CRM 도메인
CRM domain| CRS1_YhbY | |||||||||
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 추정 RNA결합단백질인 황색포도상구균으로부터의 가설단백질 sav1595의 용액구조 | |||||||||
| 식별자 | |||||||||
| 기호. | CRS1_YhbY | ||||||||
| 팜 | PF01985 | ||||||||
| 인터프로 | IPR001890 | ||||||||
| 프로 사이트 | PDOC01005 | ||||||||
| SCOP2 | 1jo0/SCOPe/SUPFAM | ||||||||
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분자생물학에서 CRM 도메인은 약 100-아미노산 RNA 결합 도메인이다.CRM(클로로플라스 RNA 스플라이싱 및 리보솜 성숙)이라는 이름은 네 개의 특성화된 패밀리 구성원인 Zea mays CRS1, CAF1, CAF2 단백질과 대장균 단백질 YhbY에 대해 확립된 기능을 반영하기 위해 제안되었다.CRM 도메인을 포함하는 단백질은 에우박테리아, 고세균 및 식물에서 발견된다.CRM 도메인은 고세균과 박테리아, 그리고 식물의 단일 및 다중 도메인 단백질에서 독립형 단백질로 나타난다.원핵생물 CRM 단백질은 고세균과 박테리아가 생기기 전에 리보솜 관련 단백질로 존재했으며, 다양한 단백질 맥락에 통합됨으로써 RNA 결합 모듈로서 식물 계통에 공존했다는 주장이 제기되었다.식물 CRM 도메인은 엽록체뿐만 아니라 미토콘드리아 및 핵/세포질 구획에도 존재할 것으로 예측된다.식물에서 CRM 도메인 패밀리의 다양성은 다양한 RNA [1][2]표적 세트를 암시합니다.
CRM 도메인은 4가닥 베타 시트와 알파 베타 베타 베타 토폴로지를 가진 3개의 알파 나선으로 구성된 콤팩트 알파/베타 도메인이다.베타 시트면은 기본이며 RNA 결합에서의 역할과 일치합니다.기본 베타 시트 면의 근위부에는 핵산 인식에 기여할 수 있는 또 다른 부분이 있습니다.스트랜드 베타1과 나선 알파2를 연결하는 것은 6개의 아미노산 모티브를 가진 루프이며, GxxG 옆면에 큰 지방족 잔류물이 있으며, 그 안에서 1개의 'x'는 전형적으로 염기성 [3]잔류물이다.
대장균 YhbY는 리보솜 조립의 기능을 내포하는 50S 이전의 리보솜 서브유닛과 관련된다.GFP는 옥수수 국부로부터 핵에 이르는 단일 도메인 CRM 단백질과 융합하여 [2]식물에서 유사한 활성이 유지되었을 수 있음을 시사했다.식물 엽록체에 단백질을 함유하는 CRM 도메인은 그룹 I 및 II 인트론 [4]스플라이싱에서 기능하는 것으로 나타났다.격리된 옥수수 CRM 도메인에 대한 시험관내 실험에서 RNA 결합 활성이 있는 것으로 나타났다.이것들과 다른 결과들은 CRM 도메인이 고세균과 박테리아가 생기기 전에 리보솜 기능의 맥락에서 진화했고, 이 기능은 현존하는 원핵생물에서 유지되어 왔으며, 식물 [2]게놈의 진화 동안 RNA 결합 모듈로 기능하기 위해 도메인이 모집되었음을 시사한다.YhbY는 30S [5]리보솜에서 16S rRNA에 결합하는 변환 개시 인자 3(IF3C)의 C 말단 도메인의 접힘과 유사한 접힘을 가진다.
레퍼런스
- ^ Ostheimer GJ, Williams-Carrier R, Belcher S, Osborne E, Gierke J, Barkan A (August 2003). "Group II intron splicing factors derived by diversification of an ancient RNA-binding domain". EMBO J. 22 (15): 3919–29. doi:10.1093/emboj/cdg372. PMC 169045. PMID 12881426.
- ^ a b c Barkan A, Klipcan L, Ostersetzer O, Kawamura T, Asakura Y, Watkins KP (January 2007). "The CRM domain: an RNA binding module derived from an ancient ribosome-associated protein". RNA. 13 (1): 55–64. doi:10.1261/rna.139607. PMC 1705760. PMID 17105995.
- ^ Ostheimer GJ, Barkan A, Matthews BW (November 2002). "Crystal structure of E. coli YhbY: a representative of a novel class of RNA binding proteins". Structure. 10 (11): 1593–601. doi:10.1016/S0969-2126(02)00886-9. PMID 12429100.
- ^ Asakura Y, Barkan A (December 2007). "A CRM domain protein functions dually in group I and group II intron splicing in land plant chloroplasts". Plant Cell. 19 (12): 3864–75. doi:10.1105/tpc.107.055160. PMC 2217638. PMID 18065687.
- ^ Till B, Schmitz-Linneweber C, Williams-Carrier R, Barkan A (September 2001). "CRS1 is a novel group II intron splicing factor that was derived from a domain of ancient origin". RNA. 7 (9): 1227–38. doi:10.1017/S1355838201010445. PMC 1370168. PMID 11565746.
