ORF10

ORF10
Orf10단백질, SARS-CoV-2
식별자
기호.Orf10_SARS-CoV-2
인터프로IPR044342

ORF10은 SARS-CoV-2 코로나 바이러스의 게놈에서 발견되는 개방형 판독 프레임(ORF)이다.그것은 길이가 [1]38코돈이다.그것은 모든 사르베코바이러스(SARS-CoV 포함)에서 보존되는 것은 아니다.COVID-19 대유행으로 촉발된 연구에서 ORF10은 SARS-CoV와 SARS-CoV-2[2] 사이에 보존되지 않은 두 개의 바이러스 부속 단백질 유전자 중 하나로 연구 관심을 끌었으며, 초기에는 양성 [3]선택 하에서 단백질 코드 유전자로 설명되었다.그러나, 비록 그것이 때때로 SARS-CoV-2 부속 유전자 목록에 포함되기는 하지만, 실험 및 생물 정보학 증거에 따르면 ORF10은 기능성 단백질 [4]코드 유전자가 아닐 수 있습니다.

특성.

ORF10은 N 유전자의 하류에 위치하며, N 유전자는 코로나 바이러스 핵캡시드 단백질을 암호화한다.이것은 게놈의 3' 말단까지 주석이 달린 열린 읽기 프레임입니다.38-아미노산 가설 [1]단백질을 암호화합니다.

표현과 함수

ORF10 영역을 포함하는 하위 게놈 RNA는 리보솜 풋프린트 [5]신호가 일부 있지만 검출되지 않기 때문에 ORF10이 자연 조건 하에서 번역될 가능성은 낮다.ORF10 단백질은 실험적으로 과도하게 발현될 때 ZYG11B 및 그 Cullin-RING 연결효소 단백질 [6]복합체와 상호작용하는 것으로 보고되었다.그러나 이러한 상호작용은 바이러스 수명 [7]주기에 대한 체외에서 불필요하게 이루어지는 것으로 나타났다.

진화

SARS-CoV-2 게놈에 대한 일부 연구는 ORF10이 기능적으로 작동하며 양성 [3]선택 하에 있을 가능성이 높다고 기술했다.그러나 조기정지 코돈은 SARS-CoV-2[8] 변종과 많은 사르베코바이러스 배열에서 확인되어 추정단백질이 바이러스 [4]복제에 필수적이지 않음을 시사한다.또한 ORF10의 상실은 [8]시험관내 실험 조건 하에서 복제에 영향을 미치지 않았다.생물정보학 분석을 통해 SARS-CoV-2 ORF10에서의 명백한 배열 보존은 단백질 코딩 기능에 의한 것이 아니라 그 지역의 [4]보존된 RNA 2차 구조에 의한 것일 수 있다는 것이 제시되었다.ORF10 자체를 넘어서는 보존 영역은 게놈 [4]복제에 관여하는 것으로 알려진 2차 구조인 코로나바이러스 3' UTR 유사 노 영역과 겹친다.

레퍼런스

  1. ^ a b Redondo, Natalia; Zaldívar-López, Sara; Garrido, Juan J.; Montoya, Maria (7 July 2021). "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns". Frontiers in Immunology. 12: 708264. doi:10.3389/fimmu.2021.708264. PMC 8293742. PMID 34305949.
  2. ^ Xu, Jiabao; Zhao, Shizhe; Teng, Tieshan; Abdalla, Abualgasim Elgaili; Zhu, Wan; Xie, Longxiang; Wang, Yunlong; Guo, Xiangqian (22 February 2020). "Systematic Comparison of Two Animal-to-Human Transmitted Human Coronaviruses: SARS-CoV-2 and SARS-CoV". Viruses. 12 (2): 244. doi:10.3390/v12020244. PMC 7077191. PMID 32098422.
  3. ^ a b Cagliani, Rachele; Forni, Diego; Clerici, Mario; Sironi, Manuela (September 2020). "Coding potential and sequence conservation of SARS-CoV-2 and related animal viruses". Infection, Genetics and Evolution. 83: 104353. doi:10.1016/j.meegid.2020.104353. PMC 7199688. PMID 32387562.
  4. ^ a b c d Jungreis, Irwin; Sealfon, Rachel; Kellis, Manolis (December 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. 12 (1): 2642. Bibcode:2021NatCo..12.2642J. doi:10.1038/s41467-021-22905-7. PMC 8113528. PMID 33976134.
  5. ^ Finkel, Yaara; Mizrahi, Orel; Nachshon, Aharon; Weingarten-Gabbay, Shira; Morgenstern, David; Yahalom-Ronen, Yfat; Tamir, Hadas; Achdout, Hagit; Stein, Dana; Israeli, Ofir; Beth-Din, Adi; Melamed, Sharon; Weiss, Shay; Israely, Tomer; Paran, Nir; Schwartz, Michal; Stern-Ginossar, Noam (7 January 2021). "The coding capacity of SARS-CoV-2". Nature. 589 (7840): 125–130. Bibcode:2021Natur.589..125F. doi:10.1038/s41586-020-2739-1. PMID 32906143. S2CID 221624633.
  6. ^ Gordon, David E.; et al. (16 July 2020). "A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing". Nature. 583 (7816): 459–468. Bibcode:2020Natur.583..459G. doi:10.1038/s41586-020-2286-9. PMC 7431030. PMID 32353859.
  7. ^ Mena, Elijah L.; Donahue, Callie J.; Vaites, Laura Pontano; Li, Jie; Rona, Gergely; O’Leary, Colin; Lignitto, Luca; Miwatani-Minter, Bearach; Paulo, Joao A.; Dhabaria, Avantika; Ueberheide, Beatrix; Gygi, Steven P.; Pagano, Michele; Harper, J. Wade; Davey, Robert A.; Elledge, Stephen J. (27 April 2021). "ORF10–Cullin-2–ZYG11B complex is not required for SARS-CoV-2 infection". Proceedings of the National Academy of Sciences. 118 (17): e2023157118. Bibcode:2021PNAS..11823157M. doi:10.1073/pnas.2023157118. PMC 8092598. PMID 33827988.
  8. ^ a b Pancer, Katarzyna; Milewska, Aleksandra; Owczarek, Katarzyna; Dabrowska, Agnieszka; Kowalski, Michał; Łabaj, Paweł P.; Branicki, Wojciech; Sanak, Marek; Pyrc, Krzysztof (10 December 2020). "The SARS-CoV-2 ORF10 is not essential in vitro or in vivo in humans". PLOS Pathogens. 16 (12): e1008959. doi:10.1371/journal.ppat.1008959. PMC 7755277. PMID 33301543.