아스칼라프 디자이너

Ascalaph Designer
아스칼라프 디자이너
DNA-in-Ascalaph-Designer.png
아스칼라프 디자이너는 디옥시리보핵산(DNA)을 렌더링한다.
원본 작성자알렉세이 니키틴
개발자애자일 분자
안정적 해제
1.8.94 / 2015년 12월 3일; 6년 전(2015-12-03)
기록 위치C++
운영 체제창문들
플랫폼x86
크기138.9MB
다음에서 사용 가능영어
유형분자 모델링
면허증GNU GPL 및 Code Project Open License를 포함한 기타 사항
웹사이트www.biomolecular-modeling.com/Ascalaph

아스칼라프 디자이너는 분자 설계와 시뮬레이션을 위한 범용 분자 모델링을 위한 컴퓨터 프로그램이다.양자 및 고전 분자 모델링 ORCA, NWChem, Firefly, CP2K, MDynaMix의[1] 공통 프로그램을 위한 그래픽 환경을 제공한다.[2]분자역학 계산은 모델 구축, 에너지 최적화 및 분자역학을 포함한다.Firefly(이전의 PC GAMESS)[3][4][5]는 광범위한 양자 화학 방법을 다루고 있다.아스칼라프 디자이너는 GNU General Public License 버전 2(GPLv2)에 따라 출시된 무료 오픈소스 소프트웨어다.[6]

주요 기능

사용하다

참고 항목

참조

  1. ^ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures". Computer Physics Communications. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016/S0010-4655(99)00529-9.
  2. ^ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems". Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems. Lecture Notes in Computer Science. Vol. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. pp. 296–303. doi:10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490.
  3. ^ 컴퓨터 화학, 데이비드 영, 와일리-인터사이언스, 2001.부록 A. A.2.3 페이지 334, GAMESS
  4. ^ M.W. Schmidt; et al. (1993). "General Atomic and Molecular Electronic Structure System". J. Comput. Chem. 14 (11): 1347–1363. doi:10.1002/jcc.540141112. S2CID 3358041.
  5. ^ M. S. Gordon과 M. W. Schmidt, 전자구조 이론의 진보: GAMESS, 10년 후, 첫 40년, C. E. Dykstra, G. Frenking.K. S. 임과 G. E. 스쿠사리아, 엘스비에, 암스테르담, 2005.
  6. ^ "Ascalaph Designer".
  7. ^ Toukan K, Rahman A (1985). "Molecular-dynamics study of atomic motions in water". Physical Review B. 31 (5): 2643–2648. Bibcode:1985PhRvB..31.2643T. doi:10.1103/PhysRevB.31.2643. PMID 9936106.
  8. ^ Y. Cheng, N. Korolev & L. Nordenskiöld (2006). "Similarities and differences in interaction of K+ and Na+ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study". Nucleic Acids Research. 34 (2): 686–696. doi:10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204.
  9. ^ C.-J. Högberg; A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev (2008). "Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer". Journal of Computational Chemistry. 29 (14): 2359–2369. doi:10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.
  10. ^ A. Vishnyakov & A.V. Neimark (2008). "Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study". J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008JChPh.128p4902V. doi:10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
  11. ^ G. Raabe & J. Köhler (2008). "Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation". J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. doi:10.1063/1.2907332. PMID 18433237.
  12. ^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). "Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF4] and acetonitrile by a refined force field". Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP....7.2771W. doi:10.1039/b504681p. PMID 16189592.
  13. ^ T. Kuznetsova & B. Kvamme (2002). "Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system". Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP....4..937K. doi:10.1039/b108726f.
  14. ^ A.M. Nikitin & A.P. Lyubartsev (2007). "A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture". J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. doi:10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.

외부 링크