오픈크롬

OpenChrom
오픈크롬
OpenChrom Logo.svg
OpenChrom 1.5.0.png
OpenChrom 버전 1.5.0 "McLafferty" 스크린샷
개발자라블리카이트 & 과학계[1]
안정적 해제
1.5.0 (롤링)
기록 위치자바[2]
운영 체제크로스 플랫폼
유형화학정보학/생물정보학
면허증EPL, 다양한 OSI 호환 라이센스에[3] 따른 타사 라이브러리
웹사이트https://www.openchrom.net

OpenChrom은 질량 분석 및 크로마토그래픽 데이터의 분석과 시각화를 위한 오픈 소스 소프트웨어다.[4]Agilent Technologies, Varian, Shimadzu, Thermo Fisher, PerkinElmer 등과 같은 공급업체(예: GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS), 여러 대용량 분석 시스템의 네이티브 데이터 파일을 처리하는 데 초점을 맞춘다.그러나 최근에는 다른 검출기 유형의 데이터 형식도 지원되고 있다.

OpenChrom은 크로마토그래픽과 질량분석 데이터의 분석과 표현만을 지원한다.데이터 수집이나 벤더 하드웨어 제어 기능이 없다.OpenChrom은 Eclipse Rich Client Platform(RCP)을 기반으로 구축되어 마이크로소프트 윈도우즈, 맥OS, 리눅스 등 다양한 운영 체제에서 사용할 수 있다.Eclipse Public License 1.0(EPL)에 따라 배포된다.타사 라이브러리는 단일 번들로 분리되어 있으며 다양한 OSI 호환 라이센스로 출시된다.

역사

ChemClipse 버전 0.7.0

오픈크롬은 필립 위니그(SCJP, LPIC-1)가 독일 함부르크 대학에서 박사학위 논문의 일환으로 개발했다.[5]논문의 초점은 크로마토그래피와 질량분광분석(Py-GC/MS)이 결합된 분석 열분해로 기록된 데이터 집합에 패턴인식 기법을 적용하는 것이었다.[6][7]

오픈크롬은 Eclipse Community Award 2011뿐만 아니라 Thomas Krenn Open Source Award 2010을[8] 수상했다.[9]개발자들은 또한 Eclipse Science Working Group의 구성원을 설립하고 있다.[10]벤더 라블리카이트는 오픈크롬 프로젝트를 중심으로 계약 개발 및 서비스 상용화에 성공한 후 2016년 10월 모든 오픈크롬 제품의 거점 역할을 하는 켐클립스 출시를 계기로 프리/리브레/오픈소스 소프트웨어에 대한 약속을 강화했다.[11]

지원되는 데이터 형식

각 시스템 공급업체는 기록된 분석 데이터를 자체적인 형식으로 저장한다.따라서 서로 다른 시스템과 공급업체의 데이터 세트를 비교하기가 어렵다.게다가, 그것은 실험실 간 시험의 큰 단점이다.OpenChrom의 목적은 다양한 질량 분석 데이터 형식을 기본적으로 지원하는 것이다.[12]OpenChrom은 Raw data files가 좋은 실험실 관례에 따라 수정될 수 없도록 주의한다.과학자들을 돕기 위해 OpenChrom은 분석 결과를 가져오고 내보낼 수 있는 몇 가지 개방형 형식을 지원한다.또한 OpenChrom은 편집된 크로마토그램은 물론 피크 및 식별 결과까지 저장할 수 있는 자체 오픈 소스 포맷(*.ocb)을 제공한다.

질량 선택 검출기

  • Agilent ChemStation *.D(DATA).MS 및 MSD1.MS)
  • AMDIS 라이브러리(*.msl)
  • Bruker Flex MALDI-MS(*.fid)
  • 크롬텍(*.dat)
  • CSV(*.csv)
  • 피니건(*)RAW)
  • 피니건 MAT95(*.dat)
  • 피니건 ITDS(*).DAT)
  • Finigan ITS40(*).MS)
  • 피니건 엘리먼트 II(*.dat)
  • JCAMP-DX(*).JDX)
  • Microsoft Excel(*.xlsx)
  • mzXML(*.mzXML)
  • mzData(*.mzData)
  • NetCDF(*.CDF)
  • NIST 텍스트(*.msp)
  • 크로마토그래피 바이너리(*.ocb) 열기
  • 피크 하중(*.mpl)
  • PerkinElmer(*.raw)
  • Varian SMS(*).SMS)
  • 바리안 XMS(*.X)MS)
  • VG 매스랩(*).DAT_001;1)
  • 시마쯔(*.qgd)
  • 시마쯔(*.spc)
  • 물(*)RAW)
  • ZIP(*.zip)
  • 애질런트 ICP-MS(*.icp)
  • 피니건 ICIS(*.dat)
  • mzML(*.mzML)
  • mzMLb(*.mzMLb)
  • mz5 (*.mz5)
  • mzDB(*.mzDB)
  • SVG(*.svg)
  • 매스헌터(*).D)
  • 피니건 ICIS(*.dat)
  • MassLynx(*).RAW)
  • 은하 그램(*.cgm)
  • AnIML(*.animl)
  • GAML(*.gaml)
  • ...

