질량분석 소프트웨어 목록

List of mass spectrometry software

질량분석 소프트웨어는 질량분석에서 데이터 획득, 분석 또는 표현에 사용되는 소프트웨어다.

프로테오믹스 소프트웨어

추가 정보: 단백질 질량 분석

단백질 질량 분광법에서는 단백질/펩타이드 식별을 위해 탠덤 질량 분광법(MS/MS 또는 MS라고도2 함) 실험을 사용한다.펩타이드 식별 알고리즘은 데이터베이스 검색과 de novo 검색의 두 가지 광범위한 등급으로 분류된다.이전의 검색은 분석된 샘플에 존재하는 것으로 가정되는 모든 아미노산 시퀀스를 포함하는 데이터베이스에 대해 수행되는 반면, 후자는 게놈 데이터에 대한 지식 없이 펩타이드 시퀀스를 주입한다.

데이터베이스 검색 알고리즘

이름 유형 설명
안드로메다 (MaxQuant의 일부) 프리웨어 안드로메다는 확률적 채점을 기반으로 한 펩타이드 검색 엔진이다.프로테오메다 데이터에 대해 안드로메다는 표적 디코이 검색을 기반으로 한 민감도와 특수성 분석으로 판단하여 널리 사용되는 상업용 검색 엔진인 마스코트(Mascot)를 잘 수행한다.임의로 높은 파편 질량 정확도로 데이터를 처리할 수 있으며, 고인산화 펩타이드 등 변환 후 수정의 복잡한 패턴을 할당·점수할 수 있으며, 극도로 큰 데이터베이스를 수용한다.안드로메다는 독립적으로 기능하거나 MaxQuant에 통합될 수 있다.이 조합은 데스크탑 컴퓨터의 대규모 데이터셋 분석을 가능하게 한다.공동분쇄 펩타이드의 식별은 확인된 펩타이드의 수를 향상시킨다.위르겐 콕스 등이 맥스플랑크 생화학연구소에서 개발했다.[1]
바이닉 소유의 2011년[2] PARC에서 발표된 단백질 측정 기준(Database Search Algorithm Inc. Inc.)이 모든 유형의 계측기에서 MS/MS 데이터를 검색하고 내부적으로 [3]펩타이드 식별을 결합하여 단백질 점수와 식별 확률을 산출하는 프로그램 Combyne를 채택한 데이터베이스(Combyne)를 채택한다.
혜성 오픈 소스 워싱턴 대학교에서 개발한 데이터베이스 검색 알고리즘은 윈도우와 리눅스에서 사용할 수 있다.Comet은 MS/MS 데이터베이스를 검색하는 단일 명령줄 이진수일 뿐이라는 점에 유의하십시오.지원되는 입력 형식으로 스펙트럼을 취하고 .pep.xml, .pin.xml, .sqt 및/또는 .out 파일을 쓴다.Comet 결과를 실제로 사용하려면 다른 지원 도구가 필요할 것이다(Windows용 GUI만 사용 가능).[4]
그릴라그 오픈 소스 수백 개의 노드를 가진 컴퓨터 클러스터에 대해 대규모 검색을 수행하도록 설계된 Stowers Institute for Medical Research에서 개발된 데이터베이스 검색 알고리즘.
InsPecT 오픈 소스 샌디에이고[5] 캘리포니아 대학 컴퓨터질량분석센터에서 이용할 수 있는 MS 정렬 검색 알고리즘
마스코트 소유의 관측된 펩타이드 조각과 투영된 [6]펩타이드 조각 사이의 일치에 대한 통계적 평가를 통해 질량분석 데이터 분석 수행
매스매트릭스 프리웨어 MassMatrix는 탠덤 질량 분석 데이터를 위한 데이터베이스 검색 알고리즘이다.질량 정확도에 민감한 확률론적 채점 모델을 사용해 펩타이드와 단백질 매칭 순위를 매긴다.
매스위즈 오픈 소스 Genomics and Integrative Biology 연구소에서 개발한 검색 알고리즘은 윈도우 커맨드라인 도구로 사용할 수 있다.
MSFrager 프리웨어 효율적인 조각 이온 인덱싱을 기반으로 한 빠른 데이터베이스 검색.기존 데이터베이스 검색 외에도 변환 후 수정 검색, O- 및 N-연계 당단백질 검색, 반정체 및 비정체 검색에 대한 개방형(대량 내성) 검색 가능.미시간 대학에서 개발되었다.[7]
MS-GF + 오픈 소스 MS-GF+(MSGF+ 또는 MSGFPlus라고도 함)는 단백질 시퀀스 데이터베이스에서 파생된 펩타이드에 대해 MS/MS 스펙트럼을 점수화해 펩타이드 식별을 수행한다.HUPO PSI 표준 입력 파일(mzML)을 지원하고 결과를 mzIdentML 형식으로 저장하지만 결과는 TSV로 쉽게 변환할 수 있다.ProteomeXchange는 MS-GF+ 검색 결과를 사용한 완전한 데이터 제출을 지원한다.샌디에이고 캘리포니아 대학교의 컴퓨터 질량 분석 센터에서 개발되었으며, 이후 PNNL(Pacific Northwest National Laboratory)에서 연구함
MS-램프 오픈 소스 ESI(Electrorospray 이온화) 및/또는 매트릭스 보조 레이저 탈착 및 이온화(MALDI)[8] 질량 분석 데이터를 해석하는 데 도움을 줄 수 있는 독립형 소프트웨어.
미리어매치 오픈 소스 Vanderbilt University Medical Center에서 개발된 데이터베이스 검색 프로그램은 단일 컴퓨터 환경 또는 전체 처리 노드 클러스터에서 실행되도록 설계되었다.[9]
OMSSA 프리웨어 OMSSA(Open Mass Spectrometry Search Algorithm)는 알려진 단백질 시퀀스의 라이브러리를 검색하여 MS/MS 펩타이드 스펙트럼을 식별하는 효율적인 검색 엔진이다.OMSSA는 VORAST에서 사용된 것과 동일한 통계적 방법인 고전적 가설 시험을 사용하여 개발된 확률 점수로 상당한 적중률을 기록한다.그것은 국립 생명공학 정보 센터에서 개발되었다.[10][11]
피크 DB 소유의 데이터베이스 검색 엔진, de novo 시퀀싱과 병렬로 실행되어 검색 결과를 자동으로 검증하여 지정된 잘못된 검색 속도에 대해 더 많은 수의 검색된 시퀀스를 허용.독립적인 데이터베이스 검색을 제공하는 것 외에도, 결과는 소프트웨어의 다중 엔진(시퀀스, 마스코트, X!)의 일부로 통합될 수 있다.Tandem, OMSSA, PEICE DB) 합의 보고 툴, Chorus.[12]이 도구는 또한 de novo 시퀀싱에 의해 독점적으로 식별된 시퀀스 목록을 제공한다.
