ISIS/그리기

ISIS/Draw
ISIS/Draw를 사용하여 그린 다이어그램의 예

ISIS/Draw는 MDL 정보시스템에서 개발한 화학구조 도면 프로그램이었다.그것은 산업 표준이 된 화학 정보의 저장을 위해 많은 파일 형식을 도입했다.[1]

역사

Molecular Design Limited(MDL)는 스튜어트 마슨과 W에 의해 설립되었다.Todd Wipke는 1978년에 E. J. Corey와 유기물 합성을 계획하기 위한 소프트웨어를 개발했던 경험을 이어받았다.[2]제약·농화학 기업을 대상으로 한 MACCS(Molecular ACCess System)라는 브랜드명으로 대형 데이터베이스에 화학구조를 저장하고 검색하는 소프트웨어를 개발했다.[3][4]MDL은 특히 화학자들이 그래픽 인터페이스를 사용하여 새로운 화합물을 기업 데이터베이스에 등록하고 구조 또는 부품 구조별로 데이터베이스를 검색할 수 있도록 하기 위해 IS/Draw를 포함한 ISIS(Integrated Scientific Information System) 제품을 MACCS 시스템의 구성요소로 제공했다.그들은 또한 기업 시스템과 독립적으로 개인 용도로 관련 데이터가 있는 비교적 적은 수의 구조물을 저장하는 데 적합한 화학 데이터베이스 프로그램인 ISIS/Base를 도입했다.ISIS/Draw 구조물은 다른 문서에 통합될 수 있다. 예를 들어 1980년대에 사용 가능하게 된 워드프로세서 소프트웨어를 사용함으로써 화학자들에게 완전한 전자 출판물을 제공할 수 있다.[5]MDL은 많은 버전의 소프트웨어를 공개하고 ISIS/Draw를 비상업적으로 자유롭게 사용할 수 있도록 했다: 버전 2.5는 윈도 98에서 실행할 수 있었다.[6]2007년까지 MDL(당시 리드 엘세비어 소유)은 사이멕스 테크놀로지스와 합병하였고, 2010년 액셀라이스에 인수되어 현재는 다쏘 시스테메스가 소유하고 있다.그 소프트웨어는 이제 BIOVIA Draw라는 브랜드가 되었다.

파일 형식

추가 정보:화학 테이블 파일

MDL은 이후 공공영역에 배치되어 2-D 도면에 구조물을 나타내기 위한 표준이 되고 식별자, 화학명, 하위사 등 관련 데이터로 그러한 정보를 전송하기 위한 표준이 된 molfile(.mol)과 구조/데이터 파일(.sdf)을 포함한 화학 파일 형식에 대한 규격을 도입했다.속성에 영향을 [1][4]주다예를 들어, 많은 공공 데이터베이스는 이러한 표준을 구현했고 ChemSpider는 사용자가 보유하고 있는 구조물에 대해 molfiles를 다운로드 할 수 있게 한다.[7]ISIS/Draw는 .skc(스켓치 파일) 및 .rxn(반응을 위한) 확장자로 고유한 파일 형식을 유지했으며, 데이터베이스 쿼리를 준비하는 역할 때문에 와일드카드 원자, 방향족 본드, 링 본드, 리액티오에 필요한 원자 매핑 등 하부구조 검색에 사용되는 다양한 특수 원자와 본드 유형을 지원했다.검색 n개.

프로그램 기능

IS/Draw는 주로 2D 도면 프로그램이었지만, 일부 3D 회전 기능을 가지고 있었으며 3D 시각화 및 렌더링을 위해 라스몰과 인터페이스할 수 있었다.ISIS/Draw는 구조 및 반응 검증 기능도 포함했으며 공식과 분자량 같은 기본 특성을 계산할 수 있었다.유효한 구조에 대해 IUPAC 이름을 만들 수 있는 "AutoNom" 추가 기능을 가지고 있었고 단백질을 위한 아미노산 서열을 생성하기 위해 특별한 "pseudoatom"을 사용할 수 있었다.[6][8]

MACCS 시스템과 ISIS/Draw의 한 가지 중요한 특징은 부화 결합과 쐐기 결합을 사용하여 상대적 또는 절대적 입체화학 및 치례성을 나타내며 시스-트랜스 이소메르주의를 이중 결합으로 인식하기 위한 종합적인 시설을 갖추고 있다는 것이다.이 점에서 그것은 지금까지 검색 가능한 데이터베이스를 만드는 데 사용되었던 와이즈웨서 선 표기법보다[9] 우수했다.마찬가지로, 스마일즈 표기법은[10] 일부 구현에서 입체화학물질을 다룰 수 있지만 비전문가가 자신의 구조를 그리기보다는 그러한 방식으로 인코딩하는 것이 더 어렵다.

현재 구현

소프트웨어의 현재(2020년) 구현을 BIOVIA Draw라고 하며, 국제 화학 식별자(InChi)의 읽기 및 쓰기 지원, IUPAC 명칭을 구조 도면으로 변환하는 등의 몇 가지 새로운 기능을 가지고 있다.그것은 학술적, 비상업적으로 자유롭게 이용할 수 있다.[11]

참고 항목

참조

  1. ^ a b Dalby, Arthur; Nourse, James G.; Hounshell, W. Douglas; Gushurst, Ann K. I.; Grier, David L.; Leland, Burton A.; Laufer, John (1992). "Description of several chemical structure file formats used by computer programs developed at Molecular Design Limited". Journal of Chemical Information and Modeling. 32 (3): 244–255. doi:10.1021/ci00007a012.
  2. ^ Corey, E. J.; Wipke, W. T. (1969). "Computer-Assisted Design of Complex Organic Syntheses". Science. 166 (3902): 178–192. Bibcode:1969Sci...166..178C. doi:10.1126/science.166.3902.178. PMID 17731475.
  3. ^ Ash, Janet E.; Willett, P. (1985). Communication, Storage, and Retrieval of Chemical Information. ISBN 9780853125716.
  4. ^ a b Ash, J.E.; Warr, W.A. (1991). Willett, P. (ed.). Chemical Structure Systems: Computational Techniques for Representation, Searching, and Processing of Structural Information. Ellis Horwood. p. 250. ISBN 9780131266995.
  5. ^ Warr, Wendy A. (1991). "Some observations on piecemeal electronic publishing solutions in the pharmaceutical industry". Journal of Chemical Information and Modeling. 31 (2): 181–186. doi:10.1021/ci00002a003.
  6. ^ a b Pearce, Greg (2019-02-08). "ISIS/Draw - An Introductory Guide". Retrieved 2020-06-15.
  7. ^ Brumfiel, G. (2008). "Chemists spin a web of data". Nature. 453 (7192): 139. Bibcode:2008Natur.453..139B. doi:10.1038/453139a. PMID 18464701.
  8. ^ Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.; Ouyang, P. (2004). "Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure Drawing Software: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch". J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 (5): 1886–1890. doi:10.1021/ci049794h. PMID 15446849.
  9. ^ Wiswesser, William J. (1982). "How the WLN began in 1949 and how it might be in 1999". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 22 (2): 88–93. doi:10.1021/ci00034a005.
  10. ^ Weininger, David (February 1988). "SMILES, a chemical language and information system. 1. Introduction to methodology and encoding rules". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 28 (1): 31–6. doi:10.1021/ci00057a005.
  11. ^ "No-fee BIOVIA Draw for Academic and Non-commercial Use". Dassault Systèmes. Retrieved 2020-06-15.

추가 읽기

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