히스톤수정효소

Histone-modifying enzymes
DNA는 히스톤을 감싸 핵소체를 형성한다. 뉴클레오솜은 유크로마틴과 헤테로크로마틴의 구별을 가진 "줄 위의 비드"로 나타난다.
염색질 구조의 기본 단위.

히스톤-수정 효소는 단백질 번역 후 히스톤 기질 개조에 관여하는 효소로 유전자 발현을 포함한 세포 과정에 영향을 미친다.[1] 진핵 게놈을 안전하게 저장하기 위해 DNA는 4개의 코어 히스톤 단백질(H3, H4, H2A, H2B)을 감싸고 있으며, 이 단백질은 서로 결합하여 핵소체를 형성한다. 이 핵물질들은 더 나아가 고도로 응축된 크로마틴으로 접히는데, 이것은 유전자의 전사, DNA 복제, 재조합 및 수리에 필요한 인자에 훨씬 덜 접근하게 하는 유기체의 유전 물질을 렌더링한다.[2][3] 그 후 진핵생물들은 히스톤 수정을 통해 염색질에 의해 부과된 이러한 억제 장벽을 극복하기 위한 복잡한 메커니즘을 개발했는데, 이것은 일반적으로 히스톤 잔여물에 특정 그룹을 공동 가치 있게 부착하는 변환 후 수정의 한 유형이다. 히스톤에 일단 추가되면 이들 그룹(직접 또는 간접)은 느슨하고 개방적인 히스톤 순응, 유로마틴 또는 타이트하고 폐쇄적인 히스톤 순응, 헤테로크로마틴을 유도한다. 유크로마틴은 히스톤의 가벼운 패킹으로 전사 과정에 관여하는 단백질이 들어갈 수 있기 때문에 활성 전사 및 유전자 발현을 나타낸다. 이와 같이 촘촘하게 포장된 이질색소체는 현재의 유전자 발현이 없음을 나타낸다.[3]

히스톤에 대해 몇 가지 뚜렷한 변환 후 수정이 존재하지만, 가장 일반적인 네 가지 히스톤 수정은 아세틸화,[4] 메틸화,[5] 인산화[6], 편재화를 포함한다.[7] 수정을 유도하는 히스톤 수정 효소(예: 기능 그룹 추가)는 필자로, 수정을 되돌리는 효소는 지우개로 불린다. 게다가 O-GlcNAcylation,[8] sumoylation,[9] ADP-리보실레이션,[10] citrulation[11][12], proline isomerization 등 흔치 않은 히스톤 수정이 많다.[13] 전사 조절 시 히스톤 수정의 자세한 예는 염색체 구조에 의한 RNA 중합효소 제어와 표 "전사 조절 시 히스톤 수정 예시"를 참조한다.

공통 히스톤 수정

아래의 표에는 4가지 공통 히스톤 수정사항과 각각의 필자 및 지우개 효소가 나와 있다.[14][15][16][17][18][19][20][21][22][23][24][25][26]

수정 작성자 지우개 DNA에 미치는 영향
아세틸레이션 히스톤 아세틸전달효소(HATs) 히스톤 디아세틸라제(HDAC) 유전자 전사 증가
메틸화 히스톤메틸전달효소(HMT) 히스톤 데메틸라제(KDM) 유전자 전사 증가 또는 감소
인산화 단백질 키나제(PTK) 단백질인산염(PP) 유전자 전사 증가 및 DNA 수리 및 세포 분리에 대한 역할 수행
유비퀴티테이션 유비퀴틴 리깅스 Deubiquitating 효소(DUBs) 유전자 전사의 증가 및 DNA 수리에 대한 역할 수행

아세틸레이션

HAT와 HDAC 효소에 의해 조절되는 히스톤 아세틸화/디에틸화의 동적 상태; 히스톤의 아세틸화는 염색질의 접근성을 변화시킨다.

