SBK3

SBK3
SBK3
식별자
에일리어스SBK3, SGK110, SH3 도메인 결합인산화효소 패밀리 3
외부 IDMGI: 2685924 HomoloGene: 82595 GeneCard: SBK3
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

100130827

381835

앙상블

ENSG00000231274

ENSMUSG000085272

유니프로트

P0C264

P0C5K0

RefSeq(mRNA)

NM_001199824

NM_001200041

RefSeq(단백질)

NP_001186753

NP_001186970

장소(UCSC)Chr 19: 55.54 ~55.55 MbChr 7: 4.97 ~4.97 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

SH3 도메인 결합 키나제 패밀리 멤버 3은 SBK3 [5]유전자(SGK110으로도 알려져 있음)에 의해 인간에서 암호화되는 효소이다.SBK3는 세린/트레오닌 단백질 키나제 계열의 [6]구성원이다.SBK3 단백질은 전달효소 활성, 특히 포스포전달효소 활성 및 티로신인산화효소 [7]활성을 보이는 것으로 알려져 있다.포유동물 유기체 전체에 잘 보존되어 있으며 SBK1과 [8]SBK2의 두 가지 병리작용을 한다.

진

SBK3는 인간의 염색체 19의 마이너스 가닥인 19q13.[9]42에서 발견된다.기준 등소형은 4,985개의 염기로 구성되어 있다.인근 유전자는 SBK3에 대한 패럴로그인 SBK2와 SSC5D, ZNF579 [10]및 FIZ1을 포함한다.

Transcripts

SBK3에는 5개의 exon이 있지만 [11]최종 mRNA 성명에 포함되는 것은 4개뿐입니다.SBK3는 일반적인 성문 외부에 하나의 등화 형태를 가지고 있는 것으로 밝혀졌다.참조 Isoform은 exon 2를 포함하지 않으며, isoform X1은 exon [12]1을 포함하지 않는다.

성적표 등록 번호 단백질 길이
언급 NM_001199824 359 aa
Isoform X1 XM_011526298 384 aa

단백질

일반 속성

SBK3의 기준 단백질은 예측 분자량이 38.5kDa이고 등전점이 4.71pI이다.[13]SBK3는 대부분의 단백질보다 프롤린 아미노산의 존재가 유의미하게 높으며, 이는 잔류물 189-278에 [14]걸쳐 있는 프롤린이 풍부한 조성 편중과 일치한다.SBK3에서 이 프롤린이 풍부한 영역의 정확한 기능은 아직 결정되지 않았지만, 이전 연구에 따르면 SH3 도메인이 SBK3에 [15]결합하는 영역입니다.

프라이머리 시퀀스

앞에서 설명한 바와 같이 SBK3의 기준 단백질은 359개의 아미노산으로 구성되어 있다.SBK3가 SBK3 단백질로 변환되어 발생하는 폴리펩타이드 사슬은 다음과 같습니다.정지 [16]코돈보다 하류에 622개의 염기가 있는 비표준 폴리아데닐화 신호 'TATAAA'를 구한다.

SBK3 기준 단백질의 개념적 번역.맞춤법 전반에 걸쳐 고도로 보존된 아미노산은 굵은 글씨로 표시된다.주석은 폴리펩타이드 배열, exon-exon 접합, 전사/번역 요소 위치, 도메인, 모티브 및 번역 후 수정을 강조한다.

도메인

SBK3는 단백질 키나제 슈퍼패밀리에 [17]특이적으로 큰 보존 촉매 도메인을 가지고 있다.SBK3의 패럴로그인 SBK1에서 발견된 19개의 ATP 결합 부위는 모두 SBK3에 보존된다.티로신 모티브는 SBK3(잔류 44-233)에 존재하며 보존된 단백질 키나제 슈퍼패밀리 도메인(잔류 49-208)[18]과 겹치는 것으로 밝혀졌다.SBK3의 활성 부위(ACT)는 잔류물 159-171에 [19]걸쳐 있을 것으로 예측된다.교차 프로그램 분석 결과 잔류물 224~[20][21][22][23][24][25][26]240에 거의 걸쳐 있는 예측 막간 도메인(TMD)이 밝혀졌다.스모 대화 모티브(SIM)는 잔류물 298~302에 걸쳐 [27]있을 것으로 예측된다.

