쥐 게놈 데이터베이스

Rat Genome Database
RGD
내용
묘사쥐 게놈 데이터베이스
유기체랫투스노르베기쿠스(랫드)
연락
연구소위스콘신 의과대학 & 바이오메디컬 엔지니어링
실험실.앤 E. 퀴텍 박사
작가들Yabel Chen과 RGD 팀
주요 인용문PMID 31713623
접근
웹 사이트rgd.mcw.edu
다운로드 URLRGD 데이터 릴리즈

Rat Genome Database(RGD)는 쥐의 게놈, 유전학, 생리학 및 기능 데이터뿐만 아니라 쥐, 인간 및 [1][2]쥐의 게놈 비교 데이터 데이터베이스입니다.RGD는 유전자 및 정량적 특성 위치(QTL)에 할당된 주석, 즉 온톨로지를 통해 랫드의 게놈에 생물학적 정보를 부착하고 랫드의 변종 데이터를 통합하여 연구 커뮤니티에 제공하는 역할을 한다.그들은 또한 쥐의 게놈, 생리학적, 기능적 데이터와 쥐, 쥐, 인간, 그리고 다른 다섯 종의 비교 데이터를 채굴하고 분석하기 위한 도구 세트를 개발하고 있다.

RGD는 쥐의 유전자와 게놈 연구에 관여하는 연구 기관 간의 협력적인 노력으로 시작되었습니다.National Institutes of Health's Request for Grant Application: HL-99-013에서 언급된 바와 같이, 그 목표는 현재 진행 중인 쥐 유전자 및 게놈 연구로부터 생성된 데이터를 수집, 통합 및 통합하고 이 데이터를 과학 커뮤니티에 널리 사용할 수 있도록 하기 위한 쥐 게놈 데이터베이스 구축이다.이차적이지만 중요한 목표는 정량적 특성 위치, 알려진 돌연변이 및 기타 표현형 데이터에 대한 매핑 위치 큐레이션을 제공하는 것이다.

쥐는 약리학, 독물학, 일반 생리학, 질병의 [3]생물학과 병태생리학 등을 연구하는 모범 유기체로 연구자들에 의해 계속 널리 사용되고 있다.최근 몇 년 동안 쥐의 유전자 및 게놈 데이터가 빠르게 증가하고 있다.이와 더불어, 쥐 게놈 데이터베이스는 연구를 위한 쥐에 대한 정보의 중심이 되었고, 이제는 유전학이나 유전체학뿐만 아니라 생리학이나 분자 생물학에 대한 정보도 제공한다.RGD [4]스탭이 큐레이팅하는 이러한 모든 필드에 사용할 수 있는 툴과 데이터 페이지가 준비되어 있습니다.

데이터.

RGD의 데이터는 RGD 연구원의 수동 주석과 다양한 소스에서 가져온 주석으로 구성됩니다.또한 RGD는 다른 사용자와 공유하기 위해 자체 주석을 내보냅니다.

RGD의 데이터[5] 페이지에는 데이터베이스에 저장된 8가지 유형의 데이터가 나열됩니다.유전자, QTL, 마커, 지도, 변형, 온톨로지, 시퀀스 및 참조.이 중 6개는 적극적으로 사용되며 정기적으로 업데이트됩니다.RGD 지도 데이터형은 기존 유전자 및 방사선 하이브리드 지도를 참조한다.이 데이터는 쥐의 전체 게놈 배열로 대체되었다.Sequence 데이터 유형은 게놈, 전사 또는 단백질 시퀀스의 전체 목록이 아니라 단순 시퀀스 길이 다형성(SSLP) 및 표현 시퀀스 태그(EST) 마커를 정의하는 PCR 프라이머 시퀀스를 대부분 포함합니다.이러한 염기서열은 주로 동물 유전자형과 같은 이름의 표지를 구별하기 위해 여전히 이러한 표지를 사용하는 연구자들에게 유용하다.RGD의 6가지 주요 데이터 유형은 다음과 같습니다.

