분자 그래픽 시스템 목록
List of molecular graphics systems이것은 고분자를 시각화하는 데 사용되는 주목할 만한 소프트웨어 시스템의 목록이다.[1]
아래 표는 각 시스템에서 시각화할 수 있는 데이터 유형을 나타낸다.
| 이름 | 데이터 | 면허증 | 기술 | 인용구 | 평. |
|---|---|---|---|---|---|
| 아미라 | EM 음. MRI 광학 SMI XRC | 소유권[2] | Windows, Linux, Mac | [3][자체 분석 소스?] | OpenInventor/OpenGL 기반; 생명과학 및 생명과학에 집중. |
| 아스칼라프 디자이너 | 음. MD QM | 소유권 | C++ | [4][자체 분석 소스?] | 그래픽, 모델 구축, 분자역학, 양자화학. |
| 아비조 | EM 음. MRI 광학 SMI XRC | 소유권[5] | Windows, Linux, Mac | [6][자체 분석 소스?] | 아비조는 아미라에서 파생되어 물질과학에 주력하고 있다. |
| 아보가드로 | 음. XRC MD | 무료 오픈 소스, GPL | C++, Qt, Python 모듈을 통해 확장 가능 | ||
| CN3D | 무료 오픈 소스 | 독립 실행형 프로그램 | [7] | NCBI C++ 툴킷에서 | |
| 코우트 | XRC | 무료 오픈 소스 | |||
| 가브리디트 | XRC 음. | 무료 오픈 소스 | C | [8] | |
| J몰 | 무료 오픈 소스 | Java 애플릿 또는 독립 실행형 프로그램 | [9][자체 분석 소스?] | 독립적인 움직임, 표면 및 분자 궤적, 공동 시각화, 결정 대칭과 같은 고급 기능 지원 | |
| MDL 차임벨 | 독점적인 무료 사용 비상업적 | 윈도우즈 전용 C++ 브라우저 플러그인 | [10][자체 분석 소스?] | 분자와 주기적 시스템(결정, 구조, 유체...), 궤도 애니메이션화, 분자 궤도 시각화, 부정성, 정전기 전위...IR, NMR, 유전체 및 광학 텐더와 같은 그래프를 시각화한다. | |
| 몰덴 | 음. XRC | 독점적이고 자유로운 학술적 지식 | [11] | ||
| 분자 작동 환경(MOE) | HM MD 음. NA QM SMI XRC | 소유권 | Windows, Linux, OS X; SVL 프로그래밍 언어 | 작은 분자, 고분자, 단백질-리간드 복합체, 결정 격자, 분자 및 특성 표면을 제작, 편집 및 시각화하십시오.분자 모델링/약물 발견 애플리케이션의 광범위한 수집을 위한 플랫폼. | |
| 몰켈 | 음. XRC | 무료 오픈 소스 | Java 3D 애플릿 또는 독립 실행형 프로그램 | ||
| 파이몰 | XRC SMI EM | 오픈소스, 파이톤 | 파이톤 | [12][자체 분석 소스?] | 저자에 따르면, 과학 문헌에 게재된 3D 단백질 구조의 모든 이미지 중 거의 1/4이 PyMol을 통해 만들어졌다고 한다.[citation needed] |
| 라스몰 | 무료 오픈 소스 | C 독립 프로그램 | [13][14][15][자체 분석 소스?] | ||
| 샘슨 | 음. MD SMI MRI | 무료 | Windows, Linux, Mac. C++(Qt) | [16] | 계산 나노과학: 생명과학, 물질 등모듈형 아키텍처, 모듈(SAMSON Elements)이라고 함. |
| 시리우스 | 무료 오픈 소스 | Java 3D 애플릿 또는 독립 실행형 프로그램 | |||
| 가위눌림 | 음. QM | 소유권[17] | 독립 실행형 프로그램 | [18] | 다양한 분자 시스템에 대한 시뮬레이션 편집, 시각화 및 실행 |
| 스파르타 | 음. QM | 소유권[19] | 독립 실행형 프로그램 | [20] | 생체 분자, PDB 파일에서 바인딩된 리간드를 시각화 및 편집하여 추가 계산 분석, 전체 분자 역학 및 양자 화학 계산 패키지를 간소화된 그래픽 사용자 인터페이스를 통해 시각화 및 편집하십시오. |
| UCSF 치메라 | XRC SMI EM MD | 독점적인 무료 사용 비상업적[21] | 파이톤 | [22][23][자체 분석 소스?] | 단일/복수 시퀀스 뷰어, 구조 기반 시퀀스 정렬, 통합 분석을 위한 자동 시퀀스 구조 크로스스토크 포함.[24] |
| VMD | EM MD 음. | 독점적인 무료 사용 비상업적[25] | C++ | [26][27][자체 분석 소스?] | |
| 면 어쩌지 | HM XRC | 학업을 위한 독점 쉐어웨어 | Fortran, C, OpenGL, 독립 실행형 | [28][자체 분석 소스?] | 구식 인터페이스, 경험이 풍부한 생물정보학자를 위한 매우 좋은 소프트웨어, 거의 2000개의 단백질 구조 관련 옵션; 500페이지의 기록과 함께 제공된다. |
| 야사라 | HM NMR XRC | 독점적이고 제한된 무료 버전 | C-assembly, Windows, Linux, Mac | [29][자체 분석 소스?] | 완전한 기능을 갖춘 분자 모델링 및 시뮬레이션 프로그램, 구조 예측 및 도킹 포함.그래픽 또는 텍스트 모드(클러스터), Python 인터페이스. |
참고 항목
참조
- ^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, et al. (March 2010). "Visualization of macromolecular structures". Nature Methods. 7 (3 Suppl): S42-55. doi:10.1038/nmeth.1427. PMC 7097155. PMID 20195256.
- ^ 아미라상업면허