Domains
SBK3의 예측 도메인, 모티브 및 번역 후 수정 내용 그림.
TMD
Protter를 통해 생성된 [28]SBK3의 예상 막 통과 도메인을 시각적으로 묘사합니다.

이차 구조

SBK3의 2차 구조에 대한 교차 프로그램 분석 결과.알파 나선은 빨간색이고 베타 시트는 파란색입니다.

교차 프로그램 분석에서는 SBK3의 2차 구조가 8개의 알파 헬리크와 2개의 베타 [29][30][31][32][33]시트로 구성될 것으로 예측했습니다.

I-TASSER를 통해 작성된 SBK3의 예측된 제3차 구조.

3차 구조

SBK3의 예측된 3차 구조는 알파 헬리크가 많고 베타 시트가 적어서 이전의 2차 구조 [34]예측과 일치한다.구조적 유사성을 식별하기 위해 상동성 단백질을 분석하였다.PHYRE2에 따르면 SBK3의 배열은 상류 NF-δB 신호 전달 [35]캐스케이드에 관여하는 IbB 키나제(쿼리 커버 73%, 동일 24%)의 α 서브유닛의 F사슬과 유사하다.SWISS-MODEL에 따르면 SBK3의 배열은 마이트젠 활성 단백질인산화효소 8(MAPK8)[36]과 30% 유사하다.

배위자 결합

1JC 배위자는 SBK3 단백질(97% 신뢰)[37]과 상호작용할 것으로 예측된다.이 배위자는 간세포 성장인자 [38]수용체라고 불리는 수용체 티로신 키나제에 결합하기 위해 기능적으로 주석을 달았다.

규정

유전자 수준 조절

Enhancer가 전사를 시작했습니다.

SBK3의 프로모터와 관련 인핸서의 위치는 염색체 19에서 발견된 염기서열이 겹치기 때문에 시작된 전사의 개념과 일치한다.최근의 연구에 따르면 인핸서는 때때로 전사를 시작할 수 있지만, 인핸서에 의한 전사 시작의 기능적 역할은 아직 [39]정의되지 않았다.

요소 식별자 시작 장소 정지 장소 길이
주최자 GXP_8988905 55544824 55546120 1296 bp
인핸서 GH19J05544 55544907 55551056 6149 bp

조직발현상

전반적으로 SBK3는 인간 평균 [40]유전자의 4.6%밖에 발현되지 않아 발현이 낮다.SBK3의 가장 높은 발현 수준은 사람의 심장 근육 조직에 있지만 골격 근육 [41][42]조직에도 발현되는 것으로 밝혀졌다.인간의 태아가 발달하는 동안, 발현이 폐 내에서 가장 높은 17주입니다.[43]생쥐에서 SBK3는 주로 성인의 심장조직에서 편향된 발현을 갖는 것으로 주석을 달았고, 이어서 성인의 폐조직이 [44]그 뒤를 이었다.그러나 마우스 배아에서는 편향된 [45]표현의 증거가 없다.돼지 뇌에서 망막은 SBK3 발현 수치가 가장 [46]높은 것으로 나타났다.

조건식

새로운 조건부 네블린 녹아웃 마우스 모델은 사두근과 솔러스 [47]근육의 SBK3 발현 증가를 나타냈다.이 연구에서 쥐들은 골격근의 높은 성운 수치를 가지고 태어났지만 생후 몇 주 이내에 성운의 발현이 급격히 떨어졌다.이 연구는 성인까지 생존한 녹아웃 생쥐가 산화형으로의 섬유형 전환을 경험하는 것을 관찰했다.그 결과, SBK3 발현이 분무 조건부 녹아웃 생쥐의 사두근과 발바닥근에서 증가하는 것이 확인되었다.

전사 수준 규제

miRNA 타겟팅

3인치로UTR, SBK3는 hsa-miR-637, hsa-miR-6077, hsa-miR-6760-5p 및 hsa-miR-1291의 [48]4개의 miRNA에 의해 타깃이 될 것으로 예상됩니다.4개의 miRNA는 모두 영장류 전체에 보존되며 3'[49] UTR 내에서 발견된 줄기세포 구조에 결합하는 것으로 확인된다.

단백질 농도 조절

번역 후 수정

SBK3가 인산화, O-GlcNAc, SMOylation 및 C-만노실화를 겪을 것으로 예상되는 위치를 나타내는 화상.

