ORF3c

ORF3c
ORF3c
식별자
유기체사스-CoV-2
기호.ORF3c
유니프로트P0DTG1

ORF3c는 사스-CoV와 사스-CoV-2를 포함한 사르베코바이러스 아속 코로나바이러스에서 발견되는 유전자이다.그것은 SARS-CoV-2 게놈에서 처음 확인되었고 [1][2][3]기능을 알 수 없는 41개의 아미노산 비구조 단백질을 암호화했다.또한 SARS-CoV 게놈에도 존재하지만 SARS-CoV-2 [4]상동성이 확인될 때까지 인식되지 않았다.

명명법

SARS-CoV-2의 보조 단백질, 특히 ORF3a와 [4]중복되는 여러 유전자에 사용되는 명명법에 관한 과학 문헌에서 상당한 혼란이 있었다.ORF3c 유전자의 예측 단백질 생성물은 적어도 한 때 "3b 단백질"[5]로 언급되었지만, 비호몰로지 유전자 ORF3b와 [4]혼동해서는 안 된다.또한 ORF3h[2] 및 ORF3a.[6]iORF1이라는 이름으로 설명되어 있습니다.SARS-CoV-2의 권장 명명법은 이 [4]유전자에 대해 ORF3c라는 용어를 사용합니다.

비교 유전체학

ORF3c는 사스-CoV-2 게놈의 ORF3a와 ORF3d가 모두 겹치는 중복 유전자다.이것은 기능성 [7][4]단백질을 코드하는 동일한 배열 영역의 가능한 세 가지 읽기 프레임의 드문 예를 잠재적으로 나타낸다.

Sarbeco바이러스 배열의 생물정보학 분석에 따르면 ORF3c의 배열과 길이가 잘 보존되어 기능성 단백질을 [1][3][2]부호화할 가능성이 있다.정제 [1][7]선택 대상인 것 같습니다.

특성.

리보솜 프로파일링 실험은 ORF3c 유전자가 단백질 [6]생성물을 발현한다는 것을 확인시켜준다.비교적 짧은 41-잔류 단백질은 막 통과 도메인을 포함할 것으로 예측되며 비로포린을 [2]암시하는 특징을 가지고 있다.

레퍼런스

  1. ^ a b c Firth, Andrew E. (1 October 2020). "A putative new SARS-CoV protein, 3c, encoded in an ORF overlapping ORF3a". Journal of General Virology. 101 (10): 1085–1089. doi:10.1099/jgv.0.001469. PMC 7660454. PMID 32667280.
  2. ^ a b c d Cagliani, Rachele; Forni, Diego; Clerici, Mario; Sironi, Manuela (September 2020). "Coding potential and sequence conservation of SARS-CoV-2 and related animal viruses". Infection, Genetics and Evolution. 83: 104353. doi:10.1016/j.meegid.2020.104353. PMC 7199688.
  3. ^ a b Jungreis, Irwin; Sealfon, Rachel; Kellis, Manolis (December 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. 12 (1): 2642. doi:10.1038/s41467-021-22905-7. hdl:1721.1/130581. PMC 8113528.
  4. ^ a b c d e Jungreis, Irwin; Nelson, Chase W.; Ardern, Zachary; Finkel, Yaara; Krogan, Nevan J.; Sato, Kei; Ziebuhr, John; Stern-Ginossar, Noam; Pavesi, Angelo; Firth, Andrew E.; Gorbalenya, Alexander E.; Kellis, Manolis (June 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. 558: 145–151. doi:10.1016/j.virol.2021.02.013. hdl:1721.1/130363. PMC 7967279. PMID 33774510.
  5. ^ Pavesi, Angelo (July 2020). "New insights into the evolutionary features of viral overlapping genes by discriminant analysis". Virology. 546: 51–66. doi:10.1016/j.virol.2020.03.007. PMC 7157939.
  6. ^ a b Finkel, Yaara; Mizrahi, Orel; Nachshon, Aharon; Weingarten-Gabbay, Shira; Morgenstern, David; Yahalom-Ronen, Yfat; Tamir, Hadas; Achdout, Hagit; Stein, Dana; Israeli, Ofir; Beth-Din, Adi; Melamed, Sharon; Weiss, Shay; Israely, Tomer; Paran, Nir; Schwartz, Michal; Stern-Ginossar, Noam (7 January 2021). "The coding capacity of SARS-CoV-2". Nature. 589 (7840): 125–130. doi:10.1038/s41586-020-2739-1.
  7. ^ a b Nelson, Chase W; Ardern, Zachary; Goldberg, Tony L; Meng, Chen; Kuo, Chen-Hao; Ludwig, Christina; Kolokotronis, Sergios-Orestis; Wei, Xinzhu (1 October 2020). "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic". eLife. 9: e59633. doi:10.7554/eLife.59633. PMC 7655111. PMID 33001029.