불꽃 이온화 검출기

  • 애질런트 FID(*.D/*.ch)
  • FID 텍스트(*.xy)
  • NetCDF(*.cdf)
  • PerkinElmer(*.raw)
  • 바리안(*.run)
  • 피니건 FID(*.dat)
  • 피니건 FID(*.raw)
  • 시마쯔(*.gcd)
  • Arw (*.arw)
  • AnIML(*.animl)
  • GAML(*.gaml)
  • ...

다이오드 어레이 검출

  • 애질런트 DAD(*).UV/*.ch)
  • ABS시엑스
  • 크롬울란
  • 시마쯔(*.lcd)
  • 워터스 파워풀
  • AnIML(*.animl)

푸리에 변환 적외선 분광법

근적외선 분광법

  • 브루커 OPUS(*.0)

다른 형식

  • 피크 하중(*.mpl)
  • NIST-DB(*.msp)
  • AMDIS(*.msl)
  • AMDIS(*.cal)
  • AMDIS(*.ELU)
  • 매스뱅크(*.txt)
  • 시리우스(*.ms)

주요 특징

OpenChrom은 크로마토그래픽 데이터를 분석할 수 있는 다양한 기능을 제공한다.

릴리스

이 소프트웨어는 2010년에 처음 출시되었다.각각의 발매물은 유명한 과학자의 이름을 따서 명명되었다.

암호명 에포니임 날짜 버전
톰슨 조셉 존 톰슨 2010년 4월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.1.0
골드스타인 외젠 골드스타인 2010년 5월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.2.0
빈 빌헬름 빈 2010년 10월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.3.0
츠윗 미하일 세묘노비치 츠윗 2011년 4월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.4.0
마틴 아처 존 포터 마틴 2011년 10월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.5.0
싱게 리처드 L. M. 싱게 2012년 4월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.6.0
네른스트 발터 네른스트 2012년 10월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.7.0
뎀스터 아서 제프리 뎀스터 2013년 7월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.8.0
마타우치 요제프 마타우치 2014년 7월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 0.9.0
애스턴 프랜시스 윌리엄 애스턴 2015년 7월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 1.0.0
디엘스 오토 디엘스 2016년 7월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 1.1.0
알더 쿠르트 알더 2017년 8월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 1.2.0
달튼 존 달튼 2018년 8월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 1.3.0
로렌스 어니스트 로렌스 2019년 8월 이전 버전, 더 이상 유지 관리되지 않음: 1.4.0
맥라퍼티 프레드 맥라퍼티 2022년 3월 현재 안정적인 버전: 1.5.0[note 1]
범례:
구버전
이전 버전, 계속 유지 관리됨
최신 버전
최신 미리보기 버전
향후 릴리즈
  1. ^ 여기서부터 롤링 릴리스.타임스탬프만 변경된다.

참조

  1. ^ 오픈크롬 기고자, 블랙 덕 오픈허브
  2. ^ 오픈허브의 오픈크롬 오픈소스 프로젝트
  3. ^ Eclipse Marketplace:오픈크롬
  4. ^ OpenChrom: Philip Wenig, Juergen Odermatt, BMC 생물정보학, 2010; doi:10.1186/1471-2105-11-405
  5. ^ Softwarebasierte Verfahren jur datenbankesthzten Identififiizierung 조직관리자 Subsanzen mittels 분석자 Pyromotographie/Massenspektrometrie (Py-GC/MS), Philip Wenig, 논문; 2012; DNB-IDN1027167683
  6. ^ Py-GC/MS 데이터의 사후 최적화: OpenChrome 질량 분석 및 응용 Pyroliisis Journal of Analysis and Applied Pyroliisisis, 2011; doi:10.1016/j.jaap.013을 활용한 데이터 품질 향상을 위한 새로운 디지털 화학 소음 감소 필터(NOISERA)를 이용한 사례 연구
  7. ^ 가스 크로마토그래피 화학 모델에서 최고점을 식별하기 위한 새로운 소프트웨어를 사용한 냄새 배출 특성 – 질량 분석 데이터 세트, K.R. Murphy, P.Wenig, G. Parcsi, T.Skov, R.M. Stuetz, Chemetrics 및 Intelligent Laboratory Systems; 2012; doi:10.1016/j.chemolab.2012.07.006
  8. ^ Werner Fischer: 2010년 수상자 Thomas Krenn 오픈 소스상
  9. ^ Eclipse Foundation:캘리포니아 주 산타 클라라, Eclipse Community Awards 수상자 발표 - 2011년 3월 21일
  10. ^ 다이애나 쿠퍼:2014년 6월 11일, Eclipse Science Working Group에 대한 통찰력
  11. ^ Philip Wenig: ChemClipse 0.7.0 출시, 2016년 10월 2일
  12. ^ Dąbrowski, Łukasz (2015-08-07). "Review of free data processing software for chromatography". Mediterranean Journal of Chemistry. 4 (4): 193–200. doi:10.13171/mjc.4.4.2015.15.09.16.35/dabrowski.

외부 링크