바이오그리드

BioGRID
바이오그리드
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내용
설명바이오그리드(BioGRID)는 종합적인 큐레이션 노력을 통해 데이터를 집계한 바이오메디컬 인터랙션 저장소다.
데이터 유형
발동.		단백질 상호작용, 유전적 상호작용, 화학적 상호작용, 변환 후 수정.
유기체80
연락처
리서치센터프린스턴 대학교 몬트레알 대학교 마운트 시나이 병원(토론토)
실험실Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Lunenfeld-Tanenbaum 연구소, Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics
작가들Lorrie Boucher, Ashton Breitkreutz, Bobby-Joe Breitkreutz, Christie Chang, Andrew Chatr-Aryamontri, Kara Dolinski, Sven Heinicke, Nadine Kolas, Lara O'Donnell, Sara Oster, Rose Oughtred, Jennifer Rust, Adnane Sellam, Chris Stark, Jean Tang, Chandra Theesfeld, Mike Tyers.
1차 인용스타크 & 알. (2006)[1]
접근
데이터 형식사용자 정의 플랫 파일, PSI-MI, MITAB
웹사이트thebiogrid.org
다운로드 URLdownloads.thebiogrid.org/BioGRID
웹 서비스 URL예 - wiki.thebiogrid.org/doku.php/biogridrest
도구들
웹고급 검색, 통합 네트워크 뷰어, 사용자 지정 다운로드, 대량 검색/다운로드
잡다한
버전 지정네
데이터 릴리스
빈도수		월(4주)
버전4.2.193; 2021년 1월 1일; 13개월 전(2021-01-01)
큐레이션 정책예 - 수동, 집중적인 큐레이션 작업.
책갈피 가능
실체		예 - 개별 결과와 검색 모두,

단백질-단백질 상호 작용, 유전자 상호 작용, 화학적 상호 작용의, 그리고 번역 후 수정 2003년(원래 가장 쉬운 일반 기록관에서의 인터랙션 Datasets(에 그리드 언급)[2]에 올라 마이크 Tyers, Bobby-Joe이 창출하는 그 생물 일반 기록관 상호 작용 Datasets에(BioGRID)은curated 생물학적 데이터베이스입니다. 브리그리고 마운트 시나이 병원의 루넨펠트 타넨바움 연구소의 크리스 스타크였습니다.그것은 데이터의 단일 매핑을 만들기 위해 중복성을 제거하기 위해 노력하면서 모든 주요 모델 유기체에 포괄적인 큐레이션 자원을 제공하기 위해 노력한다.The BioGRID 사용자는 자신의 단백질, 화학 물질 또는 관심의 출판을 검색하고 주석을 검색할 수 있으며, 주요 문헌에 의해 보고되고 사내에서 대규모 큐레이션 작업을 통해 검색할 수 있다.바이오GRID는 캐나다 온타리오주 토론토와 미국 텍사스주 댈러스에서 개최되며 사카로마이오스 게놈 데이터베이스, 플라이베이스, 웜베이스, 폼베이스, 게놈자원동맹 등과 제휴하고 있다.BioGRID는 NIH와 CIHR의 자금 지원을 받는다.바이오그리드(BioGRID)는 국제분자교류 컨소시엄(IMEx)의 옵서버 회원이다.

역사

BioGRID는 원래 상호 작용 데이터셋을[2] 위한 일반 리포지토리로 출판되어 출시되었지만, 프로젝트를 보다 간결하게 설명하기 위해 나중에 BioGRID로[1] 이름이 변경되었으며, 유사한 이름을 가진 여러 GRID Computing 프로젝트와 구별할 수 있도록 도와주었다.원래 유기체별 데이터베이스로 분리되어 있던 최신 버전은 이제 여러 유기체에 대한 검색을 동시에 가능하게 하는 통일된 프런트 엔드를 제공한다.The BioGRID was developed initially as a project at the Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute at Mount Sinai Hospital but has since expanded to include teams at the Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie at the Université de Montréal and the Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics at Princeton University.BioGRID의 원래 초점은 이항 단백질-단백질 및 유전적 상호작용의 큐레이션에 있었지만, 큐레이션된 변환 후 수정 데이터,[9][10] 화학적 상호작용 데이터, 복잡한 다진/단백질 상호작용을 포함하도록 몇 가지 업데이트에[1][3][4][5][6][7][8] 걸쳐 확대되었다.게다가, 월 단위로, BioGRID는 계속해서 큐레이션된 데이터를 확장하고 또한 새로운 도구, 포괄적인 표적 큐레이션 프로젝트의 데이터,[9][10][11][12][13] 그리고 표적 과학 분석을 수행하도록 개발 및 공개한다.[14]

