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묘사상호작용 유전자/단백질 검색 도구
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연구소학술 컨소시엄
주요 인용문PMID 30476243
접근
웹 사이트STRING 웹사이트
다운로드 URLurl
웹 서비스 URL쉬다
여러가지 종류의
버전11.0b (2020년 10월)

분자생물학에서 STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)는 알려진 단백질-단백질 상호작용의 생물학적 데이터베이스이자 웹 자원이다.[1][2][3][4][5][6]

STRING 데이터베이스에는 실험 데이터, 계산 예측 방법 및 공용 텍스트 수집을 포함한 다양한 소스 정보가 포함되어 있습니다.자유롭게 접근할 수 있으며 정기적으로 갱신됩니다.이 자원은 또한 GO, Pfam 및 KEGG와 같은 여러 기능 분류 시스템을 사용하여 사용자가 제공한 단백질 목록에서 기능적 농도를 강조하는 역할을 한다.최신 버전 11b는 5000개 이상의 유기체로부터 약 2450만 개의 단백질에 대한 정보를 포함하고 있다.STRING은 CPR, EMBL, KU, SIB, TUD 및 UZH를 포함한 학술 기관의 컨소시엄에 의해 개발되었습니다.

사용.

단백질-단백질 상호작용 네트워크는 세포 프로세스를 시스템 차원에서 이해하는 데 중요한 요소입니다.이러한 네트워크는 기능성 유전체 데이터를 필터링 및 평가하고 단백질의 구조적, 기능적 및 진화적 특성에 주석을 달기 위한 직관적인 플랫폼을 제공하기 위해 사용될 수 있다.예측된 상호작용 네트워크를 탐색하는 것은 미래의 실험 연구를 위한 새로운 방향을 제안하고 효율적인 상호작용 [7]매핑을 위한 이종 간 예측을 제공할 수 있다.

STRING에 의해 시각화된 단백질-단백질 상호작용 네트워크. 이 관점에서 가장자리의 색채포화도는 기능적 연관성의 신뢰 점수를 나타낸다.

특징들

데이터는 가중치가 부여되고 통합되며 모든 단백질 교호작용에 대한 신뢰 점수가 계산됩니다.다양한 계산 예측의 결과는 다른 지정된 보기에서 검사할 수 있습니다.STRING에는 단백질 모드와 COG 모드의 두 가지 모드가 있습니다.예측된 상호작용은 정형학 추론에 의해 상호작용이 기술된 다른 유기체의 단백질로 전파된다.웹 인터페이스는 데이터에 액세스하고 단백질과 그 상호작용에 대한 빠른 개요를 제공하기 위해 사용할 수 있습니다.STRING 데이터를 사용하는 cytoscape용 플러그인을 사용할 수 있습니다.데이터 STRING에 액세스하는 또 다른 방법은 요청을 포함하는 URL을 생성하여 Application Programming Interface(API; 응용 프로그램프로그래밍 인터페이스)를 사용하는 것입니다.

데이터 소스

단백질 관련 지식을 저장하는 다른 많은 데이터베이스와 마찬가지로 STRING은 문헌 큐레이션을 통해 실험적으로 도출된 단백질-단백질 상호작용으로부터 데이터를 가져온다.또한 STRING은 (i) 과학 텍스트 마이닝, (ii) 게놈 특징에서 계산된 상호작용, (ii) 정형학에 기초한 모델 유기체로부터 전달된 상호작용으로부터 계산적으로 예측된 상호작용을 저장한다.[8]

예측 또는 Import된 모든 상호작용은 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genetomes)가 주석으로 기술한 기능적 파트너십에 대한 공통 참조와 비교하여 벤치마킹됩니다.

가져온 데이터

STRING은 물리적 상호작용 데이터베이스와 큐레이션된 생물학적 경로 지식의 데이터베이스에서 단백질 연결 지식을 가져온다(MINT, HPRD, BIND, DIP, BioGRID, KEG, Reactome, IntAct, EcoCyc, NCI-Nature Path Interaction Database, GO). 실험 데이터의 저장소로 연결되는 링크는 각각 제공된다.esources.