SBK3는 다양한 세린,[50] 트레오닌 및 티로신 잔기에 29개의 제안된 인산화 부위를 가지고 있다.O-GlcNAc는 트레오닌 5개와 세린 [51]1개에서 발생할 것으로 예측된다.SMOylation은 K165와 K347의 두 가지 리신 잔기에서 발생할 것으로 예상되었으며, 잔류물 298-302 [52]사이에서 SMO-상호작용 모티브가 발견되었다.또한 SBK3는 단일 트립토판 잔기에서 C-만노실화를 겪을 것으로 예측된다.258원[53]

세포내 현지화

항체의 사용을 통해 SBK3는 미토콘드리아에 [54]국재하는 것이 관찰되었다.PSORT의 k-NN 예측은 SBK3가 미토콘드리아에 국재할 가능성이 39.1%, 세포질에 [55]국재할 가능성이 21.7%로 결정되었다.라인하르트법은 SBK3의 세포질별 국재화를 [56]89의 신뢰성 점수로 예측했다.SBK3에서 [57]신호 펩타이드가 발견되지 않았습니다.세포 내 SBK3의 행동을 더 자세히 분석하여 세포 내 위치 파악을 완전히 이해해야 합니다.

호몰로지/진화

패럴로그

앞서 설명한 바와 같이 SBK3에는 SBK1과 SBK2의 [58]2개의 패럴로그가 있습니다.

진 등록 번호 시퀀스 아이덴티티(%)
SBK1 NP_001019572.1 41.98
SBK2 NP_001357025.1 38.87

맞춤법

총 141개의 유기체가 SBK3 유전자를 가진 정형외과 동물로 모두 턱이 있는 척추동물이다.141마리의 정형외과 동물 중 121마리는 포유동물이다.SBK3는 [59]양서류에서는 발견되지 않습니다.

종. 공통명 등록 번호 길이 시퀀스 아이덴티티(%) 시퀀스 유사도(%) 분기일
호모 사피엔스 인간 NP_001186753.1 359 aa 100 100 0MYA
마카카물라타 레수스 몽키 XP_014980441.2 358 aa 96.7 98.6 29.44 MYA
고페루스 에브구데이 거북이 XP_030400222 387 aa 45.5 58.5 312MYA
하리아에투스백두증 흰머리 독수리 XP_010568394 353 aa 42.5 54.7 312MYA
카로린쿠스밀리 고스트샤크 XP_00787001 383 aa 31.2 43.6 473 MYA

계통발생학

SBK3는 약 400년 전 연골어류에서, 조류와 파충류는 약 3억 년 전, 비선명 포유류는 약 9천만 년 전에서 분리되었습니다.영장류와의 차이는 약 900만년 [60]전에 마지막으로 발생했다.

기능.

SBK3는 고립된 칼슘 [61]이온의 방출 조절에 의해 육종 조직, 근육 이완 조절, 심근 근섬유 조립 및 심근 수축 조절에 통계적으로 관여할 것으로 예측된다.그러나 SBK3의 기능은 과학계에서 아직 잘 이해되지 않았다.

상호작용단백질

전사율 바인딩 사이트

SBK3의 프로모터 영역을 분석하여 매트릭스 유사성 점수가 높고, 전사 시작 부위(TSS)에 근접하며, 영장류 전체에 걸쳐 높은 보존성을 가지며, TATA 결합 단백질(TBP)인 예측 전사 인자 결합 부위(TFBS)를 식별하였다.관심 있는 보존 매트릭스 패밀리에는 KLFS와 포유류 전사 억제제(RBPF)가 모두 심장 분화와 기능과 [62][63][64]관련이 있기 때문에 포함된다.

높은 매트릭스 유사성 점수, TSS 근접성, 영장류 전체의 높은 보존 및/또는 TBP를 가진 SBK3 프로모터에 대한 예측 TFBS.

단백질-단백질 상호작용

STRING에 따르면 SBK3는 FAM86B1, TBCK, POMK, DNPEP, TEX14, PKDCC 및 TM6SF1과 [65]대화합니다.이 단백질들 중 다수는 키나아제 활성의 한 형태와 연관되어 있다.Mentha에 따르면 SBK3는 SMAD3, MBD3L2, Q494R0, SNRNP35, A8과 상호 작용합니다.MTQ0, AIMP2, DMAP1, EXOSC2, TNNT1, GATAD2B 및 Q8WUT1.[66] SMAD3는 SMAD의 수용체 조절 서브타입으로 SBK3에서 높은 매트릭스성 TFBS를 갖는 것으로 나타났다.

