샘슨

SAMSON
샘슨
SAMSON-logo.jpg
SAMSON 2021.png
메인 사용자 인터페이스
개발자원앙스트롬
안정된 릴리스
SAMSON 2021 / 2021
기입처C++(Qt)
운영 체제Windows, macOS, Linux
플랫폼x86, x86-64
이용가능기간:영어
유형분자 설계
면허증.독자[1] 사양
웹 사이트www.samson-connect.net

SAMSON(Software for Adaptive Modeling and Simulation Of Nanosystems)은 OneAngstrom이 개발하고 이전에 프랑스 컴퓨터 과학 자동화 연구소(INRIA)[2]의 나노-D 그룹이 개발한 분자 설계용 컴퓨터 소프트웨어 플랫폼입니다.

SAMSON은 재료과학,[3] 생명과학,[4] 의약품[5] 설계 [6][7][8][9][10][11]등 나노과학의 다양한 분야에 적합한 모듈러 아키텍처를 가지고 있습니다.

SAMSON 요소

SAMSON Elements는 SAMSON Software Development Kit(SDK; 소프트웨어 개발 키트)와 함께 개발된 SAMSON용 모듈입니다.SAMSON Elements는 사용자가 새 모델 구축, 계산 수행, 대화형 또는 오프라인 시뮬레이션 실행, 결과 시각화 및 해석 등의 작업을 SAMSON에서 수행할 수 있도록 지원합니다.

SAMSON 요소에는 다음과 같은 다양한 클래스 유형이 포함될 수 있습니다.

  • 앱 – SAMSON의 기능을 확장하는 그래픽 사용자 인터페이스를 갖춘 범용 클래스
  • 에디터 – 편집 기능을 제공하기 위해 사용자 상호작용 이벤트를 수신하는 클래스(모델 생성, 구조 변형 등)
  • 모델 – 나노 시스템의 특성을 설명하는 클래스(아래 참조)
  • 파서 – 파일을 해석하여 SAMSON의 데이터 그래프에 콘텐츠를 추가할 수 있는 클래스(아래 참조)

SAMSON 요소는 인스펙션메커니즘을 통해 기능을 SAMSON 및 기타 요소에 노출하므로 통합 및 파이프라인화할 수 있습니다.

모델링 및 시뮬레이션

SAMSON은 5가지 범주의 모델을 사용하여 나노 시스템을 나타냅니다.

  • 구조 모델 – 지오메트리 및 토폴로지를 설명합니다.
  • 비주얼 모델– 그래픽 표현 제공
  • 동적 모델 – 동적 자유도를 설명합니다.
  • 상호작용 모델 – 에너지 및 힘 설명
  • 속성 모델 – 처음 4개 모델 카테고리에 포함되지 않은 특성을 설명합니다.

시뮬레이터(잠재적으로 인터랙티브한 모델)는 물리 기반 모델을 구축하고 속성을 예측하는 데 사용됩니다.

데이터 그래프

모든 모델과 시뮬레이터는 SAMSON 데이터 그래프를 형성하는 계층 구조로 통합됩니다.SAMSON 요소는 서로 및 데이터 그래프와 상호 작용하여 모델링 및 시뮬레이션 작업을 수행합니다.신호 및 슬롯 메커니즘은 데이터 그래프 노드가 갱신될 때 이벤트를 송신할 수 있도록 하며, 이를 통해 예를 들어 적응형 시뮬레이션 알고리즘을 [12][13][14]개발할 수 있다.

노드 사양 언어

SAMSON에는 사용자가 속성에 따라 데이터 그래프 노드를 선택하기 위해 사용할 수 있는 Node Specification Language(NSL; 노드 지정 언어)가 있습니다.NSL 표현의 예는 다음과 같습니다.

  • Hydrogen– 모든 수소를 선택합니다(짧은 버전:H)
  • atom.chainID > 2– 체인 ID가 2보다 큰 모든 원자를 선택합니다(짧은 버전:a.ci > 2)
  • Carbon in node.selected– 현재 선택한 모든 카본을 선택합니다(짧은 버전:C in n.s)
  • bond.order > 1.5– 주문이 1.5보다 큰 모든 채권을 선택합니다(짧은 버전:b.o > 1.5)
  • node.type backbone– 모든 백본노드를 선택합니다(짧은 버전:n.t bb)
  • O in node.type sidechain– 사이드 체인 노드에서 모든 산소겐을 선택합니다(짧은 버전:O in n.t sc)
  • "CA" within 5A of S– 황 원자로부터 5앵스트롬 이내에 있는 CA라는 이름의 노드를 모두 선택합니다(짧은 버전:"CA" w 5A of S)
  • node.type residue beyond 5A of node.selected– 현재 선택 항목 중 5앵스트롬을 초과하는 모든 잔여 노드를 선택합니다(짧은 버전:n.t r b 5A of n.s)
  • residue.secondaryStructure helix– 알파 나선형의 잔여 노드를 선택합니다(짧은 버전:r.ss h)
  • node.type sidechain having S– 하나 이상의 황 원자를 가진 사이드 체인 노드를 선택합니다(짧은 버전:n.t sc h S)
  • H linking O– 산소 원자에 결합된 모든 수소를 선택합니다(짧은 버전:H l O)
  • C or H– 탄소 또는 수소로 구성된 원자를 선택합니다.