pFind 프리웨어 pFind Studio는 질량분광기 기반 프로테오노믹스를 위한 연산 솔루션으로 2002년 중국 베이징 중국과학원 컴퓨터공학연구소에서 탄생했다.
페닉스 소유의 제네바 생물정보학(GeneBio)이 스위스 생물정보학연구소(SIB)와 공동으로 개발했다.페닉스는 통계적 채점 모델 계열인 OLAV를 통합하여 모든 종류의 계측기, 계기 설정 및 일반 샘플 처리에 맞춤화할 수 있는 채점 방식을 생성하고 최적화한다.[13]
프로브ID 오픈 소스 PI는 탠덤 질량 스펙트럼 분석에 관한 강력한 제품군이다.ProvID는 단편화 규칙, 갈라짐 선호도, 중립 손실 등을 포함한 탠덤 질량 스펙트럼의 심층 분석의 필요성을 채우려 한다.중국 베이징의 중국과학원 컴퓨터기술연구소의 생물정보학 그룹에서 개발되었다.[14]
ProLuCID 프리웨어 ProLuCID는 최근 Tao Shu 등이 Scripps 연구소의 Yates 연구소에서 개발한 빠르고 민감한 탠덤 질량 스펙트럼 기반 단백질 식별 프로그램이다.[15]
ProSightPC 및 ProSightPD 소유의 ProSightPC/PD는 UniProt에서 파생된 데이터베이스에 대해 펩타이드 및 단백질 탠덤 질량 분석 데이터를 검색하기 위한 소프트웨어 도구다.일련의 know proteoforms를 사용함으로써 소프트웨어는 알려진 proteoforms 공간을 효율적으로 검색할 수 있으며, proteoforms를 식별하고 특성화할 수 있다.
단백질 파일럿 소프트웨어 소유의 시퀀스 온도 값 계산에 짧은 시퀀스 태그('태그릿') 생성과 형상 확률 추정을 결합한 파라곤 데이터베이스 검색 알고리즘을 사용하여 수백 개의 수정, 비-트랙틱 갈라짐 및 아미노산 대체물을 고려한 펩타이드 식별이 가능하다.단백질 추론 분석을 위한 프로 그룹 알고리즘을 사용하여 펩타이드 증거에 근거하여 정당화된 최소 단백질 세트를 보고한다.라벨 기반 워크플로우(iTRAQ 시약, mTRAQ 시약 및 SILAC 라벨링)에 대한 정량화 지원번역 계층은 사용자 인터페이스 제어를 단백질학 실험 과학자의 언어로 기초적인 복잡한 정보학 매개변수로 변환한다.[16]
단백질 통합관리기 오픈 소스 단백질 프로스펙터(Protector)는 샌프란시스코 캘리포니아 대학에서 개발한 약 20개의 단백질 분석 도구로 구성된 패키지다.탠덤 매스 분광 분석 검색 소프트웨어는 Batch-Tag / Batch-Tag Web이며, 검색 비교를 사용하여 결과를 처리하고 표시한다.계측기와 단편화 모드에 맞춘 채점 시스템을 사용하여 다양한 유형의 단편화 데이터의 분석을 최적화한다.
레이드 잃어버린 국립생명공학정보센터에서 개발된 강력한 정밀식별([17]RAId)은 정확한 통계로 탠덤 질량분석 데이터를 분석하기 위한 단백질학 도구 모음입니다.[18]
시퀘스트 소유의 단백질 시퀀스 데이터베이스에서 생성된 펩타이드 시퀀스에 대한 탠덤 질량 스펙트럼의 컬렉션을 식별한다.[19]
SIMS 오픈 소스 SIMS(Sequential Interval Matternature Search)는 탠덤 질량 스펙트럼을 통해 제한되지 않는 PTM 검색을 수행하기 위한 소프트웨어 도구 설계로, 사용자는 잠재적 PTM을 특성화할 필요가 없다. 대신 사용자는 각각의 개별 아미노산에 대한 수정 질량 범위만 지정하면 된다.[20]
심탄뎀 프리웨어 LC/MS/MS 데이터에서 펩타이드 시퀀스를 식별하기 위한 데이터베이스 검색 엔진. 이 엔진은 OpenMS/TOPP에서 외부 도구로 사용될 수 있다.[21]
SQID 오픈 소스 SQID(SeQuence IDentification)는 탠덤 질량 분광 분석을 위한 강도-인공 단백질 식별 알고리즘이다.
조수(크룩스의 역류) 오픈 소스 조수는 탠덤 질량 스펙트럼에서 펩타이드를 식별하는 도구다.그것은 SEQUEST 알고리즘의 독립적인 재구현으로서, 알려진 단백질의 데이터베이스에서 실리코에서 도출된 이론적 스펙트럼 카탈로그와 관측된 스펙트럼을 비교하여 펩타이드들을 식별한다.타이드의 직계 조상은 크루렉스지만, 타이드의 경우 SEQEST XCorr 점수를 정확히 복제하면서 속도 향상을 천 배 이상 달성하도록 완전히 재설계되었다.워싱턴 대학에서 개발되었다.[22]
탑MG 오픈 소스 TopMG(Mass Graph를 사용한 Top-down mass spectrometry based proteoform identification)는 단백질 시퀀스 데이터베이스에 대해 Top-down 탠덤 질량 스펙트럼을 검색하여 초변형 proteoform을 식별하기 위한 소프트웨어 도구다.복수의 가변 PTM과 히스톤 프로테오폼, 인광염과 같은 예기치 않은 변경으로 프로테오폼을 식별할 수 있다.다중 변수 PTM으로 후보 프로토폼을 효율적으로 나타내는 매스 그래프를 사용해 프로토폼 식별의 속도와 민감도를 높인다.또한 단백질 시퀀스 필터링에는 대략적인 스펙트럼 기반 필터링 방법을 사용하고, 식별의 통계적 유의성을 추정하기 위해 마르코프 체인 몬테카를로(TopMC) 방법을 사용한다.[23]
탑픽 오픈 소스 TopPIC(Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Personalization)는 단백질 시퀀스 데이터베이스에 대해 하향 질량 스펙트럼을 검색하여 프로테오메트 수준에서 프로테오폼을 식별하고 특성화한다.TopPIC는 MS-Align+의 후속 제품이다.돌연변이와 변환 후 수정(PTM) 등 예기치 않은 변경으로 프로토폼을 효율적으로 식별하고, 식별의 통계적 중요성을 정확하게 추정하며, 질량 이동을 알 수 없는 보고 프로토폼의 특징을 파악한다.인덱스, 스펙트럼 정렬, 생성 기능 방법, 수정 식별 점수(MIScore) 등 몇 가지 기법을 사용해 속도, 민감도, 정확도를 높인다.[24]
엑스!탄뎀 오픈 소스 탠덤 질량 스펙트럼과 펩타이드 시퀀스를 매치한다.
WsearchVS2020 프리웨어 상용 MS 계측기에서 획득한 스펙트럼을 표시할 수 있는 데이터 분석 소프트웨어.NIST 상용 데이터베이스 검색/매칭 가능

