APBS(소프트웨어)

APBS (software)
APBS 및 PDB2PQR
원본 작성자베이커 NA, 9월 D, 조셉 S, 홀스트 MJ, 맥캠몬 JA(APBS), 돌린스키 TJ, 크조드로스키 P, 리 H, 닐슨 JE, 젠센 JH, 클레베 G, 베이커 NA(PDB2PQR)
리포지토리github.com/Electrostatics/apbs-pdb2pqr
기록 위치파이톤, C++, C
운영 체제리눅스
유형분자전기학
면허증MIT 라이선스
웹사이트www.poissonboltzmann.org

APBS(이전의 Advanced Poisson-Boltzmann Solver)는 주로 대형 생체 분자 시스템을 위해 의도된 연속 전기학의 방정식을 해결하기 위한 무료 오픈 소스 소프트웨어다.[1][2]그것은 MIT 면허에 따라 이용 가능하다.

PDB2PQR은 APBS와 함께 사용하기 위해 단백질 데이터 뱅크에서 단백질 구조 파일을 준비한다.준비 단계에는 누락된 무거운 원자를 구조물에 추가하고 다수의 힘 영역에서 전하 할당에 국한되지는 않는다.[3][4]출력 파일 형식은 PQR이며[5], 여기서 소프트웨어 이름이 나온다.

참조

  1. ^ Jurrus, Elizabeth; Engel, Dave; Star, Keith; Monson, Kyle; Brandi, Juan; Felberg, Lisa E.; Brookes, David H.; Wilson, Leighton; Chen, Jiahui (2017-08-24). "Improvements to the APBS biomolecular solvation software suite: Improvements to the APBS Software Suite". Protein Science. 27 (1): 112–128. doi:10.1002/pro.3280. PMC 5734301. PMID 28836357.
  2. ^ McCammon, J. Andrew; Holst, Michael J.; Joseph, Simpson; Sept, David; Baker, Nathan A. (2001-08-28). "Electrostatics of nanosystems: Application to microtubules and the ribosome". Proceedings of the National Academy of Sciences. 98 (18): 10037–10041. Bibcode:2001PNAS...9810037B. doi:10.1073/pnas.181342398. ISSN 0027-8424. PMC 56910. PMID 11517324.
  3. ^ Baker, Nathan A.; McCammon, J. Andrew; Nielsen, Jens E.; Dolinsky, Todd J. (2004-07-01). "PDB2PQR: an automated pipeline for the setup of Poisson–Boltzmann electrostatics calculations". Nucleic Acids Research. 32 (suppl_2): W665–W667. doi:10.1093/nar/gkh381. ISSN 0305-1048. PMC 441519. PMID 15215472.
  4. ^ Baker, Nathan A.; Klebe, Gerhard; Jensen, Jan H.; Nielsen, Jens E.; Li, Hui; Czodrowski, Paul; Dolinsky, Todd J. (2007-07-01). "PDB2PQR: expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations". Nucleic Acids Research. 35 (suppl_2): W522–W525. doi:10.1093/nar/gkm276. ISSN 0305-1048. PMC 1933214. PMID 17488841.
  5. ^ "PQR molecular structure format — APBS-PDB2PQR 1.6 documentation". apbs-pdb2pqr.readthedocs.io. Retrieved 2019-05-23.

외부 링크

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