생체 데이터 시각화

Biological data visualization

생물 데이터 시각화는 생명과학의 다양한 분야에 컴퓨터 그래픽, 과학적 시각화 및 정보 시각화를 적용하는 것과 관련된 생물 정보학의 한 분야입니다.여기에는 시퀀스, 게놈, 정렬, 계통 발생, 고분자 구조, 시스템 생물학, 현미경 검사 및 자기 공명 영상 데이터의 시각화가 포함됩니다.생물학적 데이터를 시각화하는 데 사용되는 소프트웨어 도구는 단순한 독립 실행형 프로그램부터 복잡한 통합 시스템에 이르기까지 다양합니다.

최첨단 및 전망

오늘날 우리는 생물 데이터의 양과 다양성이 빠르게 증가하고 있어 생물학자들에게 점점 더 큰 과제가 되고 있습니다.이러한 데이터를 이해하고 학습하기 위한 중요한 단계는 시각화입니다.따라서 생물학적 데이터를 시각화하기 위한 시스템의 수와 다양성에 상응하는 증가가 있었다.

원자 분해능에서 3D 구조의 시각화, 저온 전자 현미경으로 더 큰 복합체의 시각화, 전체 세포와 [1][2]조직 내에서 단백질과 복합체의 위치 시각화 사이의 경계가 모호해지는 추세이다.

두 번째 새로운 경향은 시스템 생물학, 전자 현미경[3][4] 검사, 세포 및 조직 이미징에서 시간 분해 데이터의 가용성과 중요성의 증가이다.이와는 대조적으로 궤적의 시각화는 오랫동안 분자 역학에서 중요한 부분이었다.

마지막으로 데이터셋의 크기, 복잡성 및 상호 연결성이 증가함에 따라 생물학적 시각화 시스템은 사용성, 데이터 통합 및 표준화가 향상되고 있습니다.

시각화 소프트웨어 목록

많은 소프트웨어 시스템이 생물학적 데이터를 [5][6][7][8]시각화할 수 있습니다.아래 목록은 일반적으로 사용되는 소프트웨어 및 응용 프로그램 영역별로 분류된 시스템을 링크합니다.

  • 메두사 - 교호작용 그래프 [9]분석을 위한 간단한 도구입니다.이것은 Java 기반 애플리케이션으로 애플릿으로 사용할 수 있습니다.
  • Cytoscape - 높은 처리량 발현 데이터 및 기타 분자 [10]상태와 생체 분자 상호 작용 네트워크를 통합하기 위한 오픈 소스 소프트웨어입니다.
  • Proviz - ProViz는 GPL [11]라이선스의 스탠드아론 오픈 소스 애플리케이션입니다.
  • PATIKA - 세포 [12]경로의 협업 구축 및 분석을 위한 통합된 시각적 환경을 갖춘 도구입니다.

레퍼런스

  1. ^ Lucić V, Förster F, Baumeister W (2005). "Structural studies by electron tomography: from cells to molecules". Annual Review of Biochemistry. 74: 833–65. doi:10.1146/annurev.biochem.73.011303.074112. PMID 15952904.
  2. ^ Steven AC, Baumeister W (September 2008). "The future is hybrid". Journal of Structural Biology. 163 (3): 186–95. doi:10.1016/j.jsb.2008.06.002. PMID 18602011.
  3. ^ Plattner H, Hentschel J (2006). "Sub-Second Cellular Dynamics: Time-Resolved Electron Microscopy and Functional Correlation". A Survey of Cell Biology (Submitted manuscript). International Review of Cytology. Vol. 255. pp. 133–76. doi:10.1016/S0074-7696(06)55003-X. ISBN 9780123735997. PMID 17178466.
  4. ^ Frank J, Schlichting I (September 2004). "Time-resolved imaging of macromolecular processes and interactions". Journal of Structural Biology. 147 (3): 209–10. doi:10.1016/j.jsb.2004.06.003. PMID 15450290.
  5. ^ Pavlopoulos GA, Malliarakis D, Papanikolaou N, Theodosiou T, Enright AJ, Iliopoulos I (2015). "Visualizing genome and systems biology: technologies, tools, implementation techniques and trends, past, present and future". GigaScience. 4: 38. doi:10.1186/s13742-015-0077-2. PMC 4548842. PMID 26309733.
  6. ^ Pavlopoulos GA, Wegener AL, Schneider R (November 2008). "A survey of visualization tools for biological network analysis". BioData Mining. 1: 12. doi:10.1186/1756-0381-1-12. PMC 2636684. PMID 19040716.
  7. ^ Pavlopoulos GA, Soldatos TG, Barbosa-Silva A, Schneider R (February 2010). "A reference guide for tree analysis and visualization". BioData Mining. 3 (1): 1. doi:10.1186/1756-0381-3-1. PMC 2844399. PMID 20175922.
  8. ^ Pavlopoulos GA, Iacucci E, Iliopoulos I, Bagos P (2013). Interpreting the Omics 'era' Data. Multimedia Services in Intelligent Environments. Smart Innovation, Systems and Technologies. Vol. 25. pp. 79–100. doi:10.1007/978-3-319-00375-7_6. ISBN 978-3-319-00374-0.
  9. ^ Hooper SD, Bork P (December 2005). "Medusa: a simple tool for interaction graph analysis". Bioinformatics. 21 (24): 4432–3. doi:10.1093/bioinformatics/bti696. PMID 16188923.
  10. ^ Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, et al. (November 2003). "Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks". Genome Research. 13 (11): 2498–504. doi:10.1101/gr.1239303. PMC 403769. PMID 14597658.
  11. ^ Iragne F, Nikolski M, Mathieu B, Auber D, Sherman D (January 2005). "ProViz: protein interaction visualization and exploration". Bioinformatics. 21 (2): 272–4. doi:10.1093/bioinformatics/bth494. PMID 15347570.
  12. ^ Demir E, Babur O, Dogrusoz U, Gursoy A, Nisanci G, Cetin-Atalay R, Ozturk M (July 2002). "PATIKA: an integrated visual environment for collaborative construction and analysis of cellular pathways". Bioinformatics. 18 (7): 996–1003. doi:10.1093/bioinformatics/18.7.996. hdl:11693/24660. PMID 12117798.

외부 링크

관련 회의