- ^ "Amira for Life & Biomedical Sciences". 2019-02-28. Retrieved February 28, 2019.
- ^ "Ascalaph". Retrieved 24 September 2009.
- ^ 아비조상업면허
- ^ "Avizo, the 3D Visualization and Analysis Software for Scientific and Industrial Data". 2018-09-26. Retrieved August 5, 2010.
- ^ Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (June 2000). "Cn3D: sequence and structure views for Entrez". Trends in Biochemical Sciences. 25 (6): 300–2. doi:10.1016/S0968-0004(00)01561-9. PMID 10838572.
- ^ "Gabedit A graphical user interface for computational chemistry packages".
- ^ "Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D". Retrieved 24 September 2009.
- ^ "Chime Pro". Symx. Retrieved 24 September 2009.
- ^ "Molden a visualization program of molecular and electronic structure".
- ^ "PyMOL Molecular Viewer". Retrieved 24 September 2009.
- ^ Sayle RA, Milner-White EJ (September 1995). "RASMOL: biomolecular graphics for all". Trends in Biochemical Sciences. 20 (9): 374–376. doi:10.1016/S0968-0004(00)89080-5. PMID 7482707.
- ^ Bernstein HJ (September 2000). "Recent changes to RasMol, recombining the variants". Trends in Biochemical Sciences. 25 (9): 453–5. doi:10.1016/S0968-0004(00)01606-6. PMID 10973060.
- ^ "Home Page for RasMol and OpenRasMol". Retrieved 24 September 2009.
- ^ SAMSON Connect
- ^ 스파이크레스 상업 허가증
- ^ "Scigress". fqs.pl. 12 September 2014.
- ^ 스파르타 웹 페이지
- ^ 스파르타 자습서 & 사용 설명서 ISBN 1-890661-38-4
- ^ UCSF 키메라 라이센스
- ^ Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (October 2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". Journal of Computational Chemistry. 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442. doi:10.1002/jcc.20084. PMID 15264254. S2CID 8747218.
- ^ "UCSF Chimera". Retrieved 24 September 2009.
- ^ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (July 2006). "Tools for integrated sequence-structure analysis with UCSF Chimera". BMC Bioinformatics. 7: 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339. PMC 1570152. PMID 16836757.
- ^ Visual Molecular Dynamics 라이센스
- ^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (February 1996). "VMD: visual molecular dynamics". Journal of Molecular Graphics. 14 (1): 33–8, 27–8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID 8744570.
- ^ "VMD - Visual Molecular Dynamics". Retrieved 24 September 2009.
- ^ "WHAT IF homepage". Retrieved 24 September 2009.
- ^ "YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application". Retrieved 24 September 2009.
외부 링크
 | 위키미디어 커먼즈에는 분자 시각화 소프트웨어와 관련된 미디어가 있다. |
- Saric M. "Free Molecular Modelling Programs =". 약 20개의 도구에 대한 다소 상세하고 객관적이며 기술적인 평가.
- "PDB list of molecular graphics tools".
- "Index of Molecular Visualization Resources".
- "Molecular Visualization Resources by Eric Martz".
