인간 대사 데이터베이스

Human Metabolome Database
이 기사는 인간 대사 데이터베이스(HMDB.ca)에 관한 것이다.기록 마커 데이터베이스(HMdb.org)는 기록 마커 데이터베이스를 참조하십시오.
인간 대사 데이터베이스
Human Metabolome Database logo.png
내용
설명대사체학 데이터베이스
데이터 유형
발동.		인체 대사물 구조, 대사물 설명, 대사물 반응, 대사물 효소 및 전달체, 대사물 효소 및 전달체, 인체 대사 경로, 인간 내 정상 및 비정상 대사물 농도, 관련 질병, 화학적 특성, 명명법, 동의어, 화학적 분류법, 대사물 NMR 스펙트럼, 메타베이스올라이트 GC-MS 스펙트럼, 대사물 LC-MS 스펙트럼
연락처
리서치센터앨버타 대학교 및 대사물학 혁신 센터
실험실데이비드 S.위스타트
1차 인용HMDB: 인간 대사 데이터베이스.[1]
접근
웹사이트http://www.hmdb.ca
다운로드 URLhttp://www.hmdb.ca/downloads
잡다한
데이터 릴리스
빈도수		월별 수정 및 업데이트 시 2년마다
큐레이션 정책수동 커리큘럼

인간대사 데이터베이스([1][2][3][4]HMDB)는 인체에서 발견되는 소분자 대사물의 종합적이고 고품질, 자유롭게 접근 가능한 온라인 데이터베이스다.캐나다 게놈에 의해 자금을 지원받은 인간 대사물 프로젝트에 의해 창조되었다.[5]최초의 전용 대사물학 데이터베이스 중 하나인 HMDB는 NMR 분광학, GC-MS 분광학 및 LC/MS 분광학을 사용하여 인간 대사물의 식별 및 특성화를 포함한 인간 대사물 연구를 촉진한다.이 발견 과정을 돕기 위해 HMDB에는 1) 화학 데이터, 2) 임상 데이터, 3) 분자 생물학/생물화학 데이터(그림 1~3)의 세 가지 종류의 데이터가 포함되어 있다.화학적 데이터에는 약 10,000 NMR, GC-MS 및 LC/MS 스펙트럼과 함께 상세한 설명이 포함된 41,514개의 대사물 구조가 포함된다.

임상 데이터에는 600개 이상의 다양한 인간 질병에 대한 대사물-바이오유체 농도 및 대사물 농도 정보가 포함되어 있다.생화학적 데이터에는 5,688개의 단백질(및 DNA) 시퀀스와 이러한 대사물 입력과 연계된 5000개 이상의 생화학적 반응이 포함된다.[5]HMDB의 각 대사물 항목에는 110개 이상의 데이터 필드가 포함되며, 2/3 정보는 화학/임상 데이터에, 나머지 1/3은 효소 또는 생화학적 데이터에 할당된다.많은 데이터 필드가 다른 데이터베이스(KEGG, MetaCyc, PubChem, 단백질 데이터 뱅크, ChEBI, Swiss-Prot, GenBank)와 다양한 구조 및 경로 보기 애플릿에 하이퍼링크로 연결되어 있다.HMDB 데이터베이스는 광범위한 텍스트, 시퀀스, 스펙트럼, 화학 구조 및 관계형 쿼리 검색을 지원한다.대사물학, 임상화학, 바이오마커 발견, 일반 생화학 교육 등에 널리 사용되어 왔다.

DrugBank,[6][7][8] T3DB,[9] SMPDB, FooDB 등 4개의 추가 데이터베이스도 HMDB 데이터베이스 제품군의 일부분이다.DrugBank는 약 1600개의 약물 및 약물 대사물에 대한 동등한 정보를 포함하고 T3DB는 3100개의 공통 독소와 환경 오염 물질에 대한 정보를 포함하고 SMPDB는 700개의 인간 대사 및 질병 경로에 대한 경로도를 포함하고 FooDB는 약 28,000개의 식품 성분과 식품 첨가물에 대한 동등한 정보를 포함하고 있다.

버전 이력

HMDB의 첫 버전은 2007년 1월 1일에 출시되었으며,[1] 이후 2009년 1월 1일(버전 2.0),[2] 2009년 8월 1일(버전 2.5), 2012년 9월 18일(버전 3.0),[4] 2013년 1월 1일(버전 3.5),[11] 2017년(버전 4.0)에 이어 2개의 후속 버전이 출시되었다.[12]각 주요 HMDB 버전(최대 버전 4.0)에 대한 자세한 내용은 표 1에 수록되어 있다.