히스톤 아세틸화 또는 아세틸 그룹을 히스톤에 추가하는 것은 히스톤 아세틸화(HATs)에 의해 촉진되며, 히스톤 아세틸트랜스퍼레이즈(Hitrone Acetyltransferase, HATs)는 리신(K) 잔류물을 N단자 히스톤 꼬리에 표적으로 한다. 히스톤 디아세틸라제(HDAC)는 그러한 그룹의 제거를 용이하게 한다. 히스톤의 양전하가 아세틸화에 따라 항상 중화되어 대상 유전자의 전사와 발현을 증가시키는 유크로마틴을 생성한다.[14] 코어 히스톤 H3의 리신잔여물 9, 14, 18, 23, H4의 잔류물 5, 8, 12, 16은 모두 아세틸화의 대상이다.[15][16]

메틸화

히스톤 메틸화는 주로 리신(K) 또는 아르기닌(R) 잔류물에 메틸 그룹을 히스톤에 추가하는 것을 포함한다. 메틸 그룹의 첨가 및 제거는 히스톤 메틸전달효소(HMT)와 히스톤 데메틸아제(KDM)에 의해 각각 수행된다. 히스톤 메틸레이션은 대상 부지에 따라 유전자의 활성화나 억제를 담당하며, 개발과 학습에 중요한 역할을 한다.[17] 일반적인 히스톤 메틸화에는 H3K9 디메틸화, H3K27 트리메틸화가 있는데, 이는 모두 유전자 음소화와 큰 관련이 있는 반면, H3K4, H3K36, H3K79 메틸화는 유전자 전사의 증가와 관련이 있다.[18]

인산화

인광 그룹은 파란색으로 표시된다.

히스톤 인산염은 히스톤에 인산염 그룹이 추가될 때 발생한다. 단백질키나제(PTK)는 히스톤의 인산화효소와 단백질인산화효소(PP)를 촉매로 하여 히스톤의 탈인산화효소를 촉진한다. 히스톤 아세틸화와 마찬가지로 히스톤 인산화도 에우크로마틴을 유도하고 유전자 발현을 증가시키는 히스톤의 음전하를 중화시킨다.[19] 히스톤 인산화 작용은 주로 N단자 히스톤 꼬리에서 세린(S), 트레오닌(T), 티로신(Y) 아미노산 잔류물에 발생한다.[20]

또한 히스톤의 인산화 작용은 세포분열 중 DNA 수리와 염색체 응결에 역할을 하는 것으로 밝혀졌다.[21] 그러한 예로는 H2AX 히스톤에 S139를 인산화한 것이 있는데, 이는 DNA의 이중 가닥 파손을 수리하는 데 필요하다.[22]

유비퀴티테이션

유비퀴티테이션은 대상 단백질에 유비퀴틴 단백질을 추가하는 것을 포함하는 변환 후 수정이다. 히스톤은 흔히 한 개의 유비퀴틴 분자(상당화)로 유비퀴틴화되기도 하지만, 또한 유비퀴틴 체인(폴리유비틴화)으로도 수정할 수 있는데, 이 두 가지 모두 유전자 전사에 가변적인 영향을 미칠 수 있다.[23] 유비퀴틴 라이가스는 이러한 유비퀴틴 단백질을 첨가하는 반면 디유비퀴팅 효소(DUBs)는 이러한 그룹들을 제거한다.[24] H2A 코어 히스톤의 편재화는 일반적으로 H3K4에서 메틸화를 방지하므로 유전자 발현을 억제하는 반면, H2B 편재화는 H3K4 메틸화에 필요하며 유전자 활성화나 억압을 모두 초래할 수 있다.[25] 또한 히스톤 H2AX의 편재화가 DNA 이중 가닥 파손의 DNA 손상 인식에 관여하기 때문에 히스톤 편재화는 유전적 유지보수와 관련이 있다.[26]

흔하지 않은 히스톤 수정

추가적인 간헐적인 히스톤 수정과 그 효과는 아래 표에 열거되어 있다.[27][28][29][30][31][32][33][34][35][36][37][38][39][40][41]

수정 작성자 지우개 DNA에 미치는 영향
O-GlcNAcylation O-GlcNAC 전이효소(OGT) O-GlcNA케이스(OGA) 추가 히스톤 수정을 통한 전사 증가 또는 감소
수모일화 E3 스모 리거즈 SMO별 프로텍션 전사량 증가 또는 감소 및 DNA 수리에 대한 역할 수행
ADP-리보실레이션 폴리-ADP 리보스 중합효소 1(PARP-1) (Adp-리보실)수소효소 ARH1 & ARH3 수리를 위해 특정 DNA 부위를 표시할 때 전사량이 감소
시추력 단백질 아르기닌 디미노아제 4(PAD4) 알려진 지우개 없음 메틸레이션 사이트 제거를 통해 전사 감소
프롤라인 이소머라이징 Fpr4 Fpr4 H3P38 이소머 간 전환을 통해 전사량 증가 또는 감소(각각 trans 및 cis)

O-GlcNAcylation

O-GlcNAcylatedthreonine 잔여물. GlcNAc moiety는 빨간색으로 표시되고 수정된 Threonine은 검은색으로 표시된다.