유전자, 단백질, 화학적 상호작용의 큐레이션

상호작용을 위한 생물학적 일반 리포지토리(BioGRID)는 모든 주요 모델 유기체 종과 인간을 대상으로 1차 생물 의학 문헌에서 절제한 유전자와 단백질 상호작용을 수용하는 개방형 액세스 데이터베이스다.2020년 10월 18일 현재,[15] 바이오GRID는 71개의 모델 유기체를 대표하는 6만3,083개의 간행물에서 추출한 192만8천개의 상호작용을 포함하고 있다.2021년 초에는 이미 80종 이상의 출판물 75,988건에서 집단적으로 억제된 20만 건 이상의 생물학적 상호작용, 29,023건의 화학적-단백질 상호작용, 506,485건의 변환 후 수정사항이 포함되어 있었다.[16]바이오GRID 데이터는 파트너 모델 유기체 데이터베이스와 메타데이터베이스를 통해 자유롭게 배포되며 다양한 형식으로 직접 다운로드할 수 있다.바이오GRID 큐레이션은 구조화된 근거 코드, 표현형 온톨로지, 유전자 주석 등을 통해 컴파일 상호작용 기록을 용이하게 하는 상호작용 관리 시스템(IMS)을 통해 조정된다.BioGRID 아키텍처는 보다 광범위한 상호작용 및 변환 후 수정 유형을 지원하기 위해 개선되었으며, 보다 복잡한 다중 유전자/단백질 상호작용의 표현, 구조화된 온톨로지를 통한 세포 표현형 설명, 반자동 텍스트 마이닝 접근법을 통한 큐레이션을 촉진하기 위해 다음과 같이 개선되었다.큐레이션 품질 관리를 강화한다.포괄적인 큐레이션 노력을 통해, 이제 BioGRID는 싹트기 효모(Saccharomyces serebisiae), 탈모(Arabidopsis thaliana), 핵분열 효모(Schizosaccharomyces pombe)에 대한 1차 문헌에서 현재까지 보고된 사실상 완전한 상호작용 세트를 포함한다.

테마 큐레이션 프로젝트

인간(호모 사피엔스) 유전자, 단백질, 화학적 상호작용을 포함하는 출판된 과학 문헌의 압도적 크기 때문에, BioGRID는 높은 영향력의 관리 가능한 수집에서 인간 상호작용 데이터를 큐레이션하는 프로젝트 기반의 표적 접근방식을 취해왔다.이러한 주제 큐레이션 프로젝트는 염색질 수정, 자가포장 및 유비퀴틴-단백질 시스템과 같은 질병 관련성이 있는 중앙 생물학적 과정 또는 교모세포종, 판코니 빈혈, COVID-19와 같은 관심 질환을 나타낸다.2020년 10월 18일 현재,[15] BioGRID 테마 큐레이션 프로젝트 노력은 3만 7천 개 이상의 과학 논문에서 2,361개의 단백질이 포함된 42만 4,631개의 상호작용을 추출하는 결과를 낳았다.

게놈 와이드 CRISPR 화면 큐레이션

크리스퍼 기반의 유전자 화면은 유전자 기능을 세포 생존성, 화학적, 스트레스 저항성, 그리고 다른 표현형들과 연관시킨 많은 출판물에 보고되었다.바이오그리드(BioGRID)[7][15]는 크리스퍼 화면 데이터의 접근성을 높이고 단백질 함수의 할당을 촉진하기 위해 Cas9와 기타 크리스퍼 핵들을 사용하여 수동으로 큐레이션된 포괄적인 크리스퍼 화면 데이터셋 컬렉션을 보관하고 배포하는 내장 자원을 개발했다.2020년 10월 18일 현재 바이오GRID-ORCs는 3종류의 인간(호모 사피엔스), 초파리(드로소필라 멜라노가스터), 하우스 마우스(무스 무스 무스쿨러스)를 대상으로 6만개 이상의 고유 유전자를 나타내는 114개 출판물에서 1,042개 이상의 크리스퍼 화면을 670개 이상의 세포라인과 17개의 표현형에 걸쳐 담고 있다.[15]

지지 유기체

다음 유기체는 현재 BioGRID 내에서 지원되고 있으며, 각 유기체는 최신 통계에 따라 이용할 수 있는 상호 작용 데이터를 큐레이션했다.

BioGRID에 대한 자금 지원

바이오그리드(BioGRID)는 국립보건원과 캐나다 보건연구소의 보조금으로 자금을 조달한다.

