셀로사우루스과

Cellosaurus


셀로사우루스과
내용
묘사셀로사우루스: 세포주에 대한 지식 자원
데이터형
발동.		셀 회선
유기체척추동물, 곤충, 진드기
연락
연구소스위스 생물정보학연구소
실험실.칼리포
작가들아모스 바이로흐
접근
data 형식플랫 파일 데이터베이스, OBO 및 XML
웹 사이트web.expasy.org/cellosaurus/
다운로드 URLftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus
도구들
웹서치
여러가지 종류의
면허증.Creative Commons Attribution-NoDerivs
버전 관리네.
데이터 릴리즈
빈도수.		연간 4~6회 출시
큐레이션 정책있음 - 수동
북마크 가능
엔티티		예 - 개별 셀 라인 항목

셀로사우루스는 생물의학 [1]연구에 사용되는 모든 세포주를 문서화하는 세포주 관련 온라인 지식 기반이다.스위스 생물정보학 연구소(SIB)가 제공한다.ELIXIR 핵심 데이터[2][3] 리소스이자 IRDiRC의 인식 리소스입니다.[4]리소스 식별 [5]포털의 셀 회선에 기여하는 리소스입니다.2021년 10월 현재 약 130,000개의 셀 [6]회선에 대한 정보가 포함되어 있습니다.

그 범위는 불멸화 세포주, 자연적으로 불멸화 세포주(예: 배아줄기세포) 및 널리 분포되어 사용되는 유한 생명 세포주를 포함한다.셀로사우루스는 수작업으로 큐레이션된 풍부한 정보를 제공합니다; 각 세포주마다 추천되는 이름, 동의어, 그리고 기원종이 나열됩니다.다른 유형의 정보에는 표준화된 질병 용어(암 또는 유전 장애 세포주에 대한), 세포주 불멸에 사용되는 형질전환체, 트랜스펙트 또는 녹아웃 유전자, 마이크로 위성 불안정, 기증자의 시간, 성별 및 나이(환자 또는 동물), 중요한 배열 변화, 웹 링크, 출판 참조가 포함된다.100개에 가까운 데이터베이스, 온톨로지, 셀 컬렉션 및 기타 관련 [1][7]리소스에 대한 상호 참조를 제공합니다.

연구에 사용된 많은 세포주들이 잘못 확인되거나 오염되었기 때문에, 셀로사우루스는 국제 세포주 인증 위원회(ICLAC)[8] 표에 나열된 모든 세포주를 포함하여 문제가 있는 세포주를 추적합니다.인간 및 일부 개 세포 라인의 경우 짧은 Tandem Repeat(STR; 탠덤 반복) 프로파일 정보를 제공합니다.2018년 7월부터 셀로사우루스의 세포주는 위키다타에서 [1]항목으로 표시된다.2020년 3월, 셀로사우루스는 COVID-19 [9]대유행에 대응하여 SARS-CoV-2와 관련된 세포주 정보를 포함하는 페이지를 만들었다.

셀로사우루스 백과사전은 세포주 정보에 대한 권위 있는 원천으로, 독특한 식별자를 제공하고 큐레이션된 [12][13][14]정보의 원천으로 널리 알려져 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ a b c Bairoch Amos (2018). "The Cellosaurus, a cell-line knowledge resource". Journal of Biomolecular Techniques. 29 ([Epub ahead of print): 1–14. doi:10.7171/jbt.18-2902-002. PMC 5945021. PMID 29805321.
  2. ^ Dubar, Elsa. "Cellosaurus and Rhea join the portfolio of ELIXIR Core Data Resources". www.sib.swiss. Retrieved 2021-10-19.
  3. ^ "Rhea, Reactome and Cellosaurus acquire ELIXIR's highest quality label for databases". ELIXIR. 2020-12-24. Retrieved 2021-10-19.
  4. ^ "New IRDiRC Recognized Resource: Cellosaurus". irdirc.org. Retrieved 2021-11-02.
  5. ^ "RRID Searching in Cell Lines".
  6. ^ "Expasy - Cellosaurus". web.expasy.org. Retrieved 2021-10-19.
  7. ^ "Description of the Cellosaurus - a knowledge resource on cell lines". web.expasy.org. Retrieved 2020-04-13.
  8. ^ "Database of Cross-Contaminated or Misidentified Cell Lines" (PDF). Archived (PDF) from the original on 2016-12-20.
  9. ^ "Cellosaurus - SARS-CoV-2 relevant information". web.expasy.org. Retrieved 2020-04-14.
  10. ^ "RRIDs: How did we get here and where are we going?". eLife. 2017-05-11. Retrieved 2021-10-19.
  11. ^ Groll, Helga; Rodgers, Peter A, eds. (2018-11-01). "Decision letter: Incidences of problematic cell lines are lower in papers that use RRIDs to identify cell lines". doi:10.7554/elife.41676.020. S2CID 239787612. {{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항 journal=(도움말)
  12. ^ Horbach, Serge P. J. M.; Halffman, Willem (2017-10-12). "The ghosts of HeLa: How cell line misidentification contaminates the scientific literature". PLOS ONE. 12 (10): e0186281. Bibcode:2017PLoSO..1286281H. doi:10.1371/journal.pone.0186281. ISSN 1932-6203. PMC 5638414. PMID 29023500.
  13. ^ Ong, Edison; Sarntivijai, Sirarat; Jupp, Simon; Parkinson, Helen; He, Yongqun (December 2017). "Comparison, alignment, and synchronization of cell line information between CLO and EFO". BMC Bioinformatics. 18 (S17): 557. doi:10.1186/s12859-017-1979-z. ISSN 1471-2105. PMC 5763470. PMID 29322915.
  14. ^ Hattori, Emi; Oyama, Rieko; Kondo, Tadashi (2019-02-13). "Systematic Review of the Current Status of Human Sarcoma Cell Lines". Cells. 8 (2): 157. doi:10.3390/cells8020157. ISSN 2073-4409. PMC 6406745. PMID 30781855.

외부 링크