세린(S) 및 트레오닌(T) 히스톤 잔여물에 O-GlcNAc(O-GlcNAc)가 있으면 다른 변환 후 히스톤 수정을 중재하는 것으로 알려져 있다. GlcNAc 그룹의 추가 및 제거는 OGT(O-GlcNAc transferase, OGT)와 O-GlcNAcase(O-GlcNAcase, OGA)가 각각 수행한다. 이러한 프로세스에 대한 우리의 이해는 제한적이지만, 코어 히스톤 H2B에 대한 S112의 GlcNAcylation은 K120의 단일화를 촉진하는 것으로 밝혀졌다.[27] 마찬가지로, OGT는 BAP1과 상호작용하는 HCF1 복합체와 연계하여 H2A의 분리를 중재한다. OGT는 H3K27의 트리메틸화에도 관여하며, SIN3A에 바인딩 시 히스톤 제산화를 촉진하기 위한 공동레프레서 콤플렉스를 만든다.[28]

수모일화

스모이플레이션은 히스톤에 스몰 유비퀴틴 유사수정체(SUMO) 단백질을 첨가하는 것을 말한다. SMOylation은 히스톤에 있는 SMO 단백질과 리신(K) 잔류물 사이의 공밸런트 부착을 포함하며, 각각의 효소에 의해 3가지 주요 단계로 수행된다: 스모 E1을 통한 활성화, 스모 E2를 통한 결합, 스모 E3를 통한 레깅. 인간에게 있어서, 스모 E1은 이단자 SAE1/SAE2로 확인되었고, 스모 E2는 UBE2I로 알려져 있으며, 스모 E3 역할은 소수의 다른 효소가 하는 다단백질 콤플렉스일 수 있다.[29]

스모일화는 히스톤의 염색질 상태(루센스)에 영향을 미치고 유전적 촉진자에 대한 전사 인자 집합에 영향을 미쳐 기질에 따라 전사 억제나 활성화로 이어진다.[30] 또한 SMOylation은 베이스 절연 보수, 뉴클레오티드 절연 보수, 비호몰로코성 엔드 결합 및 호몰로코 재조합 수리의 주요 DNA 수리 경로에도 역할을 한다. 또한, SMOylation은 오류에 취약한 전이 합성을 용이하게 한다.[31]

ADP-리보실레이션

아데노신 인산염 리보오스군

ADP-리보실레이션(ADPr)은 단백질에 하나 이상의 아데노신 디포스포산 리보스(ADP-리보스) 그룹을 추가하는 것을 정의한다.[32] ADPr은 PARP(폴리-ADP 리보오스 중합효소) 효소를 통한 염색질 조직, 전사 인자의 결합, mRNA 처리에 영향을 미치는 유전자 조절의 중요한 메커니즘이다. PARP 단백질에는 여러 종류가 있지만 PARP-1, PARP-2, PARP-3 등 DNA 의존 PARP 단백질의 하위 분류는 히스톤과 상호 작용한다.[33] PARP-1 효소는 유전자 조절의 맥락에서 이 세 가지 단백질 중 가장 두드러지고 5개의 히스톤 단백질과 모두와 상호작용한다.[34]

PARP 2와 3과 마찬가지로 PARP-1의 촉매 활성도는 불연속 DNA 파편, 단일 가닥 파편이 있는 DNA 파편에 의해 활성화된다. PARP-1은 DNA가 뉴클레오솜에 들어가고 나오는 축 근처의 히스톤을 결합하고 추가로 염색체와의 간접적인 연관성을 허용하는 수많은 염색체 관련 단백질과 상호작용을 한다.[33] PARP-1은 염색체에 결합하면 히스톤의 일치 상태를 변경하고 유전자 발현을 억제할 수 있는 억제 히스톤 표시를 생성해 DNA 수리가 이뤄질 수 있도록 한다. PARP-1에 의한 전사 규제의 다른 방법으로는 전사 코렉터 역할, RNA의 조절, DNA 메틸전달효소 Dnmt1 억제를 통한 DNA 메틸화 변조가 있다.[33][35]

시추력

아미노산 아르기닌(왼쪽)은 시트로 뽑히는 과정을 거쳐 시트로울린(오른쪽)으로 전환된다.

