12975. Bibcode:2016PCCP...1812964W. doi:10.1039/C6CP01555G. PMID 27108770.