De novo 시퀀싱 알고리즘

일반적으로 De novo 펩타이드 염기서열 알고리즘은 Bartels 등(1990)에서 제안한 접근법에 기초한다.[25]

이름 유형 설명
사이클로브란치 오픈 소스 정확한 제품 이온 스펙트럼에서 비리보솜 펩타이드(선형, 주기, 분기 및 분기 주기)를 식별하기 위한 독립형 크로스 플랫폼 및 오픈 소스 de novo 엔진.[26]
드노스 CAD 및 ECD 스펙트럼의 모든 정보를 사용한 펩타이드 시퀀싱; 소프트웨어 도구의 일부로서 소프트웨어 패키지 MBS(Medicwave Bio Informatics Suite)[27]의 일부인 PAS(Protentmatching Analysis Software)의 일부.
드노보X 소유의 완전 및/또는 부분 펩타이드 시퀀스(시퀀스 태그)를 전달하는 이온 트랩 질량 분광기로 획득한 CID 스펙트럼에 대한 de novo 시퀀싱.[28]
루테피스크 오픈 소스 펩타이드 CID 스펙트럼의 디노보 해석을 위한 소프트웨어.
노보르 학구적 연구에 무료인. 연구 파이프라인에 빠르고 정확하며 통합하기 쉬운 실시간 드 노보 펩타이드 시퀀싱 엔진.Novor는 Macbook Pro 노트북 컴퓨터에서 초당 300MS/MS 스펙트럼 이상의 노보 시퀀스를 제거할 수 있다.[29]
피크스 소유의 각 펩타이드에 대한 de novo 시퀀싱, 수동 보조 모드를 사용하는 개별 아미노산 할당에 대한 신뢰도 점수, 전체 LC에서 처리된 데이터를 초당 1 스펙트럼 이상 빠르게 실행한다.[30][31]
초신성 소유의 단일 클론 항체의 엔드 투 엔드 노보 시퀀싱을 위한 핸즈프리 솔루션

호몰로지 검색 알고리즘

이름 유형 설명
MS-호몰로지 오픈 소스 MS-호몰로지(MS-Homology)는 단백질 프로스펙터 패키지 안에 있는 데이터베이스 검색 프로그램으로, 질량과 아미노산 스트레칭을 결합한 문자열로 검색이 가능하며, 여기서 허용되는 아미노산 불일치 수를 지정할 수 있다.
스파이더 소유의 SPIDER 알고리즘은 단백질과 펩타이드 식별을 위해 데이터베이스 시퀀스에 오류가 있는 시퀀스 태그를 일치시키며, PEICS 질량분석 데이터 분석 소프트웨어와 함께 사용할 수 있다.