Mentha
SBK3에 대한 Mentha의 예측 단백질-단백질 상호작용(P0C264).
STRING
SBK3에 대한 STRING의 예측 단백질-단백질 상호작용.

임상적 의의

SBK3는 지혈 및 신호 전달 [67]경로에서 농축된 것으로 나타났다.또한 GWAS 연구는 SBK3와 지정되지 않은 정신, 인지 및 행동 [68]특성 사이의 유의한 연관성을 강조했다.낭창 신장 생체검사에서 SBK3는 CD3 [69]및 CD4 T세포 수용체의 발현과 음의 상관관계가 있는 것으로 나타났다.원발성 종양과 신장으로부터의 전이성 종양을 비교한 연구에서, 이 유전자는 전이성 [70]종양의 발현을 최소 2배 증가시키는 것으로 밝혀졌다.약리학적 프로파일링 연구는 SBK3가 류마티스 관절염과 면역 혈소판 감소성 [71]자반증에 대한 고아 약물인 포스터마닙의 억제제임을 확인했다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000231274 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000085272 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "SBK3 Gene". Gene Cards.
  6. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI.
  7. ^ "SBK3 Gene". Gene Cards. Retrieved 27 April 2020.
  8. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI. Retrieved 27 April 2020.
  9. ^ "SBK3 Gene". Gene Cards. Retrieved 27 April 2020.
  10. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI.
  11. ^ "SBK3 Gene". Gene Cards.
  12. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI.
  13. ^ "Compute pI/Mw". ExPASy.
  14. ^ "SAPS". EMBL-EBI.
  15. ^ Pollard T, Earnshaw W, Lippincott-Schwartz J, Johnson G (30 November 2016). Cell Biology (3rd ed.). Elsevier.
  16. ^ Kalkatawi M, Rangkuti F, Schramm M, Jankovic BR, Kamau A, Chowdhary R, et al. (June 2013). "Dragon PolyA Spotter: predictor of poly(A) motifs within human genomic DNA sequences". Bioinformatics. 29 (11): 1484. doi:10.1093/bioinformatics/btt161. PMID 23616439.
  17. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI.
  18. ^ "MOTIF Search". MOTIF Search.
  19. ^ "Motif Scan". Motif Scan. ExPASy.
  20. ^ "Phobius". Phobius.
  21. ^ "Prediction of Transmembrane Regions and Orientation". TMpred. ExPASy.
  22. ^ "Phyre2". Phyre2.
  23. ^ "PSIPRED". PSIPRED. UCL Department of Computer Science: Bioinformatics Group.
  24. ^ "Protein Subcellular Localization Prediction Tool". PSORT. GenScript.
  25. ^ Mitaku S, Hirokawa T. "SOSUI". SOSUI.
  26. ^ Jones D. "SACS MEMSAT2 Transmembrane Prediction Page". SACS MEMSTAT2.
  27. ^ "Prediction of SUMOylation Sites & SUMO-binding Motifs". GPS-SUMO. GPS.
  28. ^ "Protter". Protter.
  29. ^ "Phyre2". Phyre2.
  30. ^ "Prabi". Prabi.
  31. ^ Ashok, Kumar. "Chou and Fasman Secondary Structure Prediction server". CFSSP.
  32. ^ "Jpred4". Jpred4.
  33. ^ "Ali2D". MPI Bioinformatics Toolkit.
  34. ^ "I-TASSER". I-TASSER. Zhang Lab. Retrieved 21 April 2020.
  35. ^ "Phyre2". Phyre2.
  36. ^ "SWISS-MODEL". SWISS-MODEL. ExPASy.
  37. ^ "I-TASSER". I-TASSER. Zhang Lab. Retrieved 21 April 2020.
  38. ^ "BioLip". Ligand-Protein Binding Database. Zhang Lab.
  39. ^ Tippens ND, Vihervaara A, Lis JT (January 2018). "Enhancer transcription: what, where, when, and why?". Genes & Development. 32 (1): 1–3. doi:10.1101/gad.311605.118. PMC 5828389. PMID 29440223.
  40. ^ "LOC100130827". AceView. NCBI.
  41. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI. Retrieved 27 April 2020.
  42. ^ "Cell Atlas". The Human Protein Atlas.
  43. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI.
  44. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI.
  45. ^ "Gene Paint". Gene Paint.
  46. ^ "Cell Atlas". The Human Protein Atlas.