표 1.
데이터베이스 기능 또는 내용 상태 HMDB(v1.0) HMDB(v2.0) HMDB(v3.0) HMDB(v4.0)
대사물 수 2,180 6,408 37,170 114,100
고유 대사물 동의어 수 27,700 43,882 152,364 −
질병 연계가 있는 화합물의 수 862 1,002 3,948 22,605
바이오유체 또는 조직 농도 데이터가 포함된 화합물 수 883 4,413 6,796 −
화학 합성 기준이 있는 화합물의 수 220 1,647 8,863 72,604
실험 기준 1H 및 13C NMR 스펙트럼을 갖는 화합물의 수 385 792 1,054 2,801
기준 MS/MS 스펙트럼이 있는 화합물 수 390 799 1,249 1,544
참조 GC-MS 참조 데이터가 있는 화합물 수 0 279 884 7,418
사람별 경로 지도 수 26 58 442 −
인간대사도서관의 화합물 수 607 920 1,031 −
HMDB 데이터 필드 수 91 102 114 130
'예측 분자 특성 수 2 2 10 −

범위 및 액세스

HMDB의 모든 데이터는 비수용적 또는 비수용적 출처에서 도출된다.누구나 자유롭게 접근할 수 있고 이용할 수 있다.또한 거의 모든 데이터 항목은 완전히 추적 가능하며 원본에 명시적으로 참조된다.HMDB 데이터는 공용 웹 인터페이스와 다운로드를 통해 이용할 수 있다.

참고 항목

참조

  1. ^ a b c Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Li, Liang; Marrie, Tom; Sykes, Brian D.; Vogel, Hans J.; Querengesser, Lori (January 1, 2007). "HMDB: the Human Metabolobe Database". Nucleic Acids Research. 35 (D1): D521–D526. doi:10.1093/nar/gkl923. PMC 1899095. PMID 17202168.
  2. ^ a b Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Eisner, Roman; Young, Nelson; Gautam, Bijaya; Hau, David D.; Psychogios, Nick; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Mandal, Rupasri; Sinelnikov, Igor; Xia, Jianguo; Jia, Leslie; Cruz, Joseph A.; Lim, Emilia; Sobsey, Constance A.; Shrivastava, Savita; Huang, Paul; Liu, Philip; Fang, Lydia; Peng, Jun; Fradette, Ryan; Cheng, Dean; Tzur, Dan; Clements, Melisa; Lewis, Avalyn; de Souza, Andrea; Zúñiga, Azaret; Dawe, Margot; Xiong, Yeping; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Nazyrova, Alsu; Shaykhutdinov, Rustem; Li, Liang; Vogel, Hans J.; Forsythe, Ian J. (January 1, 2009). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome". Nucleic Acids Research. 37 (D1): D603–D610. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID 18953024.
  3. ^ Forsythe, Ian J.; Wishart, David S. (March 1, 2009). "Exploring Human Metabolites Using the Human Metabolome Database". Current Protocols in Bioinformatics. 25: 14.8.1–14.8.45. doi:10.1002/0471250953.bi1408s25. ISBN 978-0471250951. PMID 19274632. S2CID 24291704.
  4. ^ a b Wishart, David S.; Jewison, Timothy; Guo, An Chi; Wilson, Michael; Knox, Craig; Liu, Yifeng; Djombou Feunang, Yannick; Mandal, Rupasri; Aziat, Farid; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Sinelnikov, Igor; Arndt, David; Xia, Jianguo; Liu, Philip; Yallou, Faizath; Bjorndahl, trent; Pérez Piñeiro, Rolando; Eisner, Roman; Allen, Felicity; Neveu, Vanessa; Greiner, Russ; Scalbert, Augustin (January 1, 2013). "HMDB 3.0—The Human Metabolobe Database in 2013". Nucleic Acids Research. 41 (D1): D801–D807. doi:10.1093/nar/gks1065. PMC 3531200. PMID 23161693.
  5. ^ a b "Human Metabolome Project". Retrieved 13 February 2013.
  6. ^ Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Shrivastava, Savita; Hassanali, Murtaza; Stothard, Paul; Chang, Zhan; Woolsey, Jennifer (January 1, 2006). "DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research. 34 (D1): D668–D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430. PMID 16381955.
  7. ^ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D901-6. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412.
  8. ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Jan 2011). "DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035-41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682.
  9. ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). "T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546.
  10. ^ Frolkis, A; Knox, C; Lim, E; Jewison, T; Law, V; Hau, DD; Liu, P; Gautam, B; Ly, S; Guo, AC; Xia, J; Liang, Y; Shrivastava, S; Wishart, DS. (Jan 2010). "SMPDB: The Small Molecule Pathway Database". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D480-7. doi:10.1093/nar/gkp1002. PMC 2808928. PMID 19948758.
  11. ^ "Human Metabolome Database Release Notes".
  12. ^ Wishart, David S.; Djombou Feunang, Yannick; Marcu, Ana; Guo, An Chi; Liang, Kevin; Vázquez Fresno, Rosa; Sajed, Tanvir; Johnson, Daniel; Li, Carin; Karu, Naama; Sayeeda, Zinat; Lo, Elvis; Assempour, Nazanin; Berjanskii, Mark; Singhal, Sandeep; Arndt, David; Liang, Yonjie; Badran, Hasan; Grant, Jason; Serra Cayuela, Arnau; Liu, Yifeng; Mandal, Rupa; Neveu, Vanessa; Pon, Allison; Knox, Craig; Wilson, Michael; Manach, Claudine; Scalbert, Augustin (January 4, 2018). "HMDB 4.0: the human metabolome database for 2018". Nucleic Acids Research. 46 (D1): D608–D617. doi:10.1093/nar/gkx1089. PMC 5753273. PMID 29140435.