참조

  1. ^ a b c Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (Jan 2006). "BioGRID: A General Repository for Interaction Datasets". Nucleic Acids Research. 34 (90001): 535–539. doi:10.1093/nar/gkj109. PMC 1347471. PMID 16381927.
  2. ^ a b Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (Jan 2003). "The GRID: the General Repository for Interaction Datasets". Genome Biology. 4 (3): R23. doi:10.1186/gb-2003-4-3-r23. PMC 153463. PMID 12620108.
  3. ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Oughtred R, Boucher L, Heinicke S, Chen D, Stark C, Breitkreutz A, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Nixon J, Ramage L, Winter A, Sellam A, Chang C, Hirschman J, Theesfeld C, Rust J, Livstone MS, Dolinski K, Tyers M (Jan 2015). "The BioGRID interaction database: 2015 update". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): 470–478. doi:10.1093/nar/gku1204. PMC 4383984. PMID 25428363.
  4. ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Heinicke S, Boucher L, Winter A, Stark C, Nixon J, Ramage L, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Breitkreutz A, Sellam A, Chen D, Chang C, Rust JM, Livstone MS, Oughtred R, Dolinski K, Tyers M (Jan 2013). "The BioGRID interaction database: 2013 update". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): 816–823. doi:10.1093/nar/gks1158. PMC 3531226. PMID 23203989.
  5. ^ Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M (Jan 2011). "The BioGRID Interaction Database: 2011 update". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): 698–704. doi:10.1093/nar/gkq1116. PMC 3013707. PMID 21071413.
  6. ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Livstone M, Oughtred R, Lackner DH, Bähler J, Wood V, Dolinski K, Tyers M (Jan 2008). "The BioGRID Interaction Database: 2008 update". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): 637–640. doi:10.1093/nar/gkm1001. PMC 2238873. PMID 18000002.
  7. ^ a b Chatr-Aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara; Theesfeld, Chandra; Sellam, Adnane; Stark, Chris (2017-01-04). "The BioGRID interaction database: 2017 update". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D369–D379. doi:10.1093/nar/gkw1102. ISSN 1362-4962. PMC 5210573. PMID 27980099.
  8. ^ Oughtred, Rose; Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Rust, Jennifer; Boucher, Lorrie; Chang, Christie; Kolas, Nadine; O'Donnell, Lara; Leung, Genie; McAdam, Rochelle; Zhang, Frederick (2019-08-01). "The BioGRID interaction database: 2019 update". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D529–D541. doi:10.1093/nar/gky1079. ISSN 1362-4962. PMC 6324058. PMID 30476227.
  9. ^ a b Stark C, Ting-Cheng Su, Breitkreutz A, Lourenco P, Dahabieh M, Breitkreutz BJ, Tyers M, Sadowski I (Jan 2010). "PhosphoGRID: a database of experimentally verified in vivo protein phosphorylation sites from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae". Database. 2010: bap026. doi:10.1093/database/bap026. PMC 2860897. PMID 20428315.
  10. ^ a b Sadowski I, Breitkreutz BJ, Stark C, Su TC, Dahabieh M, Raithatha S, Bernhard W, Oughtred R, Dolinski K, Barreto K, Tyers M (May 2013). "The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein phosphorylation site database: version 2.0 update". Database. 2013: bat026. doi:10.1093/database/bat026. PMC 3653121. PMID 23674503.
  11. ^ Winter AG, Wildenhain J, Tyers M (April 2011). "BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 and BioGRID WebGraph: new tools for access to interaction data at BioGRID". Bioinformatics. 27 (7): 1043–1044. doi:10.1093/bioinformatics/btr062. PMC 3065694. PMID 21300700.
  12. ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (January 2003). "Osprey: a network visualization system". Genome Biology. 4 (3): R22. doi:10.1186/gb-2003-4-3-r22. PMC 153462. PMID 12620107.
  13. ^ Reguly T, Breitkreutz A, Boucher L, Breitkreutz BJ, Hon GC, Myers CL, Parsons A, Friesen H, Oughtred R, Tong A, Stark C, Ho Y, Botstein D, Andrews B, Boone C, Troyanskya OG, Ideker T, Dolinski K, Batada NN, Tyers M (2006). "Comprehensive curation and analysis of global interaction networks in Saccharomyces cerevisiae". The Journal of Biological Chemistry. 5 (4): 11. doi:10.1186/jbiol36. PMC 1561585. PMID 16762047.
  14. ^ Breitkreutz A, Choi H, Sharom JR, Boucher L, Neduva V, Larsen B, Lin ZY, Breitkreutz BJ, Stark C, Liu G, Ahn J, Dewar-Darch D, Reguly T, Tang X, Almeida R, Qin ZS, Pawson T, Gingras AC, Nesvizhskii AI, Tyers M (May 2010). "A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast". Science. 328 (5981): 1043–1046. Bibcode:2010Sci...328.1043B. doi:10.1126/science.1176495. PMC 3983991. PMID 20489023.
  15. ^ a b c d Oughtred, Rose; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Willems, Andrew; Boucher, Lorrie; Leung, Genie; Kolas, Nadine; Zhang, Frederick; Dolma, Sonam (2020-10-18). "The BioGRID database: A comprehensive biomedical resource of curated protein, genetic, and chemical interactions". Protein Science. 30 (1): 187–200. doi:10.1002/pro.3978. ISSN 1469-896X. PMC 7737760. PMID 33070389.
  16. ^ "Build Statistics (4.2.193) - January 2021 BioGRID". wiki.thebiogrid.org. Retrieved 2021-01-26.

외부 링크