플럼티드

PLUMED
플럼티드
개발자막스 보노미, 조반니 부시, 카를로 카밀로니, 가레스 트리벨로
초기 릴리즈2009; 13년 전(2009)
안정적 해제
2.7.1 / 2021년 4월 16일; 12개월 전(2021-04-16)
리포지토리github.com/plumed/plumed2
기록 위치C++(C, Fortran 및 Python에도 바인딩 사용 가능)
운영 체제Linux, macOS
유형분자역학
면허증GNU LGPL
웹사이트www.plumed.org

FLUMED는 강화된 샘플링 알고리즘, 다양한 자유 에너지 방법, 분자 역학 시뮬레이션을 위한 분석 도구를 구현하는 오픈 소스 라이브러리다.It is designed to be used together with ACEMD, AMBER, DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, OpenMM, ABIN, CP2K, i-PI, PINY-MD, and Quantum ESPRESSO, but it can also be used to together with analysis and visualization tools VMD, HTMD, and OpenPathSampling.[1][2]

또한, FLUMED는 분자 역학 궤적을 분석하는 독립형 도구로 사용될 수 있다.METAGUI라는 그래픽 사용자 인터페이스를 사용할 수 있다.[3]

집합변수

FLUMED는 분자역학 시뮬레이션 중에 발생하는 복잡한 공정(예: 각도, 위치, 거리, 상호작용 에너지 및 총 에너지)에 대한 설명으로 사용되는 많은 집합 변수를 제공한다.[4]

참조

  1. ^ Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Bussi, Giovanni; Camilloni, Carlo; Provasi, Davide; Raiteri, Paolo; Donadio, Davide; Marinelli, Fabrizio; Pietrucci, Fabio (2009-10-01). "PLUMED: A portable plugin for free-energy calculations with molecular dynamics". Computer Physics Communications. 180 (10): 1961–1972. arXiv:0902.0874. Bibcode:2009CoPhC.180.1961B. doi:10.1016/j.cpc.2009.05.011. ISSN 0010-4655. S2CID 4852774.
  2. ^ Tribello, Gareth A.; Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Camilloni, Carlo; Bussi, Giovanni (2014-02-01). "PLUMED 2: New feathers for an old bird". Computer Physics Communications. 185 (2): 604–613. arXiv:1310.0980. Bibcode:2014CoPhC.185..604T. doi:10.1016/j.cpc.2013.09.018. ISSN 0010-4655. S2CID 17904052.
  3. ^ Biarnés, Xevi; Pietrucci, Fabio; Marinelli, Fabrizio; Laio, Alessandro (2012-01-01). "METAGUI. A VMD interface for analyzing metadynamics and molecular dynamics simulations". Computer Physics Communications. 183 (1): 203–211. Bibcode:2012CoPhC.183..203B. doi:10.1016/j.cpc.2011.08.020. ISSN 0010-4655.
  4. ^ "PLUMED: Introduction". www.plumed.org. Retrieved 2019-05-23.

외부 링크

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