MS/MS 펩타이드 정량화

추가 정보:정량적 프로테오믹스
이름 유형 설명
바틱 오픈 소스 BACIQ는 단백질 비율에 대한 신뢰 구간(BACIQ)에 펩타이드 강도와 펩타이드 측정 규약을 통합한 수학적으로 엄격한 접근법이다.BACIQ의 주요 장점은 1) 임의 컷오프를 기반으로 보고된 펩타이드 신호의 임계값을 제거하여 주어진 실험에서 더 많은 측정을 보고할 필요, 2) 반복실험의 경우 신뢰도를 할당할 수 있으며 3) BACIQ는 퀀티피의 교차점이 아닌 조합에 신뢰 구간을 제공한다는 것이다.d 단백질; 4) 반복실험의 경우 BACIQ 신뢰구간은 단백질 측정합의를 바탕으로 한 신뢰구간보다 예측성이 높다.
바이오스 소유의 모든 매스 사양 벤더의 펩타이드 수준 질량 사양 데이터의 XIC용 상용 소프트웨어 및 PTM 대 수정되지 않은 상대 쿼런.바이오의약품 용도에 특화된 제품.
다이아앤 프리웨어 자동화된 정량적 데이터 독립 획득-심층 신경망의 앙상블을 기반으로 머신러닝 알고리즘을 구현하는 독일 베를린 샤리테의 데미체프와 랄세르 연구소가 개발한 단백체 소프트웨어로 펩타이드와 단백질 식별의 프로테오믹 깊이와 신뢰성을 높였다.DIA-NN은 대규모 실험 처리에 최적화되어 있다.인산화, 유비쿼터스화 등 PTM의 DIA 기반 프로파일링, 스캐닝 SWATH[32], dia-PAESF 등의 신기술이 데이터베이스 검색엔진 역할을 하는 라이브러리 없는 분석을 수행할 수 있도록 지원한다.[33][34]
MarkerView 소프트웨어 소유의 대사물학 및 단백질 프로파일링 응용 프로그램의 정량적 질량 사양 데이터 세트를 위한 통계 분석을 위한 상용 소프트웨어.
마스코트 증류기 소유의 피크 선택 및 원시 데이터 사전 처리를 위한 소프트웨어.라벨이 없는 정량화 및 이소바르 라벨링 및 동위원소 라벨링을 위한 옵션 도구상자가 있다.모든 주요 계측기 공급업체의 원시 파일 형식 지원
마스코트 서버 소유의 검색 엔진은 필요한 모든 정보가 MS/MS 스펙트럼의 일부인 한 등가 라벨에 기초한 정량화를 지원한다.
매스로큐 오픈 소스 라벨 프리 또는 다양한 동위원소 라벨링 방법(SILAC, ICAT, N-15, C-13 )의 펩타이드 정량화 분석은 고해상도 및 저해상도 분광계 시스템과 함께 작동하며 LC-MS 분석(SCX, SDS-PAG 등)에 앞서 펩타이드 또는 단백질 분율화로서 복잡한 데이터 처리를 지원한다.
맥스퀀트 프리웨어 독일 마르틴스드르의 막스 플랑크 생화학연구소에서 위르겐 콕스 등이 개발한 정량적 단백질학 소프트웨어로, 라벨 프리(free)와 SILAC 기반 단백질학 실험을 분석할 수 있도록 C#로 작성했다.
멀티 퀀트 소프트웨어 소유의 3중 데이터 세트의 정량적 데이터 세트 처리 가능TOF 또는 QTRAP 시스템(MRM 및 SWATH 획득 포함)
OpenMS / TOPP 오픈 소스 LC-MS/MS 데이터 관리 및 분석을 위한 소프트웨어 C++ 라이브러리 대용량 분석 관련 소프트웨어 개발을 위한 인프라 제공.펩타이드 및 대사물 정량화를 허용하고 라벨이 없는 동위원소 라벨 기반 정량화(iTRAQ, TMT, SILAC 등) 및 대상 SWATH-MS 정량화를 지원한다.[35]
오픈PIP 웹 사이트, 액세스 열기 OpenPIP는 다중 반응 모니터링(MRM) 실험에서 획득한 피크를 통합하기 위해 InterVenn Bioscience가 개발한 개방형 액세스, 웹 기반 툴이다.이 소프트웨어는 반복적인 신경망에 의해 작동되며 수작업으로 고지된 크로마토그래픽 정점의 거대한 집합체에서 훈련되었다.
프로트맥스 프리웨어 프로토맥스는[36] 비엔나 대학의 볼커 에겔호퍼(Volker Egelhofer)가 개발한 산탄총 프로테오믹스 질량분석 데이터 세트를 분석하기 위한 소프트웨어 도구다.
스카이라인 오픈 소스 오픈 소스 건축 선택 반응 모니터링(SRM)/다중 반응 모니터링(동원 예비 물자), 병렬 반응 모니터링(PRM-타겟 MS/MS), 데이터 독립 획득(DIA/SWATH)과 MS1 정량적인 방법과 DDA을 목표로 삼았다와 지지대Windows클라이언트 소프트웨어는 MacCoss 실험실에서 대학 Washington[37]에서 개발되(아파치 2.0).어록결과 질량 분광계 데이터의 리징.
스펙트로노 소유의 라벨 없는 펩타이드 정량화를 위한 데이터 독립 획득(DIA) 데이터 세트의 표적 분석이 가능한 mPropet 알고리즘을[38] 기반으로 Biognosys AG(스위스 슐리렌)가 개발한 정량적 프로테오믹스의 상용 소프트웨어(SWATH 획득이라고도 한다).[39]
SWATS 소프트웨어 2.0 소유의 SWATH 획득 데이터의 표적 데이터 처리를 허용하는 PeakView 내의 상용 소프트웨어 처리 도구.단백질/펩타이드 이온 라이브러리를 사용하여 도서관에서 펩타이드에 대해 파편 이온 추출 이온 크로마토그램(XICs)을 생성, 점수화, 정량화한다.거짓 발견률 분석(FDR) 후에는 결과를 여과하고 통계 분석을 위해 정량 펩타이드/단백질 데이터를 내보낼 수 있다.

