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PomBase
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내용
묘사정신분열당 폼베의 과학적 자원
데이터형
발동.		분자 기능, 생물학적 과정, 세포 구성 요소, 표현형, 유전자형, 대립 유전자, 단백질 변형, 유전자 발현, 뉴클레오티드 배열, RNA 배열, 단백질 배열, 유전체학, 인간 오솔로그, 사카로미세스 세레비시아에 오스로그, 보완, 단백질 결합, 단백질 결합, 단백질 결합ic 상호작용
유기체시오당류 폼베
연락
연구소케임브리지 대학교와 유니버시티 칼리지 런던
작가들Antonia Lock, Midori A Harris, Kim Rutherford, Jürg Béhler, Steve Oliver, Valerie Wood
주요 인용문Lock, et al (2018) [1]
발매일2011
접근
웹 사이트PomBase.org
다운로드 URL다운로드
웹 서비스 URL게놈 브라우저
여러가지 종류의
면허증.퍼블릭 도메인
큐레이션 정책프로페셔널 및 커뮤니티 큐레이션
북마크 가능
엔티티		네.

PomBase는 핵분열 효모인 Shychoscaromyces pombe 게놈 배열 및 주석 기능에 대한 온라인 액세스를 제공하는 모델 유기체 데이터베이스이며, 다양한 수동 경화 기능 유전자 특이적 데이터와 함께 제공합니다.PomBase 웹사이트는 2016년에 재개발되어 사용자에게 보다 완벽하게 통합되고 성능이 향상된 서비스를 제공합니다( 참조).

데이터 큐레이션 및 품질 관리

PomBase에서 제공하는 데이터의 개요와 액세스 방법.

PomBase 스태프는 일차 문헌과 생물 정보학 소스를 모두 사용하여 다양한 데이터 유형을 수동으로 큐레이션하고 구문 및 생물학적 내용의 [2]유효성을 확보하기 위해 수많은 메커니즘을 사용합니다.

큐레이팅되는 데이터의 유형은 다음과 같습니다.

  • 게놈 배열 및 특징(예: 게놈 내 유전자의 물리적 위치)
  • 단백질 및 ncRNA 기능, 세포 프로세스 참여 및 위치 파악
  • 다른 대립 유전자와 유전자형과 관련된 표현형
  • 특정 단백질 변형 부위 및 발생 시기
  • S. 폼브 유전자의 인간 및 신생 효모 맞춤법(수동 큐레이션 데이터 세트)
  • 게놈 브라우저에 로드된 데이터 세트의 메타데이터
  • 인간 맞춤법이 질병을 일으키는 것으로 알려진 경우의 질병 연관성
  • 특정 유전자의 발현 시기에 관한 데이터
  • 핵분열 효모 유전자와 다른 유기체의 유전자 사이에 기능적 상보성이 존재하는 경우의 상보 데이터
  • 복합체의 서브유닛 구성

데이터 구성

유전자 주석은 유전자 특이 수준(유전자 페이지) 또는 용어 특이 수준(온톨로지 용어 페이지)에서 볼 수 있다.이를 통해 다음 중 하나가 가능합니다.

  • 유전자에 대해 생성된 모든 주석 보기(예: pat1)
  • 한 용어에 주석이 달린 모든 유전자 보기(예: cytokinesis)
  • 특정 참조에서 생성된 모든 주석을 봅니다(예: 26776736 Chica et al. 2016).

게놈 전체 데이터 세트(단백질 데이터 세트, 모든 주석, 수동으로 큐레이션된 맞춤법 목록 등)는 데이터 세트 페이지에서 액세스할 수 있습니다.게놈 브라우저에 표시하기에 적합하고 로드된 데이터 세트는 PomBase JBrowse 인스턴스를 통해 액세스할 수 있습니다.

PomBase는 다음과 같은 유전자 고유의 정보를 캡처하기 위해 여러 생물학적 온톨로지를 사용합니다.

  • 유전자 온톨로지(GO) - 유전자 생성물의 효소 기능, 생물학적 역할 및 세포 위치를 기술하는 데 사용됩니다.
  • 핵분열 효모 표현형 온톨로지(FYPO),[3] 기준 균주의 표현형과 비교하여 표현형을 유전자의 대립 유전자와 관련짓는 데 사용
  • Sequence Ontology - DNA 또는 단백질 특성을 설명하는 데 사용됩니다.
  • 단백질 수식 - PSI-MOD 사용[4]

유전자 특성 평가 상태

GO 슬림 페이지는 모든 "알려진" 핵분열 효모 유전자의 "생물학적 역할"에 대한 개요를 제공합니다 - 이것들은 핵분열 효모 또는 다른 종에서 실험적으로 특징지어지고 정형학에 의해 옮겨진 단백질입니다.

