펍켐

PubChem
펍켐
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내용
설명화학 물질과 그 생물학적 분석
데이터 유형
발동.		dhsh
유기체인간과 다른 동물들
연락처
리서치센터엔씨비
1차 인용PMID 15879180
접근
웹사이트https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
다운로드 URLFTP
웹 서비스 URLPUG-뷰[1]
잡다한
면허증공용 도메인

PubChem은 화학 분자와 생물학적 분석에 대한 그들의 활동들의 데이터베이스다.이 시스템은 미국 국립보건원(NIH)의 일부인 국립 의학도서관의 구성요소인 국립생명공학정보센터(NCBI)에 의해 유지된다.PubChem은 웹 사용자 인터페이스를 통해 무료로 접속할 수 있다.수백만 개의 복합 구조와 설명 데이터셋은 FTP를 통해 자유롭게 다운로드할 수 있다.PubChem은 100개 미만의 원자와 1000개 미만의 결합을 가진 다중 물질 설명과 작은 분자를 포함하고 있다.80개 이상의 데이터베이스 공급업체가 PubChem 데이터베이스 증가에 기여한다.[2]

데이터베이스

PubChem은 역동적으로 성장하는 세 개의 기본 데이터베이스로 구성되어 있다.2020년 11월 5일 현재(BioAssays 수는 변경되지 않음):

  • 화합물은 1억1100만 점[3](2017년[4] 9400만 점)으로 순수하고 특색 있는 화학적 화합물을 함유하고 있다.[5]
  • 성분[3] 2억9300만 점(2017년[6] 236만 점, 2014년[7] 9월 1억6300만 점)에는 혼합물, 추출물, 복합물, 특성화되지 않은 물질도 포함되어 있다.
  • 바이오애세이(BioAssay)는 수백만달러의 가치를 지닌 125만명[8](2014년[9] 9월 6000명 대비 증가)의 고투과 스크리닝 프로그램을 통해 생체활동 성과를 거두고 있다.

검색 중

데이터베이스 검색은 화학 구조, 이름 조각, 화학 공식, 분자량, XLogP, 수소 결합 기증자 및 수용자 수를 포함한 광범위한 특성에 대해 가능하다.

펍켐은 자체 온라인 분자 편집기와 SLIGH/SMARTS, 모든 공통 화학물질 파일 포맷을 수출입하여 구조물과 파편을 검색할 수 있도록 지원하는 InChI 지원 기능을 포함하고 있다.

각각의 히트곡들은 동의어, 화학적 특성, 스마일리와 InChI 끈을 포함한 화학적 구조, 생물 활동, 그리고 구조적으로 관련된 화합물과 PubMed와 같은 다른 NCBI 데이터베이스로 연결되는 링크를 제공한다.

텍스트 검색 양식에서 데이터베이스 필드는 검색어에 대괄호로 된 필드 이름을 추가하여 검색할 수 있다.숫자 범위는 대장으로 구분된 두 숫자로 표시된다.검색어와 필드 이름은 대소문자를 구분하지 않는다.괄호 및 논리 연산자 AND, OR 및 NOT를 사용할 수 있다.AND는 연산자가 사용되지 않는 경우 가정한다.

예(리핀스키의 다섯 가지 법칙): 

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

역사

PubChem은 2004년에 출시되었다.[10]

데이터베이스 필드


식별 번호
• 현재 데이터베이스의 식별 번호 [UID]
• 물질 식별 번호 [SID]
• 복합식별번호 [CID]
• 바이오 어세이 식별 번호 [BAID], [에이드]

일반
• 모든 데이터베이스 필드 [ALL]
• 댓글 [CMT]
• 증착일자 [DDAT], [DEPDAT]
• 입금자외부ID [SRID], [SRCID]
• 소스 이름 [SRCNAME], [SRCNAME]
• 소스 릴리스 날짜 [SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
• MeSH(Medical Cubject Heading) 용어 [MSHT], [MESHT]
• MeSH 트리 노드 [MSHN], [MESHTN]
• MeSH 약리 작용 [PHMA], [PHAMA]