기타 소프트웨어

이름 유형 설명
어드밴스드 케미스트리 소유의 스펙트럼/구조물 일치를 통한 MS 및 xC/MS 데이터 해석, 알려진 대사물과 알려지지 않은 대사물의 식별 및 스펙트럼 비교를 통한 화합물 식별을 위한 상업적 솔루션.
분석가 소유의 Danaher Corporation의 사업부인 AB Sciex의 소프트웨어.
분석기프로 소유의 대량 분광 분석 데이터 처리를 위한 SpectrumWorks의 벤더 독립 소프트웨어 애플리케이션.정성적, 정량적 데이터 처리를 이용하여 GC-MS와 LC-MS 데이터를 모두 처리할 수 있으며, 다중 데이터 세트를 비교하기 위해 MatrixAnalyzer를 이용한 대사학에서 사용된다.통계 분석 및 시각화 도구(PCA)를 포함하도록 최근 확장.AnalyzerPro XD는 64비트 버전으로 GCxGC-MS 등 2차원 데이터 처리를 지원한다.
Clover Biosoft별 ArtIST 소유의 (인공지능 스트라잉 타이핑) 인공지능과 머신러닝 알고리즘 기반 MALDI-TOF MS 데이터 분석 및 바이오마커 발견 도구ArtIST는 온라인 서비스다.
아스센트 소유의 클라우드 플랫폼을 통해 SaaS로 제공되는 LC 및 GC-MS 데이터 분석 자동화 툴기계 학습 알고리즘을 사용하여 MS 플롯을 분석하고 필요한 수동 검토의 양을 줄인다.
CFM-ID 오픈 소스 실리코 ESI-MS/MS 스펙트럼 예측, MS/MS 스펙트럼 주석 및 MS/MS 스펙트럼에 기반한 복합 식별용 소프트웨어.위시아트랩에서[40][41][42][43] 개발
크롬레온 소유의 질량 분광기기와 함께 사용되는 써모 피셔 사이언티픽의 소프트웨어 및 크로마토그래피 도구.
크로스링크스 오픈 소스 mzML 파일에서 교차 연결된 펩타이드 식별리눅스 및 윈도우즈용 Python 스크립트 또는 독립 실행형 실행 파일.2단계 접근 방식으로 대형 데이터베이스에 대해 실현 가능.[44]
드노보GUI 오픈 소스 자유롭게 사용할 수 있는 노보 시퀀싱 소프트웨어 툴 Novor 및 PepNovo+[45]의 병렬 버전을 실행하기 위한 그래픽 사용자 인터페이스를 갖춘 소프트웨어.
이소토프 오픈 소스 질량 분광기 데이터의 보관, 구성 및 분석을 위한 소프트웨어.현재 밀집된 CO 분석을2 지향하지만 대량 CO 작업에2 유용하며 다른 동위원소 시스템으로 확장할 수 있다.
엘마벤 오픈 소스 개방형 포멧(mzXML, mzML, CDF)에서 LC-MS, GC-MS 및 LC-MS/MS 데이터를 처리하기 위한 Elucidata의 데스크탑 소프트웨어.소프트웨어는 저장 및 상대적 플럭스 및 정량화와 같은 추가 분석을 위해 클라우드 플랫폼에 통합되는 그래픽 및 명령줄 인터페이스를 가지고 있다.[46]
ESIprott 단백질의 저해상도 전기화이온화(ESI) 질량분석(MS) 데이터를 위한 충전 상태 결정 및 분자량 계산을 활성화한다.[47]
표현주의 소유의 Genedata가 생물학적 특성화, 품질 모니터링 및 관련 단백질학 및 대사물학 애플리케이션과 같은 응용 분야에서 대량 분광 분석 데이터를 처리, 분석 및 보고하기 위한 기업용 소프트웨어 솔루션.
하이퀀트 오픈 소스 상향식 데이터에서 프로토폼 스토이치계수를 정량화하기 위한 첫 번째 원칙 모델 및 알고리즘.[48]
KnowItAll Spectroscopy 소프트웨어와 질량 스펙트럼 라이브러리 소유의 스펙트럼 분석, 데이터베이스 검색(스펙트럼, 구조, 피크, 속성, MS Adaptive Search 등), 처리, 데이터베이스 빌딩(IR, Raman, NMR, UV, Chromatograms 등 MS 또는 복수 기법), 스펙트럼 감산, 보고 및 ChemWindow 구조 그리기용 툴 포함 Wiley의 소프트웨어ing 및 MASSTrandit 파일 변환 소프트웨어(더 많은 형식으로 업데이트됨)
LabSolutions LCMS 소유의 매스 분광기 및 HPLC 기기와 함께 사용되는 시마즈 사의 소프트웨어.
리피드엑스플로러 오픈 소스 산탄총 질량 스펙트럼(Python)[49]에서 고투과 지질 식별
질량++ 오픈 소스 오픈포맷(mzXML, mzML)으로 파일을 가져오고 내보낼 수 있고 일부 계측기 벤더 포맷을 로딩할 수 있는 매스 분광 분석 소프트웨어, 사용자가 Mass++ 플러그인으로 오리지널 기능을 개발하고 추가할 수 있다.
매스뱅크 오픈 소스 매스뱅크 컨소시엄이 제공하는 매스뱅크와 RMassBank 개발 웹사이트.MassBank 데이터는 Creative Commons 라이센스에 따라 공유된다.
MassBank.eu 웹사이트 유럽 매스뱅크 서버.웹사이트는 Helmholtz Centre for Environmental Research(독일 라이프치히)가 관리하고 주최한다.
MassBank.jp 웹사이트 일본 야마가타 쓰루오카시 게이오대학에서 유기화합물에 대한 질량분석 데이터가 있는 첨단생물과학연구소가 주최하는 웹사이트.
매스센터 소유의 질량 분석 기기와 함께 사용되는 JEOL의 소프트웨어.
매스 프론티어 소유의 소형 분자의 질량 스펙트럼 해석 및 관리에 사용되는 HighChem별 소프트웨어.
매스플린스 소유의 Waters Corporation의 소프트웨어.
매스맵 소유의 MS의 데이터 MassMap 회사 및에 의해 자동화된 평가를 위해 범용 소프트웨어 세트, 제조 업체 KG, 분자들은 모든 종류의, 단백질의 손상되지 않은 질량 스펙트럼의 분석,unexpected/의 신분 확인을 위해 특별한 방법에 일반 HDX 실험과 펩타이드의 HDX 조각 분석의 분석의 LC/MS과 GC/MS 데이터에 적합하다.unkn심지어 매우 복잡한 혼합물에 구성품을 소유하다.
