RNA 추출

RNA extraction

RNA 추출은 생물 검체에서 RNA를 정화하는 것이다.이 절차는 세포와 조직에 리보누클레이제 효소가 어디에나 존재하여 RNA를 급속히 저하시킬 수 있어 복잡하다.[1] RNA를 샘플로부터 격리시키기 위해 분자생물학에서 여러 가지 방법을 사용하는데, 그 중 가장 흔한 것이 구아니디늄 티오시아네이트-페놀-클로로포름 추출이다.[2][3]여과지 기반 용해 및 용출 방법은 처리량이 많은 것이 특징이다.[4]

일반적으로 박격포와 페스틀(또는 조직 펄스제라고 알려진 특수 강철 장치)을 사용하는 액체 질소 내 RNA 추출은 리보누클레스 활성을 방지하는 데도 유용하다.

RNase 오염

분자생물학 실험에서 RNA 추출은 RNA 샘플을 저하시키는 유비쿼터스 및 하디 RNAS의 존재에 의해 크게 복잡해진다.특정 RNAS는 매우 강할 수 있으며 DNAS를 무력화하는 것에 비해 이를 비활성화하는 것은 어렵다.방출되는 세포 RNAS 외에도 환경에 존재하는 여러 개의 RNAS가 있다.RNAS는 다양한 유기체에서 많은 세포외 기능을 갖도록 진화해왔다.[5][6][7]예를 들어 RNase A 슈퍼패밀리의 일원인 RNase 7은 사람의 피부에 의해 분비되어 강력한 항정신병 방어 역할을 한다.[8][9]이러한 분비된 RNAS의 경우, 효소 활성은 RNase의 확장된 기능에 필요하지 않을 수도 있다.예를 들어 면역 RNAS는 박테리아의 세포막을 불안정하게 함으로써 작용한다.[10][11]

이에 대항하기 위해 RNA 추출에 사용되는 장비는 보통 철저히 세척하고, 일반적인 실험실 장비와 분리하여 보관하며, RNAS를 파괴하는 다양한 가혹한 화학물질로 처리한다.같은 이유로 실험자들은 맨살이 장비에 닿지 않도록 각별한 주의를 기울인다.

바이러스성 RNA 추출의 경우 임상 샘플에서 HIV, HBV 및 HCV 정량화에 사용되는 바이러스 정량화 검사의 변동을 최소화하기 위해 검증된 표준 프로토콜을 선호한다.그러한 키트 중 하나는 유체 샘플에서 RNA 추출에 적합한 Taqgen® Viral RNA 키트(세럼, Plasma, S뇨 & Naospharyngeal Swab 서스펜션)이다.

참고 항목

참조

  1. ^ Peirson SN, Butler JN (2007). "RNA extraction from mammalian tissues". Circadian Rhythms. Methods Mol. Biol. Methods in Molecular Biology. Vol. 362. pp. 315–27. doi:10.1007/978-1-59745-257-1_22. ISBN 978-1-58829-417-3. PMID 17417019.
  2. ^ Chomczynski P, Sacchi N (2006). "The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on". Nat Protoc. 1 (2): 581–5. doi:10.1038/nprot.2006.83. PMID 17406285. S2CID 28653075.
  3. ^ Bird IM (2005). "Extraction of RNA from cells and tissue". Methods Mol. Med. 108: 139–48. doi:10.1385/1-59259-850-1:139. ISBN 1-59259-850-1. PMID 16028681.
  4. ^ FortiusBio 고처리 RNA 추출 필터 용지 카드
  5. ^ Rossier, O.; Dao, J.; Cianciotto, N. P. (2009). "A type II secreted RNase of Legionella pneumophila facilitates optimal intracellular infection of Hartmannella vermiformis". Microbiology. 155 (3): 882–890. doi:10.1099/mic.0.023218-0. PMC 2662391. PMID 19246759.
  6. ^ Luhtala, N.; Parker, R. (2010). "T2 Family ribonucleases: Ancient enzymes with diverse roles". Trends in Biochemical Sciences. 35 (5): 253–259. doi:10.1016/j.tibs.2010.02.002. PMC 2888479. PMID 20189811.
  7. ^ Dyer, K. D.; Rosenberg, H. F. (2006). "The RNase a superfamily: Generation of diversity and innate host defense". Molecular Diversity. 10 (4): 585–597. doi:10.1007/s11030-006-9028-2. PMID 16969722. S2CID 20922592.
  8. ^ Harder, J. (2002). "RNase 7, a Novel Innate Immune Defense Antimicrobial Protein of Healthy Human Skin". Journal of Biological Chemistry. 277 (48): 46779–46784. doi:10.1074/jbc.M207587200. PMID 12244054.
  9. ^ Köten, B.; Simanski, M.; Gläser, R.; Podschun, R.; Schröder, J. M.; Harder, J. R. (2009). "RNase 7 Contributes to the Cutaneous Defense against Enterococcus faecium". PLOS ONE. 4 (7): e6424. Bibcode:2009PLoSO...4.6424K. doi:10.1371/journal.pone.0006424. PMC 2712763. PMID 19641608.
  10. ^ Huang, Y. -C.; Lin, Y. -M.; Chang, T. -W.; Wu, S. -J.; Lee, Y. -S.; Chang, M. D. -T.; Chen, C.; Wu, S. -H.; Liao, Y. -D. (2006). "The Flexible and Clustered Lysine Residues of Human Ribonuclease 7 Are Critical for Membrane Permeability and Antimicrobial Activity". Journal of Biological Chemistry. 282 (7): 4626–4633. doi:10.1074/jbc.M607321200. PMID 17150966.
  11. ^ Rosenberg, H. F. (2008). "RNase a ribonucleases and host defense: An evolving story". Journal of Leukocyte Biology. 83 (5): 1079–87. doi:10.1189/jlb.1107725. PMC 2692241. PMID 18211964.


외부 링크

상용 핵산염 추출 키트의 유비쿼터스 오염 물질 운반 문제를 해결하기 위한 2상 세척; Erik Jue, Dan Witters & Rustem F.Ismagilov; Nature, Scientific reports, 2020.