특징들

SAMSON은 C++로 개발되어 다음을 포함한 많은 기능을 구현합니다.

  • 관리 메모리
  • 신호 및 슬롯
  • 시리얼화
  • 멀티레벨 언로드 리도
  • 자기성찰
  • 참조하다
  • 단위계
  • 함수 및 술어 논리
  • SAMSON 요소 소스 코드 생성기

SAMSON Connect(SAMSON Connect)

SAMSON, SAMSON Elements 및 SAMSON 소프트웨어 개발 키트는 SAMSON Connect [6]웹사이트를 통해 배포됩니다.이 사이트는 개발자에 의해 업로드되고 있는SAMSON 요소의 저장소 역할을 하며, SAMSON 사용자는 SAMSON Connect에서 요소를 선택하여 추가합니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ "Terms of use". SAMSON Connect. Retrieved 2020-05-30.
  2. ^ 나노D - INRIA
  3. ^ Contreras, M. Leonor; Villarroel, Ignacio; Rozas, Roberto (2021). "Automated Generation of Zigzag Carbon Nanotube Models Containing Haeckelite Defects". Intelligent Computing. Lecture Notes in Networks and Systems. Vol. 284. pp. 371–377. doi:10.1007/978-3-030-80126-7_28. ISBN 978-3-030-80125-0. S2CID 238030853.
  4. ^ Mostafa, Amr A.; El-Rahman, Soheir N. Abd; Shehata, Said; Abdallah, Naglaa A.; Omar, Hanaa S. (2021). "Assessing the effects of a novel biostimulant to enhance leafminer resistance and plant growth on common bean". Scientific Reports. 11 (1): 20020. doi:10.1038/s41598-021-98902-z. PMC 8501134. PMID 34625596.
  5. ^ Barazorda-Ccahuana, Haruna Lux; Nedyalkova, Miroslava; Mas, Francesc; Madurga, Sergio (2021). "Unveiling the Effect of Low pH on the SARS-CoV-2 Main Protease by Molecular Dynamics Simulations". Polymers. 284 (21): 3823. doi:10.3390/polym13213823. PMID 34771379.
  6. ^ a b SAMSON Connect(SAMSON Connect)
  7. ^ SAMSON 0.7.0 사용 가능 - 화학 분야 Mac
  8. ^ 삼손의 RDKit - Macs in Chemistry
  9. ^ Vaucher, Alain C.; Reiher, Markus (2016). "Molecular Propensity as a Driver for Explorative Reactivity Studies". Journal of Chemical Information and Modeling. 56 (8): 1470–1478. arXiv:1604.06748. doi:10.1021/acs.jcim.6b00264. PMID 27447367. S2CID 3549945.
  10. ^ Vaucher, Alain C.; Reiher, Markus (2017). "Steering Orbital Optimization out of Local Minima and Saddle Points Toward Lower Energy". Journal of Chemical Theory and Computation. 13 (3): 1219–1228. arXiv:1701.00128. doi:10.1021/acs.jctc.7b00011. PMID 28207264. S2CID 4406796.
  11. ^ Miao, Haichao; De Llano, Elisa; Sorger, Johannes; Ahmadi, Yasaman; Kekic, Tadija; Isenberg, Tobias; Gröller, M. Eduard; Barišić, Ivan; Viola, Ivan (2017). "Multiscale Visualization and Scale-Adaptive Modification of DNA Nanostructures" (PDF). IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 24 (1): 1014–1024. doi:10.1109/TVCG.2017.2743981. PMID 28866510. S2CID 9479885.
  12. ^ Artemova, Svetlana; Redon, Stephane (2012). "Adaptively Restrained Particle Simulations". Physical Review Letters. 109 (19): 190201:1–5. Bibcode:2012PhRvL.109s0201A. doi:10.1103/PhysRevLett.109.190201. PMID 23215362.
  13. ^ Bosson, Mael; Grudinin, Sergei; Bouju, Xavier; Redon, Stephane (2012). "Interactive physically-based structural modeling of hydrocarbon systems". Journal of Computational Physics. 231 (6): 2581–2598. Bibcode:2012JCoPh.231.2581B. CiteSeerX 10.1.1.592.5537. doi:10.1016/j.jcp.2011.12.006.
  14. ^ Bosson, Mael; Grudinin, Sergei; Redon, Stephane (2013). "Block-Adaptive Quantum Mechanics: An Adaptive Divide-and-Conquer Approach to Interactive Quantum Chemistry". Journal of Computational Chemistry. 34 (6): 492–504. doi:10.1002/jcc.23157. PMID 23108532. S2CID 2298570.