모델러

MODELLER
모델러
원본 작성자안드레살리
개발자샌프란시스코 캘리포니아 대학교 액셀리스
초기 릴리즈1989; 33년 전 (1998년)
안정적 해제
10.2 / 2021년 11월 30일; 4개월 전(2021-11-30)[1]
운영 체제Unix, Linux, macOS, Windows
플랫폼x86, x86-64
다음에서 사용 가능영어
유형단백질의 동종학 모델링
면허증독점: 학술 비영리 프리웨어, 상업용 소프트웨어
웹사이트www.salilab.org/modeller/

MODELLER로 종종 양식화된 Modeller는 단백질 3차 구조와 2차 구조(Rareer)의 모델을 생산하기 위해 호몰로지 모델링에 사용되는 컴퓨터 프로그램이다.[2][3]그것은 공간 구속의 만족이라고 불리는 단백질(단백질 NMR)의 핵자기공명 분광법에서 영감을 받은 방법을 실행하는데, 이 방법을 통해 단백질 내 각 원자의 위치에 대한 확률밀도함수를 생성하기 위해 기하학적 기준을 사용한다.방법은 모델링할 대상 아미노산 수열과 구조가 해결된 템플릿 단백질 사이의 입력 시퀀스 정렬에 의존한다.

또한 프로그램은 단백질의 루프 영역 예측을 위한 제한된 기능을 통합하는데, 이는 동질 단백질들 사이에서도 가변성이 높기 때문에 호몰로지 모델링으로 예측하기 어려운 경우가 많다.

Modeller는 원래 쓰여졌고 현재 샌프란시스코 캘리포니아 대학의 Andrej Sali에 의해 유지되고 있다.[4]운영 체제인 Unix, Linux, macOS 및 Windows에서 실행된다.그것은 학술용 프리웨어다.그래픽 사용자 인터페이스(GUI)와 상용 버전은 액슬라이스에 의해 배포된다.ModWeb 비교 단백질 구조 모델링 웹서버는 Modeller와 자동 단백질 구조 모델링을 위한 기타 도구를 기반으로 하며, 결과 모델을 ModBase에 보관할 수 있는 옵션이 있다.Modeller의 인기 때문에 MODELLER에 대한 몇 가지 제3자 GUI를 사용할 수 있다.

  • EasyModeller는 프리웨어로, Modeller의 초기 제3자 GUI 중 하나이다.[5]최신 버전(EasyModeller 4.0)은 Linux 및 Windows 운영 체제를 지원한다.
  • UCSF Chimera는 Modeller와 간단한 인터페이스를 가지고 있다.
  • PyMod는 PyMol용 무료 오픈소스 플러그인으로, Modeller를 위한 포괄적인 인터페이스를 갖추고 있다.[6][7]리눅스, 윈도, 맥OS를 지원한다.
  • MaxMod는 Windows에서 MODELLER를 위한 독립형 GUI이다.[8]

참고 항목

참조

  1. ^ "MODELLER News". salilab.or. Retrieved 2021-04-16.
  2. ^ Fiser A, Sali A (2003). "Modeller: generation and refinement of homology-based protein structure models". Macromolecular Crystallography, Part D. Meth. Enzymol. Methods in Enzymology. Vol. 374. pp. 461–91. doi:10.1016/S0076-6879(03)74020-8. ISBN 9780121827779. PMID 14696385.
  3. ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). "Comparative protein structure modeling of genes and genomes". Annu Rev Biophys Biomol Struct. 29: 291–325. doi:10.1146/annurev.biophys.29.1.291. PMID 10940251.
  4. ^ Sali A, Blundell TL (December 1993). "Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints". J. Mol. Biol. 234 (3): 779–815. doi:10.1006/jmbi.1993.1626. PMID 8254673.
  5. ^ 쿤탈, B. K., 아파로이, P. & Reddanna, P. (2010)EasyModeller: MODELLER에 대한 그래픽 인터페이스.BMC 연구노트, 3(1), 1.
  6. ^ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). "PyMod 2.0: improvements in protein sequence-structure analysis and homology modeling within PyMOL". Bioinformatics. 33 (3): 444–446. doi:10.1093/bioinformatics/btw638. PMID 28158668.
  7. ^ Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). "PyMod: sequence similarity searches, multiple sequence-structure alignments, and homology modeling within PyMOL". BMC Bioinformatics. 13 Suppl 4: S2. doi:10.1186/1471-2105-13-S4-S2. PMC 3303726. PMID 22536966.
  8. ^ Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). "MaxMod: a hidden Markov model based novel interface to MODELLER for improved prediction of protein 3D models". Journal of Molecular Modeling. 21 (2): 1–10. doi:10.1007/s00894-014-2563-3. PMID 25636267. S2CID 30626573.

외부 링크