  • 유전자: 초기 유전자 기록은 국립생명공학정보센터(NCBI)의 유전자 데이터베이스에서 매주 가져오고 갱신된다.이 과정에서 수입되는 데이터는 유전자 ID, Genbank/RefSeq 뉴클레오티드 및 단백질 배열 식별자, HomoloGene 그룹 ID 및 Ensembl Gen, Transcript 및 단백질 ID를 포함한다.추가 단백질 관련 데이터를 UniProtKB 데이터베이스에서 가져옵니다.RGD 큐레이터는 문헌을 검토하고 GO(Gene Ontology), 쥐 유전자의 질병, 표현형 및 경로, 쥐 유전자의 질병과 경로, 인간 [6][7]유전자의 질병, 표현형 및 경로를 수동으로 큐레이션합니다.또한 이 사이트는 GO 컨소시엄에서 마우스 및 인간 유전자에 대한 GO 주석을, UniProt에서 쥐 전자 주석을, MGD/MGI(Mouse Genome Database/Mouse Genome Informatics)에서 마우스 표현형 주석을 가져옵니다.
  • QTLs: RGD의 스탭은, 그러한 출판물이 존재하는 문헌이나 연구원이 직접 제출한 기록으로부터, 쥐와 인간의 QTL의 데이터를 수동으로 큐레이션 합니다.마우스 QTL 레코드는 포유동물 표현형(MP) 온톨로지 할당을 포함하여 MGI에서 직접 Import됩니다.쥐 및 인간 QTL의 경우 큐레이션에는 MP, HP 및 질병 온톨로지 주석 할당이 포함됩니다.QTL 위치는 피크 및/또는 측면 마커 또는 단일 뉴클레오티드 다형(SNP)의 게놈 위치에 따라 자동으로 할당된다.QTL은 관련 변종, 후보 유전자, 관련 마커 및 관련 QTL에 대한 정보에 대한 링크를 기록합니다.
  • 변형률: QTL 기록과 마찬가지로 RGD 변형률 기록은 문헌에서 수동으로 큐레이션하거나 연구자가 제출합니다.균주 기록에는 균주의 공식 기호, 균주의 기원 및 가용성, 관련 표현형, 균주가 인간 질병의 모델인지 여부 및 교배, 행동, 사육 등에 관한 정보가 포함됩니다.균주 기록은 관련 유전자, 대립 유전자 및 QTL, 관련 균주(예: 부모 균주 또는 기질) 및 가능한 경우 균주 특이적 손상 뉴클레오티드 변종에 대한 정보와 연결된다.선천성 및 돌연변이 균주의 경우 유전체 위치가 내행 영역(콩기형 균주) 또는 돌연변이 배열 위치(변이형 균주)에 할당된다.
  • 마커: SSLP나 EST와 같은 유전자 마커가 QTL이나 변종에 사용되어 왔기 때문에 RGD는 쥐, 인간 및 쥐의 마커 데이터를 저장합니다.마커 데이터에는 연관된 정방향 및 역방향 PCR 프라이머의 시퀀스, 게놈 위치 및 NCBI의 Probe 데이터베이스에 대한 링크가 포함됩니다.마커 레코드는 관련된 QTL, 변형 및 유전자 레코드에 연결됩니다.
  • 세포주: RGD는 셀로사우루스로부터 수입된 세포주 기록을 저장합니다.이들 중 가장 많은 수가 인간과 쥐의 세포주이지만, 쥐, 보노보, 개, 다람쥐, 돼지, 녹색 원숭이, 벌거벗은 두더지쥐에 대한 기록도 있다.
  • 온톨로지:RGD의 데이터를 사람이 읽을 수 있고 컴퓨터 분석 및 검색에 사용할 수 있도록 하기 위해 RGD는 여러 온톨로지를 사용합니다.2021년 7월 현재, RGD는 19개의 다른 온톨로지를 사용하여 RGD의 다양한 데이터 유형에 적용할 수 있는 다양한 유형의 데이터를 표현하고 있습니다.온톨로지 주석은 큐레이터에[6][7] 의해 수동으로 할당되거나 자동화된 파이프라인을 사용하여 외부 소스에서 가져옵니다.RGD에서 사용 중인 온톨로지 중 6개는 RGD에서 생성 또는 공동 생성되었으며, 7개는 경로(PW), 쥐 변종(RS), 척추동물 특성(VT), 질병(RDO), 임상 측정(CMMO Measurements)에 대한 온톨로지이다.외부 소스에서 가져온 온톨로지는 매주 업데이트됩니다.
  • 참고 자료: RGD 참조는 데이터베이스 정보 큐레이션에 사용된 과학 자료 및 리소스이며 QTL이나 변형 등의 데이터 객체의 소스입니다.NCBI의 PubMed를 통해 액세스되는 참조는 Import된 데이터에 제목, 작성자, 인용 및 PubMed ID가 포함되어 RGD ID가 생성됩니다.경우에 따라서는 자동화된 파이프라인에서 대량 업로드 또는 데이터 소스와의 개인 통신 등 내부 레코드로 참조가 생성됩니다.이러한 추가 참고 자료를 통해 RGD 사용자는 PubMed 레코드를 이용할 수 없는 특정 부분 및 데이터 유형의 출처를 식별할 수 있습니다.두 유형의 참조 레코드는 유전자, QTL, 균주, 질병 및 기타 온톨로지 주석을 포함하여 해당 기사 또는 출처에서 큐레이션된 모든 데이터에 대한 링크를 제공합니다.정보 큐레이션된 리소스는 참조 검색 페이지 또는 개체 페이지의 링크를 사용하여 데이터베이스에서 검색할 수 있습니다.관련 데이터가 포함되어 있지만 아직 수동으로 검토되지 않은 불포화 참조도 이용할 수 있다.이러한 링크는 개체 보고서의 '참고 자료 - 불포화' 섹션에 나열된 PubMed 링크로 나타납니다(예: 유전자 보고서).