매스업 오픈 소스 mzML, mzXML 및 CSV 파일에서 데이터를 로드하는 MALDI-TOF 질량 분광 데이터의 사전 처리 및 분석을 지원하도록 설계된 프로테오믹스에 대한 유틸리티로, 사용자는 기준 보정, 표준화, 평활화, 피크 검출 및 피크 매칭을 적용할 수 있다.또한 바이오마커 발견, 무감독 클러스터링, 감독 샘플 분류 등을 위해 사전에 처리된 데이터에 다양한 머신러닝과 통계적 방법을 적용할 수 있도록 한다.[50]
매스퍼트 오픈 소스 GPL 알려진 바이오 폴리머 시퀀스에서 얻은 질량 분석 데이터를 시뮬레이션하고 분석하기 위한 그래픽 사용자 인터페이스 기반(GUI) 소프트웨어.[51]폴릭스 매스의 후계자.msxpertsuite.org 소프트웨어 제품군의 프로그램.
메스트레노바 소유의 한 환경에서 LC-MS-UV-VIS, GC-MS, SFC-UV와 같은 모든 조합 검출기를 사용하여 크로마토그래피(LC, GC, SFC..) 데이터를 처리하기 위한 벤더 독립 소프트웨어.Mestrelab Research, S.L.의 멀티플랫폼 및 웹 기반 소프트웨어.
성냥개비 오픈 소스 MS/MS 스펙트럼을 가져오기, 세척, 처리 및 정량적으로 비교하기 위한 Python 라이브러리.네덜란드 eScience Center에서 개발.[52]
메타스페이스 무료 오픈 소스 사용자가 공유한 수천 개의 공용 데이터셋이 있는 대사물 및 지질 식별을 위한 클라우드 플랫폼 및 공간 대사물의 커뮤니티 기반 지식 기반: metaspace2020.eu또한 온라인 데이터 시각화, 공유 및 퍼블리싱에 필요한 용량도 제공한다.
METLIN 데이터베이스 및 기술 플랫폼 소유의 2003년에 만들어진 METLIN은 현재 지질, 스테로이드, 식물 및 박테리아 대사물, 소펩타이드, 탄수화물, 외생 약물/메타볼라이트, 중앙 탄소 대사물 및 독성 물질에 이르는 백만 개 이상의 분자를 포함하고 있다.대사물과 다른 작은 분자들은 개별적으로 분석되어 경험적 데이터와 실리코 MS/MS 데이터를 제공했다.
마인엑스퍼트 오픈 소스 GPL 질량 스펙트럼 데이터 시각화/미네이션용 그래픽 사용자 인터페이스 기반(GUI) 소프트웨어이온 이동성 질량 분광법을 지원한다.[53]msxpertsuite.org 소프트웨어 제품군의 프로그램.
mMass 오픈 소스 Python(더 이상 개발되지 않음)으로 작성된 대량 분광 데이터 분석 및 해석을 위한 도구의 멀티 플랫폼 패키지.
몰라나 Molana는 IONICS 질량 분광기 그룹의 3Q 분자 분석기, 삼중 4극 질량 분광기에 사용하기 위해 현상오메 디스커버리스(PDI)가 개발했다.
MSGraph 오픈 소스
MSight 프리웨어 스위스 생물정보학 연구소가 개발한 질량분석 이미지용 소프트웨어.[54]
MSiReader 프리웨어 MSI(Mass Spectrometry Imaging) 데이터의 데이터 분석을 보고 수행하도록 설계된 Matlab 플랫폼에 구축된 공급업체 중립 인터페이스.[55]Matlab은 MSiReader를 사용할 필요가 없다.
mspire 오픈 소스 mzML 리더/라이터, 실리코 내 소화 및 동위원소 패턴 계산 등이 포함된 루비로 작성된 질량 분석 정보 개발 도구 상자.; mspire-lipidomics, mspire-sequest, mspire-mspire-sequest와 같은 서브모듈은 기능을 확장한다.[56]
MSqRob 오픈 소스 라벨이 없는 정량적 프로테오믹스 데이터의 강력한 미분비 분석을 위한 그래픽 사용자 인터페이스가 포함된 R 패키지.[57][58][59]
ms2mz 프리웨어 예를 들어 고유 이진 파일을 MGF 피크 목록 파일로 변환하여 Proteome Cluster에 업로드할 파일을 준비하는 등 질량 분광계 파일 형식 간 변환에 사용되는 유틸리티.
멀티매징 소유의 MS 이미지를 정규화, 검증 및 해석하도록 설계된 매스 분광 분석 이미지용 소프트웨어.
멀티MS 툴박스 오픈 소스 ms-alone 및 multiMS-toolbox는 질량 분석 데이터 피크 추출 및 통계 분석을 위한 도구 체인이다.
mz클라우드 웹사이트 다양한 실험 조건에서 획득한 고해상도 및 저해상도 질량 분광 분석 데이터 모음으로 구성된 웹 기반 질량 스펙트럼 데이터베이스.
MZ미네 오픈 소스 LC-MS 데이터에 주안점을 둔 대용량 스펙트럼 분석 데이터 처리를 위한 오픈 소스 소프트웨어.
오믹스허브 프로테오믹스 OmicsHub Proteomics는 대량 사양 정보 관리를 위한 LIMS를 하나의 플랫폼에서 데이터 분석 기능과 결합한다.
오픈크롬 오픈 소스 플러그인을 사용하여 확장할 수 있고 여러 운영 체제(Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X)와 프로세서 아키텍처(x86, x86_64, ppc)에서 사용할 수 있는 크로마토그래피 및 매스 분광 분석 소프트웨어.mzXML, netCDF, Agilent, Finigan 및 Varian 파일 형식용 컨버터와 같은 다양한 데이터 파일의 네이티브 액세스를 위한 컨버터 포함.
종이접기 오픈 소스 질량 분석 및 이온 이동성 질량 분석 데이터셋 분석을 위한 소프트웨어 제품군.ORGAMI는 원래 활성화된 IM-MS/CIU(Collision Induced Expanding) 데이터세트의 분석 작업흐름을 개선하고 결과의 원활한 시각화가 가능하도록 개발되었다.최근에, ORGAMI는 MS가 아닌 다른 소스로부터의 결과의 시각화를 가능하게 할 뿐만 아니라 모든 결과를 사용자가 데이터 집합을 공유하고 인터넷 브라우저에서 시각화할 수 있는 대화형 형식으로 내보낼 수 있도록 수정되었다.[60]
패턴랩 프리웨어 DTASelector 또는 Census로 필터링된 SEQEEST, ProLuCID 또는 Cometer 데이터베이스 검색 결과의 사후 분석을 위한 소프트웨어.[61]
