Nexus 파일
Nexus file| 파일 이름 확장자 | 보통.nex또는.nxs |
|---|---|
| 인터넷 미디어 유형 | 응용 프로그램/옥텟 스트림 |
| 매직 넘버 | '#NEXUS\n' |
| 개발자 | Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP |
| 초기 릴리즈 | 1997년전 |
| 포맷의 종류 | 생물정보학 |
| 오픈 포맷? | 네. |
확장 가능한 NEXUS 파일 형식은 생물 정보학에서 널리 사용됩니다.분류군, 형태학적 및 분자적 문자, 거리, 유전자 코드, 가정, 세트, 나무 [1]등에 대한 정보를 저장합니다.PAUP*,[2] MrBayes,[3] Mesquite,[4] MacClade[5] 및 SplitsTree와[6] 같은 몇 가지 인기 있는 계통학 프로그램에서 이 형식을 사용합니다.
구문
NEXUS 파일은 고정 헤더로 구성됩니다.#NEXUS그 뒤에 여러 블록이 이어집니다.각 블록은 로 시작하여 로 끝납니다.키워드는 대소문자를 구분하지 않습니다.코멘트는 각 괄호 안에 동봉되어 있습니다.[...]를 클릭합니다.[7]
일반적인 데이터 유형에는 몇 가지 미리 정의된 블록 이름이 있습니다.예를 들어 다음과 같습니다.[7]
- TAXA 블록
- TAXA 블록에는 분류에 대한 정보가 포함되어 있습니다.
- 데이터 블록
- DATA 블록에는 데이터 매트릭스(예: 시퀀스 정렬)가 포함됩니다.
- 나무 블록
- TREES 블록에는 Newick 형식을 사용하여 설명된 계통수가 포함되어 있습니다.
((A,B),C);:
다음 예제에서는 위의 3가지 블록유형을 사용합니다.
#NEXUS 시작 TAXA; 치수 ntax=4; TaxLabels SpaceDog SpaceOrc SpaceEf; 끝; 시작 데이터; 치수 nchar=15; 형식 데이터형=포맷 누락=?Gap=- matchchar=.;매트릭스[한 포지션은 "matchchar"는 같은 자리에서 첫번째 엔트리로 같은 것을 뜻한다.]SpaceDog atgctagctagctcg SpaceCat...?...-.a. SpaceOrc...t....-.g.[atgttagctag-tgg로 같은]SpaceElf...t....-.a., 엔드, TREES BEGIN, 나무 Extension노드가 아님=(((SpaceD.og,SpaceCat),SpaceOrc,SpaceElf));END;
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (1997). "NEXUS: An extensible file format for systematic information". Systematic Biology. 46 (4): 590–621. doi:10.1093/sysbio/46.4.590. PMID 11975335.
- ^ PAUP* 2006-09-03년 Wayback Machine에서 아카이브 완료 - Parsimony* 및 기타 방법을 사용한 계통 분석
- ^ 베이즈 씨
- ^ 메스키트:진화적 분석을 위한 모듈식 시스템
- ^ 맥클레이드
- ^ Huson and Bryant, Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies, Mol Biol Evol(2005) 23(2): 254-267.https://doi.org/10.1093/molbev/msj030
- ^ a b 상세 NEXUS 사양
외부 링크
- NEXUS 파일 형식 - 자세한 설명과 많은 예
- NEXUS 형식: 형식과 필드에서의 사용에 대한 적절한 설명
- Nexus에서 PhyloX로ML 변환기
- NeXML
- Nexus-Fasta 컨버터
