남부 이웃들, 특히 야우나와 타니무카 인디언들과의 폭력적인 과거에 대한 언급들을 제외하고, 마쿠나의 초기 역사에 대해서는 거의 알려져 있지 않다. 그들의 첫 언급은 18세기의 포르투갈어 계정에 있다; 19세기 후반에 콜롬비아 아마존에서 고무에 대한 상업적 착취가 시작되면서 외부인과의 접촉이 더 빈번하게 발생했고, 부정적인 영향도 있었다. 1940년대까지 지속된 상황인 고무 후원자들을 위해 남자들은 강제로 끌려갔다. 적어도 18세기 이후 선교사들과의 간헐적인 접촉이 존재하긴 했지만, 1960년대에 이 지역에 최초의 가톨릭 선교사가 설립되었다.
1970년대 후반과 1980년대 초반에 불법 무역을 위한 코카 잎이 증가하면서 이 지역에 새로운 붐을 일으켰고, 이것은 이 지역에 설립된 백인 후원자들을 위해 일하는 원주민들에게 상당한 양의 무역 상품과 돈을 가져다 주었다. 1980년대 중반에 이르러 코카 잎의 생산은 시작과 마찬가지로 갑작스럽게 끝났지만, 마쿠나 영토에서 불과 며칠 떨어진 타라이라 강을 따라 금이 발견된 직후였다. 수천 명의 백금 광부들이 마쿠나 땅을 통해 이 지역으로 들어왔는데, 이 상황은 마쿠나가 새로운 무역 상품과 돈의 원천으로 사용했던 것이다. 게다가, 이 그룹의 많은 젊은이들은 금밭을 몇 주 또는 몇 달 동안 찾아다니며 그들 스스로 또는 백인 후원자의 임시 고용 하에 금을 찾는다.
그럼에도 불구하고 마쿠나는 본질적으로 산림의 경작, 사냥, 어업, 채집 등에 의존하고 있다. 주식은 마니오카지만 식물, 고구마, 바나나, 사탕수수 등도 재배된다. 고기는 파카, 타피르, 페커리, 큰 새, 원숭이, 카이만과 같은 게임에서 나온다. 모피 무역, 특히 재규어, 오셀로, 수달의 가죽은 1970년대에 금지되기 전까지 마쿠나 경제에 중요한 역할을 했다.
1990년대에 콜롬비아 정부는 대부분의 마쿠나 땅을 포함하는 두 개의 인디언 보호지역을 만들었고, 이것은 그들에게 그들의 영토에 대한 강화된 통제권을 제공했다.
