화학 개발 키트

Chemistry Development Kit
화학 개발 키트
Burgundy-colored ball and stick pseudo-molecule diagram spelling the three letters C, D, and K.
원본 작성자크리스토프 스타인벡, 에곤 윌리겐, 댄 게젤터
개발자CDK 프로젝트
초기 릴리즈2001년 5월 11일; 20년 전(2001-05-11)[1]
안정적 해제2.3[2] (2019년 8월 9일; 2년 전(2019-08-09) [±]
릴리스 미리 보기2.2(2018년[3] 10월 30일; 3년 전(2018-10-30년) [±]
리포지토리github.com/cdk/cdk
기록 위치자바
운영 체제Windows, Linux, Unix, MacOS
플랫폼IA-32, x86-64
다음에서 사용 가능영어
유형화학정보학, 분자 모델링, 생물정보학
면허증LGPL 2.0
웹사이트cdk.github이오

화학 개발 키트(CDK)는 컴퓨터 소프트웨어로, 화학 정보학 및 생물 정보학을 위한 프로그래밍 언어 자바에 있는 라이브러리다.[4][5]윈도, 리눅스, 유닉스, 맥OS에서 사용할 수 있다.GNU 소공인허가(LGPL) 2.0에 따라 배포되는 무료 오픈소스 소프트웨어다.

역사

CDK는 당시 Jmol과 JChemPaint의 개발자였던 Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter가 2000년 9월 27-29일 노트르담 대학에서 공통 코드 기반을 제공하기 위해 만들었다.첫 번째 소스 코드 공개는 2011년 5월 11일에 이루어졌다.[6]그 이후로 100명 이상의 사람들이 이 프로젝트에 기여하여,[7] 아래와 같이 풍부한 기능들을 갖추게 되었다.2004년과 2007년 사이에 CDK 뉴스는 모든 기사를 공공 자료실에서 볼 수 있는 프로젝트의 뉴스레터였다.[8]기고율이 일정치 않아 소식지는 보류되었다.

CDK 뉴스
언어영어
편집자에곤 윌리겐, 크리스토프 스타인벡
발행내역
역사2004-2007
표준약어
ISO 4CDK 뉴스
인덱싱
ISSN1614-7553

이후 유닛 테스트, 코드 품질 검사, 자바독 유효성 검사가 도입되었다.라자르시 구하라는 야간 제작 시스템을 개발했는데, 나이틀리라는 이름은 아직 웁살라 대학에서 운영되고 있다.[9]2012년, 이 프로젝트는 지속적인 개발을 장려하기 위해 InChI Trust의 지원이 되었다.도서관은 JNI-InChiI를[10] 사용하여 국제 화학 식별자(InChis)를 생성한다.[11]2013년 4월 존 메이필드(né may)가 CDK의 릴리즈 매니저 대열에 합류해 개발 지부를 담당했다.[12]

도서관

CDK는 사용자 프로그램 대신 도서관이다.그러나 다양한 환경으로 통합되어 기능을 이용할 수 있게 되었다.CDK는 현재 프로그래밍 언어 R,[13] CDK-Taverna(Tervana Workbench Plugin),[14] 바이오클립스, PaDEL,[15] 신포니 등 여러 애플리케이션에서 사용되고 있다.[16]또한, CDK 확장은 KNIME(Konstanz Information Miner, KNIME)[17]과 LICS([1])[18]라 불리는 엑셀에 존재한다.

2008년에 GPL 면허 코드의 비트가 도서관에서 제거되었다.이러한 코드 비트는 주 CDK 라이브러리와 독립적이며 복사 작업이 관여되지 않았지만 사용자 간의 혼동을 줄이기 위해 ChemoJava 프로젝트가 인스턴스화되었다.[19]

주요 특징

화학 정보학

생물정보학

  • 단백질 활성 사이트 검출
  • 동족 리간드 검출[25]
  • 대사물 식별[26]
  • 경로 데이터베이스
  • 2D 및 3D 단백질 설명자[27]