pyOpenMS 오픈 소스 pyOpenMS는 특히 Python의 단백질학 및 대사물학 데이터를 분석하기 위한 대량 분광 분석을 위한 오픈 소스 Python 라이브러리다.
피크셀 소유권 LCMS 데이터 처리를 위한 웹 기반 소프트웨어.배치 편집 지원.공급업체 애그노티스트.
피크스트레이너 오픈 소스 산탄총 지질학(Python)[62]을 위한 FT MS 및 FT MS/MS 스펙트럼의 강도 독립적인 소음 필터링
피코크 오픈 소스 GC/MS(Gas-Chromatography/Mass-Spectrometry) 데이터 파일을 해석하는 데 사용할 수 있는 Johan Kool이 개발한 Mac OS X 애플리케이션.
피크인베이터 소유의 질량 사양에서 나오는 원시 프로필 데이터 출력의 사후 처리에서 3-4배 효과적인 분해능 향상원시 종단 질량 규격 데이터의 피크 검출, 디콘볼루션 및 중심화를 위한 Veritomyx 고급 신호 처리 소프트웨어는 중복 데이터에 숨겨진 복수의 피크를 보여준다.주목할 만한 특징: 디콘볼루션 피크에 대한 질량 및 풍부 정밀도 향상, 국소 동적 기준 설정, 고급 임계값 지정 알고리즘은 광범위한 동적 범위에 걸쳐 민감도를 증가시키고, 통계적으로 구동되고 완전히 자동화됨(사용자 간 변동 없음)보다 완전하고 정확한 결과 질량 목록은 정확한 생체 분자 식별의 후속 결정을 더 빠르고 비용 효율적으로 용이하게 한다.
피너클 소유권 완전히 통합된 통계와 생물학적 해석을 가진 DDA, DIA, PRM 또는 SRM을 사용하여 수백 개의 샘플에 걸쳐 수천 개의 단백질을 포괄적으로 정량화하여 N-연계 당단백질 식별 루틴을 완료하는 것에서부터 펩타이드 매핑, 오류 내성 검색 및 단백질 특성화에 대한 매우 심층 분석까지.이황화 분석, 이 모든 것은 단일 소프트웨어에서 이용할 수 있다.수백 개의 샘플을 분석하면 수 개월 동안 실행될 때 LC와 MS 변동의 큰 문제가 발생하며, 소프트웨어가 이를 자동으로 수정할 수 있다.시각화, 편집 및 주석 기능은 높은 수준의 단백질 또는 훨씬 낮은 수준의 전환 또는 동위원소에 맞게 조정할 수 있다.
PIQMIe 거미줄 프로테오믹스 식별/정량화 데이터 관리 및 통합 서비스는 신뢰할 수 있고 확장 가능한 데이터 관리, 분석 및 반정량화(SILAC) 프로테오믹스 실험의 시각화를 지원하는 웹 기반 툴이다.[63]
포토모스 오픈 소스 PTM이 유전자 규제에 중요한 역할을 한다고 믿어지는 히스톤의 잘 알려진 단백질 계열에 초점을 맞춘 계측기와 독립적으로 계산된 질량 분광 데이터를 제공하는 웹 애플리케이션; 주어진 펩타이드 순서와 주어진 질량에 해당하는 가능한 PTM의 종류, 개수 및 조합을 계산한다.
프로마스 소유의 ProMass는 ESI/LC/MS 데이터 또는 단일 ESI 질량 스펙트럼을 처리하는 데 사용되는 자동화된 생체분자 디콘볼루션 및 보고 소프트웨어 패키지다.새로운 디콘볼루션 알고리즘인 ZNOVA를 사용하여 아티팩트 없는 디콘볼루션 질량 스펙트럼을 생성한다.프로마스는 현재 써모, 워터스, 시마즈 플랫폼에서 이용 가능하다.설치나 소프트웨어 다운로드가 필요 없는 웹용 ProMass라는 "Lite" 브라우저 기반 포맷으로도 이용할 수 있다.
프로테오IQ 소유의 마스코트, SEQUEST 또는 X의 사후 분석을 위한 소프트웨어!탠덤 데이터베이스 검색 결과.[64][65][66]
프로토롤러 LC/MS 데이터 감소 애플리케이션: 원시 질량 분광 분석 공급업체 데이터(여러 유명 계측기 회사로부터)를 읽고 LC/MS 크로마토그램을 요약한 {질량, 보존 시간, 통합 신호 강도} 트리플트 리스트를 생성한다.
프로토메틱 프리웨어 질량 분석 단백질학 실험을 평가하기 위해 만들어진 데이터 처리 파이프라인.[67]
프로테오믹스도구들 오픈 소스 MASCAST, SEQEST, Comet, XTandem, PFind, Peptide의 사후 분석을 위한 소프트웨어Phopet, MiryMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda 또는 Percolator 데이터베이스 검색 결과.[68]
프로테오위저드 오픈 소스 proteomics 데이터 분석을 용이하게 하는 모듈식 확장 가능한 오픈 소스 교차 플랫폼 툴 및 소프트웨어 라이브러리의 집합인 링크 라이브러리 및 도구.
프로테오 워커 소유의 COMAT, 펩타이드 예언자, 단백질 프로펫을 포함한 단백질학 데이터 분석용 클라우드 기반 소프트웨어 및 광범위한 데이터 정렬, 필터링 및 주석 도구.
충당 오픈 소스 MaxQuant에서 생성된 프로테오믹스 데이터를 분석하기 위해 R로 작성된 클라우드 기반 소프트웨어.이 소프트웨어는 차등 정량화 데이터의 분석에 적합하며 분석을 용이하게 하기 위한 시각화 옵션뿐만 아니라 도구를 제공한다.라벨이 없는 데이터와 탠덤 질량 태그 데이터를 처리할 수 있다.[69]
pymzML 오픈 소스 python 모듈 - cElement 기반 Python에서 mzML 데이터 인터페이스MS-정보학을 위한 추가 도구가 있는 트리.[70]
피테오믹스 오픈 소스 단백질학 데이터 분석을 위한 파이썬 프레임워크.[71]
퀀텀 분석 표준이 없는 ESI-MS 정량화 소프트웨어.Kruvelab에서 개발되었으며 Quantem Analytics에 의해 배포됨
콴티넥스 소유의 Bruker, Sciex, Thermo 및 iMZML과 호환되는 다양한 MSI 기기와 호환되는 다양한 스터디 유형에서 MS 이미지를 정량화하고 정규화하기 위해 설계된 매스 분광 영상용 소프트웨어.
Rational Numbers Excel 추가 기능 소유의 Microsoft Excel 2010, Excel 2013, Excel 2016, Excel 2019와 함께 작동하는 작은 분자를 위한 De novo 식별 도구.이 소프트웨어는 작은 분자를 분자 질량의 수학적 분할로 처리하고 분자 공식을 구성하는 일련의 분자들로 이루어진 분자 공식을 생성한다.
