그로맥스

GROMACS
그로맥스
개발자그로닝겐 대학교
왕립 공과대학
웁살라 대학교[1]
초기 릴리즈1991년; 31년 전(1991년)
안정된 릴리스
2022.2 / 2022년 6월 16일; 52일 전(2022-06-16)[2]
저장소
기입처C++, C, CUDA, OpenCL, SYCL
운영 체제Linux, macOS, Windows, 기타 Unix 종류
플랫폼많이
이용가능기간:영어
유형분자역학 시뮬레이션
면허증.LGPL 버전 > = 4.6,
GPL 버전 4.6 미만[3]
웹 사이트www.gromacs.org

GROMACS는 주로 단백질, 지질 및 핵산의 시뮬레이션을 위해 설계된 분자역학 패키지입니다.원래는 그로닝겐 대학의 생물물리화학부에서 개발되었으며, 현재는 [4][5][6]전 세계 대학과 연구소의 기고가들에 의해 유지되고 있습니다.GROMACS는 [7][8]가장 빠르고 일반적인 소프트웨어 패키지 중 하나로 중앙처리장치(CPU) 및 그래픽처리장치(GPU)[9]에서 실행할 수 있습니다.GNU General Public License(GPL)[3]에 따라 출시된 무료 오픈 소스 소프트웨어이며, 버전 4.6부터는 GNU Lesser General Public License(LGPL)입니다.

역사

GROMACS 프로젝트는 1991년 네덜란드 그로닝겐 대학 생물물리화학부(1991-2000년)에서 처음 시작되었다.원래 이름은 이 시기(화학 시뮬레이션을 위한 GRONINGEN Machine)에서 유래한 것이지만, 최근 수십 년 동안 그로닝겐에서 거의 활발한 개발이 이루어지지 않았기 때문에 현재 GROMACS는 어떠한 약자도 아니다.원래 목표는 (현대 하드웨어 설계로 대체된 이후) 링 아키텍처를 기반으로 분자 시뮬레이션을 위한 전용 병렬 컴퓨터 시스템을 구축하는 것이었다.분자역학 고유의 루틴은 동일한 [citation needed]그룹에서 개발된 Fortran 77 기반의 프로그램 GROMOS에서 프로그래밍 언어 C로 다시 작성되었습니다.

2001년부터 GROMACS는 스웨덴 왕립 공과대학과 웁살라 대학의 GROMACS 개발팀에 의해 개발되었습니다.

특징들

GROMACS는 명령줄 인터페이스를 통해 작동하며 입력 및 출력에 파일을 사용할 수 있습니다.계산 진행 및 예상 도착 시간(ETA) 피드백, 궤도 뷰어 및 궤적 [3]분석을 위한 광범위한 라이브러리를 제공합니다.또한 다양한 힘 필드를 지원하므로 GROMACS가 매우 유연해집니다.Message Passing Interface(MPI) 또는 스레드를 사용하여 병렬로 실행할 수 있습니다.여기에는 PDB(Protein Data Bank) 파일의 분자 좌표를 내부적으로 사용하는 형식으로 변환하는 스크립트가 포함되어 있습니다.여러 분자의 시뮬레이션(용매 포함)을 위한 구성 파일이 생성되면 시뮬레이션 실행(시간이 오래 걸릴 수 있음)은 시간 경과에 따른 원자의 움직임을 설명하는 궤적 파일을 생성합니다.그런 다음 제공된 여러 [10]도구를 사용하여 해당 파일을 분석하거나 시각화할 수 있습니다.

OpenCL 및 CUDA는 AMD, Intel 및 NVIDIA의 실제 GPU에서 버전 5 이후 CPU 기반 실행에 비해 고속화가 가능합니다.버전 2021에서는 OpenCL은 권장되지 않으며 SYCL은 조기에 새로운 [11]지원을 받습니다.