시금석화(Citrullination, 또는 deimination)는 아미노산 아르기닌(R)을 시금석으로 변환하는 과정이다. 단백질 아르기닌 제염제(PADs)는 아르기닌의 케티민 그룹을 케톤 그룹으로 대체하여 시트룰린을 형성한다.[36] PAD4은 아미노기 이탈 효소 histone 수정에 관여한 histones H3과 H4에 citrulline에 아르기닌 변환합니다. 왜냐면 메틸화 이 histones에 아르기닌 전사 활성화에 중요하다고 특정한 잉여 citrullination, 감소된 유전자 전사에 이르는 메틸화 반응의 궁극적인 손실을 유발할 수 있다;[37]특정 citrullinat.이온 유방암 세포에서 H3R2, H3R8, H3R17, H3R26 잔류물이 확인되었다.[38] 2019년에 실시된 연구로, 이 과정은 되돌릴 수 없는 것으로 생각된다.[39]

프롤라인 이소머라이징

PPI아제 효소에 의한 프롤라인 트랜스-시스 이소머라이징.

이소머라이징은 다른 구조적 순응을 채택하도록 분자를 변환하는 것을 포함한다; 프롤라인 이소머라이징은 히스톤 꼬리의 수정에서 필수적인 역할을 한다.[40] FPR4는 프롤릴 이소머라아제 효소(PPI아제)로, 히스톤에 있는 아미노산 프로라인(P)을 cis와 transformation 사이에 변환한다. FPR4는 코어 히스톤 H3(P16, P30, P38)의 N단자 영역에서 촉매 활성도가 있는 반면 P38에 가장 쉽게 결합된다.[41]

H3P38 근처에는 리신(K) 잔류물 H3K36 근처에 있으며, P38의 변화는 K36의 메틸레이션 상태에 영향을 미칠 수 있다. 가능한 두 개의 P38 등가선(cis와 trans)은 서로 반대되는 차등 효과를 일으킨다. 시스 위치는 콤팩트 히스톤을 유도하고 DNA에 결합하는 단백질의 능력을 떨어뜨려 K36의 메틸화를 방지하고 유전자 전사를 감소시킨다. 반대로 P38의 트랜스 위치는 보다 개방적인 히스톤 순응을 촉진하여 K36 메틸화를 허용하고 증가된 유전자 전사로 이어진다.[40]

연구에서의 역할

암

히스톤-수정 효소의 기능의 변경은 염색질 기반 공정의 제어를 폐지하여 궁극적으로 종국적으로는 종양성 변환과 암을 유발한다.[42] DNA 메틸화와 히스톤 수정 모두 암세포의 분포 패턴을 보여준다.[43][44] 이러한 후생유전학적 변화는 종양의 다른 단계에서 발생할 수 있으며 따라서 암의 발생 및/또는 진행 모두에 기여할 수 있다.[44]

기타 리서치

생쥐의 비타민 B12 결핍은 뇌의 히스톤 수정 효소의 발현을 변화시켜 행동 변화와 후생적 재프로그래밍으로 이어지는 것으로 나타났다.[45][46] 증거는 또한 지방 대사 및 대사 장애의 병태생리학에서 역할을 하는 다른 대사 경로의 규제에서 HDAC의 중요성을 보여준다.[47]