일반

참고 항목

참조

  1. ^ "The Chemistry Development Kit - Browse /OldFiles at SourceForge.net".
  2. ^ "cdk/cdk: CDK 2.3". ZENODO. 2019-08-09. doi:10.5281/zenodo.3364510.
  3. ^ Mayfield, John; Willighagen, Egon; Ujihara, Kazuya; Rahman, Syed Asad; Alvarsson, Jonathan; Gražulis, Saulius; Szisz, Daniel; Williamson, Mark J.; Kochev, Nikolay; Jeliazkova, Nina; Bach, Eric; Berg, Arvid; Clark, Alex; Stephan, Ralf; Wenk, Michael; Stueker, Oliver; Jönsson, Klas; Burgoon, Lyle; Katsubo, Dmitry; Köhler, Uli; Harmon, Cyrus (30 October 2018). "Cdk/Cdk: Cdk 2.2". Zenodo. doi:10.5281/zenodo.1474247.
  4. ^ Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E. L. (2003). "The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 43 (2): 493–500. doi:10.1021/ci025584y. PMC 4901983. PMID 12653513.
  5. ^ Willighagen, Egon L.; Mayfield, John W.; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomáš; Rojas-Chertó, Miquel (2017-06-06). "The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching". Journal of Cheminformatics. 9 (1): 33. doi:10.1186/s13321-017-0220-4. ISSN 1758-2946. PMC 5461230. PMID 29086040.
  6. ^ "The Chemistry Development Kit - Browse /OldFiles at SourceForge.net".
  7. ^ "The Chemistry Development Kit (CDK)". GitHub. 12 October 2021.
  8. ^ "The Chemistry Development Kit - Browse /CDK News at SourceForge.net".
  9. ^ "Archived copy". Archived from the original on 2013-05-24. Retrieved 2013-08-05.{{cite web}}: CS1 maint: 타이틀로 보관된 사본(링크)
  10. ^ http://jni-inchi.sourceforge.net/
  11. ^ Spjuth, O.; Berg, A.; Adams, S.; Willighagen, E. L. (2013). "Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse". Journal of Cheminformatics. 5 (1): 14. doi:10.1186/1758-2946-5-14. PMC 3674901. PMID 23497723.
  12. ^ "John May is now release manager of CDK 1.5.x".
  13. ^ Guha, R. (2007). "Chemical informatics functionality in R". Journal of Statistical Software. 18 (5): 1–16. doi:10.18637/jss.v018.i05.
  14. ^ Kuhn, T.; Willighagen, E. L.; Zielesny, A.; Steinbeck, C. (2010). "CDK-Taverna: an open workflow environment for cheminformatics". BMC Bioinformatics. 11: 159. doi:10.1186/1471-2105-11-159. PMC 2862046. PMID 20346188.
  15. ^ Yap, C. W. (2011). "PaDEL-descriptor: An open source software to calculate molecular descriptors and fingerprints". Journal of Computational Chemistry. 32 (7): 1466–74. doi:10.1002/jcc.21707. PMID 21425294. S2CID 206032727.
  16. ^ O'Boyle, Noel M (2008). "Cinfony – combining Open Source cheminformatics toolkits behind a common interface". Chemistry Central Journal. 2 (1): 24. doi:10.1186/1752-153X-2-24. PMC 2646723. PMID 19055766.
  17. ^ Beisken, S.; Meinl, T.; Wiswedel, B.; De Figueiredo, L. F.; Berthold, M.; Steinbeck, C. (2013). "KNIME-CDK: Workflow-driven Cheminformatics". BMC Bioinformatics. 14: 257. doi:10.1186/1471-2105-14-257. PMC 3765822. PMID 24103053.
  18. ^ Lawson, K. R.; Lawson, J. (2012). "LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel". Journal of Cheminformatics. 4 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-4-3. PMC 3310842. PMID 22301088.
  19. ^ 케모자바
  20. ^ Berger, Franziska; Flamm, Christoph; Gleiss, Petra M.; Leydold, Josef; Stadler, Peter F. (March 2004). "Counterexamples in Chemical Ring Perception". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 44 (2): 323–331. doi:10.1021/ci030405d. PMID 15032507.
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  22. ^ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E. L. (2006). "Recent developments of the chemistry development kit (CDK) — an open-source java library for chemo- and bioinformatics". Curr. Pharm. Des. 12 (17): 2111–20. doi:10.2174/138161206777585274. hdl:2066/35445. PMID 16796559. Archived from the original on 2011-07-25.
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  26. ^ Rojas-Cherto, M.; Kasper, P. T.; Willighagen, E. L.; Vreeken, R. J.; Hankemeier, T.; Reijmers, T. H. (2011). "Elemental composition determination based on MSn". Bioinformatics. 27 (17): 2376–2383. doi:10.1093/bioinformatics/btr409. PMID 21757467.
  27. ^ Ruiz-Blanco, Yasser B; Paz, Waldo; Green, James; Marrero-Ponce, Yovani (2015). "ProtDCal: A program to compute general-purpose-numerical descriptors for sequences and 3D-structures of proteins". BMC Bioinformatics. 16: 162. doi:10.1186/s12859-015-0586-0. PMC 4432771. PMID 25982853.

외부 링크