ORF9c

ORF9c
베타코로나바이러스 비특징단백질 14
식별자
기호.BCoV_Orf14
팜PF17635
인터프로IPR035113

ORF9c(기존 ORF14)는 Sarbeco [1]바이러스 하위 속 코로나 바이러스 게놈의 개방형 판독 프레임(ORF)입니다.그것은 사스-CoV-2 [2]게놈에 있는 73 코돈이다.비록 종종 Sarbeco 바이러스 바이러스 부속 단백질 유전자 목록에 포함되지만, 실험 및 생물 정보학 증거는 ORF9c가 기능성 단백질 코드 [3]유전자가 아닐 수 있음을 시사한다.

명명법

과학 문헌에서 이 유전자에 사용되는 명명법에 불일치가 있었다.SARS-CoV에 대한 일부 연구에서는 ORF14로 [4]언급되고 있다.ORF9b로 불리기도 하며, 더 긴 업스트림네이버 ORF9b에는 ORF9a라는 이름이 붙었습니다.현재 권장되는 명명법은 이 유전자를 ORF9c,[2] 업스트림 유전자를 ORF9b라고 합니다.

표현과 상호작용

ORF9c는 코로나바이러스 뉴클레오캡시드 단백질을 코드하는 N유전자의 열린 판독범위 내에 완전히 포함된 2개의 중복 유전자 중 하나이며, 다른 하나는 ORF9b이다.ORF9c가 SARS-CoV-2 감염 중에 기능적으로 발현되는지는 불분명하다.실험 [5]조건에서는 번역되지 않은 것으로 알려졌다.실험적으로 과도하게 발현되면 단백질은 시그마 수용체 및 NF-kB [1][6]경로와 상호작용한다.SARS-CoV 단백질은 단백질 이합체 또는 고차 올리고머 [7]형성을 암시하는 자기 상호작용을 형성한다.

진화

ORF9c는 SARS-CoV와 SARS-CoV-2 [1]사이에 약 74%의 염기서열 정체성을 가지고 있다.

SARS-CoV-2 변종은 조기정지 코돈이 도입되거나 시작 코돈이 손실된 곳이 확인되었으며 아미노산 배열이 보존 상태가 좋지 않아 기능성 [3][6]단백질을 코드하지 않는다는 가설을 뒷받침한다.

레퍼런스

  1. ^ a b c Redondo, Natalia; Zaldívar-López, Sara; Garrido, Juan J.; Montoya, Maria (7 July 2021). "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns". Frontiers in Immunology. 12: 708264. doi:10.3389/fimmu.2021.708264. PMC 8293742. PMID 34305949.
  2. ^ a b Jungreis, Irwin; Nelson, Chase W.; Ardern, Zachary; Finkel, Yaara; Krogan, Nevan J.; Sato, Kei; Ziebuhr, John; Stern-Ginossar, Noam; Pavesi, Angelo; Firth, Andrew E.; Gorbalenya, Alexander E.; Kellis, Manolis (June 2021). "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution". Virology. 558: 145–151. doi:10.1016/j.virol.2021.02.013. PMC 7967279. PMID 33774510.
  3. ^ a b Jungreis, Irwin; Sealfon, Rachel; Kellis, Manolis (December 2021). "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes". Nature Communications. 12 (1): 2642. Bibcode:2021NatCo..12.2642J. doi:10.1038/s41467-021-22905-7. PMC 8113528. PMID 33976134.
  4. ^ Marra, Marco A.; Jones, Steven J. M.; Astell, Caroline R.; Holt, Robert A.; Brooks-Wilson, Angela; Butterfield, Yaron S. N.; Khattra, Jaswinder; Asano, Jennifer K.; Barber, Sarah A.; Chan, Susanna Y.; Cloutier, Alison; Coughlin, Shaun M.; Freeman, Doug; Girn, Noreen; Griffith, Obi L.; Leach, Stephen R.; Mayo, Michael; McDonald, Helen; Montgomery, Stephen B.; Pandoh, Pawan K.; Petrescu, Anca S.; Robertson, A. Gordon; Schein, Jacqueline E.; Siddiqui, Asim; Smailus, Duane E.; Stott, Jeff M.; Yang, George S.; Plummer, Francis; Andonov, Anton; Artsob, Harvey; Bastien, Nathalie; Bernard, Kathy; Booth, Timothy F.; Bowness, Donnie; Czub, Martin; Drebot, Michael; Fernando, Lisa; Flick, Ramon; Garbutt, Michael; Gray, Michael; Grolla, Allen; Jones, Steven; Feldmann, Heinz; Meyers, Adrienne; Kabani, Amin; Li, Yan; Normand, Susan; Stroher, Ute; Tipples, Graham A.; Tyler, Shaun; Vogrig, Robert; Ward, Diane; Watson, Brynn; Brunham, Robert C.; Krajden, Mel; Petric, Martin; Skowronski, Danuta M.; Upton, Chris; Roper, Rachel L. (30 May 2003). "The Genome Sequence of the SARS-Associated Coronavirus". Science. 300 (5624): 1399–1404. Bibcode:2003Sci...300.1399M. doi:10.1126/science.1085953. PMID 12730501. S2CID 5491256.
  5. ^ Finkel, Yaara; Mizrahi, Orel; Nachshon, Aharon; Weingarten-Gabbay, Shira; Morgenstern, David; Yahalom-Ronen, Yfat; Tamir, Hadas; Achdout, Hagit; Stein, Dana; Israeli, Ofir; Beth-Din, Adi; Melamed, Sharon; Weiss, Shay; Israely, Tomer; Paran, Nir; Schwartz, Michal; Stern-Ginossar, Noam (7 January 2021). "The coding capacity of SARS-CoV-2". Nature. 589 (7840): 125–130. Bibcode:2021Natur.589..125F. doi:10.1038/s41586-020-2739-1. PMID 32906143. S2CID 221624633.
  6. ^ a b Gordon, David E.; et al. (16 July 2020). "A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing". Nature. 583 (7816): 459–468. Bibcode:2020Natur.583..459G. doi:10.1038/s41586-020-2286-9. PMC 7431030. PMID 32353859.
  7. ^ von Brunn, Albrecht; Teepe, Carola; Simpson, Jeremy C.; Pepperkok, Rainer; Friedel, Caroline C.; Zimmer, Ralf; Roberts, Rhonda; Baric, Ralph; Haas, Jürgen (23 May 2007). "Analysis of Intraviral Protein-Protein Interactions of the SARS Coronavirus ORFeome". PLOS ONE. 2 (5): e459. Bibcode:2007PLoSO...2..459V. doi:10.1371/journal.pone.0000459. PMC 1868897. PMID 17520018.