참고 항목

참조

  1. ^ Morgan MA, Shilatifard A (December 2020). "Reevaluating the roles of histone-modifying enzymes and their associated chromatin modifications in transcriptional regulation". Nature Genetics. 52 (12): 1271–1281. doi:10.1038/s41588-020-00736-4. PMID 33257899. S2CID 227242638.
  2. ^ McGinty RK, Tan S (March 2015). "Nucleosome structure and function". Chemical Reviews. 115 (6): 2255–2273. doi:10.1021/cr500373h. PMC 4378457. PMID 25495456.
  3. ^ a b Kouzarides T (February 2007). "Chromatin modifications and their function". Cell. 128 (4): 693–705. doi:10.1016/j.cell.2007.02.005. PMID 17320507. S2CID 11691263.
  4. ^ Sterner DE, Berger SL (June 2000). "Acetylation of histones and transcription-related factors". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 64 (2): 435–459. doi:10.1128/MMBR.64.2.435-459.2000. PMC 98999. PMID 10839822.
  5. ^ Zhang Y, Reinberg D (September 2001). "Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails". Genes & Development. 15 (18): 2343–2360. doi:10.1101/gad.927301. PMID 11562345.
  6. ^ Nowak SJ, Corces VG (April 2004). "Phosphorylation of histone H3: a balancing act between chromosome condensation and transcriptional activation". Trends in Genetics. 20 (4): 214–220. doi:10.1016/j.tig.2004.02.007. PMID 15041176.
  7. ^ Shilatifard A (2006). "Chromatin modifications by methylation and ubiquitination: implications in the regulation of gene expression". Annual Review of Biochemistry. 75: 243–269. doi:10.1146/annurev.biochem.75.103004.142422. PMID 16756492.
  8. ^ Sakabe K, Wang Z, Hart GW (November 2010). "Beta-N-acetylglucosamine (O-GlcNAc) is part of the histone code". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (46): 19915–19920. Bibcode:2010PNAS..10719915S. doi:10.1073/pnas.1009023107. PMC 2993388. PMID 21045127.
  9. ^ Nathan D, Ingvarsdottir K, Sterner DE, Bylebyl GR, Dokmanovic M, Dorsey JA, et al. (April 2006). "Histone sumoylation is a negative regulator in Saccharomyces cerevisiae and shows dynamic interplay with positive-acting histone modifications". Genes & Development. 20 (8): 966–976. doi:10.1101/gad.1404206. PMC 1472304. PMID 16598039.
  10. ^ Hassa PO, Haenni SS, Elser M, Hottiger MO (September 2006). "Nuclear ADP-ribosylation reactions in mammalian cells: where are we today and where are we going?". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 70 (3): 789–829. doi:10.1128/MMBR.00040-05. PMC 1594587. PMID 16959969.
  11. ^ Cuthbert GL, Daujat S, Snowden AW, Erdjument-Bromage H, Hagiwara T, Yamada M, et al. (September 2004). "Histone deimination antagonizes arginine methylation". Cell. 118 (5): 545–553. doi:10.1016/j.cell.2004.08.020. PMID 15339660. S2CID 8948511.
  12. ^ Wang Y, Wysocka J, Sayegh J, Lee YH, Perlin JR, Leonelli L, et al. (October 2004). "Human PAD4 regulates histone arginine methylation levels via demethylimination". Science. 306 (5694): 279–283. Bibcode:2004Sci...306..279W. doi:10.1126/science.1101400. PMID 15345777. S2CID 1579362.
  13. ^ Nelson CJ, Santos-Rosa H, Kouzarides T (September 2006). "Proline isomerization of histone H3 regulates lysine methylation and gene expression". Cell. 126 (5): 905–916. doi:10.1016/j.cell.2006.07.026. PMID 16959570. S2CID 17789997.
  14. ^ a b Gräff J, Tsai LH (February 2013). "Histone acetylation: molecular mnemonics on the chromatin". Nature Reviews. Neuroscience. 14 (2): 97–111. doi:10.1038/nrn3427. PMID 23324667. S2CID 205508482.
  15. ^ a b Roth SY, Denu JM, Allis CD (2001-06-01). "Histone acetyltransferases". Annual Review of Biochemistry. 70 (1): 81–120. doi:10.1146/annurev.biochem.70.1.81. PMID 11395403.
  16. ^ a b Voet, D; Voet, JG (2004). Biochemistry (3rd ed.). Hoboken, N.J.: John Wiley & Sons. ISBN 978-0-471-19350-0.
