알크비

AlkB

알크비 단백질은 대장균에서 발견되는 단백질로 적응반응 중 유도되며 알킬화손상의 직접적인 반전에 관여한다.[1][2]알크B는 특히 S2형N 화학 물질로 인한 단일 좌초(SS) DNA에 대한 알킬화 손상을 제거한다.[3]1-메틸 아데닌, SSDNA의 3-메틸사이토신에서 메틸군을 효율적으로 제거한다.[1][4]알크B는 알파-케토글루타레이트 의존성 히드록실라아제, 슈퍼패밀리의 철분 함유 단백질이다.그것은 산화적으로 DNA 기질을 제거한다.[1][4]알크B에 의한 데메틸화는 CO2, 항복, 포름알데히드 방출과 동반된다.[4]

인간 호몰로지

알크비에는 9개의 인간 호몰로가 있다.[1]다음 구성 요소:

대장균 알크비와 마찬가지로 ABH3는 SS DNA와 RNA에[1] 특유한 반면, ABH2는 이중 가닥 DNA에서 손상 친화력이 더 높다.[5]

ALKBH8에는 RNA 인식 모티브, 메틸전달효소 영역, 알크B와 같은 영역이 있다.메틸전달효소 영역은 전구체 5-카르복시메틸루리딘(cm5U)에서 흔들리는 뉴클레오사이드 5-메톡시카르보니엘메틸루리딘(mcm5U)을 생성한다.알크비 유사 도메인은 글리-tRNA-UCC에서 (S)-5-메톡시카르보닐하이드록시메틸루리딘(mchm5U)을 생성한다.[6][7]

인간의 비만과 관련이 있는 FTO는 RNA 데메틸아제(RNA demethylase)가 최초로 확인된 것이다.그것은 mRNA에서 N-메틸아데노신을6 데메틸화한다.[8]

알칸B 또는 알칸 하이드록실라아제라고 불리는 또 다른 매우 다른 단백질도 있다.알칸을 탄소원으로 활용할 수 있는 에어로빅 박테리아에서 알칸의 히드록실화를 촉진하는 비헴 디아이론 단백질의 촉매 소단위다.

기능들

알크B는 이후 Sedgwick, Lindahl, Seeberg, Palnes에 의해 처음 발견된 이후로 기판 범위가 계속 확장되고 있는 것으로 나타났다.양전하 1메틸 아데닌과 3메틸 시토신에서 알킬화 손상을 제거할 뿐만 아니라 1메틸 구아닌과 3메틸 티민이라는 중성 베이스에서도 제거한다.[9]알크B는 DNA복제를 막는 DNA손상 중 하나를 DNA중합효소가 쉽게 통과할 수 있는 다른 형태의 손상으로 전환한 첫 사례로 나타났다.이것은 주기적인 병변 에다노아데닌(에테노아데닌과 혼동하지 않는 것...)에 대해 관찰되었다.알크B에 의한 히드록실화 시 N-아세트알데히드6 병변을 공급하여 '아데닌' 수소결합면을 제공한다.[10]알크B가 히드록실화 메커니즘을 통해 제거했던 이전의 유형의 알킬화 손상과는 대조적으로 알크B는 디올에 가수분해된 에테노아데닌의 이중 결합을 에폭시화하여 궁극적으로 다이얼알데히드 글리옥살로 방출되어 DNA에서 손상되지 않은 아데닌을 회복시키는 것으로 나타났다.[11]

참조

  1. ^ a b c d e 에롤 C.프리드버그, 그레이엄 c.워커, 울프람 시데, 리처드 D. 우드, 로저 A. 슐츠, 톰 엘렌버거, DNA 수리 및 무타게네시스, 제2판, ASM 프레스, ISBN1-55581-319-4
  2. ^ Yu, Bomina; Hunt, John F. (25 August 2009). "Enzymological and structural studies of the mechanism of promiscuous substrate recognition by the oxidative DNA repair enzyme AlkB". Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 106 (34): 14315–14320. Bibcode:2009PNAS..10614315Y. doi:10.1073/pnas.0812938106. PMC 2725012. PMID 19706517.
  3. ^ Dinglay; et al. (2000). "Defective processing of methylated single-stranded DNA by E. coli alkB mutants". Genes Dev. 14 (16): 2097–2105. doi:10.1101/gad.14.16.2097. PMC 316854. PMID 10950872.
  4. ^ a b c Trewick; et al. (2002). "Oxidative demethylation by E. coli alkB directly reverts DNA base damage". Nature. 419 (6903): 174–178. doi:10.1038/nature00908. PMID 12226667. S2CID 4324333.
  5. ^ Jeanette Ringvoll; et al. (2006). "Repair deficient mice reveal mABH2 as the primary oxidative demethylase for repairing 1meA and 3meC lesions in DNA". The EMBO Journal. 25 (10): 2189–2198. doi:10.1038/sj.emboj.7601109. PMC 1462979. PMID 16642038.
  6. ^ Fu, Y; Dai, Q; Zhang, W; Ren, J; Pan, T; He, C (Nov 15, 2010). "The AlkB domain of mammalian ABH8 catalyzes hydroxylation of 5-methoxycarbonylmethyluridine at the wobble position of tRNA". Angewandte Chemie International Edition in English. 49 (47): 8885–8. doi:10.1002/anie.201001242. PMC 3134247. PMID 20583019.
  7. ^ van den Born, Erwin; Vågbø, Cathrine B.; Songe-Møller, Lene; Leihne, Vibeke; Lien, Guro F.; Leszczynska, Grazyna; Malkiewicz, Andrzej; Krokan, Hans E.; Kirpekar, Finn; Klungland, Arne; Falnes, Pål Ø. (1 February 2011). "ALKBH8-mediated formation of a novel diastereomeric pair of wobble nucleosides in mammalian tRNA". Nature Communications. 2: 172. Bibcode:2011NatCo...2..172V. doi:10.1038/ncomms1173. PMID 21285950.
  8. ^ Jia, Guifang; Fu, Ye; Zhao, Xu; Dai, Qing; Zheng, Guanqun; Yang, Ying; Yi, Chengqi; Lindahl, Tomas; Pan, Tao; Yang, Yun-Gui; He, Chuan (16 October 2011). "N6-Methyladenosine in nuclear RNA is a major substrate of the obesity-associated FTO". Nature Chemical Biology. 7 (12): 885–887. doi:10.1038/nchembio.687. PMC 3218240. PMID 22002720.
  9. ^ Delaney; et al. (2004). "Mutagenesis, genotoxicity, and repair of 1-methyladenine, 3-alkylcytosines, 1-methylguanine, and 3-methylthymine in alkB Escherichia coli". PNAS. 101 (39): 14051–14056. Bibcode:2004PNAS..10114051D. doi:10.1073/pnas.0403489101. PMC 521119. PMID 15381779.
  10. ^ Frick; et al. (2007). "Alleviation of 1,N6-ethanoadenine genotoxicity by the Escherichia coli adaptive response protein AlkB". PNAS. 104 (3): 755–760. Bibcode:2007PNAS..104..755F. doi:10.1073/pnas.0607377104. PMC 1783386. PMID 17213319.
  11. ^ Delaney; et al. (2005). "AlkB reverses etheno DNA lesions caused by lipid oxidation in vitro and in vivo". Nat. Struct. Mol. Biol. 12 (10): 855–860. doi:10.1038/nsmb996. PMID 16200073. S2CID 23235920.

외부 링크