게놈 도구

RGD의 게놈[9] 툴에는 RGD에서 개발한 소프트웨어 툴과 서드파티 소스 툴이 모두 포함되어 있습니다.

RGD에서 개발된 게놈 도구

RGD는 RGD 데이터베이스에 저장된 데이터를 사용하여 쥐 및 여러 종을 분석할 수 있도록 설계된 웹 기반 도구를 개발합니다.여기에는 다음이 포함됩니다.

  • ToMate:ToMate는 유전자 큐레이션워크플로우의 기본 PubMed 검색 엔진 대안으로 RGD에 의해 개발된 온톨로지 기반의 개념 기반 문헌 검색 엔진입니다.과학 문헌의 자유 텍스트에서 구조화된 검색 가능 형식으로 데이터를 변환하는 것은 모든 모델 유기체 데이터베이스의 주요 작업 중 하나이다.ToMate 태그는 RGD에서 사용되는 온톨로지/단어로 유전자 이름, 유전자 돌연변이, 생물 이름, 질병 및 기타 용어를 추출합니다.요약에 태그된 모든 용어/엔티티가 검색 결과에 요약과 함께 나열됩니다.ToMate는 또한 문헌 검색과 관련된 종, 날짜 및 기타 매개변수에 대해 사용자가 활성화한 필터를 제공하여 PubMed를 사용할 때보다 프로세스를 간소화했습니다.이 도구는 RGD 내부 큐레이션 프로세스에 유용하며 모든 RGD 사용자가 사용할 수 있습니다.
  • 유전자 주석:유전자 주석기 또는 GA 도구는 유전자 기호, RGD ID, GenBank 가입 번호, Ensembl 식별자 또는 염색체 영역의 목록을 입력으로 가져와서 RGD에서 대응하는 유전자에 대한 유전자 오솔로그, 외부 데이터베이스 식별자 및 온톨로지 주석을 검색합니다.데이터는 Excel 스프레드시트에 다운로드하거나 툴에서 분석할 수 있습니다.주석 분포 기능은 입력 목록에서 각 용어에 대한 주석과 함께 유전자 백분율과 함께 7개 범주의 용어 목록을 표시합니다.비교 열 지도 기능을 사용하면 입력 목록의 유전자에 대한 주석을 두 개의 온톨로지 또는 동일한 온톨로지의 두 분기에 걸쳐 비교할 수 있습니다.
  • Variant Visualizer: VV(Variant Visualizer)는 쥐의 변형률별 시퀀스 다형성을 위한 보기 및 분석 도구입니다.VV는 염색체, 시작 위치 및 중지 위치 또는 두 개의 유전자 또는 마커 기호로 정의된 유전자 기호 목록 또는 게놈 영역을 입력으로 받아들입니다.사용자는 전체 게놈 시퀀스가 존재하는 균주 목록에서 관심 균주를 선택해야 하며 결과 세트의 변종에 대한 파라미터를 설정할 수 있습니다.출력은 열 지도 유형의 변형 디스플레이입니다.개별 변형에 대한 추가 정보는 상세 창 디스플레이에서 볼 수 있습니다.
  • Multi-Ontology Enhancement Tool(MOET): MOET는 웹 기반 온톨로지 분석 툴로, RGD가 유전자 큐레이션(질병, 경로, 표현형, GO, ChEBI)에 사용하는 온톨로지 중 하나 또는 모든 용어를 식별하기 위해 사용됩니다.이것은 다운로드 가능한 그래프와 통계적으로 과잉 표현된 용어 목록을 초기하 분포를 사용하여 사용자의 유전자 목록에 출력한다.MOET는 결과 페이지에 해당 Bonferroni 보정 및 승산비도 표시합니다.