  17. ^ a b Jambhekar A, Dhall A, Shi Y (October 2019). "Roles and regulation of histone methylation in animal development". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 20 (10): 625–641. doi:10.1038/s41580-019-0151-1. PMC 6774358. PMID 31267065.
  18. ^ a b "Histone Methylation - an overview ScienceDirect Topics". www.sciencedirect.com. Retrieved 2021-12-02.
  19. ^ a b "Histone Phosphorylation - an overview ScienceDirect Topics". www.sciencedirect.com. Retrieved 2021-10-04.
  20. ^ a b "Histone Phosphorylation - an overview ScienceDirect Topics". www.sciencedirect.com. Retrieved 2021-12-02.
  21. ^ a b Rossetto D, Avvakumov N, Côté J (October 2012). "Histone phosphorylation: a chromatin modification involved in diverse nuclear events". Epigenetics. 7 (10): 1098–1108. doi:10.4161/epi.21975. PMC 3469451. PMID 22948226.
  22. ^ a b Rossetto D, Avvakumov N, Côté J (October 2012). "Histone phosphorylation: a chromatin modification involved in diverse nuclear events". Epigenetics. 7 (10): 1098–1108. doi:10.4161/epi.21975. PMC 3469451. PMID 22948226.
  23. ^ a b Guo, Hui Jun; Tadi, Prasanna (2021), "Biochemistry, Ubiquitination", StatPearls, Treasure Island (FL): StatPearls Publishing, PMID 32310512, retrieved 2021-12-02
  24. ^ a b Smeenk G, Mailand N (2016-06-28). "Writers, Readers, and Erasers of Histone Ubiquitylation in DNA Double-Strand Break Repair". Frontiers in Genetics. 7: 122. doi:10.3389/fgene.2016.00122. PMC 4923129. PMID 27446204.
  25. ^ a b "Histone Ubiquitination - an overview ScienceDirect Topics". www.sciencedirect.com. Retrieved 2021-12-02.
  26. ^ a b Ikura T, Tashiro S, Kakino A, Shima H, Jacob N, Amunugama R, et al. (October 2007). "DNA damage-dependent acetylation and ubiquitination of H2AX enhances chromatin dynamics". Molecular and Cellular Biology. 27 (20): 7028–7040. doi:10.1128/MCB.00579-07. PMC 2168918. PMID 17709392.
  27. ^ a b Fujiki R, Hashiba W, Sekine H, Yokoyama A, Chikanishi T, Ito S, et al. (November 2011). "GlcNAcylation of histone H2B facilitates its monoubiquitination". Nature. 480 (7378): 557–560. Bibcode:2011Natur.480..557F. doi:10.1038/nature10656. PMC 7289526. PMID 22121020.
  28. ^ a b Yang X, Qian K (July 2017). "Protein O-GlcNAcylation: emerging mechanisms and functions". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 18 (7): 452–465. doi:10.1038/nrm.2017.22. PMC 5667541. PMID 28488703.
  29. ^ a b Gareau JR, Lima CD (December 2010). "The SUMO pathway: emerging mechanisms that shape specificity, conjugation and recognition". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11 (12): 861–871. doi:10.1038/nrm3011. PMC 3079294. PMID 21102611.
  30. ^ a b Lyst MJ, Stancheva I (December 2007). "A role for SUMO modification in transcriptional repression and activation". Biochemical Society Transactions. 35 (Pt 6): 1389–1392. doi:10.1042/BST0351389. PMC 2871292. PMID 18031228.
  31. ^ a b Jalal D, Chalissery J, Hassan AH (March 2017). "Genome maintenance in Saccharomyces cerevisiae: the role of SUMO and SUMO-targeted ubiquitin ligases". Nucleic Acids Research. 45 (5): 2242–2261. doi:10.1093/nar/gkw1369. PMC 5389695. PMID 28115630.
  32. ^ a b Ziegler M (March 2000). "New functions of a long-known molecule. Emerging roles of NAD in cellular signaling". European Journal of Biochemistry. 267 (6): 1550–1564. doi:10.1046/j.1432-1327.2000.01187.x. PMID 10712584.
  33. ^ a b c d Ryu KW, Kim DS, Kraus WL (March 2015). "New facets in the regulation of gene expression by ADP-ribosylation and poly(ADP-ribose) polymerases". Chemical Reviews. 115 (6): 2453–2481. doi:10.1021/cr5004248. PMC 4378458. PMID 25575290.