놀랍게도, 효모에서 인간에 이르는 진핵생물 프로테옴의 거의 20%는 이러한 단백질이 [5]참여하는 경로와 과정 측면에서 특징지어지지 않아 생물학에서 가장 큰 미해결 문제 중 하나가 된다.이 단백질이 생물학에서 하는 역할은 어떤 종에서도 아직 발견되지 않았다.이러한 미지의 단백질에 대한 연구를 돕기 위해, PomBase는 특성화되지 않은 핵분열 효모 단백질의 인벤토리를 유지합니다.우선 순위 미조사 유전자 리스트는 인간에게 보존된 특성화되지 않은 핵분열 효모 유전자의 서브셋을 나타내며, 특히 높은 우선 순위 연구 대상이 된다.

커뮤니티 코큐레이션

전문 PomBase 큐레이터로 구성된 소규모 팀의 작업을 보완하기 위해 핵분열 효모 연구자들은 온라인 큐레이션 도구인 Canto가 [6]개발된 혁신적인 커뮤니티 큐레이션 체계를 통해 PomBase에 직접 주석을 제공합니다.커뮤니티 큐레이션은 PomBase 스태프에 의해 검토되며, 그 결과 매우 정확하고 효과적으로 공동 큐레이션된 [7]주석이 작성됩니다.

PomBase는 주석 통계 페이지를 유지합니다.

Knowledge Base

문서

Pombase는 문서와 FAQ를 모두 제공합니다.

연구 도구로서의 PomBase의 사용은 "Eukaryotic Genomic Databases"(Methods and Protocols) 책 장을 참조하십시오.[8]개발 및 업데이트는 NAR Database Issue [9][10][1]문서에 설명되어 있습니다. 

모델 유기체로 S. 폼브를 사용하는 방법에 대한 자세한 개요는 유전학 입문서를 참조하십시오.

레퍼런스

  1. ^ a b c Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13 October 2018). "PomBase 2018: user-driven reimplementation of the fission yeast database provides rapid and intuitive access to diverse, interconnected information". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D821–D827. doi:10.1093/nar/gky961. PMC 6324063. PMID 30321395.
  2. ^ Wood, V; Carbon, S; Harris, MA; Lock, A; Engel, SR; Hill, DP; Van Auken, K; Attrill, H; Feuermann, M; Gaudet, P; Lovering, RC; Poux, S; Rutherford, KM; Mungall, CJ (September 2020). "Term Matrix: a novel Gene Ontology annotation quality control system based on ontology term co-annotation patterns". Open Biology. 10 (9): 200149. doi:10.1098/rsob.200149. PMC 7536087. PMID 32875947.
  3. ^ Harris MA, Lock A, Bähler J, Oliver SG, Wood V (July 2013). "FYPO: The Fission Yeast Phenotype Ontology". Bioinformatics. 29 (13): 1671–8. doi:10.1093/bioinformatics/btt266. PMC 3694669. PMID 23658422.
  4. ^ Montecchi-Palazzi, L; Beavis, R; Binz, PA; Chalkley, RJ; Cottrell, J; Creasy, D; Shofstahl, J; Seymour, SL; Garavelli, JS (August 2008). "The PSI-MOD community standard for representation of protein modification data". Nature Biotechnology. 26 (8): 864–6. doi:10.1038/nbt0808-864. PMID 18688235. S2CID 205270043.
  5. ^ Wood, V; Lock, A; Harris, MA; Rutherford, K; Bähler, J; Oliver, SG (28 February 2019). "Hidden in plain sight: what remains to be discovered in the eukaryotic proteome?". Open Biology. 9 (2): 180241. doi:10.1098/rsob.180241. PMC 6395881. PMID 30938578.
  6. ^ Rutherford KM, Harris MA, Lock A, Oliver SG, Wood V (June 2014). "Canto: an online tool for community literature curation". Bioinformatics. 30 (12): 1791–2. doi:10.1093/bioinformatics/btu103. PMC 4058955. PMID 24574118.
  7. ^ Lock, A; Harris, MA; Rutherford, K; Hayles, J; Wood, V (1 January 2020). "Community curation in PomBase: enabling fission yeast experts to provide detailed, standardized, sharable annotation from research publications". Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2020. doi:10.1093/database/baaa028. PMC 7192550. PMID 32353878.
  8. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Wood, V (2018). PomBase: The Scientific Resource for Fission Yeast. Methods in Molecular Biology. Vol. 1757. pp. 49–68. doi:10.1007/978-1-4939-7737-6_4. ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC 6440643. PMID 29761456.
  9. ^ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM, Aslett M, Lock A, Bähler J, Kersey PJ, Oliver SG (January 2012). "PomBase: a comprehensive online resource for fission yeast". Nucleic Acids Res. 40 (Database issue): D695–9. doi:10.1093/nar/gkr853. PMC 3245111. PMID 22039153.
  10. ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J, Kersey PJ, Oliver SG, Wood V (January 2015). "PomBase 2015: updates to the fission yeast database". Nucleic Acids Res. 43 (Database issue): D656–61. doi:10.1093/nar/gku1040. PMC 4383888. PMID 25361970.
  11. ^ Hoffman CS, Wood V, Fantes PA (October 2015). "An Ancient Yeast for Young Geneticists: A Primer on the Schizosaccharomyces pombe Model System". Genetics. 201 (2): 403–23. doi:10.1534/genetics.115.181503. PMC 4596657. PMID 26447128.

외부 링크