  • GOLF(Gene Ortholog Location Finder) : GOLF는 RGD종 또는 어셈블리 전체에서 관심 영역 내의 유전자 또는 위치를 비교하기 위해 사용됩니다.결과는 양쪽 종 또는 양쪽 어셈블리에 대응하는 유전자/위치로 나란히 표 형식으로 표시됩니다.GOLF에 대한 입력 및 출력은 분석을 위해 다른 RGD 도구로 내보내거나 GOLF 결과 페이지의 링크를 사용하여 다운로드할 수 있습니다.
  • InterViewer:InterViewer는 단백질-단백질 인터랙티브 뷰어입니다.이 뷰어는 상호작용의 유형에 대한 적절한 정보와 사용자의 입력과 관련된 유전자에 대한 링크를 표시합니다.
  • Pheno Miner:PhenoMiner는 다양한 쥐 품종의 표현형 데이터를 결합하기 때문에 연구자들은 필터를 사용하여 그들이 찾고 있는 정량적 표현형 데이터를 찾을 수 있다.
  • OLGA - Object List Generator & Analyzer : OLGA는 사용자가 여러 쿼리를 실행하고 각 쿼리에서 오브젝트 목록을 생성하여 Boolian 사양을 사용하여 결과를 유연하게 조합할 수 있도록 설계된 검색 엔진입니다.OLGA는 개체 기호 목록 또는 온톨로지 주석 또는 위치에 기반한 검색 매개 변수를 입력으로 받아들입니다.유전자, QTL 또는 균주의 최종 목록은 GA 도구, Variant Visualizer, Genome Viewer 또는 기타 RGD 도구에 다운로드하거나 제출할 수 있습니다.
  • 게놈 뷰어:Genome Viewer(GViewer) 도구는 기능, 생물학적 과정, 세포 구성 요소, 표현형, 질병, 경로 또는 화학적 상호작용에 주석을 단 유전자, QTL 및 매핑된 균주의 완전한 게놈 뷰를 사용자에게 제공합니다.GViewer는 여러 온톨로지 간에 부울 검색을 허용합니다.랫드 게놈의 핵형에 대해 출력이 표시됩니다.
  • Overgo 프로브 디자이너:오버고 프로브는 반복 마스크된 게놈 배열에서 파생되어 게놈 매핑을 위한 고특이 활성 프로브로 사용되는 부분적으로 중첩된 22mer 올리고뉴클레오티드의 쌍이다.Overgo Probe Designer 도구는 뉴클레오티드 시퀀스를 입력으로 받아 필요한 8 뉴클레오티드 오버랩을 포함하는 최적화된 프로브 시퀀스의 목록을 3' 끝에 출력합니다.
  • ACP 하플로타이퍼:ACP Happlotyper는 ACP 프로젝트의 일부로 특징지어지는 48개의 랫드 변종 중 하나 사이의 보존된 염색체 영역과 보존되지 않은 염색체 영역을 식별하는 데 사용될 수 있는 시각적 하플로타입을 생성합니다.선택된 염색체와 선택된 변종 간에 도구는 선택된 유전자 또는 RH 맵 [10]상의 마이크로 위성 마커에 대한 대립 유전자 크기 데이터를 비교합니다.