  34. ^ a b Karch KR, Langelier MF, Pascal JM, Garcia BA (November 2017). "The nucleosomal surface is the main target of histone ADP-ribosylation in response to DNA damage". Molecular BioSystems. 13 (12): 2660–2671. doi:10.1039/c7mb00498b. PMC 5702540. PMID 29058739.
  35. ^ a b Rack JG, Ariza A, Drown BS, Henfrey C, Bartlett E, Shirai T, et al. (December 2018). "(ADP-ribosyl)hydrolases: Structural Basis for Differential Substrate Recognition and Inhibition". Cell Chemical Biology. 25 (12): 1533–1546.e12. doi:10.1016/j.chembiol.2018.11.001. PMC 6309922. PMID 30472116.
  36. ^ a b "Citrullination - an overview ScienceDirect Topics". www.sciencedirect.com. Retrieved 2021-12-02.
  37. ^ a b Cuthbert GL, Daujat S, Snowden AW, Erdjument-Bromage H, Hagiwara T, Yamada M, et al. (September 2004). "Histone deimination antagonizes arginine methylation". Cell. 118 (5): 545–553. doi:10.1016/j.cell.2004.08.020. PMID 15339660. S2CID 8948511.
  38. ^ a b Zhu D, Zhang Y, Wang S (June 2021). "Histone citrullination: a new target for tumors". Molecular Cancer. 20 (1): 90. doi:10.1186/s12943-021-01373-z. PMC 8192683. PMID 34116679.
  39. ^ a b Darrah E, Andrade F (January 2018). "Rheumatoid arthritis and citrullination". Current Opinion in Rheumatology. 30 (1): 72–78. doi:10.1097/BOR.0000000000000452. PMC 5848217. PMID 28937414.
  40. ^ a b c Sadakierska-Chudy A, Filip M (February 2015). "A comprehensive view of the epigenetic landscape. Part II: Histone post-translational modification, nucleosome level, and chromatin regulation by ncRNAs". Neurotoxicity Research. 27 (2): 172–197. doi:10.1007/s12640-014-9508-6. PMC 4300421. PMID 25516120.
  41. ^ a b Monneau YR, Soufari H, Nelson CJ, Mackereth CD (September 2013). "Structure and activity of the peptidyl-prolyl isomerase domain from the histone chaperone Fpr4 toward histone H3 proline isomerization". The Journal of Biological Chemistry. 288 (36): 25826–25837. doi:10.1074/jbc.M113.479964. PMC 3764789. PMID 23888048.
  42. ^ Sawan, Carla; Herceg, Zdenko (2010-01-01), Herceg, Zdenko; Ushijima, Toshikazu (eds.), "3 - Histone Modifications and Cancer", Advances in Genetics, Epigenetics and Cancer, Part A, Academic Press, 70: 57–85, doi:10.1016/B978-0-12-380866-0.60003-4, ISBN 9780123808660, PMID 20920745, retrieved 2021-12-03
  43. ^ Audia JE, Campbell RM (April 2016). "Histone Modifications and Cancer". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 8 (4): a019521. doi:10.1101/cshperspect.a019521. PMC 4817802. PMID 27037415.
  44. ^ a b Kurdistani SK (July 2007). "Histone modifications as markers of cancer prognosis: a cellular view". British Journal of Cancer. 97 (1): 1–5. doi:10.1038/sj.bjc.6603844. PMC 2359665. PMID 17592497.
  45. ^ Ghosh S, Sinha JK, Khandelwal N, Chakravarty S, Kumar A, Raghunath M (September 2020). "Increased stress and altered expression of histone modifying enzymes in brain are associated with aberrant behaviour in vitamin B12 deficient female mice". Nutritional Neuroscience. 23 (9): 714–723. doi:10.1080/1028415X.2018.1548676. PMID 30474509. S2CID 53785219.
  46. ^ Saraswathy KN, Ansari SN, Kaur G, Joshi PC, Chandel S (April 2019). "Association of vitamin B12 mediated hyperhomocysteinemia with depression and anxiety disorder: A cross-sectional study among Bhil indigenous population of India". Clinical Nutrition ESPEN. 30: 199–203. doi:10.1016/j.clnesp.2019.01.009. PMID 30904222. S2CID 85497723.
  47. ^ Ferrari A, Fiorino E, Giudici M, Gilardi F, Galmozzi A, Mitro N, et al. (November 2012). "Linking epigenetics to lipid metabolism: focus on histone deacetylases". Molecular Membrane Biology. 29 (7): 257–266. doi:10.3109/09687688.2012.729094. PMID 23095054. S2CID 39956339.