부활절 달걀

2010년 1월 현재, GROMACS의 소스 코드에는 개발자와 생화학 연구자들의 농담으로 GROMACS의 약 400개의 대체 약어가 포함되어 있습니다.예를 들어 "Gromacs Run On All Computer Systems", "Gromacs Run 1 Micros At Cannonball Speed", "Great Red Hands Owners" 등이 있습니다.GROMACS의 출력 스트림에 표시되도록 랜덤으로 선택됩니다.한 예로,[12] 그러한 약자가 공격을 유발했다.

적용들

GROMACS는 GPL 이외의 라이선스에 따라 단백질 폴딩 시뮬레이션에 Folding@home 분산 컴퓨팅 프로젝트에서 널리 사용되고 있으며, 이 프로젝트에서 가장 크고 정기적으로 사용되는 일련의 계산 [13][14]코어의 기본 코드입니다.인공 생명체를 진화시키기 위한 분산 컴퓨팅 프로젝트인 EvoGrid도 GROMACS를 [15]채택하고 있습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ GROMACS 개발팀
  2. ^ "Gromacs Downloads". gromacs.org. Retrieved 2021-08-31.
  3. ^ a b c "About Gromacs". gromacs.org. 16 August 2010. Retrieved 2012-06-26.
  4. ^ "People — Gromacs". gromacs.org. 14 March 2012. Retrieved 26 June 2012.
  5. ^ Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJ (2005). "GROMACS: fast, flexible, and free". J Comput Chem. 26 (16): 1701–18. doi:10.1002/jcc.20291. PMID 16211538. S2CID 1231998.
  6. ^ Hess B, Kutzner C, Van Der Spoel D, Lindahl E (2008). "GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation". J Chem Theory Comput. 4 (2): 435–447. doi:10.1021/ct700301q. hdl:11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID 26620784.
  7. ^ Carsten Kutzner; David Van Der Spoel; Martin Fechner; Erik Lindahl; Udo W. Schmitt; Bert L. De Groot; Helmut Grubmüller (2007). "Speeding up parallel GROMACS on high-latency networks". Journal of Computational Chemistry. 28 (12): 2075–2084. doi:10.1002/jcc.20703. hdl:11858/00-001M-0000-0012-E29A-0. PMID 17405124. S2CID 519769.
  8. ^ Berk Hess; Carsten Kutzner; David van der Spoel; Erik Lindahl (2008). "GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation". Journal of Chemical Theory and Computation. 4 (3): 435–447. doi:10.1021/ct700301q. hdl:11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID 26620784.
  9. ^ "GPUs — Gromacs". gromacs.org. 20 January 2012. Retrieved 26 June 2012.
  10. ^ "GROMACS flow chart". gromacs.org. 18 January 2009. Archived from the original on 24 June 2010. Retrieved 26 June 2012.
  11. ^ https://www.iwocl.org/wp-content/uploads/22-iwocl-syclcon-2021-alekseenko-slides.pdf[베어 URL PDF]
  12. ^ "Re: Working on Giving Russians Opium May Alter Current Situation". Folding@home. 17 January 2010. Retrieved 2012-06-26.
  13. ^ Pande lab (11 June 2012). "Folding@home Open Source FAQ". Folding@home. Stanford University. Archived from the original (FAQ) on 17 July 2012. Retrieved 26 June 2012.
  14. ^ Adam Beberg; Daniel Ensign; Guha Jayachandran; Siraj Khaliq; Vijay Pande (2009). Folding@home: Lessons From Eight Years of Volunteer Distributed Computing (PDF). Parallel & Distributed Processing, IEEE International Symposium. pp. 1–8. doi:10.1109/IPDPS.2009.5160922. ISBN 978-1-4244-3751-1. ISSN 1530-2075. S2CID 15677970.
  15. ^ Markoff, John (29 September 2009). "Wanted: Home Computers to Join in Research on Artificial Life". The New York Times. Retrieved 26 June 2012.

외부 링크