RGD 데이터 사용에 적합한 서드파티 게놈 도구

RGD는 RGD 데이터베이스에 저장된 데이터를 사용하여 웹 사이트에서 사용하도록 조정된 몇 가지 서드파티 소프트웨어 도구를 제공합니다.여기에는 다음이 포함됩니다.

  • JBrowse: JBrowse는 데이터베이스 고유의 무료 인터랙티브 데이터 분석 도구입니다.이 소프트웨어는 현재 Generic Model Organism Database 프로젝트, 기본 데이터셋 및 유전자-화학 상호작용 데이터를 포함한 유전자 및 표현형 데이터 유형에 의해 생성 및 유지되고 있으며, JBrowse를 통해 게놈 배열과의 관계에 액세스할 수 있다.
  • RatMine: RatMine은 InterMine[11] 소프트웨어의 쥐 중심 버전입니다.RGD, NCBI, UniProtKB, Ensembl 등 다양한 데이터베이스의 래트 데이터를 일관된 형식으로 한 곳에서 마이닝 및 분석할 수 있습니다.InterMine 플랫폼은 다른 데이터베이스의 여러 종에 맞게 조정되었으며 사용자가 RatMine [12]인터페이스에서 여러 종을 쿼리할 수 있도록 인스턴스 간에 상호 운용이 가능하도록 설계되었습니다.

기타 데이터 및 도구

표현형 및 모델 포털

RGD의 표현형 및 모델[13] 포털은 생리학 및 질병의 모델 유기체로서 변종, 표현형 및 쥐에 초점을 맞추고 있습니다.