  47. ^ Li F, Buck D, De Winter J, Kolb J, Meng H, Birch C, et al. (September 2015). "Nebulin deficiency in adult muscle causes sarcomere defects and muscle-type-dependent changes in trophicity: novel insights in nemaline myopathy". Human Molecular Genetics. 24 (18): 5219–33. doi:10.1093/hmg/ddv243. PMC 4550825. PMID 26123491.
  48. ^ "miRDB". miRDB.
  49. ^ "unafold". unafold.
  50. ^ "NetPhos 3.1 Server". NetPhos 3.1 Server. DTU Bioinformatics.
  51. ^ "YinOYang 1.2 Server". YinOYang 1.2 Server. DTU Bioinformatics.
  52. ^ "Prediction of SUMOylation Sites & SUMO-binding Motifs". GPS-SUMO. GPS.
  53. ^ "NetCGlyc 1.0 Server". NetCGlyc 1.0 Server. DTU Bioinformatics.
  54. ^ "Cell Atlas". The Human Protein Atlas.
  55. ^ "PSORT II Prediction". PSORT II Prediction.
  56. ^ "PSORT II Prediction".
  57. ^ "Phobius". Phobius.
  58. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI. Retrieved 27 April 2020.
  59. ^ "SBK3". NCBI Gene. NCBI. Retrieved 27 April 2020.
  60. ^ "TimeTree". TimeTree.
  61. ^ "SBK3". ARCHS4. Retrieved 27 April 2020.
  62. ^ "ElDorado". Genomatix. Retrieved 27 March 2020.
  63. ^ Pollak NM, Hoffman M, Goldberg IJ, Drosatos K (February 2018). "Krüppel-like factors: Crippling and un-crippling metabolic pathways". JACC. Basic to Translational Science. 3 (1): 132–156. doi:10.1016/j.jacbts.2017.09.001. PMC 5985828. PMID 29876529.
  64. ^ Desjardins CA, Naya FJ (June 2017). "Antagonistic regulation of cell-cycle and differentiation gene programs in neonatal cardiomyocytes by homologous MEF2 transcription factors". The Journal of Biological Chemistry. 292 (25): 10613–10629. doi:10.1074/jbc.M117.776153. PMC 5481567. PMID 28473466.
  65. ^ "STRING". STRING.
  66. ^ "Mentha". Mentha.
  67. ^ Wetherill L, Lai D, Johnson EC, Anokhin A, Bauer L, Bucholz KK, et al. (July 2019). "Genome-wide association study identifies loci associated with liability to alcohol and drug dependence that is associated with variability in reward-related ventral striatum activity in African- and European-Americans". Genes, Brain, and Behavior. 18 (6): e12580. doi:10.1111/gbb.12580. PMC 6726116. PMID 31099175.
  68. ^ Wetherill, L., Lai, D., Johnson, E. C., Anokhin, A., Bauer, L., Bucholz, K. K., ... & Kramer, J.(2019).게놈 전체 연관성 연구는 아프리카와 유럽계 미국인의 보상과 관련된 복부 선조체 활동의 가변성과 관련된 알코올 및 약물 의존성과 관련된 위치를 식별한다.유전자, 뇌, 행동, 18(6), e12580.
  69. ^ Pamfil C, Makowska Z, De Groof A, Tilman G, Babaei S, Galant C, et al. (December 2018). "Intrarenal activation of adaptive immune effectors is associated with tubular damage and impaired renal function in lupus nephritis". Annals of the Rheumatic Diseases. 77 (12): 1782–1789. doi:10.1136/annrheumdis-2018-213485. PMC 6241616. PMID 30065042.
  70. ^ Zhao, Amy; Guru, Arjun; Guru, Sonpavde; Yang, Eddy; Li, Yufeng (2015). "Gene expression in primary and metastatic kidney cancer to discover drivers of metastasis and targets for drug development". Journal for Immunotherapy of Cancer. 3. doi:10.1186/2051-1426-3-S2-P215. PMC 4649392.
  71. ^ Rolf MG, Curwen JO, Veldman-Jones M, Eberlein C, Wang J, Harmer A, et al. (October 2015). "In vitro pharmacological profiling of R406 identifies molecular targets underlying the clinical effects of fostamatinib". Pharmacology Research & Perspectives. 3 (5): e00175. doi:10.1002/prp2.175. PMC 4618646. PMID 26516587.