물질 특성
• 물질 동의어 [SYNO]
• IUPAC 이름 [UPAC], [IUPAC]
• 국제 화학 식별자(InCHI) [인치]
• 분자량 [MW], [MWT], [MOLWT]
• 화학 원소 [ELMT], [EL]
• 비수소 원자 [HAC], [HACNT]
• 동위원소 수 [IAC], [IACNT]
• 총공식요금 [TFC], [CHG], [CHRG]
• 키랄 원자수 [ACC], [ACCNT]
• 정의된 키랄 원자 수 [ACDC], [ACDCNT]
• 정의되지 않은 키랄 원자 수 [ACUC], [ACUCNT]
• 수소 결합 수용기 수 [HBAC], [HBACNT]
• 수소결합기부자수 [HBDC], [HBDCNT]
• 토토머 수 [TC], [TCNT], [TTMC]
• 회전식 본드 수 [RBC], [RBCNT]
• XLogP[11] [XLGP], [LOGP]

복합 특성
• 복합 동의어 [CSYNO], [CSYNO]
• 성분수 [CC], [CCNT]
• 공밸런트 단위(분자) 개수 [CUc], [CUCNT]
• 총생물활동수 [TAC]

참고 항목

  • 화학 데이터베이스
    • CAS 공통 화학 - 미국 화학 협회 운영
    • North Carolina State University에서 운영하는 Toxicogenomics 데이터베이스 비교
    • CheEMBL - 유럽 생물정보학 연구소에서 운영
    • ChemSpider - 영국 왕립 화학 협회 운영
    • DrugBank - 앨버타 대학교에서 운영
    • IUPAC - 스위스에 본사를 둔 국제 순수 및 응용 화학 연합(IUPAC)에서 운영
    • 몰타블 - 인도 국립 화학 연구소에서 운영
    • PubChem - 미국 국립보건원(National Institute of Health, USA)에서 운영
    • BindingDB - 샌디에이고 캘리포니아 대학교에서 운영
    • SCRIPDB - 캐나다 토론토 대학교에서 운영
    • 미국 국립 생명공학 정보 센터(NCBI) - 미국 국립보건원에서 운영
    • 엔트레즈 - 미국 국립보건원(National Institute of Health, National Institute)에서 운영
    • GenBank - 미국 국립보건원(National Institute of Health, USA)에서 운영

참조

  1. ^ Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Cheng, Tiejun; Zhang, Jian; Gindulyte, Asta; Bolton, Evan E. (9 August 2019). "PUG-View: programmatic access to chemical annotations integrated in PubChem". Journal of Cheminformatics. 11 (1): 56. doi:10.1186/s13321-019-0375-2. PMC 6688265. PMID 31399858.
  2. ^ "PubChem Source Information". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information.
  3. ^ a b Kim, Sunghwan; Chen, Jie; Cheng, Tiejun; Gindulyte, Asta; He, Jia; He, Siqian; Li, Qingliang; Shoemaker, Benjamin A; Thiessen, Paul A; Yu, Bo; Zaslavsky, Leonid; Zhang, Jian; Bolton, Evan E (8 January 2021). "PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces". Nucleic Acids Research. 49 (D1): D1388–D1395. doi:10.1093/nar/gkaa971. PMC 7778930. PMID 33151290.
  4. ^ "Search Results for all compounds". Retrieved 28 January 2016.
  5. ^ "all[filt] - PubChem Compound Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Retrieved 7 January 2011.
  6. ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Retrieved 28 January 2016.
  7. ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Retrieved 7 January 2011.
  8. ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Retrieved 28 January 2016.
  9. ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Retrieved 7 January 2011.
  10. ^ "About PubChem". Retrieved 3 May 2014.
  11. ^ Cheng T (Nov 2007). "Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge". Journal of Chemical Information and Modeling. 47 (6): 2140–2148. doi:10.1021/ci700257y. PMID 17985865.

외부 링크