  • 유전자 모델:유전자 변형 쥐(변이주 및 트랜스제닉 변종)가 모두 표 형식으로 나열되어 있어 영향을 받는 유전자, 배경 변종 및 기타 이용 가능한 정보에 빠르게 접근할 수 있습니다.이 섹션은 유전자 편집 쥐 자원 센터를 통해 게놈 변형 쥐를 만든 GERC 변종도 포함하고 있다.
  • 자폐증 모델: 실험용 쥐는 신경생물학에서 선택되는 동물이다.위스콘신 의과대학은 사이몬스 재단 자폐증 연구 이니셔티브(SFARI)와 협력하여 조작된 자폐증 쥐 모델을 생성하고 배포하고 있다.
  • PhenoMiner(정량 모델):PhenoMiner는[14] 정량적 쥐 표현형 데이터를 찾아 분석하기 위한 데이터베이스 및 웹 애플리케이션입니다.데이터는 쥐의 변형, 임상 측정, 측정 방법 및 실험 조건에 대한 온톨로지에 주석을 달았다.실험은 측정에 의해 평가된 특성 또는 질병에 따라 분류됩니다.표준화된 어휘와 데이터 형식을 사용하면 동일한 측정에 대한 여러 실험의 값을 비교할 수 있습니다.PhenoMiner 결과 페이지에는 측정값 그래프와 함께 제공되는 메타데이터와 함께 다운로드 가능한 값의 테이블이 있습니다.사용자가 자신의 데이터를 데이터베이스에 제출할 수 있는 기회를 제공하기 위한 링크가 제공됩니다.
  • 예상 범위(정량 모형):Expected Ranges(예상 범위)는 통계 메타 분석 데이터베이스로, PhenoMiner의 정량적 표현형 값을 사용하여 서로 다른 연구에서 균주 그룹에 대해 측정된 표현형의 "예상 범위"를 계산합니다.이러한 예상 범위는 데이터 포인트가 충분한 경우 성별, 연령 및 실험 조건에 따라 계층화할 수 있다.
  • 표현형:PhysGen Program for Genomic Applications 프로젝트인 PhysGen Program for Genomic Applications 프로젝트(NHLBI가 후원하는 프로젝트)의 방대한 데이터가 포함되어 있습니다.이 프로젝트는 "콘소믹 및 녹아웃 쥐 변종을 개발하고 표현형으로 특징지어 과학계에 [15]이러한 자원을 제공하기 위한 것"입니다.데이터 범주에는 심혈관, 신장 및 호흡 기능, 혈액 화학, 신체 형태학 및 행동 측정이 포함된다.또한 NBRP-Rat(National BioResource Project for the Rat in Japan)에서 표현형 쥐를 위한 프로토콜 및 유사한 처리량 표현형 데이터에 대한 링크가 제공됩니다.
  • 추가 종의 표현형 모델 및 게놈 리소스:RGD는 쥐, 마우스 및 인간 데이터 외에도 추가 포유류 종의 게놈, 경우에 따라 표현형 정보에 대한 통합 액세스를 제공합니다.아래에 나열된 다른 종들은 질병, 생리학, 표현형에 대한 중요한 연구 모델이다.
공통명 학명 모델 대상
친칠라 친칠라라니게라
  • 청각 시스템의 생리학, 발달 및 기능
  • 감염의 병리생물학과 백신 개발
십삼줄다람쥐 흰털쥐
  • 망막기능, 대사, 저산소증/수혈 및 수명
애완견 루푸스 낯익은 개
  • 암, 심장병, 자가면역장애, 알레르기, 갑상선질환, 백내장, 뇌전증, 고관절 이형성증, 실명, 난청 등
보노보 판파니스쿠스
  • 심혈관 장애
돼지. 서스스크로파
  • 신장기능, 혈관구조, 비만, 심혈관질환, 내분비, 알코올중독, 당뇨병, 신증, 장기이식
그린 몽키 클로로케부스사바에우스
  • 신경변성, 당뇨병 및 기타 대사증후군
  • HIV 감염과 에이즈
벌거벗은 두더지쥐 헤테로케팔루스글레이버
  • 생물학, 노화 및 내암성

질병 포털

질병 포털은 특정 질병 범주에 대한 RGD의 데이터를 통합하여 단일 페이지 그룹에 표시합니다.유전자, QTL 및 균주가 범주의 모든 질병에 주석을 달고 있으며, 쥐, 인간 및 생쥐의 위치를 게놈 전체에서 확인할 수 있습니다(RGD에서 개발된 게놈 뷰어 참조).포털의 추가 섹션은 질병 범주에 관련된 표현형, 생물학적 과정 및 경로에 대한 데이터를 표시한다.또한 이 카테고리에서 하나 이상의 질병에 대한 모델로 사용되는 쥐 변종, 데이터 분석에 사용할 수 있는 도구 및 질병 카테고리와 관련된 추가 자원에 대한 정보를 사용자에게 제공하기 위한 페이지도 제공됩니다.또한 RGD의 Multi-Ontology Enfulment Tool(MOET)에 대한 액세스는 개별 질병 포털 하단에 있습니다.