Rational Numbers SPS 소유의 정확한 질량 단편화 데이터를 정확한 분자 질량의 수학적 분할로 대표되는 250000개 분자의 데이터베이스와 비교하여 작은 분자의 식별.SPS(Similar Partition Searching)는 DDA(데이터 종속 획득)가 획득한 복수의 크로마토그래픽 MS/MS 데이터셋을 신속하게 분석·요약하기 위해 설계됐다.
레가타 ProTrawler와 함께 작동하는 LC/MS 목록 비교 애플리케이션(그러나 Excel/CSV 형식의 입력은 허용됨)은 LC/MS 결과 목록 필터링 및 정규화 {매스, 보존 시간, 통합 강도} 목록 환경을 제공한다.
RemoteAnalyzer 소유의 SpectrumWorks에 의한 소프트웨어로, 워크업을 제공하고 LC-MS 및 GC-MS 데이터 시스템을 사용하는 벤더 독립형 'Open Access' 클라이언트/서버 기반 솔루션, 복수의 벤더 하드웨어에 대한 계측기 제어 및 데이터 처리 지원.또한 NMR 계측 및 데이터 처리를 지원한다.
비계 소유의 여러 검체에 걸쳐 스펙트럼, 펩타이드 및 단백질을 분석하기 위한 프로테오노믹스 도구 모음.
SCIEX OS 소유의 X 시리즈 매스 분광기를 제어하는 SCIEX의 차세대 소프트웨어 및 애널리스트 소프트웨어 제품군을 사용하여 획득한 데이터 분석 지원.
SCiLS 랩 소유의 매스 분광 분석 영상 데이터의 통계 분석을 위한 멀티벤더 소프트웨어.
SIM-XL 프리웨어 교차연계펩타이드용 스펙트럼 식별머신(SIM-XL)은 단백질학 환경용 패턴랩의 일부인 빠르고 민감한 XL 검색엔진으로 교차연계 펩타이드에서 파생된 탠덤 질량분석 데이터를 분석한다.[72]
심글리칸 소유의 질량분석 MS/MS 데이터를 사용하여 글리칸과 글리코펩타이드의 구조를 예측한다.
시미온 소유의 이온 광학 시뮬레이션 프로그램
스펙트로라이저 스펙트로리저는 마이크로소프트 윈도 기반의 소프트웨어 패키지로 단백질 바이오마커 발굴과 단백질 편차 검출에 초점을 맞춘 다양한 질량 분석기에 생체정보학 데이터 분석 도구를 제공한다.
스펙트로마니아 소유의 질량 분석 데이터의 분석 및 시각화를 위한 소프트웨어.[73]
스타브록스 프리웨어 MS의 교차 연결 실험에 사용되는 다양한 교차 링크와 프로테아제에 사용될 수 있는 Java에서 작성된 질량 분광 데이터에서 교차 연결 펩타이드 식별 소프트웨어. 분석된 단백질에 대한 이론 펩타이드-펩타이드 교차 링크 조합을 MS/MS 데이터와 비교한다.[74]
스위스 매스 아바쿠스 오픈 소스 스위스 매스 아바쿠스는 펩타이드와 글리코펩타이드 질량을 계산한 것이다.그것은 산술 연산을 실행하는 기본 계산기처럼 의도적으로 단순하게 유지된다.
TOF-DS 소유의 Markes International이 Bench와 함께 사용하는 소프트웨어TOF 비행 시간 질량 분석기
탑FD 오픈 소스 TopFD(Top-down mass specture Feature Detection)는 하향 스펙트럼 디콘볼루션을 위한 소프트웨어 도구로 MS-Deconv의 후속 제품이다.그것은 하향 스펙트럼 피크를 동위원소 물질 봉투로 분류하고 동위원소 물질 봉투를 단조화 중성 질량으로 변환한다.또한 LC-MS 또는 CE-MS 데이터에서 프로토폼 기능을 추출한다.
트랜스 단백질 파이프라인(TPP) 오픈 소스 TPP(Trans-Protomic Pipeline, TPP)는 MS/MS 단백질을 위한 통합 도구 모음으로, 검색 엔진 결과를 사용한 PSM 통계 유효성 검사에 대한 PeptidePropet, 구별되는 펩타이드 시퀀스 유효성 검사에 대한 iPropet 결과(다중 검색 엔진의 결과를 결합할 수도 있음) 및 단백질 프로펫을 포함한다.PeptidePropet 또는 iPropet 결과를 사용한 단백질 식별 및 검증.TPP does also Protein Quantification with XPRESS (Calculation of relative abundances of peptides and proteins from isotopically labeled MS/MS samples), ASAPRatio (Automated Statistical Analysis on Protein Ratio; an alternative to XPRESS) and Libra (Quantification of isobarically labeled samples (e.g. iTraq, TMT, etc.) for any number of channels).TPP는 현재 Sequest, Mascot, ProvID, X!Tandem, Cometa, Spectrum을 지원한다.ST, MSGF+, Inspect, MeriousMatch 및 Penyx.시애틀 프로테오믹 센터(SPC)에서 개발.[75]

[76]

터보매스 소유의 PerkinElmer의 GC/MS 소프트웨어.
유니버설 매스 계산기 C++로 작성된 Windows용 UMC(Universal Mass Calculator, UMC)는 동위원소 분포, 질량 차이, 질량 편차 및 원소의 질량/이등분 정보, 디uteration 정도와 같은 총량에서 관련 정보를 계산하기 위한 독점적인 도구 상자다.
바이퍼 LC-MS 형상의 정확한 질량 및 크로마토그래피 보존 시간 분석(정확한 질량 및 시간 태그 접근)[77]
크칼리버 소유의 질량 분광기기와 함께 사용되는 써모 피셔 사이언티픽의 소프트웨어.
XCMS 온라인(클라우드 기반) 소유의 2017년 현재 21,000명 이상의 사용자가 사용하며 가장 널리 사용되는 대사 및 지질 데이터 처리 플랫폼.

참고 항목

참조

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