엠보스
EMBOSSEMBOSS는 분자생물학 및 생물정보학 사용자 [1]커뮤니티의 요구를 위해 개발된 무료 오픈소스 소프트웨어 분석 패키지입니다.이 소프트웨어는 다양한 형식의 데이터를 자동으로 처리하고 웹에서 시퀀스 데이터를 투명하게 검색할 수도 있습니다.또한 패키지와 함께 광범위한 라이브러리가 제공되므로 다른 과학자들이 진정한 오픈 소스 정신으로 소프트웨어를 개발하고 출시할 수 있는 플랫폼입니다.또한 EMBOSS는 시퀀스 분석을 위해 현재 사용 가능한 다양한 패키지와 도구를 심리스한 전체로 통합합니다.
EMBOSS는 European Molecular Biology Open Software Suite의 약자입니다.이름의 유럽 부분은 더 넓은 범위를 암시한다.핵심 EMBOSS 그룹은 사용자가 필요로 하는 새로운 애플리케이션을 개발하기 위해 다른 많은 그룹과 협업하고 있습니다.이것은 유럽 분자 생물학 네트워크인 EMBnet과 함께 처음부터 이루어졌습니다.EMBnet은 전 세계에 많은 노드를 가지고 있으며, 그 대부분은 국가 생물정보학 서비스입니다.EMBnet은 프로그래밍 전문 지식을 가지고 있습니다.1998년 9월, 제1회 워크샵이 개최되어 EMBS의 30명이 힌스턴에 방문하여 EMBOSS에 대해 배우고 앞으로의 [2]방향에 대해 논의하였다.
EMBOSS 패키지에는 시퀀스 정렬, 시퀀스 패턴을 사용한 신속한 데이터베이스 검색, 단백질 모티브 식별(도메인 분석 포함) 등을 위한 다양한 애플리케이션이 포함되어 있습니다.
AJAX 및 NULLIC 라이브러리는 GNU 라이브러리 일반 공중 사용 허가서에 따라 출시됩니다.EMBOSS 애플리케이션은 GNU General Public [3]License에 따라 출시됩니다.
EMBOSS 응용 프로그램 그룹
| 그룹. | 묘사 |
|---|---|
| ACD | Acd 파일 유틸리티 |
| 얼라인먼트 컨센서스 | 컨센서스를 만들기 |
| 얼라인먼트 | 시퀀스 간의 차이 찾기 |
| 선형 점 그림 | 도트 그림 시퀀스 비교 |
| 글로벌 얼라인먼트 | 글로벌 시퀀스 얼라인먼트 |
| 위치 맞추기 로컬 | 로컬 시퀀스 얼라인먼트 |
| 얼라인먼트 | 다중 시퀀스 얼라인먼트 |
| 표시 | 출판품질 표시 |
| 편집 | 시퀀스 편집 |
| 효소역학 | 효소 동역학 계산 |
| 피처 테이블 | 시퀀스 주석 조작 및 표시 |
| 음. | 숨은 마르코프 모형 분석 |
| 정보 | 사용자를 위한 정보 및 일반 도움말 |
| 메뉴 | 메뉴 인터페이스 |
| 핵 2D 구조 | 핵산 2차 구조 |
| 핵코돈 사용 | 코돈 사용량 분석 |
| 핵성분 | 뉴클레오티드 배열의 조성 |
| 핵CpG 제도 | CpG섬 검출 및 분석 |
| 핵유전자 소견 | 유전자 및 기타 게놈 특징의 예측 |
| 핵 모티브 | 핵산 모티브 검색 |
| 핵변이 | 핵산순서변이 |
| 핵 프라이머 | 프라이머 예측 |
| 핵프로파일 | 핵산 프로파일 생성 및 검색 |
| 핵반복 | 핵산 반복 검출 |
| 핵의 제한 | 뉴클레오티드 배열의 제한 효소 부위 |
| 핵 RNA 폴딩 | RNA 폴딩 방법 및 분석 |
| 핵전사 | 전사 요인, 프로모터 및 터미네이터 예측 |
| 핵번역 | 뉴클레오티드 배열에서 단백질 배열로의 변환 |
| 계통발생적 합의 | 계통학적 합의법 |
| 계통 발생 연속 문자 | 계통발생학적 연속성격법 |
| 계통별 이산 문자 | 계통발생학적 이산특성법 |
| 계통 발생 거리 행렬 | 계통발생학적 거리행렬법 |
| 계통발생유전자빈도 | 계통발생유전자주파수법 |
| 계통발생 분자순서 | 계통발생학적 분자배열법 |
| 계통수 도면 | 계통수 묘화법 |
| 단백질 2D 구조 | 단백질 2차 구조 |
| 단백질 3D 구조 | 단백질 3차 구조 |
| 단백질 조성 | 단백질 배열의 구성 |
| 단백질 모티브 | 단백질 모티브 검색 |
| 단백질 돌연변이 | 단백질 배열 돌연변이 |
| 단백질 프로파일 | 단백질 프로파일 생성 및 검색 |
| 시험 | 테스트 도구(일반용 아님) |
| Utils 데이터베이스 작성 | 데이터베이스 설치 |
| Utils 데이터베이스 인덱싱 | 데이터베이스 인덱싱 |
| 유틸리티 기타 | 유틸리티 툴 |
「 」를 참조해 주세요.
- 오픈 바이오 인포매틱스 재단
- Soaplab - EMBOSS를 포함한 SOAP 웹 서비스 인터페이스
- Genostar - 그래픽 애플리케이션에서의 EMBOSS 도구 통합
레퍼런스
- ^ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). "EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite". Trends in Genetics. 16 (6): 276–277. doi:10.1016/S0168-9525(00)02024-2. PMID 10827456.
- ^ Rice P, Bleasby A (1999). "EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite". Biochemist E-volution. 16 (6): 276–7. doi:10.1016/s0168-9525(00)02024-2. PMID 10827456.
- ^ "1.1. Licence Information".
