시리우스 시각화 소프트웨어
Sirius visualization software| 개발자 | 샌디에이고 슈퍼컴퓨터 센터 |
|---|---|
| 안정적 해제 | 1.2 / 2008년 11월 18일; 전 |
| 운영 체제 | 크로스 플랫폼: Windows, Linux, MacOS |
| 유형 | 분자 모델링 |
| 면허증 | 학술용, 비영리용 독점 프리웨어 |
| 웹사이트 | sirius |
시리우스는 샌디에이고 슈퍼컴퓨터 센터에서 개발된 분자 모델링 및 분석 시스템이다. 시리우스는 작은 분자와 단백질의 단순한 표시를 넘어서는 고급 사용자 요구 사항을 지원하도록 설계되었다. Sirius는 고품질 인터랙티브 3D 그래픽, 구조 구축, 단백질 또는 DNA 1차 시퀀스 표시, 원격 데이터 소스 액세스, 분자 역학 궤적 시각화를 지원한다. 과학적인 시각화 및 분석, 화학 및 생물학 강의에 사용할 수 있다.
주요 기능
Sirius는 다음과 같은 특징을 가진 다양한 애플리케이션을 지원한다.
- 파편 라이브러리를 이용한 화학구조물 구축 및 편집
- 단백질 구조 및 시퀀스 정렬
- 명령줄 인터프리터 및 스크립팅 지원은 기존 RasMol 스크립트와 완벽하게 호환됨
- 분자 역학 궤적 시각화를 위한 완벽한 지원
- IMT-2000 3GPP-단백질 데이터 뱅크 및 유니프로트 데이터베이스에서 직접 블라스트 검색
- 나머지 데이터를 동결하는 동안 로드된 데이터의 일부를 이동하는 기능
- 수소 본딩의 인터랙티브 계산, 강직 충돌, 라마찬드란 플롯
- 모든 주요 구조 및 시퀀스 형식 지원
- 사실적 이미지 생성을 위한 POV-Ray 번들
- 개별 시각화 구성 요소에 걸쳐 통합된 선택 및 색소
시리우스는 분자생물학 툴킷의 일부로 개발된 분자 그래픽 코드와 데이터 구조를 기반으로 한다.[1]
RasMol 호환 스크립팅
시리우스는 구조 외관과 방향을 신속하게 조작하는 데 사용할 수 있는 커맨드 라인 통역기가 특징이다. 명령 집합은 RasMol을 본떠서 만들어졌기 때문에 기존 스크립트와 완벽하게 호환된다. Sirius에 도입된 추가 명령은 동시에 로드된 여러 구조물을 조작할 수 있도록 지원하며, 보다 유연한 선택을 가능하게 한다.
Extant RasMol 스크립트를 가져와 Sirius 내에서 실행하여 인코딩된 분자 장면의 고품질의 표현을 만들 수 있다. RasMol은 그 Sirius와는 다른 좌표계를 사용하기 때문에, RasMol 스크립트를 가져올 때 내부 변환을 수행하므로, 방향 변경이 올바르게 표시되도록 한다. 그러나 수동으로 입력된 모든 명령은 Sirius 좌표계에 따라 실행된다.[2]
Sirius는 미리 정의된 여러 개의 atom-residue 집합과 색 구성표를 지원하고, 명령 패널 인터페이스를 사용한 스크립트 편집을 허용하며, 논리 연산자와 괄호를 사용하여 복잡한 선택 명령을 만들 수 있다.
분자 역학 궤적 시각화
시리우스는 완전한 기능을 갖춘 분자역학 시각화 성분을 포함하고 있다. 압축 및 황색 출력 파일을 포함하여 황색 및 CHARMM 시뮬레이션에서 출력 파일을 읽을 수 있다. 궤적을 따르는 RMSD 변경은 사용자 정의 원자 부분 집합을 사용하여 계산할 수 있으며 대화형으로 업데이트된 그래프에 표시할 수 있다. 메모리 요구 사항을 줄이기 위해 대규모 다면 시뮬레이션을 버퍼링 모드로 로드할 수 있다. 시뮬레이션에서 단백질 접힘의 변화를 수반하는 경우, 시리우스를 설정해 실시간으로 표시되는 2차 구조 특징을 추적하고 재평가할 수 있어 구조물의 변형을 관찰할 수 있는 편리한 방법을 제공한다. 전체 궤적 또는 선택한 프레임을 QuickTime 비디오 또는 나중에 고화질 동영상으로 변환할 수 있는 POV-Ray 장면 스냅샷 세트로 내보낼 수 있다.
액세스 및 다운로드
시리우스는 프로젝트 웹사이트에서 학술단체와 비영리단체에 소속된 개인에게 자유롭게 배포된다.[3] Windows, Linux 및 MacOS에는 기본 데스크톱 애플리케이션 설치 프로그램을 사용할 수 있다.
참고 항목
참조
- ^ Molecular Biology Toolkit 2012-12-14 오늘 아카이브.
- ^ 시리우스 도움
- ^ Sirius 다운로드