2021년 5월 현재 RGD에는 15개의 질병 [16][17]포털이 있습니다.

질병 포털은 특정 질병 범주에 대한 RGD의 데이터를 통합하여 단일 페이지 그룹에 표시합니다.유전자, QTL 및 균주가 범주의 모든 질병에 주석을 달고 있으며, 쥐, 인간 및 생쥐의 위치를 게놈 전체에서 확인할 수 있습니다(RGD에서 개발한 게놈 도구의 "Genome Viewer" 참조).포털의 추가 섹션은 질병 범주에 관련된 표현형, 생물학적 과정 및 경로에 대한 데이터를 표시한다.또한 이 카테고리에서 하나 이상의 질병에 대한 모델로 사용되는 쥐 변종, 데이터 분석에 사용할 수 있는 도구 및 질병 카테고리와 관련된 추가 자원에 대한 정보를 사용자에게 제공하기 위한 페이지도 제공됩니다.

패스

RGD의 경로[18][19] 자원에는 경로 항(RGD에서 개발 및 유지되며, 대사 경로뿐만 아니라 질병, 약물, 규제 및 신호 경로를 포함)의 경로[20] 온톨로지뿐만 아니라 선택된 경로의 구성요소와 상호작용에 대한 대화형 다이어그램이 포함된다.다이어그램 페이지에는 경로 유전자 구성원과 추가 요소의 설명, 목록, 경로 구성원 유전자에 대해 작성된 질병 표, 경로 및 표현형 주석, 관련 참조 및 온톨로지 경로 다이어그램이 포함된다.포도당 항상성 또는 유전자 발현 조절과 같은 더 큰 프로세스에 기여하는 관련 경로의 그룹화뿐만 아니라 전체 동물 또는 시스템 수준에서 장기, 조직, 세포 및 분자 경로의 네트워크를 표시하는 생리 경로도가 제시된다.

녹아웃

최근까지 쥐의 직접적이고 구체적인 유전자 조작은 불가능했다.그러나 아연 핑거 뉴클레아제 및 CRISPR 기반 돌연변이 유발 기술과 같은 기술이 부상함에 따라 [21]더 이상 그렇지 않습니다.쥐 유전자 녹아웃 및 다른 종류의 유전자 변형 쥐를 생산하는 그룹에는 MCW의 Human and Molecular Genetics Center가 포함됩니다.RGD는 RGD 페이지 헤더에서 액세스되는 PhysGen Knockout[22] 프로젝트와 MCW 유전자 편집 Rat Resource Center(GERC)[23]에 대한 페이지를 통해 이러한 연구에서 생성된 쥐 변종에 대한 정보에 링크합니다.PhysGenKO 프로젝트와 GERC에 대한 자금은 국립심장폐혈액연구소(NHLBI)에서 조달했다.두 프로젝트의 명시된 목표는 NHLBI의 임무와 관련된 하나 이상의 특정 유전자에 변화가 있는 쥐를 생산하는 것이다.유전자는 쥐 연구자들에 의해 지명되었다.지명은 외부 자문 위원회에 의해 결정되었다.PhysGenKO 프로젝트의 경우, 그룹이 생산한 많은 쥐는 표준화된 높은 처리량 표현형 프로토콜을 사용하여 표현형을 입력했으며, 데이터는 RGD의 PhenoMiner 도구에서 사용할 수 있습니다.

