공

BALL
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BALL 프로젝트
Ballview 1pma raytraced.png
볼뷰
개발자BALL 프로젝트 팀
안정된 릴리스
1.4.2 / 2013년 1월 28일, 9년 전(2013-01-28)
프리뷰 릴리즈
1.4.79 / 2014년 8월 7일, 7년 전(2014-08-07)
저장소packages.debian.org/source/wheezy/ball
기입처C++, Python
운영 체제Linux, Unix, macOS, Windows
플랫폼IA-32, x86-64
이용가능기간:영어
유형소프트웨어 프레임워크
면허증.LGPL
웹 사이트ball-project.org

BALL(Bichemical Algorithms Library)은 분자 모델링 및 계산 구조 생물 정보학을 위한 알고리즘과 데이터 구조 세트이며, 이 라이브러리에 대한 Python 인터페이스 및 BALL 뷰어 BALL에 대한 그래픽 사용자 인터페이스입니다.

BALL은 상용 제품에서 GNU Lesser General Public License(LGPL)에 따라 라이선스가 부여된 무료 오픈 소스 소프트웨어로 발전했습니다.BALLView는 GNU General Public License(GPL) 라이선스로 라이선스됩니다.

BALL 및 BALLView는 Linux, macOS, Solaris 및 Windows 운영체제로 이식되어 있습니다.

BALL 프로젝트 팀이 개발한 분자 뷰어 BALLView는 BALL의 C++ 어플리케이션으로 Qt와 실시간 레이서 RTFact를 렌더링 백엔드로 사용합니다.둘 다 들어, BALLView의 그래픽 사용자 인터페이스를 통해서 입체 3차원 여러 다른 모드로, 그리고 직접적으로 BALL 도서관의 알고리즘을 적용하는 시각화함을 제공한다.

그 BALL 프로젝트와 유지 보수 자를란트 대학, 마인츠 대학교, 튀빙겐 대학교에서 그룹에 의해 발달 되어 있다.둘 다 도서관과 시청자 교육 및 연구에 사용된다.BALL 패키지 이용할 수 있는 데비안 프로젝트에서 이루어졌다.[1]

주요 기능

  • 인터랙티브 분자 그림과 형태 편집.
  • 분자 파일 형식(PDB, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC)의 읽기 및 쓰기
  • 세컨더리 데이터 소스 읽기(DCD, DSN6, GAMESS, JCAMP, SCWRL, TRR)
  • SMIES 및 SMARTS 발현에서 분자 생성 및 분자 매칭
  • 지오메트리 최적화
  • 미니마이저 및 분자역학 클래스
  • 스코어링 및 에너지 최소화를 위한 힘 필드(MMFF94, 황색, CHARMM) 지원
  • Python 인터페이스 및 스크립트 기능
  • 플러그인 인프라스트럭처(3D Space-Navigator)
  • 분자 그래픽스 (3D, 입체 표시)
  • 포괄적인 매뉴얼(Wiki, 코드 스니펫, 온라인 클래스 매뉴얼, 버그 트래커)
  • 포괄적 회귀 검사
  • 프레젠테이션 및 협업 데이터 교환을 위한 BALL 프로젝트 형식
  • NMR
  • 편집 가능한 바로 가기

BALL 라이브러리

BALL은 구조 생물 정보학을 위한 개발 프레임워크이다.BALL을 프로그래밍 툴박스로 사용하면 애플리케이션 개발 시간을 대폭 단축할 수 있습니다.또, 복잡한 알고리즘의 빈번한 재실장을 회피하고, 많은 개발자에 의해서 테스트되고 있는 라이브러리로 콜을 대체함으로써, 안정성과 정확성을 확보할 수 있습니다.

파일 Import-export

BALL은 PDB, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC 및 DCD, DSN6, GAMESS, JCAMP, SCWRL, TR 등의 2차 데이터 소스를 포함한 분자 파일 형식을 지원합니다.또한 BALL의 펩타이드 빌더를 사용하거나 SMIELES 발현을 기반으로 분자를 생성할 수 있습니다.

일반구조분석

추가 준비 및 구조 검증은 Kekuliser-, 방향족-, Bondorder-, HBond- 및 Secondary Structure 프로세서에 의해 가능합니다.단편 라이브러리는 단백질의 수소나 결합과 같은 누락된 정보를 자동으로 추론합니다.Rotamer Library를 사용하면 단백질의 가장 가능성이 높은 측쇄 구성을 결정, 할당 및 전환할 수 있습니다.BALL의 변환 프로세서는 유효한 3D 구조의 생성을 안내합니다.그 선택 메커니즘은 단순한 표현(SMILE, SMARTS, 원소 유형)으로 분자의 일부를 특정할 수 있게 한다.이 선택 항목은 프로세서 또는 포스 필드와 같은 모든 모델링 클래스에서 사용할 수 있습니다.

분자역학

일반적인 힘 필드 CHARMM, 앰버 및 MMFF94의 구현은 BALL의 최소화 및 시뮬레이션 클래스(스텝 강하, 공역 구배, L-BFGS 및 시프트 L-VMM)와 결합할 수 있다.

파이선 인터페이스

SIP를 사용하여 BALL 라이브러리의 모든 관련 C++ 클래스에 대해 Python 클래스를 자동으로 생성하여 동일한 클래스인터페이스를 허용합니다.Python 클래스는 C++ 클래스와 이름이 같으며, C++에서 Python으로 BALL을 사용하는 코드를 이식하는 데 도움이 됩니다.

Python 인터페이스는 뷰어 애플리케이션 BALLView에 완전히 통합되어 있기 때문에 Python 스크립트로 계산된 결과를 직접 시각화할 수 있습니다.또한 BALLView는 스크립트 인터페이스에서 조작할 수 있으며 반복 작업을 자동화할 수 있습니다.

볼뷰

BALLView는 BALL의 독립형 분자 모델링 및 시각화 응용 프로그램입니다.분자 가시화 기능을 개발하기 위한 프레임워크이기도 하다.

BALLView는 원자, 결합, 표면 및 그리드 기반 정전위 시각화에 대한 표준 시각화 모델을 제공합니다.라이브러리 BALL의 기능성의 상당 부분은 BALLView의 부하된 분자에 직접 적용할 수 있다.BALLView는 다양한 스테레오 모드, 스페이스 네비게이터, VRPN 지원 입력 디바이스 등 몇 가지 시각화 및 입력 방식을 지원합니다.

CeBIT 2009에서 BALLView는 실시간 광선 추적 기술을 분자 뷰어와 모델링 툴에 [2]완전히 통합한 최초의 사례로 소개되었습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ "Debian -- Details of source package ball in sid". Retrieved 9 August 2021.
  2. ^ 2009년 3월 3일, BALL 웹사이트는, 「실시간 레이트레이스 기능을 갖춘 BALLView는, 인텔의 공식 기자 회견에서 시연되었습니다.2011년 7월 25일 Wayback Machine Access 12/13에서 아카이브 완료.

추가 정보

외부 링크