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NAMD
나노스케일 분자역학
개발자일리노이 대학교 어바나-샴페인:이론 및 계산 생물물리학 그룹(TCB), 병렬 프로그래밍 연구소(PPL)
초기 릴리즈1995년, 27년 전(연간)
안정된 릴리스
2.14 / 2020년 8월 5일, 2년 전(2020-08-05)
저장소
기입처C++
운영 체제크로스 플랫폼: Windows, Linux, macOS, Unix
플랫폼x86, x86-64
이용가능기간:영어
유형분자역학 시뮬레이션
면허증.비상업용 전용 프리웨어
웹 사이트www.ks.uiuc.edu/Research/namd

나노스케일 분자역학(NAMD, 이전에 다른 분자역학 프로그램이 [1]아님)은 Charm++ 병렬 프로그래밍 모델을 사용하여 작성된 분자역학 시뮬레이션용 컴퓨터 소프트웨어입니다.병렬 효율로 유명하며 대규모 시스템(수백만 개의 원자)[2]을 시뮬레이션하는 데 자주 사용됩니다.이는 일리노이 대학교 어바나-샴페인(University of Illinois)의 TCB(Theory and Computational Biophysics Group)와 병렬 프로그래밍 연구소(PPL)의 협력으로 개발되었습니다.

1995년 Nelson 등에 의해 시각화 코드 VMD에 링크하여 인터랙티브 시뮬레이션을 가능하게 하는 병렬 분자 역학 코드로 도입되었습니다.NAMD는 이후 많은 기능을 추가하고 50만 프로세서 [3]코어를 넘어 확장되었습니다.

NAMD에는 양자화학 패키지 ORCA 및 MOPAC에 대한 인터페이스와 다른 많은 양자 [4]패키지에 대한 스크립트인터페이스가 있어요NAMD의 인터페이스는 VMD(Visual Molecular Dynamics) 및 QwikMD와 [5]함께 통합되고 포괄적이며 맞춤형으로 사용이 간편한 스위트 [6]내의 하이브리드 QM/MM 시뮬레이션에 액세스할 수 있습니다.

NAMD는 개인, 교육기관, 기업 등이 사내에서 사용하는 비상업용 프리웨어로 이용할 수 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ "Flexibility and Interoperability in a Parallel Molecular Dynamics Code" (postscript).
  2. ^ "NAMD A Parallel Object-Oriented Molecular Dynamics Program" (PDF).
  3. ^ "NAMD: Scalable Molecular Dynamics". Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB). University of Illinois at Urbana-Champaign. Retrieved 1 August 2016.
  4. ^ "Hybrid QM/MM NAMD". Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB). University of Illinois at Urbana-Champaign. Retrieved 26 March 2018.
  5. ^ "QwikMD - Integrative Molecular Dynamics Toolkit for Novices and Experts". Scientific Reports. Retrieved 24 May 2016.
  6. ^ "NAMD goes quantum: an integrative suite for hybrid simulations". Nature Methods. Retrieved 26 March 2018.

외부 링크

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