커뮤니티 아웃리치 및 교육

RGD는 이메일 포럼, 뉴스 페이지, 페이스북 페이지, 트위터 계정, 과학 회의 및 컨퍼런스 [24]정기 참석 및 프레젠테이션 등 다양한 방법으로 쥐 연구 커뮤니티에 연락을 취합니다.추가 교육 활동에는 RGD 도구와 데이터 사용 방법을 설명하는 튜토리얼 비디오 제작과 생물의학 온톨로지 및 생물학적(예: 유전자, QTL 및 변형) 명명법과 같은 보다 일반적인 주제에 대한 제작이 포함된다.이 동영상들은 유튜브를 포함한 여러 온라인 동영상 호스팅 사이트에서 볼 수 있다.

자금 조달

RGD는 NIH(National Institute of Health)를 대표하여 국립심장, 폐, 혈액연구소(NHLBI)의 보조금 R01HL6441을 통해 자금을 조달한다.보조금의 주요 조사관은 Mary E에서 이 지도자로 임명된 Anne E. Kwitek 박사입니다.2020년 3월 시모야마 박사멜린다 드와넬 박사님은 공동 [25]연구자입니다

새로운 게놈 조립체

새로운 게놈 쥐 집합체 mRatBN7.2는 웰컴 생거 연구소의 다윈 트리 오브 라이프 프로젝트에 의해 생성되어 게놈 레퍼런스 컨소시엄에 받아들여졌다.mRatBN7.2는 이전의 암컷 BN/NHSdwi의 직계 후손인 수컷 BN/NHSdwi에서 파생되었다.새로운 BN 쥐 레퍼런스 게놈은 PacBio 롱 리드, 10X 링크 리드, Bionano 맵, 아리마 Hi-C 등 다양한 기술을 이용해 만들어졌다.인접성은 사람 또는 마우스 참조 어셈블리와 유사합니다.NCBI의 GenBank와 RefSeq에서 구입할 수 있으며 가까운 [26]시일 내에 RGD에서 1차 조립품이 될 예정이다.

레퍼런스

  1. ^ Smith, Jennifer R.; Hayman, G. Thomas; Wang, Shur-Jen; Laulederkind, Stanley J. F.; Hoffman, Matthew J.; Kaldunski, Mary L.; Tutaj, Monika; Thota, Jyothi; Nalabolu, Harika S.; Ellanki, Santoshi L. R.; Tutaj, Marek A. (2020-01-08). "The Year of the Rat: The Rat Genome Database at 20: a multi-species knowledgebase and analysis platform". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D731–D742. doi:10.1093/nar/gkz1041. ISSN 1362-4962. PMC 7145519. PMID 31713623.
  2. ^ Shimoyama M, De Pons J, Hayman GT, et al. (2015). "The Rat Genome Database 2015: genomic, phenotypic and environmental variations and disease". Nucleic Acids Res. 43 (Database issue): D743–50. doi:10.1093/nar/gku1026. PMC 4383884. PMID 25355511.
  3. ^ Aitman TJ, Critser JK, Cuppen E, et al. (2008). "Progress and prospects in rat genetics: a community view". Nat. Genet. 40 (5): 516–22. doi:10.1038/ng.147. PMID 18443588. S2CID 22522876.
  4. ^ RGD. "About RGD - Rat Genome Database". Rgd.mcw.edu. Retrieved 2013-02-17.
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  7. ^ a b Shimoyama M, Hayman GT, Laulederkind SJ, et al. (2009). "The rat genome database curators: who, what, where, why". PLOS Comput. Biol. 5 (11): e1000582. Bibcode:2009PLSCB...5E0582S. doi:10.1371/journal.pcbi.1000582. PMC 2775909. PMID 19956751.
  8. ^ RGD. "About RGD Ontologies - Rat Genome Database". Rgd.mcw.edu. Retrieved 2015-07-08.
  9. ^ RGD. "Genome Tools - Rat Genome Database". Rgd.mcw.edu. Retrieved 2015-07-08.
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