BEN 도메인

BEN domain
벤
식별자
기호.벤
팜PF10523
인터프로IPR018379

분자생물학에서 BEN 도메인은 다음을 포함한 다양한 단백질에서 발견되는 단백질 도메인이다.

  • SMAR1(Scaffold/Matrix 부착영역결합단백질 1, BANP라고도 함)은 Cyclin D1 프로모터 Locus에서 HDAC1-mSin3A 공동억제 복합체를 모집함으로써 Cyclin D1 발현을 하향 조절하는 종양억제제 MAR 결합단백질이며, SMAR1은 프로스타그랜드이다.
  • NAC1은 POZ/BTB(Pox 바이러스 및 아연 핑거/Bric-a-bracTramtrack Broad complex)의 신규 멤버이지만, 특징적인 DNA 결합 [3]모티브가 없다는 점에서 이 클래스의 다른 단백질과 다르다.
  • Mod(mdg4) 이소폼 C, Drosophila melanogaster(Fruit fly) 내 mdg4 궤적의 수식어. 여기서 mdg4는 위치효과 다양화, 염색질 경계 확립, 신경경로 발견, 감수성 염색체 쌍 및 [4]아포토시스에 관여하는 크로마틴 단백질을 인코딩한다.Mod(mdg4)의 트랜스플라이싱은 적어도 26개의 트랜스크립트를 생성합니다.
  • 기능을 알 수 없는 단백질인 BEND2는 염색질 변형에 관여할 것으로 예측되며 임상적으로 중추신경계 장애와 관련되어 있다.
  • 바이러스 DNA [5]복제 세포질 부위에서 발견되는 Chordopox 바이러스 비로솜의 E5R 단백질.
  • 폴리드나바이러스의 여러 단백질.

BEN 도메인은 크로마틴의 고차 구조화와 전사 조절에서의 크로마틴 수정 인자의 채용을 위한 어댑터로 기능할 것으로 예상된다.염색질 구성 및 전사 중에 단백질-DNA 및 단백질-단백질 상호작용을 매개하는 것이 제안되었다.또한 Poxviral 초기 비로좀 단백질과 폴리드나바이러스 단백질에서 BEN 도메인의 존재는 복제 또는 전사 중 바이러스 DNA의 구성에 가능한 역할을 시사한다.일반적으로 BTB, C4DM 및 C2H2 [6]핑거와 같은 전사 조절 및 염색질 구조와 관련된 기능을 가진 다른 구상 도메인과 연결됩니다.

이 도메인은 4개의 보존된 나선형 구조를 가진 올 알파 폴드를 형성할 것으로 예측된다.보존 패턴은 여러 보존 잔류물을 밝혀냈으며, 이들 대부분은 소수성 측쇄를 가지고 있으며 나선-나선 [6]패킹을 통해 접힌 부분을 안정화시킬 가능성이 있다.첫 번째 인간 BEN 도메인(BEND3) 구조는 TPR(ERCC6L) 도메인과 함께 해결되며 ERCC6L 전이효소 [7]및 ATPase 활성을 자극한다.

레퍼런스

  1. ^ Rampalli S, Pavithra L, Bhatt A, Kundu TK, Chattopadhyay S (October 2005). "Tumor suppressor SMAR1 mediates cyclin D1 repression by recruitment of the SIN3/histone deacetylase 1 complex". Molecular and Cellular Biology. 25 (19): 8415–29. doi:10.1128/MCB.25.19.8415-8429.2005. PMC 1265755. PMID 16166625.
  2. ^ Pavithra L, Rampalli S, Sinha S, Sreenath K, Pestell RG, Chattopadhyay S (2007). "Stabilization of SMAR1 mRNA by PGA2 involves a stem loop structure in the 5' UTR". Nucleic Acids Research. 35 (18): 6004–16. doi:10.1093/nar/gkm649. PMC 2094063. PMID 17726044.
  3. ^ Mackler S, Pacchioni A, Degnan R, Homan Y, Conti AC, Kalivas P, Blendy JA (February 2008). "Requirement for the POZ/BTB protein NAC1 in acute but not chronic psychomotor stimulant response". Behavioural Brain Research. 187 (1): 48–55. doi:10.1016/j.bbr.2007.08.036. PMC 2248375. PMID 17945361.
  4. ^ Krauss V, Dorn R (April 2004). "Evolution of the trans-splicing Drosophila locus mod(mdg4) in several species of Diptera and Lepidoptera". Gene. 331: 165–76. doi:10.1016/j.gene.2004.02.019. PMID 15094203.
  5. ^ Murcia-Nicolas A, Bolbach G, Blais JC, Beaud G (January 1999). "Identification by mass spectroscopy of three major early proteins associated with virosomes in vaccinia virus-infected cells". Virus Research. 59 (1): 1–12. doi:10.1016/S0168-1702(98)00114-2. PMID 10854161.
  6. ^ a b Abhiman S, Iyer LM, Aravind L (February 2008). "BEN: a novel domain in chromatin factors and DNA viral proteins". Bioinformatics. 24 (4): 458–61. doi:10.1093/bioinformatics/btn007. PMC 2477736. PMID 18203771.
  7. ^ Pitchai, Ganesha P.; Kaulich, Manuel; Bizard, Anna H.; Mesa, Pablo; Yao, Qi; Sarlos, Kata; Streicher, Werner W.; Nigg, Erich A.; Montoya, Guillermo; Hickson, Ian D. (2017-11-02). "A novel TPR–BEN domain interaction mediates PICH–BEND3 association". Nucleic Acids Research. 45 (19): 11413–11424. doi:10.1093/nar/gkx792. PMC 5737856.

추가 정보

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