텍스트 마이닝

대량의 과학 텍스트(SGD, OMIM, FlyBase, PubMed)를 해석하여 통계적으로 관련된 유전자 이름의 공존을 검색한다.

예측 데이터

  • 인접 지역:다른 종에서 유사한 게놈 맥락은 단백질의 유사한 기능을 시사한다.
  • 융합 분열 사건: 일부 게놈에서 융합된 단백질은 기능적으로 매우 연관될 가능성이 높습니다.
  • 발생: 유사한 기능을 가지고 있거나 동일한 대사 경로에서 발생하는 단백질은 함께 발현되어야 하며 유사한 계통발생학적 프로파일을 가져야 한다.
  • 동시 발현: 유전자의 동시 발현 패턴에 기초한 유전자 간의 예측된 연관성.

레퍼런스

  1. ^ Szklarczyk, Damian; Gable, Annika L.; Lyon, David; Junge, Alexander; Wyder, Stefan; Huerta-Cepas, Jaime; Simonovic, Milan; Doncheva, Nadezhda T.; Morris, John H.; Bork, Peer; Jensen, Lars J. (8 January 2019). "STRING v11: protein-protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D607–D613. doi:10.1093/nar/gky1131. ISSN 1362-4962. PMC 6323986. PMID 30476243.
  2. ^ Szklarczyk, Damian; Morris, John H.; Cook, Helen; Kuhn, Michael; Wyder, Stefan; Simonovic, Milan; Santos, Alberto; Doncheva, Nadezhda T.; Roth, Alexander; Bork, Peer; Jensen, Lars J. (4 January 2017). "The STRING database in 2017: quality-controlled protein-protein association networks, made broadly accessible". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D362–D368. doi:10.1093/nar/gkw937. ISSN 1362-4962. PMC 5210637. PMID 27924014.
  3. ^ Szklarczyk D, Franceschini A, Wyder S, Forslund K, Heller D, Huerta-Cepas J, Simonovic M, Roth A, Santos A, Tsafou KP, Kuhn M, Bork P, Jensen LJ, von Mering C (2015). "STRING v10: protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life". Nucleic Acids Res. 43 (Database issue): D447–52. doi:10.1093/nar/gku1003. PMC 4383874. PMID 25352553.
  4. ^ Franceschini A, Szklarczyk D, Frankild S, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Lin J, Minguez P, Bork P, von Mering C, Jensen LJ (2013). "STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration". Nucleic Acids Res. 41 (Database issue): D808–15. doi:10.1093/nar/gks1094. PMC 3531103. PMID 23203871.
  5. ^ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C (2011). "The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D561–8. doi:10.1093/nar/gkq973. PMC 3013807. PMID 21045058.
  6. ^ Snel, B; Lehmann, G; Bork, P & Huynen, MA (2000). "STRING: a web-server to retrieve and display the repeatedly occurring neighbourhood of a gene". Nucleic Acids Res. 28 (18): 3442–4. doi:10.1093/nar/28.18.3442. PMC 110752. PMID 10982861.
  7. ^ Schwartz, AS; Yu, J; Gardenour, KR; Finley Jr; RL & Ideker, T (2008). "Cost-effective strategies for completing the interactome". Nature Methods. 6 (1): 55–61. doi:10.1038/nmeth.1283. PMC 2613168. PMID 19079254.
  8. ^ Wodak, SJ; Pu, S; Vlasblom, J & Séraphin, B (2009). "Challenges and rewards of interaction proteomics". Mol Cell Proteomics. 8 (1): 3–18. doi:10.1074/mcp.R800014-MCP200. PMID 18799807.

외부 링크

  • STRING 사이트
  • STITCH 웹사이트, 단백질과 작은 분자의 상호작용에 관한 관련 데이터베이스